MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Nitrobacter hamburgensis X14 plasmid 1

Total Repeats: 249

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007959	CGACG	2	10	530	539	20 %	0 %	40 %	40 %	92109251
2	NC_007959	GCGTG	2	10	3380	3389	0 %	20 %	60 %	20 %	92109253
3	NC_007959	ACGAT	2	10	3690	3699	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_007959	GCGTT	2	10	4380	4389	0 %	40 %	40 %	20 %	92109254
5	NC_007959	TATCA	2	10	5142	5151	40 %	40 %	0 %	20 %	92109255
6	NC_007959	GCTCG	2	10	6553	6562	0 %	20 %	40 %	40 %	92109256
7	NC_007959	TGTCG	2	10	9608	9617	0 %	40 %	40 %	20 %	92109259
8	NC_007959	GCAAG	2	10	11345	11354	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
9	NC_007959	GTGGC	2	10	13405	13414	0 %	20 %	60 %	20 %	92109262
10	NC_007959	GGCCC	2	10	13500	13509	0 %	0 %	40 %	60 %	92109262
11	NC_007959	GCCAC	2	10	13723	13732	20 %	0 %	20 %	60 %	92109262
12	NC_007959	TAGCG	2	10	14672	14681	20 %	20 %	40 %	20 %	92109262
13	NC_007959	CGCCA	2	10	15252	15261	20 %	0 %	20 %	60 %	92109262
14	NC_007959	GCCGA	2	10	15315	15324	20 %	0 %	40 %	40 %	92109262
15	NC_007959	CCTCG	2	10	15882	15891	0 %	20 %	20 %	60 %	92109262
16	NC_007959	CTGCC	2	10	15918	15927	0 %	20 %	20 %	60 %	92109262
17	NC_007959	GGTGA	2	10	16107	16116	20 %	20 %	60 %	0 %	92109262
18	NC_007959	GCGCA	2	10	16380	16389	20 %	0 %	40 %	40 %	92109262
19	NC_007959	ACAGA	2	10	16691	16700	60 %	0 %	20 %	20 %	92109262
20	NC_007959	AATCG	2	10	16800	16809	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_007959	GCTCC	2	10	18038	18047	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
22	NC_007959	GCCAC	2	10	20272	20281	20 %	0 %	20 %	60 %	92109263
23	NC_007959	GTCGA	2	10	22535	22544	20 %	20 %	40 %	20 %	92109265
24	NC_007959	CCGAA	2	10	22699	22708	40 %	0 %	20 %	40 %	92109265
25	NC_007959	GCCGC	2	10	22987	22996	0 %	0 %	40 %	60 %	92109265
26	NC_007959	AGCGC	2	10	23779	23788	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
27	NC_007959	CCTGG	2	10	24162	24171	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
28	NC_007959	CAACG	2	10	27696	27705	40 %	0 %	20 %	40 %	92109268
29	NC_007959	AGTGC	2	10	28003	28012	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_007959	CCATC	2	10	31442	31451	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
31	NC_007959	TCCGA	2	10	31712	31721	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_007959	TCCGG	2	10	32722	32731	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
33	NC_007959	AGCGA	2	10	32747	32756	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_007959	ACGCT	2	10	33735	33744	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_007959	TTCGC	2	10	34506	34515	0 %	40 %	20 %	40 %	92109272
36	NC_007959	CTTGG	2	10	34973	34982	0 %	40 %	40 %	20 %	92109272
37	NC_007959	GGCGG	2	10	35101	35110	0 %	0 %	80 %	20 %	92109272
38	NC_007959	CCTGG	2	10	36106	36115	0 %	20 %	40 %	40 %	92109273
39	NC_007959	GAGCT	2	10	38006	38015	20 %	20 %	40 %	20 %	92109275
40	NC_007959	CGATG	2	10	40266	40275	20 %	20 %	40 %	20 %	92109277
41	NC_007959	CTAGA	2	10	43968	43977	40 %	20 %	20 %	20 %	92109279
42	NC_007959	GCATG	2	10	45856	45865	20 %	20 %	40 %	20 %	92109281
43	NC_007959	CGTGA	2	10	47107	47116	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_007959	GCTTC	2	10	47369	47378	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
45	NC_007959	GGGAT	2	10	48830	48839	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
46	NC_007959	CCGAA	2	10	49861	49870	40 %	0 %	20 %	40 %	92109282
47	NC_007959	CGATG	2	10	50258	50267	20 %	20 %	40 %	20 %	92109283
48	NC_007959	AAGGG	2	10	51128	51137	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
49	NC_007959	TGCGC	2	10	51654	51663	0 %	20 %	40 %	40 %	92109285
50	NC_007959	CCCCG	2	10	52060	52069	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
51	NC_007959	TGGCG	2	10	55605	55614	0 %	20 %	60 %	20 %	92109289
52	NC_007959	AGGAA	2	10	56169	56178	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
53	NC_007959	AGGCG	2	10	56710	56719	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
54	NC_007959	ACGTG	2	10	58430	58439	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_007959	AACCC	2	10	60136	60145	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
56	NC_007959	CCAGC	2	10	61414	61423	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
57	NC_007959	ATCAT	2	10	63063	63072	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_007959	GATCG	2	10	63886	63895	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_007959	AGCGC	2	10	65562	65571	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
60	NC_007959	CACCT	2	10	65789	65798	20 %	20 %	0 %	60 %	92109292
61	NC_007959	CTCCA	2	10	66175	66184	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
62	NC_007959	CAATA	2	10	66941	66950	60 %	20 %	0 %	20 %	92109294
63	NC_007959	TGTAA	2	10	69696	69705	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_007959	AGCGA	2	10	71114	71123	40 %	0 %	40 %	20 %	92109299
65	NC_007959	CAGAT	2	10	71205	71214	40 %	20 %	20 %	20 %	92109299
66	NC_007959	CAGAC	2	10	71342	71351	40 %	0 %	20 %	40 %	92109299
67	NC_007959	CGTGA	2	10	71977	71986	20 %	20 %	40 %	20 %	92109300
68	NC_007959	ATCGG	2	10	72151	72160	20 %	20 %	40 %	20 %	92109301
69	NC_007959	TCGCG	2	10	74150	74159	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
70	NC_007959	CGTCC	2	10	74492	74501	0 %	20 %	20 %	60 %	92109305
71	NC_007959	CAGAC	2	10	77081	77090	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
72	NC_007959	GCCGC	2	10	77268	77277	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
73	NC_007959	GGCTT	2	10	78110	78119	0 %	40 %	40 %	20 %	92109309
74	NC_007959	GGAGC	2	10	81023	81032	20 %	0 %	60 %	20 %	92109311
75	NC_007959	TGCGA	2	10	81497	81506	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_007959	CATCG	2	10	82275	82284	20 %	20 %	20 %	40 %	92109312
77	NC_007959	GGCAC	2	10	84001	84010	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
78	NC_007959	GCCGC	2	10	84176	84185	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
79	NC_007959	GATCA	2	10	86617	86626	40 %	20 %	20 %	20 %	92109315
80	NC_007959	CGCCC	2	10	87471	87480	0 %	0 %	20 %	80 %	92109316
81	NC_007959	TGTCG	2	10	89834	89843	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
82	NC_007959	GGGTC	2	10	89962	89971	0 %	20 %	60 %	20 %	92109318
83	NC_007959	TGGTT	2	10	93088	93097	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
84	NC_007959	GTGAT	2	10	97107	97116	20 %	40 %	40 %	0 %	92109320
85	NC_007959	CGGTC	2	10	97524	97533	0 %	20 %	40 %	40 %	92109320
86	NC_007959	TGCGA	2	10	98265	98274	20 %	20 %	40 %	20 %	92109321
87	NC_007959	ACCGA	2	10	99637	99646	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
88	NC_007959	ACGAC	2	10	99845	99854	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
89	NC_007959	GCTCG	2	10	102333	102342	0 %	20 %	40 %	40 %	92109323
90	NC_007959	GGCTA	2	10	103734	103743	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_007959	CTTCC	2	10	105414	105423	0 %	40 %	0 %	60 %	92109325
92	NC_007959	AATGA	2	10	105607	105616	60 %	20 %	20 %	0 %	92109326
93	NC_007959	GCGTC	2	10	106948	106957	0 %	20 %	40 %	40 %	92109328
94	NC_007959	CCTGC	2	10	107500	107509	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
95	NC_007959	TGATC	2	10	111850	111859	20 %	40 %	20 %	20 %	92109330
96	NC_007959	CCATG	2	10	112605	112614	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
97	NC_007959	TGCCG	2	10	114923	114932	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
98	NC_007959	GGCCA	2	10	115002	115011	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
99	NC_007959	CGCGC	2	10	115151	115160	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
100	NC_007959	AGGCA	2	10	116898	116907	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
101	NC_007959	CCAGG	2	10	118856	118865	20 %	0 %	40 %	40 %	92109332
102	NC_007959	GAACC	2	10	119887	119896	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
103	NC_007959	CCGAG	2	10	120410	120419	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
104	NC_007959	TGCGA	2	10	120910	120919	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
105	NC_007959	TGTCG	2	10	122856	122865	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
106	NC_007959	GGGTC	2	10	122984	122993	0 %	20 %	60 %	20 %	92109336
107	NC_007959	GGCGA	2	10	125724	125733	20 %	0 %	60 %	20 %	92109337
108	NC_007959	CCCGG	2	10	126661	126670	0 %	0 %	40 %	60 %	92109337
109	NC_007959	CATCG	2	10	129797	129806	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
110	NC_007959	GAAGC	2	10	130178	130187	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
111	NC_007959	CCGCG	2	10	132444	132453	0 %	0 %	40 %	60 %	92109341
112	NC_007959	TTCGC	2	10	134539	134548	0 %	40 %	20 %	40 %	92109342
113	NC_007959	CCCGA	2	10	134994	135003	20 %	0 %	20 %	60 %	92109343
114	NC_007959	GCGCG	2	10	135251	135260	0 %	0 %	60 %	40 %	92109343
115	NC_007959	GCGCA	2	10	135420	135429	20 %	0 %	40 %	40 %	92109343
116	NC_007959	AGGAC	2	10	137170	137179	40 %	0 %	40 %	20 %	92109346
117	NC_007959	TACGG	2	10	138754	138763	20 %	20 %	40 %	20 %	92109347
118	NC_007959	CCGGC	2	10	139048	139057	0 %	0 %	40 %	60 %	92109347
119	NC_007959	TCACC	2	10	144068	144077	20 %	20 %	0 %	60 %	92109353
120	NC_007959	ACTGC	2	10	144267	144276	20 %	20 %	20 %	40 %	92109354
121	NC_007959	CCGCT	2	10	145537	145546	0 %	20 %	20 %	60 %	92109354
122	NC_007959	GCCGT	2	10	145671	145680	0 %	20 %	40 %	40 %	92109354
123	NC_007959	GACCC	2	10	146314	146323	20 %	0 %	20 %	60 %	92109354
124	NC_007959	GTGAG	2	10	147008	147017	20 %	20 %	60 %	0 %	92109355
125	NC_007959	GATAT	2	10	147025	147034	40 %	40 %	20 %	0 %	92109355
126	NC_007959	TCGAT	2	10	147818	147827	20 %	40 %	20 %	20 %	92109356
127	NC_007959	TCCTT	2	10	149340	149349	0 %	60 %	0 %	40 %	92109357
128	NC_007959	CTCGC	2	10	149736	149745	0 %	20 %	20 %	60 %	92109357
129	NC_007959	TGAAA	2	10	150279	150288	60 %	20 %	20 %	0 %	92109357
130	NC_007959	ACGCC	2	10	151515	151524	20 %	0 %	20 %	60 %	92109359
131	NC_007959	CGGCG	2	10	154475	154484	0 %	0 %	60 %	40 %	92109361
132	NC_007959	ATCTA	2	10	155962	155971	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_007959	ATCGC	2	10	157950	157959	20 %	20 %	20 %	40 %	92109365
134	NC_007959	ATCGG	2	10	160428	160437	20 %	20 %	40 %	20 %	92109367
135	NC_007959	AGCAG	2	10	161197	161206	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
136	NC_007959	GAACC	2	10	164487	164496	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
137	NC_007959	TCGCC	2	10	165869	165878	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
138	NC_007959	TATCC	2	10	166130	166139	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
139	NC_007959	CTGGG	2	10	166804	166813	0 %	20 %	60 %	20 %	92109373
140	NC_007959	GAAAT	2	10	167486	167495	60 %	20 %	20 %	0 %	92109373
141	NC_007959	TTCAC	2	10	167731	167740	20 %	40 %	0 %	40 %	92109373
142	NC_007959	CATCC	2	10	168138	168147	20 %	20 %	0 %	60 %	92109373
143	NC_007959	TTCGA	2	10	170257	170266	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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145	NC_007959	CCGCG	2	10	170641	170650	0 %	0 %	40 %	60 %	92109376
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196	NC_007959	GGAGG	2	10	238119	238128	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
197	NC_007959	CCTGT	2	10	238530	238539	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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240	NC_007959	CGCGG	2	10	284933	284942	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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242	NC_007959	CGCGA	2	10	286284	286293	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
243	NC_007959	GGAAA	2	10	287206	287215	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
244	NC_007959	GCTGC	2	10	289947	289956	0 %	20 %	40 %	40 %	92109484
245	NC_007959	AGCGC	2	10	290208	290217	20 %	0 %	40 %	40 %	92109484
246	NC_007959	AAGAT	2	10	291713	291722	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
247	NC_007959	GCCGA	2	10	291976	291985	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
248	NC_007959	CGGAG	2	10	293167	293176	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
249	NC_007959	TCGCG	2	10	294139	294148	0 %	20 %	40 %	40 %	92109488

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.