MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Cupriavidus metallidurans CH34 plasmid pMOL28

Total Repeats: 55

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007972	GAGGGC	2	12	4698	4709	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	291434861
2	NC_007972	GGCGCG	2	12	7935	7946	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291434864
3	NC_007972	GCGCGG	2	12	8781	8792	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	291434866
4	NC_007972	TGGCCT	2	12	11419	11430	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291434870
5	NC_007972	CTGCGG	2	12	11688	11699	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	291434870
6	NC_007972	AGCGCC	2	12	19657	19668	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	291434875
7	NC_007972	TTGGCC	2	12	25501	25512	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	291434881
8	NC_007972	TTCCAT	2	12	28954	28965	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	291434882
9	NC_007972	GCCATC	2	12	33591	33602	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	94152590
10	NC_007972	ACCTTG	2	12	33843	33854	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	94152590
11	NC_007972	GGTGAA	2	12	41435	41446	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	94152598
12	NC_007972	GGCGCT	2	12	43304	43315	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	94152600
13	NC_007972	CGCCGA	2	12	44706	44717	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	94152601
14	NC_007972	AGGCCA	2	12	55235	55246	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94152615
15	NC_007972	TGAACC	2	12	58899	58910	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	94152617
16	NC_007972	TACAGG	2	12	60187	60198	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	94152617
17	NC_007972	GGCTTT	2	12	61219	61230	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	94152618
18	NC_007972	GAGCAT	2	12	61271	61282	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	94152618
19	NC_007972	AGCATG	2	12	61335	61346	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	94152618
20	NC_007972	TCCGCG	2	12	62124	62135	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	94152619
21	NC_007972	CATCGA	2	12	66345	66356	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	94152623
22	NC_007972	GCATAG	2	12	66908	66919	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	94152623
23	NC_007972	CTTCAT	2	12	68592	68603	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	94152625
24	NC_007972	ACGCTC	2	12	69054	69065	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	94152625
25	NC_007972	AACGCG	2	12	70504	70515	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94152625
26	NC_007972	CCGCAC	2	12	71958	71969	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	94152627
27	NC_007972	CAAAGC	2	12	72836	72847	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	94152627
28	NC_007972	CGAGAT	2	12	73223	73234	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	335323156
29	NC_007972	CCGGGC	2	12	86387	86398	0 %	0 %	50 %	50 %	94152644
30	NC_007972	GTCATC	2	12	88402	88413	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	94152647
31	NC_007972	ATCGAT	2	12	92121	92132	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	94152650
32	NC_007972	ACCCAG	2	12	99723	99734	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	94152659
33	NC_007972	GCTATG	2	12	115195	115206	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	94152668
34	NC_007972	CGGCGC	2	12	118208	118219	0 %	0 %	50 %	50 %	94152670
35	NC_007972	GACCAC	2	12	119207	119218	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	94152670
36	NC_007972	GGTCAA	2	12	119292	119303	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	94152670
37	NC_007972	GCTATG	2	12	119392	119403	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	94152670
38	NC_007972	CCCGAA	2	12	122385	122396	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	94152673
39	NC_007972	CCATCG	2	12	131210	131221	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	94152682
40	NC_007972	GCATCT	2	12	134793	134804	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	94152685
41	NC_007972	GCCGTG	2	12	139838	139849	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	94152691
42	NC_007972	GTCCCA	2	12	142407	142418	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	94152694
43	NC_007972	ACCGTG	2	12	144160	144171	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	94152696
44	NC_007972	TCGACG	2	12	148774	148785	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	94152700
45	NC_007972	CACCGC	2	12	148806	148817	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	94152700
46	NC_007972	GGCGCG	2	12	149473	149484	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	94152700
47	NC_007972	AGTCGA	2	12	153608	153619	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	94152704
48	NC_007972	CGGCAA	2	12	154447	154458	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94152705
49	NC_007972	ACAAGG	2	12	158431	158442	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	94152709
50	NC_007972	TGATCG	2	12	159020	159031	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	94152710
51	NC_007972	TACGCG	2	12	159043	159054	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	94152710
52	NC_007972	GCTGAA	2	12	159501	159512	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	94152711
53	NC_007972	CCAGAT	2	12	161739	161750	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	94152712
54	NC_007972	TACCAG	2	12	162134	162145	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	94152713
55	NC_007972	TGATCG	2	12	165652	165663	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	94152716

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.