MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Nitrobacter hamburgensis X14 plasmid 3

Total Repeats: 101

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007961	CGGAA	2	10	1999	2008	40 %	0 %	40 %	20 %	92109664
2	NC_007961	TGCGC	2	10	2452	2461	0 %	20 %	40 %	40 %	92109664
3	NC_007961	GCACA	2	10	3345	3354	40 %	0 %	20 %	40 %	92109664
4	NC_007961	GCCCG	2	10	3946	3955	0 %	0 %	40 %	60 %	92109665
5	NC_007961	CGCGG	2	10	4709	4718	0 %	0 %	60 %	40 %	92109666
6	NC_007961	GCGAT	2	10	5516	5525	20 %	20 %	40 %	20 %	92109667
7	NC_007961	ACCCC	2	10	6585	6594	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
8	NC_007961	GGTGG	2	10	6759	6768	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
9	NC_007961	CGGAT	2	10	8574	8583	20 %	20 %	40 %	20 %	92109669
10	NC_007961	CTGCG	2	10	8873	8882	0 %	20 %	40 %	40 %	92109669
11	NC_007961	CCGGA	2	10	10772	10781	20 %	0 %	40 %	40 %	92109673
12	NC_007961	CGTCG	2	10	12489	12498	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
13	NC_007961	GGCAG	2	10	12589	12598	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
14	NC_007961	TCGGC	2	10	14706	14715	0 %	20 %	40 %	40 %	92109678
15	NC_007961	TCGGA	2	10	15189	15198	20 %	20 %	40 %	20 %	92109679
16	NC_007961	CTGGA	2	10	17094	17103	20 %	20 %	40 %	20 %	92109680
17	NC_007961	CCTCC	2	10	17759	17768	0 %	20 %	0 %	80 %	92109682
18	NC_007961	TGTAT	2	10	18138	18147	20 %	60 %	20 %	0 %	92109682
19	NC_007961	CTTTC	2	10	18741	18750	0 %	60 %	0 %	40 %	92109683
20	NC_007961	TCGTT	2	10	19303	19312	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_007961	TGCCC	2	10	21124	21133	0 %	20 %	20 %	60 %	92109686
22	NC_007961	TGCCG	2	10	23617	23626	0 %	20 %	40 %	40 %	92109687
23	NC_007961	AGCGC	2	10	23873	23882	20 %	0 %	40 %	40 %	92109687
24	NC_007961	CCCTG	2	10	24208	24217	0 %	20 %	20 %	60 %	92109689
25	NC_007961	CCTCC	2	10	25814	25823	0 %	20 %	0 %	80 %	92109691
26	NC_007961	ATGTC	2	10	27432	27441	20 %	40 %	20 %	20 %	92109692
27	NC_007961	CCCCT	2	10	27864	27873	0 %	20 %	0 %	80 %	92109693
28	NC_007961	GGGCG	2	10	29479	29488	0 %	0 %	80 %	20 %	92109694
29	NC_007961	CGAGG	2	10	30120	30129	20 %	0 %	60 %	20 %	92109694
30	NC_007961	CGGGG	2	10	31799	31808	0 %	0 %	80 %	20 %	92109697
31	NC_007961	CGACG	2	10	34368	34377	20 %	0 %	40 %	40 %	92109700
32	NC_007961	GAGGG	2	10	34839	34848	20 %	0 %	80 %	0 %	92109701
33	NC_007961	GGGCG	2	10	35212	35221	0 %	0 %	80 %	20 %	92109701
34	NC_007961	CGGGA	2	10	35649	35658	20 %	0 %	60 %	20 %	92109701
35	NC_007961	GGGGA	2	10	36299	36308	20 %	0 %	80 %	0 %	92109702
36	NC_007961	GCGCC	2	10	37144	37153	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
37	NC_007961	CCGCG	2	10	38412	38421	0 %	0 %	40 %	60 %	92109704
38	NC_007961	GCCGC	2	10	40346	40355	0 %	0 %	40 %	60 %	92109706
39	NC_007961	CCCGA	2	10	42346	42355	20 %	0 %	20 %	60 %	92109707
40	NC_007961	ACGCC	2	10	43968	43977	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
41	NC_007961	TCGCT	2	10	47581	47590	0 %	40 %	20 %	40 %	92109710
42	NC_007961	GGAAA	2	10	48344	48353	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_007961	TCGGT	2	10	51322	51331	0 %	40 %	40 %	20 %	92109712
44	NC_007961	CGCCC	2	10	52447	52456	0 %	0 %	20 %	80 %	92109713
45	NC_007961	GTTTC	2	10	55783	55792	0 %	60 %	20 %	20 %	92109715
46	NC_007961	TGCTG	2	10	59986	59995	0 %	40 %	40 %	20 %	92109717
47	NC_007961	ATCGT	2	10	60261	60270	20 %	40 %	20 %	20 %	92109717
48	NC_007961	TTGCA	2	10	62082	62091	20 %	40 %	20 %	20 %	92109719
49	NC_007961	GAAGT	2	10	64436	64445	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
50	NC_007961	GACGC	2	10	64751	64760	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
51	NC_007961	TGGCT	2	10	66723	66732	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_007961	GCGAG	2	10	68247	68256	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
53	NC_007961	CTGCA	2	10	68384	68393	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_007961	GGAGC	2	10	70312	70321	20 %	0 %	60 %	20 %	92109722
55	NC_007961	CGGAT	2	10	70586	70595	20 %	20 %	40 %	20 %	92109723
56	NC_007961	ACGAC	2	10	73194	73203	40 %	0 %	20 %	40 %	92109726
57	NC_007961	ACCGC	2	10	73395	73404	20 %	0 %	20 %	60 %	92109726
58	NC_007961	ATGCT	2	10	74087	74096	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_007961	GTCTT	2	10	75883	75892	0 %	60 %	20 %	20 %	92109728
60	NC_007961	TGCGC	2	10	77237	77246	0 %	20 %	40 %	40 %	92109730
61	NC_007961	GCGAT	2	10	77952	77961	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_007961	AATCG	2	10	78346	78355	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_007961	ACCTG	2	10	80391	80400	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_007961	CCTGA	2	10	84513	84522	20 %	20 %	20 %	40 %	92109736
65	NC_007961	GTGCC	2	10	84538	84547	0 %	20 %	40 %	40 %	92109737
66	NC_007961	CCGTT	2	10	85350	85359	0 %	40 %	20 %	40 %	92109738
67	NC_007961	CCTTG	2	10	86556	86565	0 %	40 %	20 %	40 %	92109739
68	NC_007961	ACGCG	2	10	86944	86953	20 %	0 %	40 %	40 %	92109739
69	NC_007961	CCGTC	2	10	86959	86968	0 %	20 %	20 %	60 %	92109739
70	NC_007961	CGATG	2	10	87700	87709	20 %	20 %	40 %	20 %	92109739
71	NC_007961	CGCTC	2	10	87858	87867	0 %	20 %	20 %	60 %	92109740
72	NC_007961	GCGAC	2	10	88427	88436	20 %	0 %	40 %	40 %	92109741
73	NC_007961	CGTCG	2	10	93511	93520	0 %	20 %	40 %	40 %	92109748
74	NC_007961	CTGGC	2	10	94212	94221	0 %	20 %	40 %	40 %	92109749
75	NC_007961	CGCGA	2	10	94826	94835	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
76	NC_007961	TCGGA	2	10	95707	95716	20 %	20 %	40 %	20 %	92109751
77	NC_007961	TTTCT	2	10	97570	97579	0 %	80 %	0 %	20 %	92109753
78	NC_007961	GGTGA	2	10	97985	97994	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
79	NC_007961	CGCCC	2	10	99110	99119	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
80	NC_007961	CGATG	2	10	100623	100632	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
81	NC_007961	CGCTG	2	10	101420	101429	0 %	20 %	40 %	40 %	92109755
82	NC_007961	GAGAA	2	10	101695	101704	60 %	0 %	40 %	0 %	92109755
83	NC_007961	CCGGA	2	10	101783	101792	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
84	NC_007961	CCGCG	2	10	104455	104464	0 %	0 %	40 %	60 %	92109757
85	NC_007961	CAGGT	2	10	104815	104824	20 %	20 %	40 %	20 %	92109757
86	NC_007961	CCGGG	2	10	106504	106513	0 %	0 %	60 %	40 %	92109757
87	NC_007961	GGCGA	2	10	108298	108307	20 %	0 %	60 %	20 %	92109757
88	NC_007961	CCATA	2	10	109054	109063	40 %	20 %	0 %	40 %	92109759
89	NC_007961	CGAAG	2	10	110326	110335	40 %	0 %	40 %	20 %	92109760
90	NC_007961	CGCGC	2	10	110876	110885	0 %	0 %	40 %	60 %	92109760
91	NC_007961	TCTCG	2	10	111518	111527	0 %	40 %	20 %	40 %	92109761
92	NC_007961	CGCCA	2	10	112466	112475	20 %	0 %	20 %	60 %	92109762
93	NC_007961	CGCTC	2	10	113473	113482	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
94	NC_007961	AAGGA	2	10	113588	113597	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_007961	TTCTC	2	10	114225	114234	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
96	NC_007961	GCCGC	2	10	115975	115984	0 %	0 %	40 %	60 %	92109768
97	NC_007961	ATGGC	2	10	116485	116494	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
98	NC_007961	TCCGC	2	10	118256	118265	0 %	20 %	20 %	60 %	92109771
99	NC_007961	GCTGA	2	10	119113	119122	20 %	20 %	40 %	20 %	92109772
100	NC_007961	GTCGC	2	10	119231	119240	0 %	20 %	40 %	40 %	92109772
101	NC_007961	AGGGC	2	10	120660	120669	20 %	0 %	60 %	20 %	92109772

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.