MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Nitrobacter hamburgensis X14 plasmid 2

Total Repeats: 89

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007960	CGCCGG	2	12	271	282	0 %	0 %	50 %	50 %	92109491
2	NC_007960	ATCGCG	2	12	4610	4621	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	92109495
3	NC_007960	CCGTCG	2	12	6174	6185	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	92109495
4	NC_007960	ATCGCC	2	12	11395	11406	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	92109500
5	NC_007960	GATGCC	2	12	14981	14992	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	92109503
6	NC_007960	TCGCCG	2	12	16281	16292	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	92109503
7	NC_007960	AGGGAA	2	12	23365	23376	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_007960	GACTTG	2	12	25744	25755	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	92109510
9	NC_007960	TGCCGT	2	12	28950	28961	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	92109513
10	NC_007960	AAACGG	2	12	30445	30456	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_007960	CGCCGG	2	12	31627	31638	0 %	0 %	50 %	50 %	92109515
12	NC_007960	CGGTGC	2	12	32322	32333	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	92109516
13	NC_007960	CTGCGC	2	12	33283	33294	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	92109516
14	NC_007960	CGCGTG	2	12	37998	38009	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	92109521
15	NC_007960	GATGCC	2	12	38351	38362	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	92109521
16	NC_007960	GGAGCC	2	12	39120	39131	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	92109522
17	NC_007960	AGTCGG	2	12	39337	39348	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	92109522
18	NC_007960	GCGACC	2	12	51691	51702	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	92109533
19	NC_007960	CGGTCG	2	12	52625	52636	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	92109533
20	NC_007960	GCGGCC	2	12	53005	53016	0 %	0 %	50 %	50 %	92109533
21	NC_007960	TCGCCG	2	12	53602	53613	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	92109533
22	NC_007960	GCCGCG	2	12	53742	53753	0 %	0 %	50 %	50 %	92109533
23	NC_007960	ACCACG	2	12	55308	55319	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	92109534
24	NC_007960	CGACCG	2	12	57190	57201	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	92109536
25	NC_007960	ATCGGT	2	12	61432	61443	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_007960	CGAGCG	2	12	65107	65118	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	92109546
27	NC_007960	CGATGG	2	12	65688	65699	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	92109548
28	NC_007960	CAGTTC	2	12	69826	69837	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	92109552
29	NC_007960	CTCTTC	2	12	70432	70443	0 %	50 %	0 %	50 %	92109552
30	NC_007960	CGAAGC	2	12	73374	73385	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	92109556
31	NC_007960	GGCAAA	2	12	74263	74274	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	92109556
32	NC_007960	ACAACG	2	12	74729	74740	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	92109556
33	NC_007960	GATGGT	2	12	76262	76273	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	92109558
34	NC_007960	GGAGCG	2	12	78887	78898	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	92109562
35	NC_007960	ATGGCA	2	12	81153	81164	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	92109564
36	NC_007960	CGATGA	2	12	82328	82339	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_007960	GCCGTT	2	12	85848	85859	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	92109567
38	NC_007960	GGTGTT	2	12	85860	85871	0 %	50 %	50 %	0 %	92109567
39	NC_007960	GTTGGC	2	12	87192	87203	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	92109568
40	NC_007960	CGACCA	2	12	88174	88185	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	92109569
41	NC_007960	ATCAGA	2	12	89874	89885	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	92109571
42	NC_007960	CCATTT	2	12	95334	95345	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_007960	GCGCCC	3	18	95548	95565	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	92109578
44	NC_007960	TCGCGC	2	12	95964	95975	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	92109579
45	NC_007960	CGCAGA	2	12	96240	96251	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	92109579
46	NC_007960	CACGCG	2	12	98451	98462	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	92109583
47	NC_007960	CCTCGC	2	12	98761	98772	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	92109584
48	NC_007960	CCGTTG	2	12	99027	99038	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	92109584
49	NC_007960	ACCGCG	2	12	102343	102354	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	92109587
50	NC_007960	GGACAC	2	12	104978	104989	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	92109589
51	NC_007960	GCCTCA	2	12	105375	105386	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
52	NC_007960	CCTTGA	2	12	107484	107495	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_007960	ATTCCT	2	12	109347	109358	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	92109592
54	NC_007960	GACCGA	2	12	111055	111066	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	92109592
55	NC_007960	CGGAAA	2	12	113399	113410	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	92109594
56	NC_007960	CCGACC	2	12	120873	120884	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	92109603
57	NC_007960	CCGCGA	2	12	121269	121280	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	92109603
58	NC_007960	ATCGCA	2	12	123110	123121	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	92109603
59	NC_007960	TACACC	2	12	123176	123187	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	92109603
60	NC_007960	GAAAAG	2	12	123458	123469	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	92109603
61	NC_007960	CGCGGC	2	12	124245	124256	0 %	0 %	50 %	50 %	92109604
62	NC_007960	CCAGCG	2	12	126262	126273	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	92109606
63	NC_007960	AGACCG	2	12	129225	129236	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	92109610
64	NC_007960	AGCGCT	2	12	129833	129844	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_007960	CAACGG	2	12	130526	130537	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	92109611
66	NC_007960	CCCTCG	2	12	130558	130569	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	92109611
67	NC_007960	GACGTG	2	12	137315	137326	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	92109620
68	NC_007960	CAAGCG	2	12	137434	137445	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	92109620
69	NC_007960	CGAAGC	2	12	138049	138060	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	92109621
70	NC_007960	CGCCAA	2	12	138993	139004	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	92109622
71	NC_007960	TCGGCC	2	12	139148	139159	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	92109622
72	NC_007960	CAATGC	2	12	139660	139671	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	92109623
73	NC_007960	TTCGAT	2	12	140837	140848	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	92109623
74	NC_007960	CGAGGA	2	12	142818	142829	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	92109625
75	NC_007960	TACCTA	2	12	145361	145372	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	92109626
76	NC_007960	AGCGAG	2	12	150029	150040	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	92109628
77	NC_007960	CGCTGG	2	12	150135	150146	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	92109628
78	NC_007960	TCGAGA	2	12	156513	156524	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	92109634
79	NC_007960	CTGGCC	2	12	160082	160093	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	92109637
80	NC_007960	GCGGCA	2	12	164070	164081	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	92109642
81	NC_007960	GATGTC	2	12	164542	164553	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	92109642
82	NC_007960	ACCGGC	2	12	165570	165581	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	92109643
83	NC_007960	AAACTG	2	12	167486	167497	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_007960	TCTCGA	2	12	168700	168711	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	92109646
85	NC_007960	CGTCGA	2	12	173825	173836	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	92109652
86	NC_007960	GTCCAG	2	12	179342	179353	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	92109657
87	NC_007960	GCGGGT	2	12	183878	183889	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	92109658
88	NC_007960	GACCGA	2	12	185643	185654	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	92109660
89	NC_007960	AAACGG	2	12	187406	187417	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.