MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Cupriavidus metallidurans CH34 plasmid pMOL28

Total Repeats: 118

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007972	GCAAT	2	10	268	277	40 %	20 %	20 %	20 %	94152722
2	NC_007972	AGAGC	2	10	882	891	40 %	0 %	40 %	20 %	94152722
3	NC_007972	CCTCT	2	10	1074	1083	0 %	40 %	0 %	60 %	94152722
4	NC_007972	GCAAA	2	10	3203	3212	60 %	0 %	20 %	20 %	291434860
5	NC_007972	TGCGC	2	10	4685	4694	0 %	20 %	40 %	40 %	291434861
6	NC_007972	CGCTG	2	10	5794	5803	0 %	20 %	40 %	40 %	291434862
7	NC_007972	GCGTC	2	10	6234	6243	0 %	20 %	40 %	40 %	291434863
8	NC_007972	GCGTG	2	10	6311	6320	0 %	20 %	60 %	20 %	291434863
9	NC_007972	GCGCC	2	10	7694	7703	0 %	0 %	40 %	60 %	291434864
10	NC_007972	GGCGG	2	10	8330	8339	0 %	0 %	80 %	20 %	291434864
11	NC_007972	CCTAC	2	10	8956	8965	20 %	20 %	0 %	60 %	291434866
12	NC_007972	GTCCT	2	10	10604	10613	0 %	40 %	20 %	40 %	291434869
13	NC_007972	CAACC	2	10	10852	10861	40 %	0 %	0 %	60 %	291434869
14	NC_007972	CTGTA	2	10	14857	14866	20 %	40 %	20 %	20 %	291434871
15	NC_007972	TCGCA	2	10	15833	15842	20 %	20 %	20 %	40 %	291434871
16	NC_007972	GTTCG	2	10	20239	20248	0 %	40 %	40 %	20 %	291434876
17	NC_007972	CTGTG	2	10	22593	22602	0 %	40 %	40 %	20 %	291434878
18	NC_007972	CCTGT	2	10	24056	24065	0 %	40 %	20 %	40 %	291434879
19	NC_007972	CAACC	2	10	24485	24494	40 %	0 %	0 %	60 %	291434880
20	NC_007972	TACCG	2	10	24778	24787	20 %	20 %	20 %	40 %	291434880
21	NC_007972	GCGCG	2	10	31752	31761	0 %	0 %	60 %	40 %	291434887
22	NC_007972	CCTCG	2	10	31788	31797	0 %	20 %	20 %	60 %	291434887
23	NC_007972	ATGCG	2	10	39750	39759	20 %	20 %	40 %	20 %	94152596
24	NC_007972	GGATG	2	10	39869	39878	20 %	20 %	60 %	0 %	94152596
25	NC_007972	GGCGA	2	10	42634	42643	20 %	0 %	60 %	20 %	94152599
26	NC_007972	ACACC	2	10	43492	43501	40 %	0 %	0 %	60 %	94152600
27	NC_007972	ACTGC	2	10	43800	43809	20 %	20 %	20 %	40 %	94152600
28	NC_007972	GCGAT	2	10	44846	44855	20 %	20 %	40 %	20 %	94152601
29	NC_007972	CGGGT	2	10	45308	45317	0 %	20 %	60 %	20 %	94152601
30	NC_007972	ATCGC	2	10	45694	45703	20 %	20 %	20 %	40 %	94152602
31	NC_007972	TCGAG	2	10	46353	46362	20 %	20 %	40 %	20 %	94152602
32	NC_007972	GGCAG	2	10	47244	47253	20 %	0 %	60 %	20 %	94152603
33	NC_007972	AGCCC	2	10	47455	47464	20 %	0 %	20 %	60 %	94152603
34	NC_007972	AAGCC	2	10	47604	47613	40 %	0 %	20 %	40 %	94152603
35	NC_007972	ACGCA	2	10	47663	47672	40 %	0 %	20 %	40 %	94152603
36	NC_007972	CGTCG	2	10	49030	49039	0 %	20 %	40 %	40 %	94152607
37	NC_007972	GACCA	2	10	49948	49957	40 %	0 %	20 %	40 %	94152609
38	NC_007972	CCGGG	2	10	50286	50295	0 %	0 %	60 %	40 %	94152609
39	NC_007972	CCCGA	2	10	50396	50405	20 %	0 %	20 %	60 %	94152609
40	NC_007972	ACCAG	2	10	50559	50568	40 %	0 %	20 %	40 %	94152609
41	NC_007972	GCCAC	2	10	50589	50598	20 %	0 %	20 %	60 %	94152609
42	NC_007972	GCGTA	2	10	51058	51067	20 %	20 %	40 %	20 %	94152609
43	NC_007972	AAACG	2	10	51403	51412	60 %	0 %	20 %	20 %	94152610
44	NC_007972	GGGTC	2	10	51600	51609	0 %	20 %	60 %	20 %	94152610
45	NC_007972	TGGCG	2	10	54123	54132	0 %	20 %	60 %	20 %	94152614
46	NC_007972	CGTTG	2	10	54753	54762	0 %	40 %	40 %	20 %	94152615
47	NC_007972	TCCAT	2	10	55570	55579	20 %	40 %	0 %	40 %	94152615
48	NC_007972	GGCGC	2	10	56016	56025	0 %	0 %	60 %	40 %	94152616
49	NC_007972	CGGAA	2	10	56186	56195	40 %	0 %	40 %	20 %	94152616
50	NC_007972	AGCGG	2	10	56357	56366	20 %	0 %	60 %	20 %	94152616
51	NC_007972	GCGAG	2	10	56413	56422	20 %	0 %	60 %	20 %	94152616
52	NC_007972	CCGTG	2	10	57946	57955	0 %	20 %	40 %	40 %	94152617
53	NC_007972	AGGCC	2	10	59584	59593	20 %	0 %	40 %	40 %	94152617
54	NC_007972	CGCGG	2	10	59737	59746	0 %	0 %	60 %	40 %	94152617
55	NC_007972	GAAGT	2	10	59756	59765	40 %	20 %	40 %	0 %	94152617
56	NC_007972	GATGG	2	10	60077	60086	20 %	20 %	60 %	0 %	94152617
57	NC_007972	ATGGG	2	10	61354	61363	20 %	20 %	60 %	0 %	94152618
58	NC_007972	GCGCC	2	10	63017	63026	0 %	0 %	40 %	60 %	94152619
59	NC_007972	TCGTA	2	10	66572	66581	20 %	40 %	20 %	20 %	94152623
60	NC_007972	GCATC	2	10	66651	66660	20 %	20 %	20 %	40 %	94152623
61	NC_007972	CCTGC	2	10	67000	67009	0 %	20 %	20 %	60 %	94152623
62	NC_007972	GGCGC	2	10	76216	76225	0 %	0 %	60 %	40 %	94152631
63	NC_007972	CAGCG	2	10	77788	77797	20 %	0 %	40 %	40 %	94152634
64	NC_007972	CGGAA	2	10	81989	81998	40 %	0 %	40 %	20 %	94152638
65	NC_007972	AGCGA	2	10	83241	83250	40 %	0 %	40 %	20 %	94152640
66	NC_007972	CCCGA	2	10	85134	85143	20 %	0 %	20 %	60 %	94152642
67	NC_007972	CGCAG	2	10	85854	85863	20 %	0 %	40 %	40 %	94152643
68	NC_007972	TGCAC	2	10	87475	87484	20 %	20 %	20 %	40 %	94152645
69	NC_007972	TCGCG	2	10	89491	89500	0 %	20 %	40 %	40 %	94152648
70	NC_007972	TCGCC	2	10	89818	89827	0 %	20 %	20 %	60 %	94152648
71	NC_007972	GTGCA	2	10	92175	92184	20 %	20 %	40 %	20 %	94152650
72	NC_007972	GATGG	2	10	92895	92904	20 %	20 %	60 %	0 %	94152651
73	NC_007972	GCGCT	2	10	95209	95218	0 %	20 %	40 %	40 %	94152655
74	NC_007972	TGGCA	2	10	95345	95354	20 %	20 %	40 %	20 %	94152655
75	NC_007972	GGCGC	2	10	95642	95651	0 %	0 %	60 %	40 %	94152655
76	NC_007972	TCGCG	2	10	95907	95916	0 %	20 %	40 %	40 %	94152655
77	NC_007972	GAATG	2	10	99095	99104	40 %	20 %	40 %	0 %	94152659
78	NC_007972	GGACC	2	10	99452	99461	20 %	0 %	40 %	40 %	94152659
79	NC_007972	GATGG	2	10	101104	101113	20 %	20 %	60 %	0 %	94152660
80	NC_007972	CGCTC	2	10	103064	103073	0 %	20 %	20 %	60 %	94152661
81	NC_007972	GCTCT	2	10	104623	104632	0 %	40 %	20 %	40 %	94152663
82	NC_007972	CCAGC	2	10	105639	105648	20 %	0 %	20 %	60 %	94152663
83	NC_007972	GCCAA	2	10	107907	107916	40 %	0 %	20 %	40 %	94152664
84	NC_007972	GCCTG	2	10	108235	108244	0 %	20 %	40 %	40 %	94152664
85	NC_007972	GCCGT	2	10	113884	113893	0 %	20 %	40 %	40 %	94152667
86	NC_007972	AGGGA	2	10	116658	116667	40 %	0 %	60 %	0 %	94152669
87	NC_007972	ACGGC	2	10	119188	119197	20 %	0 %	40 %	40 %	94152670
88	NC_007972	GCGCC	2	10	121252	121261	0 %	0 %	40 %	60 %	94152671
89	NC_007972	CAGTC	2	10	124961	124970	20 %	20 %	20 %	40 %	94152676
90	NC_007972	TTGCG	2	10	128157	128166	0 %	40 %	40 %	20 %	94152679
91	NC_007972	AGCCG	2	10	132187	132196	20 %	0 %	40 %	40 %	94152682
92	NC_007972	GTAAG	2	10	132198	132207	40 %	20 %	40 %	0 %	94152682
93	NC_007972	GTGCC	2	10	132458	132467	0 %	20 %	40 %	40 %	291434891
94	NC_007972	ATGGA	2	10	134581	134590	40 %	20 %	40 %	0 %	94152685
95	NC_007972	AGAGA	2	10	135918	135927	60 %	0 %	40 %	0 %	94152687
96	NC_007972	CAAGC	2	10	136193	136202	40 %	0 %	20 %	40 %	94152687
97	NC_007972	AGAAC	2	10	136634	136643	60 %	0 %	20 %	20 %	94152688
98	NC_007972	GTGCC	2	10	140443	140452	0 %	20 %	40 %	40 %	94152691
99	NC_007972	CCCCG	2	10	140574	140583	0 %	0 %	20 %	80 %	94152691
100	NC_007972	TCCGT	2	10	142595	142604	0 %	40 %	20 %	40 %	94152695
101	NC_007972	TGGAC	2	10	142920	142929	20 %	20 %	40 %	20 %	94152695
102	NC_007972	GGCAT	2	10	147770	147779	20 %	20 %	40 %	20 %	94152699
103	NC_007972	GCGCC	2	10	149408	149417	0 %	0 %	40 %	60 %	94152700
104	NC_007972	CCCAC	2	10	150215	150224	20 %	0 %	0 %	80 %	94152701
105	NC_007972	GGTCG	2	10	151437	151446	0 %	20 %	60 %	20 %	94152702
106	NC_007972	CGGCG	2	10	151773	151782	0 %	0 %	60 %	40 %	94152702
107	NC_007972	TTCGG	2	10	152872	152881	0 %	40 %	40 %	20 %	94152704
108	NC_007972	CGCTG	2	10	153790	153799	0 %	20 %	40 %	40 %	94152705
109	NC_007972	GCCGT	2	10	154762	154771	0 %	20 %	40 %	40 %	94152706
110	NC_007972	CTTCA	2	10	155762	155771	20 %	40 %	0 %	40 %	94152707
111	NC_007972	GATCT	2	10	156383	156392	20 %	40 %	20 %	20 %	94152707
112	NC_007972	CGAAC	2	10	156965	156974	40 %	0 %	20 %	40 %	94152708
113	NC_007972	AACGG	2	10	159763	159772	40 %	0 %	40 %	20 %	94152712
114	NC_007972	GCGAT	2	10	162644	162653	20 %	20 %	40 %	20 %	94152713
115	NC_007972	GCCGT	2	10	164151	164160	0 %	20 %	40 %	40 %	94152715
116	NC_007972	CTGCC	2	10	166195	166204	0 %	20 %	20 %	60 %	94152716
117	NC_007972	TGCTT	2	10	168173	168182	0 %	60 %	20 %	20 %	94152719
118	NC_007972	TGCGC	2	10	168505	168514	0 %	20 %	40 %	40 %	94152720

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.