MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Cupriavidus metallidurans CH34 plasmid pMOL30

Total Repeats: 73

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007971	ATCCCT	2	12	26	37	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	94152465
2	NC_007971	AATCTC	2	12	7841	7852	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94152460
3	NC_007971	GCCTTC	2	12	9756	9767	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	94152460
4	NC_007971	CGCTGC	2	12	14769	14780	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	94152454
5	NC_007971	GAAGGT	2	12	16429	16440	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	94152451
6	NC_007971	CGCTCT	2	12	22041	22052	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	94152445
7	NC_007971	AGTCAG	2	12	24049	24060	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	94152443
8	NC_007971	CGCACG	2	12	31918	31929	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	94152432
9	NC_007971	ACGATC	2	12	32607	32618	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	94152430
10	NC_007971	GATTCT	2	12	40819	40830	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	94152419
11	NC_007971	CTGGCG	2	12	42384	42395	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	94152417
12	NC_007971	ACCGTC	2	12	48498	48509	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	94152411
13	NC_007971	GTAAGC	2	12	59505	59516	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	94152400
14	NC_007971	TTCGGG	2	12	59595	59606	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	94152400
15	NC_007971	CATCTC	2	12	65090	65101	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	94152395
16	NC_007971	TGCGCG	2	12	65712	65723	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	94152393
17	NC_007971	CGCCGT	2	12	67918	67929	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	94152391
18	NC_007971	TTTGTC	2	12	68099	68110	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	94152391
19	NC_007971	TGCGCC	2	12	69042	69053	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	94152391
20	NC_007971	CTCGGC	2	12	71753	71764	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	94152389
21	NC_007971	GCGGCA	2	12	75233	75244	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	291464760
22	NC_007971	ACGGCG	2	12	77069	77080	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	94152383
23	NC_007971	GTTCAG	2	12	78584	78595	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	94152382
24	NC_007971	GCTGAC	2	12	79072	79083	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	94152382
25	NC_007971	GAACAA	2	12	79102	79113	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	94152382
26	NC_007971	GCATGC	2	12	82094	82105	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	94152381
27	NC_007971	CGACGG	2	12	84979	84990	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	94152378
28	NC_007971	CATGAC	2	12	88880	88891	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	94152373
29	NC_007971	GGCGCC	2	12	90778	90789	0 %	0 %	50 %	50 %	94152372
30	NC_007971	GAAGTG	2	12	90793	90804	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	94152372
31	NC_007971	CATGAT	2	12	91614	91625	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	94152372
32	NC_007971	CCTCGG	2	12	91989	92000	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	94152372
33	NC_007971	TTGCCG	2	12	98973	98984	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94152364
34	NC_007971	CTTTCT	2	12	99024	99035	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94152364
35	NC_007971	GCGGCC	2	12	113079	113090	0 %	0 %	50 %	50 %	94152349
36	NC_007971	ACCGCC	2	12	113214	113225	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	94152349
37	NC_007971	CACCAT	2	12	113693	113704	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	94152349
38	NC_007971	GGCCAA	2	12	118407	118418	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94152345
39	NC_007971	AAGCGC	2	12	120830	120841	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	291464762
40	NC_007971	TGCGCT	2	12	125995	126006	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94152579
41	NC_007971	CAAGGT	2	12	127812	127823	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	94152576
42	NC_007971	CGAGGG	2	12	129541	129552	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	94152575
43	NC_007971	GGGTGA	2	12	133212	133223	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	94152569
44	NC_007971	ACCAGC	2	12	147371	147382	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	94152552
45	NC_007971	GATGCC	2	12	149463	149474	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	94152550
46	NC_007971	GCTGGC	2	12	153255	153266	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	94152547
47	NC_007971	TGCTGG	2	12	153434	153445	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	94152547
48	NC_007971	CATCGA	2	12	153536	153547	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	94152547
49	NC_007971	CTGGCG	2	12	154540	154551	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	94152547
50	NC_007971	ATGGTG	2	12	160584	160595	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	94152541
51	NC_007971	TGCGAT	2	12	161483	161494	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	94152541
52	NC_007971	TGAGCA	2	12	162993	163004	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	94152539
53	NC_007971	GAGGGC	2	12	163954	163965	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	94152538
54	NC_007971	GAAAGA	2	12	166010	166021	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94152538
55	NC_007971	TGCGCC	2	12	169559	169570	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	94152536
56	NC_007971	GGCCTC	2	12	169576	169587	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	94152536
57	NC_007971	TCATTG	2	12	172169	172180	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	94152532
58	NC_007971	TGCCCT	2	12	173328	173339	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	94152532
59	NC_007971	GCGACC	2	12	173805	173816	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	94152531
60	NC_007971	ACCGCC	2	12	175946	175957	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	94152529
61	NC_007971	CTGCAT	2	12	188580	188591	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	94152515
62	NC_007971	TGTAGT	2	12	190545	190556	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	94152514
63	NC_007971	CGATAG	2	12	191954	191965	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	94152513
64	NC_007971	GATTTC	2	12	192371	192382	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	94152512
65	NC_007971	GGACTG	2	12	193352	193363	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	94152512
66	NC_007971	CATCCC	2	12	193674	193685	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	94152511
67	NC_007971	AAGGTG	2	12	211132	211143	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	94152492
68	NC_007971	CGACGT	2	12	217830	217841	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	94152486
69	NC_007971	CAAGAA	2	12	217947	217958	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	94152486
70	NC_007971	GGTCAC	2	12	218316	218327	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	94152486
71	NC_007971	GCAACA	2	12	225040	225051	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	94152479
72	NC_007971	TTTTCA	2	12	225700	225711	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	94152478
73	NC_007971	TTGCAG	2	12	229069	229080	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	94152473

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.