MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Cupriavidus metallidurans CH34 chromosome

Total Repeats: 137

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007973	ATCGTT	2	12	10133	10144	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_007973	AGTAGA	2	12	83064	83075	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007973	TAACGT	2	12	108769	108780	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_007973	GAGAGG	2	12	128126	128137	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_007973	TTTTCG	2	12	130322	130333	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_007973	AGTGCT	2	12	195966	195977	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_007973	TCGAAA	2	12	203609	203620	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_007973	ATCGGC	2	12	211553	211564	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_007973	GGAATC	2	12	236945	236956	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_007973	ACCGCC	2	12	253135	253146	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_007973	AAAGGA	2	12	255630	255641	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_007973	GCCCCG	2	12	269474	269485	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
13	NC_007973	TGGGGT	2	12	291134	291145	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_007973	GTTTTT	2	12	296892	296903	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_007973	CGGGCG	2	12	302602	302613	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_007973	GATGGC	2	12	352163	352174	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_007973	CAGCCG	2	12	535042	535053	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
18	NC_007973	ACGCGG	2	12	554566	554577	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_007973	GCCCGG	2	12	565644	565655	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
20	NC_007973	ACCAAA	2	12	611437	611448	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_007973	TCTCCA	2	12	719420	719431	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_007973	CTTTTG	2	12	754805	754816	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_007973	GGATAT	2	12	768438	768449	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_007973	CAGGAA	2	12	768805	768816	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_007973	TTGGCA	2	12	769131	769142	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_007973	TGTCAG	2	12	769825	769836	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_007973	GGGGAA	2	12	784516	784527	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_007973	GGGGCC	2	12	864010	864021	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_007973	GCGCCG	2	12	864023	864034	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
30	NC_007973	ATCTTC	2	12	941120	941131	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_007973	TTTGGA	2	12	968248	968259	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_007973	CAGTCG	2	12	1065820	1065831	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_007973	GCAGAG	4	24	1086962	1086985	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_007973	GCGTTC	2	12	1128957	1128968	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_007973	TCGGCG	2	12	1145282	1145293	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_007973	GCTGGC	2	12	1269722	1269733	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_007973	GTTGCG	2	12	1289847	1289858	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_007973	GGCGGG	2	12	1297830	1297841	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_007973	ATCAGA	2	12	1307791	1307802	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_007973	AACAAG	2	12	1322274	1322285	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_007973	GGCGCT	2	12	1366096	1366107	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_007973	GGCAGG	2	12	1368401	1368412	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_007973	TTGGCC	2	12	1393217	1393228	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_007973	CGGTGA	2	12	1399434	1399445	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_007973	GGCGCT	2	12	1418180	1418191	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_007973	CGTCCT	2	12	1615182	1615193	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
47	NC_007973	CATCGA	2	12	1615915	1615926	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_007973	TTTATC	2	12	1621962	1621973	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_007973	AAACGA	2	12	1630891	1630902	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_007973	AGGCTC	2	12	1690812	1690823	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_007973	CGGCGT	2	12	1717493	1717504	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_007973	GTGCGA	2	12	1730509	1730520	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_007973	AACGTG	2	12	1740736	1740747	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_007973	TCGGCA	2	12	1792042	1792053	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_007973	CAGGTG	2	12	1806957	1806968	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_007973	GAAGCA	2	12	1873617	1873628	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_007973	CTCGCC	2	12	1903029	1903040	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
58	NC_007973	CGTTAG	2	12	1903057	1903068	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_007973	GTTGCC	2	12	1911180	1911191	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_007973	ATCGGC	2	12	1922006	1922017	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_007973	CTTTGC	2	12	1926221	1926232	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_007973	GTGCGT	2	12	1938700	1938711	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_007973	CGGCGA	2	12	1954213	1954224	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_007973	GACATC	2	12	1983905	1983916	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_007973	CGCGCC	2	12	1987058	1987069	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
66	NC_007973	TGTTCG	2	12	2000036	2000047	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_007973	GATTGC	2	12	2014267	2014278	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_007973	CTGGAA	2	12	2068924	2068935	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_007973	GTGCGG	2	12	2076741	2076752	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_007973	TACATC	2	12	2098001	2098012	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_007973	AGACCA	2	12	2129738	2129749	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_007973	CAAACG	2	12	2226206	2226217	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_007973	CGCGAG	2	12	2230774	2230785	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_007973	CAGGTT	2	12	2282220	2282231	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_007973	GCCCCC	2	12	2398079	2398090	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
76	NC_007973	TTTGAC	2	12	2493529	2493540	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_007973	TTCCCA	2	12	2511084	2511095	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
78	NC_007973	CGGTGC	2	12	2520580	2520591	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_007973	CAAGCA	2	12	2534962	2534973	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_007973	AGCGAC	2	12	2536142	2536153	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_007973	TCATCC	2	12	2542937	2542948	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_007973	CACCGC	2	12	2567988	2567999	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
83	NC_007973	CTGGCG	2	12	2588483	2588494	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_007973	CTCGCG	2	12	2612978	2612989	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
85	NC_007973	GGTCGA	2	12	2613676	2613687	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_007973	GCAGGT	2	12	2613820	2613831	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_007973	ACAAAA	2	12	2644557	2644568	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_007973	CTTTTT	2	12	2664759	2664770	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_007973	CATCGC	2	12	2700480	2700491	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
90	NC_007973	TAAGAA	2	12	2704750	2704761	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_007973	ACAAAG	2	12	2707662	2707673	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_007973	GAAAAC	2	12	2722279	2722290	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_007973	TGGGAC	2	12	2744124	2744135	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_007973	TGTTCT	2	12	2779577	2779588	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_007973	CAAGTC	2	12	2783410	2783421	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_007973	GCATAT	2	12	2792413	2792424	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_007973	CAGAAA	2	12	2833607	2833618	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_007973	GCATTG	2	12	2875750	2875761	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_007973	CAATAT	2	12	2965944	2965955	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_007973	CCGTTT	2	12	2990206	2990217	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_007973	CCCTCT	2	12	2994154	2994165	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
102	NC_007973	GCAAAT	2	12	3023658	3023669	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_007973	GATTCA	2	12	3037385	3037396	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_007973	GAGGGA	2	12	3049167	3049178	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_007973	CTGCGG	2	12	3071670	3071681	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_007973	GCAGTA	2	12	3083119	3083130	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_007973	GCTTCG	2	12	3083407	3083418	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_007973	AGGATC	2	12	3083425	3083436	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_007973	CGAGCA	2	12	3093581	3093592	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_007973	ACGCGT	2	12	3118786	3118797	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_007973	CTGGCG	2	12	3126411	3126422	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_007973	CATCGC	2	12	3195374	3195385	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
113	NC_007973	ATGGCA	2	12	3290856	3290867	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_007973	GGGAAA	2	12	3306515	3306526	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_007973	GCGACG	2	12	3307548	3307559	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_007973	TTTTGC	2	12	3327681	3327692	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_007973	TCGCTC	2	12	3338957	3338968	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
118	NC_007973	CGCAGA	2	12	3354789	3354800	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_007973	GGCGCG	2	12	3384511	3384522	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_007973	TCGCTG	2	12	3432950	3432961	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_007973	CGCCAA	2	12	3435181	3435192	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
122	NC_007973	CGCCGT	2	12	3488502	3488513	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
123	NC_007973	TGTCCT	2	12	3505143	3505154	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_007973	CGGGTG	2	12	3518168	3518179	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_007973	CAACCC	2	12	3618314	3618325	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
126	NC_007973	ATTCGG	2	12	3628809	3628820	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_007973	AGAAAG	2	12	3631914	3631925	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_007973	GCGTAT	2	12	3672062	3672073	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_007973	GAAAAA	2	12	3697656	3697667	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_007973	CTGCCT	2	12	3766261	3766272	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
131	NC_007973	CCCGCA	2	12	3782652	3782663	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
132	NC_007973	TTCTCG	2	12	3799006	3799017	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_007973	GATCTG	2	12	3815066	3815077	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_007973	GCAAGC	2	12	3830524	3830535	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_007973	AATAAA	2	12	3907493	3907504	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_007973	CCGGAT	2	12	3919367	3919378	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_007973	GAAAAA	2	12	3924571	3924582	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.