MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Cupriavidus metallidurans CH34 plasmid pMOL30

Total Repeats: 136

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007971	CTCTG	2	10	597	606	0 %	40 %	20 %	40 %	94152465
2	NC_007971	GAATC	2	10	4068	4077	40 %	20 %	20 %	20 %	94152462
3	NC_007971	TTCGT	2	10	4108	4117	0 %	60 %	20 %	20 %	94152462
4	NC_007971	TTGCA	2	10	11425	11434	20 %	40 %	20 %	20 %	94152458
5	NC_007971	AGGGC	2	10	11552	11561	20 %	0 %	60 %	20 %	94152458
6	NC_007971	CGACT	2	10	12516	12525	20 %	20 %	20 %	40 %	94152457
7	NC_007971	AAAGG	2	10	14609	14618	60 %	0 %	40 %	0 %	94152454
8	NC_007971	GTCGC	2	10	17262	17271	0 %	20 %	40 %	40 %	94152450
9	NC_007971	CCGAG	2	10	18075	18084	20 %	0 %	40 %	40 %	94152450
10	NC_007971	TTTCC	2	10	18311	18320	0 %	60 %	0 %	40 %	94152450
11	NC_007971	GGTTG	2	10	21939	21948	0 %	40 %	60 %	0 %	94152445
12	NC_007971	TGTTC	2	10	22844	22853	0 %	60 %	20 %	20 %	291464754
13	NC_007971	GCACA	2	10	24039	24048	40 %	0 %	20 %	40 %	94152443
14	NC_007971	GGCGA	2	10	24412	24421	20 %	0 %	60 %	20 %	94152443
15	NC_007971	AAGGC	2	10	27472	27481	40 %	0 %	40 %	20 %	94152439
16	NC_007971	TGAGG	2	10	28289	28298	20 %	20 %	60 %	0 %	94152437
17	NC_007971	GCGCG	2	10	31858	31867	0 %	0 %	60 %	40 %	94152432
18	NC_007971	ATTCG	2	10	32824	32833	20 %	40 %	20 %	20 %	94152430
19	NC_007971	GCACT	2	10	35179	35188	20 %	20 %	20 %	40 %	94152426
20	NC_007971	GGATC	2	10	39838	39847	20 %	20 %	40 %	20 %	94152420
21	NC_007971	GACGC	2	10	40944	40953	20 %	0 %	40 %	40 %	94152419
22	NC_007971	GCGGT	2	10	41534	41543	0 %	20 %	60 %	20 %	94152418
23	NC_007971	AGCCA	2	10	42751	42760	40 %	0 %	20 %	40 %	94152417
24	NC_007971	TTCCG	2	10	42761	42770	0 %	40 %	20 %	40 %	94152417
25	NC_007971	GCAAT	2	10	44368	44377	40 %	20 %	20 %	20 %	94152416
26	NC_007971	GCCAT	2	10	44392	44401	20 %	20 %	20 %	40 %	94152416
27	NC_007971	GGCTT	2	10	47827	47836	0 %	40 %	40 %	20 %	94152411
28	NC_007971	CTGGC	2	10	53126	53135	0 %	20 %	40 %	40 %	94152407
29	NC_007971	TTGGC	2	10	58841	58850	0 %	40 %	40 %	20 %	94152401
30	NC_007971	ACTGC	2	10	62109	62118	20 %	20 %	20 %	40 %	94152398
31	NC_007971	CACTT	2	10	63001	63010	20 %	40 %	0 %	40 %	94152397
32	NC_007971	CACGG	2	10	65648	65657	20 %	0 %	40 %	40 %	94152393
33	NC_007971	CTTAG	2	10	66872	66881	20 %	40 %	20 %	20 %	94152391
34	NC_007971	ACACA	2	10	69174	69183	60 %	0 %	0 %	40 %	94152391
35	NC_007971	GACCA	2	10	70195	70204	40 %	0 %	20 %	40 %	94152390
36	NC_007971	GCCGG	2	10	70909	70918	0 %	0 %	60 %	40 %	94152390
37	NC_007971	GCTCG	2	10	75930	75939	0 %	20 %	40 %	40 %	94152384
38	NC_007971	AAGAC	2	10	77525	77534	60 %	0 %	20 %	20 %	94152383
39	NC_007971	CAGCG	2	10	77650	77659	20 %	0 %	40 %	40 %	94152383
40	NC_007971	GCCCG	2	10	80899	80908	0 %	0 %	40 %	60 %	94152382
41	NC_007971	ATTGA	2	10	83084	83093	40 %	40 %	20 %	0 %	94152380
42	NC_007971	CGATG	2	10	84194	84203	20 %	20 %	40 %	20 %	94152379
43	NC_007971	GCGCG	2	10	86682	86691	0 %	0 %	60 %	40 %	94152376
44	NC_007971	AGCCA	2	10	87310	87319	40 %	0 %	20 %	40 %	94152375
45	NC_007971	GGGCG	2	10	91107	91116	0 %	0 %	80 %	20 %	94152372
46	NC_007971	CATCG	2	10	93806	93815	20 %	20 %	20 %	40 %	94152370
47	NC_007971	CCAAG	2	10	94493	94502	40 %	0 %	20 %	40 %	94152368
48	NC_007971	AGCGA	2	10	94573	94582	40 %	0 %	40 %	20 %	94152368
49	NC_007971	GAGGC	2	10	95470	95479	20 %	0 %	60 %	20 %	94152368
50	NC_007971	TTCGA	2	10	99065	99074	20 %	40 %	20 %	20 %	94152364
51	NC_007971	TGCCA	2	10	99235	99244	20 %	20 %	20 %	40 %	94152364
52	NC_007971	TCGCT	2	10	99432	99441	0 %	40 %	20 %	40 %	94152364
53	NC_007971	CTTGG	2	10	99512	99521	0 %	40 %	40 %	20 %	94152364
54	NC_007971	CTGCG	2	10	105219	105228	0 %	20 %	40 %	40 %	94152356
55	NC_007971	TCCCA	2	10	105790	105799	20 %	20 %	0 %	60 %	94152356
56	NC_007971	TGGCC	2	10	112177	112186	0 %	20 %	40 %	40 %	94152349
57	NC_007971	ATGCC	2	10	113067	113076	20 %	20 %	20 %	40 %	94152349
58	NC_007971	TCCAG	2	10	113173	113182	20 %	20 %	20 %	40 %	94152349
59	NC_007971	TGACC	2	10	113488	113497	20 %	20 %	20 %	40 %	94152349
60	NC_007971	TCGGA	2	10	114867	114876	20 %	20 %	40 %	20 %	94152348
61	NC_007971	TCAGC	2	10	116841	116850	20 %	20 %	20 %	40 %	94152347
62	NC_007971	CGGTA	2	10	119132	119141	20 %	20 %	40 %	20 %	94152344
63	NC_007971	GCACA	2	10	121316	121325	40 %	0 %	20 %	40 %	94152583
64	NC_007971	GCGCG	2	10	123123	123132	0 %	0 %	60 %	40 %	94152581
65	NC_007971	AGCCA	2	10	123526	123535	40 %	0 %	20 %	40 %	94152581
66	NC_007971	AACGC	2	10	124037	124046	40 %	0 %	20 %	40 %	94152581
67	NC_007971	GCCAG	2	10	124817	124826	20 %	0 %	40 %	40 %	94152581
68	NC_007971	GGCCG	2	10	125310	125319	0 %	0 %	60 %	40 %	94152581
69	NC_007971	CGAGG	2	10	129869	129878	20 %	0 %	60 %	20 %	94152574
70	NC_007971	CTTGG	2	10	132300	132309	0 %	40 %	40 %	20 %	94152570
71	NC_007971	CCGAC	2	10	133410	133419	20 %	0 %	20 %	60 %	94152569
72	NC_007971	GAAGC	2	10	136642	136651	40 %	0 %	40 %	20 %	94152565
73	NC_007971	GGGGC	2	10	138871	138880	0 %	0 %	80 %	20 %	94152563
74	NC_007971	CACTA	2	10	139317	139326	40 %	20 %	0 %	40 %	94152562
75	NC_007971	GCGCC	2	10	139766	139775	0 %	0 %	40 %	60 %	94152561
76	NC_007971	TGCGT	2	10	142002	142011	0 %	40 %	40 %	20 %	291464763
77	NC_007971	CAGGC	2	10	143648	143657	20 %	0 %	40 %	40 %	94152556
78	NC_007971	AAGGC	2	10	147212	147221	40 %	0 %	40 %	20 %	94152552
79	NC_007971	ACCCT	2	10	147840	147849	20 %	20 %	0 %	60 %	94152552
80	NC_007971	GCGCC	2	10	148750	148759	0 %	0 %	40 %	60 %	94152551
81	NC_007971	TTGCC	2	10	148816	148825	0 %	40 %	20 %	40 %	94152551
82	NC_007971	CAGGC	2	10	150237	150246	20 %	0 %	40 %	40 %	94152550
83	NC_007971	TGTTC	2	10	151773	151782	0 %	60 %	20 %	20 %	94152547
84	NC_007971	ACCCA	2	10	153796	153805	40 %	0 %	0 %	60 %	94152547
85	NC_007971	GCAAT	2	10	154499	154508	40 %	20 %	20 %	20 %	94152547
86	NC_007971	GAACC	2	10	154985	154994	40 %	0 %	20 %	40 %	94152546
87	NC_007971	GTCGA	2	10	159419	159428	20 %	20 %	40 %	20 %	94152542
88	NC_007971	CTGGC	2	10	159701	159710	0 %	20 %	40 %	40 %	94152542
89	NC_007971	GCCGT	2	10	160668	160677	0 %	20 %	40 %	40 %	94152541
90	NC_007971	GCGCA	2	10	160892	160901	20 %	0 %	40 %	40 %	94152541
91	NC_007971	ACGGA	2	10	161237	161246	40 %	0 %	40 %	20 %	94152541
92	NC_007971	TCGCG	2	10	161398	161407	0 %	20 %	40 %	40 %	94152541
93	NC_007971	GCGGT	2	10	161794	161803	0 %	20 %	60 %	20 %	94152541
94	NC_007971	GGCGC	2	10	161911	161920	0 %	0 %	60 %	40 %	94152540
95	NC_007971	GCCGC	2	10	162022	162031	0 %	0 %	40 %	60 %	94152540
96	NC_007971	GCGAT	2	10	162302	162311	20 %	20 %	40 %	20 %	94152539
97	NC_007971	TGCGG	2	10	162569	162578	0 %	20 %	60 %	20 %	94152539
98	NC_007971	ACCCA	2	10	166669	166678	40 %	0 %	0 %	60 %	94152538
99	NC_007971	GGGCA	2	10	166965	166974	20 %	0 %	60 %	20 %	94152538
100	NC_007971	TGGCT	2	10	167084	167093	0 %	40 %	40 %	20 %	94152538
101	NC_007971	ACGCG	2	10	167164	167173	20 %	0 %	40 %	40 %	94152537
102	NC_007971	TCCGG	2	10	167573	167582	0 %	20 %	40 %	40 %	94152537
103	NC_007971	GGATT	2	10	169774	169783	20 %	40 %	40 %	0 %	94152536
104	NC_007971	GTCAG	2	10	170120	170129	20 %	20 %	40 %	20 %	94152535
105	NC_007971	ACAGC	2	10	170888	170897	40 %	0 %	20 %	40 %	94152534
106	NC_007971	GCGCC	2	10	173472	173481	0 %	0 %	40 %	60 %	94152532
107	NC_007971	TGGGG	2	10	179488	179497	0 %	20 %	80 %	0 %	94152525
108	NC_007971	GCATC	2	10	179556	179565	20 %	20 %	20 %	40 %	94152525
109	NC_007971	GGGTG	2	10	181525	181534	0 %	20 %	80 %	0 %	94152522
110	NC_007971	CCGGC	2	10	183355	183364	0 %	0 %	40 %	60 %	94152521
111	NC_007971	CCGAG	2	10	183687	183696	20 %	0 %	40 %	40 %	94152521
112	NC_007971	GCAAG	2	10	192343	192352	40 %	0 %	40 %	20 %	94152512
113	NC_007971	GCTGG	2	10	192616	192625	0 %	20 %	60 %	20 %	94152512
114	NC_007971	GCCGT	2	10	193796	193805	0 %	20 %	40 %	40 %	94152511
115	NC_007971	CAGTC	2	10	194607	194616	20 %	20 %	20 %	40 %	94152509
116	NC_007971	AATTT	2	10	194770	194779	40 %	60 %	0 %	0 %	94152509
117	NC_007971	GATTC	2	10	205115	205124	20 %	40 %	20 %	20 %	94152497
118	NC_007971	GGCTC	2	10	205165	205174	0 %	20 %	40 %	40 %	94152497
119	NC_007971	GGCAA	2	10	205415	205424	40 %	0 %	40 %	20 %	94152497
120	NC_007971	GCACC	2	10	208304	208313	20 %	0 %	20 %	60 %	94152495
121	NC_007971	CGCTT	2	10	208516	208525	0 %	40 %	20 %	40 %	94152495
122	NC_007971	GAGAA	2	10	210323	210332	60 %	0 %	40 %	0 %	94152494
123	NC_007971	CAGGT	2	10	212428	212437	20 %	20 %	40 %	20 %	94152491
124	NC_007971	GCCCG	2	10	212797	212806	0 %	0 %	40 %	60 %	291464769
125	NC_007971	TGCGG	2	10	212884	212893	0 %	20 %	60 %	20 %	291464769
126	NC_007971	CGTGC	2	10	215719	215728	0 %	20 %	40 %	40 %	94152488
127	NC_007971	CGGAT	2	10	216145	216154	20 %	20 %	40 %	20 %	94152488
128	NC_007971	AGTCG	2	10	219516	219525	20 %	20 %	40 %	20 %	94152484
129	NC_007971	AAAGC	2	10	220257	220266	60 %	0 %	20 %	20 %	94152484
130	NC_007971	GTACG	2	10	223310	223319	20 %	20 %	40 %	20 %	94152481
131	NC_007971	TCGGC	2	10	223620	223629	0 %	20 %	40 %	40 %	94152480
132	NC_007971	GGTGA	2	10	223837	223846	20 %	20 %	60 %	0 %	94152480
133	NC_007971	AGCCA	2	10	226889	226898	40 %	0 %	20 %	40 %	94152476
134	NC_007971	GCGCC	2	10	230852	230861	0 %	0 %	40 %	60 %	94152470
135	NC_007971	TTCCG	2	10	232728	232737	0 %	40 %	20 %	40 %	94152467
136	NC_007971	CTGTC	2	10	233352	233361	0 %	40 %	20 %	40 %	94152466

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.