MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Cupriavidus metallidurans CH34 plasmid pMOL28

Total Repeats: 365

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007972	GGAA	2	8	119	126	50 %	0 %	50 %	0 %	94152722
2	NC_007972	GGCG	2	8	531	538	0 %	0 %	75 %	25 %	94152722
3	NC_007972	GATC	2	8	1949	1956	25 %	25 %	25 %	25 %	291434859
4	NC_007972	AAAG	2	8	2069	2076	75 %	0 %	25 %	0 %	291434859
5	NC_007972	CAGA	2	8	2488	2495	50 %	0 %	25 %	25 %	291434860
6	NC_007972	GCCG	2	8	2895	2902	0 %	0 %	50 %	50 %	291434860
7	NC_007972	CCGC	2	8	3176	3183	0 %	0 %	25 %	75 %	291434860
8	NC_007972	CGGC	2	8	3480	3487	0 %	0 %	50 %	50 %	291434860
9	NC_007972	GCGA	2	8	3531	3538	25 %	0 %	50 %	25 %	291434860
10	NC_007972	GGCA	2	8	4757	4764	25 %	0 %	50 %	25 %	291434861
11	NC_007972	GCAA	2	8	5237	5244	50 %	0 %	25 %	25 %	291434861
12	NC_007972	CGCC	2	8	6112	6119	0 %	0 %	25 %	75 %	291434862
13	NC_007972	GCGT	2	8	6266	6273	0 %	25 %	50 %	25 %	291434863
14	NC_007972	GCGT	2	8	6446	6453	0 %	25 %	50 %	25 %	291434863
15	NC_007972	TGCC	2	8	6685	6692	0 %	25 %	25 %	50 %	291434863
16	NC_007972	CCGA	2	8	6899	6906	25 %	0 %	25 %	50 %	291434863
17	NC_007972	CGGC	2	8	7143	7150	0 %	0 %	50 %	50 %	291434863
18	NC_007972	CGTC	2	8	7744	7751	0 %	25 %	25 %	50 %	291434864
19	NC_007972	CCGA	2	8	7839	7846	25 %	0 %	25 %	50 %	291434864
20	NC_007972	GCGG	2	8	8168	8175	0 %	0 %	75 %	25 %	291434864
21	NC_007972	AAGA	2	8	8536	8543	75 %	0 %	25 %	0 %	291434865
22	NC_007972	ATTG	2	8	9164	9171	25 %	50 %	25 %	0 %	291434866
23	NC_007972	GCCA	2	8	9355	9362	25 %	0 %	25 %	50 %	291434867
24	NC_007972	TGCT	2	8	9670	9677	0 %	50 %	25 %	25 %	291434867
25	NC_007972	GGTC	2	8	9882	9889	0 %	25 %	50 %	25 %	291434868
26	NC_007972	CGGA	2	8	9922	9929	25 %	0 %	50 %	25 %	291434868
27	NC_007972	GAGC	2	8	10798	10805	25 %	0 %	50 %	25 %	291434869
28	NC_007972	ATCC	2	8	11082	11089	25 %	25 %	0 %	50 %	291434870
29	NC_007972	GTGA	2	8	11546	11553	25 %	25 %	50 %	0 %	291434870
30	NC_007972	CCGA	2	8	11664	11671	25 %	0 %	25 %	50 %	291434870
31	NC_007972	GAGG	2	8	11730	11737	25 %	0 %	75 %	0 %	291434870
32	NC_007972	CTTT	2	8	13725	13732	0 %	75 %	0 %	25 %	291434871
33	NC_007972	AAGG	2	8	13785	13792	50 %	0 %	50 %	0 %	291434871
34	NC_007972	GCTT	2	8	14004	14011	0 %	50 %	25 %	25 %	291434871
35	NC_007972	TCGT	2	8	14187	14194	0 %	50 %	25 %	25 %	291434871
36	NC_007972	CGTC	2	8	14216	14223	0 %	25 %	25 %	50 %	291434871
37	NC_007972	GTAG	2	8	14462	14469	25 %	25 %	50 %	0 %	291434871
38	NC_007972	TTGG	2	8	14924	14931	0 %	50 %	50 %	0 %	291434871
39	NC_007972	GCCA	3	12	15002	15013	25 %	0 %	25 %	50 %	291434871
40	NC_007972	ACAA	2	8	15232	15239	75 %	0 %	0 %	25 %	291434871
41	NC_007972	CCCT	2	8	16548	16555	0 %	25 %	0 %	75 %	291434872
42	NC_007972	CGGC	2	8	16770	16777	0 %	0 %	50 %	50 %	291434872
43	NC_007972	AACG	2	8	17274	17281	50 %	0 %	25 %	25 %	291434872
44	NC_007972	AGGC	2	8	17600	17607	25 %	0 %	50 %	25 %	291434872
45	NC_007972	TCTG	2	8	17706	17713	0 %	50 %	25 %	25 %	291434872
46	NC_007972	CTCG	2	8	18703	18710	0 %	25 %	25 %	50 %	291434874
47	NC_007972	GACA	2	8	19988	19995	50 %	0 %	25 %	25 %	291434876
48	NC_007972	GTGA	2	8	20363	20370	25 %	25 %	50 %	0 %	291434876
49	NC_007972	TGGC	2	8	20429	20436	0 %	25 %	50 %	25 %	291434876
50	NC_007972	TGGA	2	8	20442	20449	25 %	25 %	50 %	0 %	291434876
51	NC_007972	AGCC	2	8	20802	20809	25 %	0 %	25 %	50 %	291434876
52	NC_007972	CGGC	2	8	22646	22653	0 %	0 %	50 %	50 %	291434878
53	NC_007972	CTGG	2	8	22658	22665	0 %	25 %	50 %	25 %	291434878
54	NC_007972	GCCT	2	8	22704	22711	0 %	25 %	25 %	50 %	291434878
55	NC_007972	GTCG	2	8	22791	22798	0 %	25 %	50 %	25 %	291434878
56	NC_007972	CTGC	2	8	22850	22857	0 %	25 %	25 %	50 %	291434878
57	NC_007972	CACC	2	8	24466	24473	25 %	0 %	0 %	75 %	291434879
58	NC_007972	GCCT	2	8	25091	25098	0 %	25 %	25 %	50 %	291434880
59	NC_007972	GGCG	2	8	25204	25211	0 %	0 %	75 %	25 %	291434880
60	NC_007972	TGGC	2	8	25516	25523	0 %	25 %	50 %	25 %	291434881
61	NC_007972	GACG	2	8	28916	28923	25 %	0 %	50 %	25 %	291434882
62	NC_007972	ACGC	2	8	29161	29168	25 %	0 %	25 %	50 %	291434883
63	NC_007972	CAGG	2	8	29569	29576	25 %	0 %	50 %	25 %	291434883
64	NC_007972	GCGG	2	8	30228	30235	0 %	0 %	75 %	25 %	291434884
65	NC_007972	CATC	2	8	30254	30261	25 %	25 %	0 %	50 %	291434884
66	NC_007972	CGGC	2	8	30438	30445	0 %	0 %	50 %	50 %	291434885
67	NC_007972	GAAC	2	8	30499	30506	50 %	0 %	25 %	25 %	291434885
68	NC_007972	GGCA	2	8	31943	31950	25 %	0 %	50 %	25 %	291434887
69	NC_007972	CCTC	2	8	32111	32118	0 %	25 %	0 %	75 %	291434888
70	NC_007972	GATG	2	8	32692	32699	25 %	25 %	50 %	0 %	94152590
71	NC_007972	CCGT	2	8	33100	33107	0 %	25 %	25 %	50 %	94152590
72	NC_007972	GCGA	2	8	33234	33241	25 %	0 %	50 %	25 %	94152590
73	NC_007972	AGCC	2	8	33437	33444	25 %	0 %	25 %	50 %	94152590
74	NC_007972	CGGC	2	8	33640	33647	0 %	0 %	50 %	50 %	94152590
75	NC_007972	CGGC	2	8	33688	33695	0 %	0 %	50 %	50 %	94152590
76	NC_007972	GCCG	2	8	33752	33759	0 %	0 %	50 %	50 %	94152590
77	NC_007972	GGCT	2	8	34167	34174	0 %	25 %	50 %	25 %	94152591
78	NC_007972	GCGG	2	8	34303	34310	0 %	0 %	75 %	25 %	94152591
79	NC_007972	CCGA	2	8	34472	34479	25 %	0 %	25 %	50 %	94152591
80	NC_007972	CCGG	2	8	34751	34758	0 %	0 %	50 %	50 %	94152593
81	NC_007972	ATGG	2	8	34759	34766	25 %	25 %	50 %	0 %	94152593
82	NC_007972	GGGT	2	8	35076	35083	0 %	25 %	75 %	0 %	94152593
83	NC_007972	GCTG	2	8	35093	35100	0 %	25 %	50 %	25 %	94152593
84	NC_007972	GTCA	2	8	35502	35509	25 %	25 %	25 %	25 %	94152593
85	NC_007972	CTGC	2	8	36887	36894	0 %	25 %	25 %	50 %	94152595
86	NC_007972	TGGC	2	8	37040	37047	0 %	25 %	50 %	25 %	94152595
87	NC_007972	ATCG	2	8	37775	37782	25 %	25 %	25 %	25 %	94152595
88	NC_007972	CGGC	2	8	40451	40458	0 %	0 %	50 %	50 %	94152597
89	NC_007972	GTCC	2	8	41448	41455	0 %	25 %	25 %	50 %	94152598
90	NC_007972	CCGC	2	8	42200	42207	0 %	0 %	25 %	75 %	94152599
91	NC_007972	AGCG	2	8	42604	42611	25 %	0 %	50 %	25 %	94152599
92	NC_007972	GCCA	2	8	42664	42671	25 %	0 %	25 %	50 %	94152599
93	NC_007972	CGCC	2	8	42719	42726	0 %	0 %	25 %	75 %	94152599
94	NC_007972	GCCG	2	8	42762	42769	0 %	0 %	50 %	50 %	94152599
95	NC_007972	TCGC	2	8	42951	42958	0 %	25 %	25 %	50 %	94152600
96	NC_007972	CTCG	2	8	43086	43093	0 %	25 %	25 %	50 %	94152600
97	NC_007972	AGCC	2	8	43544	43551	25 %	0 %	25 %	50 %	94152600
98	NC_007972	GCCG	2	8	44168	44175	0 %	0 %	50 %	50 %	94152600
99	NC_007972	AGAT	2	8	44528	44535	50 %	25 %	25 %	0 %	94152601
100	NC_007972	CAGG	2	8	45418	45425	25 %	0 %	50 %	25 %	94152601
101	NC_007972	CATG	2	8	45826	45833	25 %	25 %	25 %	25 %	94152602
102	NC_007972	AGTC	2	8	47785	47792	25 %	25 %	25 %	25 %	94152604
103	NC_007972	CCAG	2	8	48052	48059	25 %	0 %	25 %	50 %	94152604
104	NC_007972	CAGT	2	8	48456	48463	25 %	25 %	25 %	25 %	94152605
105	NC_007972	CGTG	2	8	48778	48785	0 %	25 %	50 %	25 %	94152606
106	NC_007972	TACA	2	8	48857	48864	50 %	25 %	0 %	25 %	94152606
107	NC_007972	CGAT	2	8	48918	48925	25 %	25 %	25 %	25 %	94152606
108	NC_007972	CATA	2	8	49427	49434	50 %	25 %	0 %	25 %	94152608
109	NC_007972	AGTA	2	8	49520	49527	50 %	25 %	25 %	0 %	94152608
110	NC_007972	CAGG	2	8	50238	50245	25 %	0 %	50 %	25 %	94152609
111	NC_007972	AGAT	2	8	50636	50643	50 %	25 %	25 %	0 %	94152609
112	NC_007972	CCTT	2	8	50930	50937	0 %	50 %	0 %	50 %	94152609
113	NC_007972	GGCG	2	8	51351	51358	0 %	0 %	75 %	25 %	94152610
114	NC_007972	CCAT	2	8	51837	51844	25 %	25 %	0 %	50 %	94152610
115	NC_007972	ATTG	2	8	52447	52454	25 %	50 %	25 %	0 %	94152611
116	NC_007972	CGCA	2	8	52497	52504	25 %	0 %	25 %	50 %	94152611
117	NC_007972	ACGC	2	8	53334	53341	25 %	0 %	25 %	50 %	94152612
118	NC_007972	CAAT	2	8	53497	53504	50 %	25 %	0 %	25 %	94152612
119	NC_007972	GTGG	2	8	53543	53550	0 %	25 %	75 %	0 %	94152612
120	NC_007972	AGCG	2	8	53931	53938	25 %	0 %	50 %	25 %	94152613
121	NC_007972	TGCG	2	8	53961	53968	0 %	25 %	50 %	25 %	94152613
122	NC_007972	GCGG	2	8	54358	54365	0 %	0 %	75 %	25 %	94152614
123	NC_007972	CGGG	2	8	54558	54565	0 %	0 %	75 %	25 %	94152614
124	NC_007972	CGAT	2	8	55856	55863	25 %	25 %	25 %	25 %	94152615
125	NC_007972	CGGT	2	8	55956	55963	0 %	25 %	50 %	25 %	94152616
126	NC_007972	CGGC	2	8	56257	56264	0 %	0 %	50 %	50 %	94152616
127	NC_007972	CGCA	2	8	56964	56971	25 %	0 %	25 %	50 %	94152616
128	NC_007972	GCTG	2	8	57159	57166	0 %	25 %	50 %	25 %	94152617
129	NC_007972	CGAT	2	8	57368	57375	25 %	25 %	25 %	25 %	94152617
130	NC_007972	AAAG	2	8	58760	58767	75 %	0 %	25 %	0 %	94152617
131	NC_007972	GACG	2	8	59332	59339	25 %	0 %	50 %	25 %	94152617
132	NC_007972	TGCC	2	8	60886	60893	0 %	25 %	25 %	50 %	94152618
133	NC_007972	GCCT	2	8	60956	60963	0 %	25 %	25 %	50 %	94152618
134	NC_007972	TTGT	2	8	61091	61098	0 %	75 %	25 %	0 %	94152618
135	NC_007972	ATGG	2	8	61853	61860	25 %	25 %	50 %	0 %	94152619
136	NC_007972	GCCT	2	8	61982	61989	0 %	25 %	25 %	50 %	94152619
137	NC_007972	ATCG	2	8	62386	62393	25 %	25 %	25 %	25 %	94152619
138	NC_007972	ATGG	2	8	62876	62883	25 %	25 %	50 %	0 %	94152619
139	NC_007972	AAGC	2	8	63636	63643	50 %	0 %	25 %	25 %	94152619
140	NC_007972	GATT	2	8	63864	63871	25 %	50 %	25 %	0 %	94152619
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.