MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Nitrobacter hamburgensis X14 plasmid 3

Total Repeats: 332

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007961	GGGC	2	8	67	74	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
2	NC_007961	GTTC	2	8	94	101	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_007961	CCGT	2	8	116	123	0 %	25 %	25 %	50 %	92109664
4	NC_007961	CCGA	2	8	324	331	25 %	0 %	25 %	50 %	92109664
5	NC_007961	AGCG	2	8	702	709	25 %	0 %	50 %	25 %	92109664
6	NC_007961	GATC	2	8	715	722	25 %	25 %	25 %	25 %	92109664
7	NC_007961	CGCC	2	8	922	929	0 %	0 %	25 %	75 %	92109664
8	NC_007961	CGTC	2	8	1230	1237	0 %	25 %	25 %	50 %	92109664
9	NC_007961	GCGG	2	8	1366	1373	0 %	0 %	75 %	25 %	92109664
10	NC_007961	GAAG	2	8	1450	1457	50 %	0 %	50 %	0 %	92109664
11	NC_007961	CTCG	2	8	1753	1760	0 %	25 %	25 %	50 %	92109664
12	NC_007961	CTCG	2	8	2281	2288	0 %	25 %	25 %	50 %	92109664
13	NC_007961	CGGC	2	8	2347	2354	0 %	0 %	50 %	50 %	92109664
14	NC_007961	GAAG	2	8	3322	3329	50 %	0 %	50 %	0 %	92109664
15	NC_007961	CTGG	2	8	3512	3519	0 %	25 %	50 %	25 %	92109665
16	NC_007961	CGGC	2	8	3589	3596	0 %	0 %	50 %	50 %	92109665
17	NC_007961	TCGA	2	8	3763	3770	25 %	25 %	25 %	25 %	92109665
18	NC_007961	TTCG	2	8	4288	4295	0 %	50 %	25 %	25 %	92109666
19	NC_007961	CTGG	2	8	4852	4859	0 %	25 %	50 %	25 %	92109666
20	NC_007961	TGGC	2	8	4920	4927	0 %	25 %	50 %	25 %	92109666
21	NC_007961	CATC	2	8	5160	5167	25 %	25 %	0 %	50 %	92109667
22	NC_007961	CAGC	2	8	5683	5690	25 %	0 %	25 %	50 %	92109667
23	NC_007961	GTTG	2	8	5781	5788	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_007961	TCGA	2	8	5858	5865	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NC_007961	CCGC	2	8	5878	5885	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
26	NC_007961	GCGG	2	8	6010	6017	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
27	NC_007961	CGAT	2	8	6068	6075	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
28	NC_007961	TCTT	2	8	6212	6219	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_007961	ACCC	2	8	6349	6356	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
30	NC_007961	CTGC	2	8	6738	6745	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
31	NC_007961	GGCC	2	8	7330	7337	0 %	0 %	50 %	50 %	92109668
32	NC_007961	CCGG	2	8	7755	7762	0 %	0 %	50 %	50 %	92109668
33	NC_007961	CGGC	2	8	7810	7817	0 %	0 %	50 %	50 %	92109668
34	NC_007961	GGGC	2	8	8417	8424	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
35	NC_007961	GCAG	2	8	8684	8691	25 %	0 %	50 %	25 %	92109669
36	NC_007961	CGTT	2	8	8765	8772	0 %	50 %	25 %	25 %	92109669
37	NC_007961	TCGA	2	8	9158	9165	25 %	25 %	25 %	25 %	92109670
38	NC_007961	GTCA	2	8	9432	9439	25 %	25 %	25 %	25 %	92109671
39	NC_007961	CGCT	2	8	9587	9594	0 %	25 %	25 %	50 %	92109671
40	NC_007961	GATG	2	8	9876	9883	25 %	25 %	50 %	0 %	92109671
41	NC_007961	TCGA	2	8	10068	10075	25 %	25 %	25 %	25 %	92109672
42	NC_007961	CGAG	2	8	10321	10328	25 %	0 %	50 %	25 %	92109672
43	NC_007961	GTTG	2	8	10832	10839	0 %	50 %	50 %	0 %	92109673
44	NC_007961	TCGA	2	8	10909	10916	25 %	25 %	25 %	25 %	92109674
45	NC_007961	CCGC	2	8	10929	10936	0 %	0 %	25 %	75 %	92109674
46	NC_007961	ATCT	2	8	11807	11814	25 %	50 %	0 %	25 %	92109675
47	NC_007961	CGGC	2	8	12049	12056	0 %	0 %	50 %	50 %	92109676
48	NC_007961	TCGA	2	8	12135	12142	25 %	25 %	25 %	25 %	92109676
49	NC_007961	GCCG	2	8	12643	12650	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
50	NC_007961	AACA	2	8	12911	12918	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_007961	CCGA	2	8	12981	12988	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
52	NC_007961	ACGC	2	8	13250	13257	25 %	0 %	25 %	50 %	92109677
53	NC_007961	GCGA	2	8	13822	13829	25 %	0 %	50 %	25 %	92109677
54	NC_007961	AGTC	2	8	14807	14814	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_007961	CTGC	2	8	14876	14883	0 %	25 %	25 %	50 %	92109679
56	NC_007961	GATA	2	8	15365	15372	50 %	25 %	25 %	0 %	92109679
57	NC_007961	TCAA	2	8	15520	15527	50 %	25 %	0 %	25 %	92109679
58	NC_007961	CCCA	2	8	15540	15547	25 %	0 %	0 %	75 %	92109679
59	NC_007961	TCTG	2	8	15677	15684	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_007961	GTCC	2	8	16351	16358	0 %	25 %	25 %	50 %	92109680
61	NC_007961	CGGC	2	8	16961	16968	0 %	0 %	50 %	50 %	92109680
62	NC_007961	CAGA	2	8	17629	17636	50 %	0 %	25 %	25 %	92109681
63	NC_007961	GCGA	2	8	17927	17934	25 %	0 %	50 %	25 %	92109682
64	NC_007961	CTGG	2	8	18789	18796	0 %	25 %	50 %	25 %	92109683
65	NC_007961	CGAT	2	8	18928	18935	25 %	25 %	25 %	25 %	92109683
66	NC_007961	GCCG	2	8	19569	19576	0 %	0 %	50 %	50 %	92109684
67	NC_007961	ACAT	2	8	19915	19922	50 %	25 %	0 %	25 %	92109684
68	NC_007961	CGAG	2	8	19955	19962	25 %	0 %	50 %	25 %	92109684
69	NC_007961	TCGA	2	8	20230	20237	25 %	25 %	25 %	25 %	92109684
70	NC_007961	GACC	2	8	20270	20277	25 %	0 %	25 %	50 %	92109684
71	NC_007961	CCCT	2	8	20478	20485	0 %	25 %	0 %	75 %	92109685
72	NC_007961	GCAA	2	8	20596	20603	50 %	0 %	25 %	25 %	92109685
73	NC_007961	TGCC	2	8	20755	20762	0 %	25 %	25 %	50 %	92109686
74	NC_007961	GGCA	2	8	21736	21743	25 %	0 %	50 %	25 %	92109687
75	NC_007961	CTTT	2	8	21760	21767	0 %	75 %	0 %	25 %	92109687
76	NC_007961	TCGA	2	8	22939	22946	25 %	25 %	25 %	25 %	92109687
77	NC_007961	CGAG	2	8	23093	23100	25 %	0 %	50 %	25 %	92109687
78	NC_007961	GTCG	2	8	23733	23740	0 %	25 %	50 %	25 %	92109687
79	NC_007961	ACAT	2	8	24314	24321	50 %	25 %	0 %	25 %	92109689
80	NC_007961	TCGA	2	8	24663	24670	25 %	25 %	25 %	25 %	92109690
81	NC_007961	TGGC	2	8	24717	24724	0 %	25 %	50 %	25 %	92109690
82	NC_007961	GCCG	2	8	25355	25362	0 %	0 %	50 %	50 %	92109690
83	NC_007961	GCCG	2	8	25396	25403	0 %	0 %	50 %	50 %	92109690
84	NC_007961	GCCC	2	8	25687	25694	0 %	0 %	25 %	75 %	92109691
85	NC_007961	AGCC	2	8	26063	26070	25 %	0 %	25 %	50 %	92109691
86	NC_007961	TTCG	2	8	26131	26138	0 %	50 %	25 %	25 %	92109691
87	NC_007961	GGAC	2	8	26217	26224	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
88	NC_007961	GAAT	2	8	26563	26570	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_007961	CCCT	2	8	26796	26803	0 %	25 %	0 %	75 %	92109692
90	NC_007961	CGAT	2	8	27811	27818	25 %	25 %	25 %	25 %	92109693
91	NC_007961	CCCG	2	8	27880	27887	0 %	0 %	25 %	75 %	92109693
92	NC_007961	TCCC	2	8	28041	28048	0 %	25 %	0 %	75 %	92109693
93	NC_007961	TCGA	2	8	28387	28394	25 %	25 %	25 %	25 %	92109693
94	NC_007961	AAAG	2	8	28937	28944	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_007961	GCGG	2	8	29926	29933	0 %	0 %	75 %	25 %	92109694
96	NC_007961	GCTG	2	8	30020	30027	0 %	25 %	50 %	25 %	92109694
97	NC_007961	CTGG	2	8	30815	30822	0 %	25 %	50 %	25 %	92109696
98	NC_007961	CTTC	2	8	31788	31795	0 %	50 %	0 %	50 %	92109697
99	NC_007961	GGAG	2	8	32161	32168	25 %	0 %	75 %	0 %	92109697
100	NC_007961	CCGG	2	8	32347	32354	0 %	0 %	50 %	50 %	92109698
101	NC_007961	TCCC	2	8	32465	32472	0 %	25 %	0 %	75 %	92109698
102	NC_007961	GAGG	2	8	33242	33249	25 %	0 %	75 %	0 %	92109700
103	NC_007961	CCGG	2	8	33283	33290	0 %	0 %	50 %	50 %	92109700
104	NC_007961	GGCA	2	8	33401	33408	25 %	0 %	50 %	25 %	92109700
105	NC_007961	GATC	2	8	33704	33711	25 %	25 %	25 %	25 %	92109700
106	NC_007961	CCGG	2	8	34031	34038	0 %	0 %	50 %	50 %	92109700
107	NC_007961	GCCG	2	8	34428	34435	0 %	0 %	50 %	50 %	92109700
108	NC_007961	GCCG	2	8	34754	34761	0 %	0 %	50 %	50 %	92109700
109	NC_007961	CGCT	2	8	34867	34874	0 %	25 %	25 %	50 %	92109701
110	NC_007961	CACC	2	8	35077	35084	25 %	0 %	0 %	75 %	92109701
111	NC_007961	CCGG	2	8	35119	35126	0 %	0 %	50 %	50 %	92109701
112	NC_007961	CGCT	2	8	35246	35253	0 %	25 %	25 %	50 %	92109701
113	NC_007961	TGGC	2	8	35818	35825	0 %	25 %	50 %	25 %	92109702
114	NC_007961	CGAT	2	8	35909	35916	25 %	25 %	25 %	25 %	92109702
115	NC_007961	GCGG	2	8	36203	36210	0 %	0 %	75 %	25 %	92109702
116	NC_007961	GCGA	2	8	37029	37036	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
117	NC_007961	GCTG	2	8	37227	37234	0 %	25 %	50 %	25 %	92109703
118	NC_007961	GCCG	2	8	37598	37605	0 %	0 %	50 %	50 %	92109703
119	NC_007961	CGCC	2	8	37894	37901	0 %	0 %	25 %	75 %	92109703
120	NC_007961	GCCG	2	8	37990	37997	0 %	0 %	50 %	50 %	92109703
121	NC_007961	CCGG	2	8	38079	38086	0 %	0 %	50 %	50 %	92109703
122	NC_007961	GACC	2	8	38175	38182	25 %	0 %	25 %	50 %	92109704
123	NC_007961	ATGG	2	8	38208	38215	25 %	25 %	50 %	0 %	92109704
124	NC_007961	CCGC	2	8	38442	38449	0 %	0 %	25 %	75 %	92109704
125	NC_007961	TCGG	2	8	38833	38840	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
126	NC_007961	CGAT	2	8	39134	39141	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_007961	AGAT	2	8	39211	39218	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
128	NC_007961	GATC	2	8	40537	40544	25 %	25 %	25 %	25 %	92109706
129	NC_007961	CTGC	2	8	40965	40972	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
130	NC_007961	CTGA	2	8	41476	41483	25 %	25 %	25 %	25 %	92109707
131	NC_007961	GACA	2	8	41655	41662	50 %	0 %	25 %	25 %	92109707
132	NC_007961	TGCC	2	8	42274	42281	0 %	25 %	25 %	50 %	92109707
133	NC_007961	ATCT	2	8	42367	42374	25 %	50 %	0 %	25 %	92109707
134	NC_007961	GCAC	2	8	42723	42730	25 %	0 %	25 %	50 %	92109707
135	NC_007961	CAGC	2	8	42852	42859	25 %	0 %	25 %	50 %	92109707
136	NC_007961	GGTC	2	8	42971	42978	0 %	25 %	50 %	25 %	92109707
137	NC_007961	ATCA	2	8	43014	43021	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_007961	CCCT	2	8	43610	43617	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
139	NC_007961	GACT	2	8	43662	43669	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
140	NC_007961	ATGG	2	8	44398	44405	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
141	NC_007961	CCGG	2	8	44695	44702	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
142	NC_007961	TCGC	2	8	45572	45579	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
143	NC_007961	AGCA	2	8	45687	45694	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
144	NC_007961	ATCC	2	8	46913	46920	25 %	25 %	0 %	50 %	92109710
145	NC_007961	ATCC	2	8	46943	46950	25 %	25 %	0 %	50 %	92109710
146	NC_007961	GCTT	2	8	47056	47063	0 %	50 %	25 %	25 %	92109710
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332	NC_007961	TTAA	2	8	121358	121365	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.