MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Nitrobacter hamburgensis X14 plasmid 1

Total Repeats: 99

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007959	CCAGCT	2	12	2843	2854	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	92109253
2	NC_007959	GCACCT	2	12	3224	3235	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	92109253
3	NC_007959	GGCCGC	2	12	6226	6237	0 %	0 %	50 %	50 %	92109256
4	NC_007959	CTGCAT	2	12	8148	8159	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	92109257
5	NC_007959	CTTTCT	2	12	13766	13777	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	92109262
6	NC_007959	CTCGTT	2	12	13941	13952	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	92109262
7	NC_007959	CTCGGG	2	12	24470	24481	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	92109266
8	NC_007959	CGGTCG	2	12	25144	25155	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	92109266
9	NC_007959	TCTCGG	2	12	38026	38037	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	92109275
10	NC_007959	GTTGGC	2	12	39071	39082	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	92109276
11	NC_007959	GGTCGA	2	12	39134	39145	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	92109276
12	NC_007959	CGAGGC	2	12	41256	41267	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	92109278
13	NC_007959	GCTGAC	2	12	44705	44716	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	92109280
14	NC_007959	GAAAAT	2	12	50658	50669	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	92109283
15	NC_007959	TTCGGT	2	12	55329	55340	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	92109289
16	NC_007959	GCCATC	2	12	55929	55940	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	92109289
17	NC_007959	GAAGGC	2	12	64334	64345	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	92109291
18	NC_007959	TCGGCA	2	12	65933	65944	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	92109292
19	NC_007959	GTGTCG	2	12	67932	67943	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	92109295
20	NC_007959	CTGAAA	2	12	72944	72955	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	92109303
21	NC_007959	GTCGCC	2	12	78870	78881	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	92109309
22	NC_007959	CGGTCG	2	12	80971	80982	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	92109311
23	NC_007959	CAAGTC	2	12	87396	87407	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	92109316
24	NC_007959	GCGACC	2	12	88480	88491	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	92109317
25	NC_007959	CGTCCG	2	12	90772	90783	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	92109318
26	NC_007959	CGCCTA	2	12	90967	90978	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	92109318
27	NC_007959	GCGCCC	2	12	91060	91071	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	92109318
28	NC_007959	CCAGCC	2	12	97241	97252	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	92109320
29	NC_007959	TCATTA	2	12	105117	105128	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	92109325
30	NC_007959	AGCATT	2	12	120266	120277	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	92109333
31	NC_007959	CGTCCG	2	12	123794	123805	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	92109336
32	NC_007959	CGCCTA	2	12	123989	124000	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	92109336
33	NC_007959	GCGCCC	2	12	124082	124093	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	92109336
34	NC_007959	GACGCT	2	12	126329	126340	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	92109337
35	NC_007959	GGCAAC	2	12	126611	126622	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	92109337
36	NC_007959	GCGCTC	2	12	127238	127249	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	92109337
37	NC_007959	AGGCCG	2	12	136429	136440	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	92109345
38	NC_007959	CCCGCC	2	12	139711	139722	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	92109348
39	NC_007959	CGATAG	2	12	139852	139863	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	92109348
40	NC_007959	AGGCCG	3	18	140743	140760	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	92109350
41	NC_007959	GCGAGC	2	12	141475	141486	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	92109350
42	NC_007959	GCCGTC	2	12	141974	141985	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	92109351
43	NC_007959	AAGCAG	2	12	142238	142249	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	92109351
44	NC_007959	CACGGC	2	12	142273	142284	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	92109352
45	NC_007959	GATGGC	2	12	147129	147140	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	92109355
46	NC_007959	TCGTGC	2	12	149902	149913	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	92109357
47	NC_007959	CTGCAT	2	12	151186	151197	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	92109358
48	NC_007959	GCATTG	2	12	152356	152367	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	92109359
49	NC_007959	CCGGCG	2	12	153160	153171	0 %	0 %	50 %	50 %	92109361
50	NC_007959	GAAGGC	2	12	156976	156987	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	92109364
51	NC_007959	GCCGAA	2	12	158213	158224	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	92109365
52	NC_007959	TCCTGC	2	12	163029	163040	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	92109369
53	NC_007959	CGCATT	2	12	163672	163683	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	92109370
54	NC_007959	TTCGCA	2	12	167687	167698	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	92109373
55	NC_007959	TTCGAC	2	12	172046	172057	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	92109378
56	NC_007959	CCGGTA	2	12	173753	173764	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	92109380
57	NC_007959	CCGGCA	2	12	179429	179440	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	92109384
58	NC_007959	ATCTCC	2	12	179495	179506	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	92109384
59	NC_007959	GCGCCA	2	12	187267	187278	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	92109393
60	NC_007959	CGGTCG	2	12	188291	188302	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	92109394
61	NC_007959	TGCGCG	2	12	189000	189011	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	92109395
62	NC_007959	CAAGTC	2	12	192299	192310	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	92109398
63	NC_007959	CGGCGC	2	12	195765	195776	0 %	0 %	50 %	50 %	92109401
64	NC_007959	TCACGA	2	12	205952	205963	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	92109408
65	NC_007959	TTCGGT	2	12	211605	211616	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	92109414
66	NC_007959	TCGTAT	2	12	214981	214992	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	92109416
67	NC_007959	CCCGTC	2	12	223418	223429	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	92109423
68	NC_007959	TCGAGA	2	12	225802	225813	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	92109426
69	NC_007959	CGGCCT	2	12	227195	227206	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	92109428
70	NC_007959	CGCCTC	2	12	227871	227882	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	92109428
71	NC_007959	GTCTGA	2	12	233683	233694	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	92109435
72	NC_007959	TCGCGC	2	12	240736	240747	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	92109439
73	NC_007959	GGAAGC	2	12	241179	241190	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	92109440
74	NC_007959	CGTCCG	2	12	243613	243624	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	92109441
75	NC_007959	CGCCTA	2	12	243808	243819	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	92109441
76	NC_007959	GCGCCC	2	12	243901	243912	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	92109441
77	NC_007959	CACGTA	2	12	244577	244588	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	92109442
78	NC_007959	TCGCGG	2	12	249918	249929	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	92109446
79	NC_007959	TTCCGA	2	12	255844	255855	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	92109453
80	NC_007959	GTAGGC	2	12	258847	258858	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	92109458
81	NC_007959	CGGACG	2	12	259043	259054	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	92109458
82	NC_007959	CTCGTG	2	12	265329	265340	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	92109463
83	NC_007959	GCAGGT	2	12	267064	267075	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	92109464
84	NC_007959	CGAGCG	2	12	267607	267618	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	92109464
85	NC_007959	GGTCAA	2	12	268711	268722	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	92109464
86	NC_007959	CTCGTG	2	12	272248	272259	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	92109467
87	NC_007959	GCAGGT	2	12	273983	273994	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	92109468
88	NC_007959	CGAGCG	2	12	274526	274537	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	92109468
89	NC_007959	GGTCAA	2	12	275630	275641	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	92109468
90	NC_007959	CCAGCT	2	12	276275	276286	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	92109470
91	NC_007959	GCACCT	2	12	276656	276667	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	92109470
92	NC_007959	AGTTCG	2	12	278612	278623	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	92109471
93	NC_007959	TCGCCA	2	12	278639	278650	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	92109471
94	NC_007959	GGCCAG	2	12	281107	281118	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	92109473
95	NC_007959	GCTGGC	2	12	282935	282946	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	92109474
96	NC_007959	TGCCGG	2	12	283168	283179	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	92109474
97	NC_007959	ACGTCA	2	12	285282	285293	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	92109479
98	NC_007959	CTCGAC	2	12	288309	288320	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	92109483
99	NC_007959	CGAGGC	2	12	290190	290201	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	92109484

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.