MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Nitrobacter hamburgensis X14 plasmid 1

Total Repeats: 152

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007959	CGACG	2	10	530	539	20 %	0 %	40 %	40 %	92109251
2	NC_007959	GCGTG	2	10	3380	3389	0 %	20 %	60 %	20 %	92109253
3	NC_007959	GCGTT	2	10	4380	4389	0 %	40 %	40 %	20 %	92109254
4	NC_007959	TATCA	2	10	5142	5151	40 %	40 %	0 %	20 %	92109255
5	NC_007959	GCTCG	2	10	6553	6562	0 %	20 %	40 %	40 %	92109256
6	NC_007959	TGTCG	2	10	9608	9617	0 %	40 %	40 %	20 %	92109259
7	NC_007959	GTGGC	2	10	13405	13414	0 %	20 %	60 %	20 %	92109262
8	NC_007959	GGCCC	2	10	13500	13509	0 %	0 %	40 %	60 %	92109262
9	NC_007959	GCCAC	2	10	13723	13732	20 %	0 %	20 %	60 %	92109262
10	NC_007959	TAGCG	2	10	14672	14681	20 %	20 %	40 %	20 %	92109262
11	NC_007959	CGCCA	2	10	15252	15261	20 %	0 %	20 %	60 %	92109262
12	NC_007959	GCCGA	2	10	15315	15324	20 %	0 %	40 %	40 %	92109262
13	NC_007959	CCTCG	2	10	15882	15891	0 %	20 %	20 %	60 %	92109262
14	NC_007959	CTGCC	2	10	15918	15927	0 %	20 %	20 %	60 %	92109262
15	NC_007959	GGTGA	2	10	16107	16116	20 %	20 %	60 %	0 %	92109262
16	NC_007959	GCGCA	2	10	16380	16389	20 %	0 %	40 %	40 %	92109262
17	NC_007959	ACAGA	2	10	16691	16700	60 %	0 %	20 %	20 %	92109262
18	NC_007959	GCCAC	2	10	20272	20281	20 %	0 %	20 %	60 %	92109263
19	NC_007959	GTCGA	2	10	22535	22544	20 %	20 %	40 %	20 %	92109265
20	NC_007959	CCGAA	2	10	22699	22708	40 %	0 %	20 %	40 %	92109265
21	NC_007959	GCCGC	2	10	22987	22996	0 %	0 %	40 %	60 %	92109265
22	NC_007959	CAACG	2	10	27696	27705	40 %	0 %	20 %	40 %	92109268
23	NC_007959	TTCGC	2	10	34506	34515	0 %	40 %	20 %	40 %	92109272
24	NC_007959	CTTGG	2	10	34973	34982	0 %	40 %	40 %	20 %	92109272
25	NC_007959	GGCGG	2	10	35101	35110	0 %	0 %	80 %	20 %	92109272
26	NC_007959	CCTGG	2	10	36106	36115	0 %	20 %	40 %	40 %	92109273
27	NC_007959	GAGCT	2	10	38006	38015	20 %	20 %	40 %	20 %	92109275
28	NC_007959	CGATG	2	10	40266	40275	20 %	20 %	40 %	20 %	92109277
29	NC_007959	CTAGA	2	10	43968	43977	40 %	20 %	20 %	20 %	92109279
30	NC_007959	GCATG	2	10	45856	45865	20 %	20 %	40 %	20 %	92109281
31	NC_007959	CCGAA	2	10	49861	49870	40 %	0 %	20 %	40 %	92109282
32	NC_007959	CGATG	2	10	50258	50267	20 %	20 %	40 %	20 %	92109283
33	NC_007959	TGCGC	2	10	51654	51663	0 %	20 %	40 %	40 %	92109285
34	NC_007959	TGGCG	2	10	55605	55614	0 %	20 %	60 %	20 %	92109289
35	NC_007959	CACCT	2	10	65789	65798	20 %	20 %	0 %	60 %	92109292
36	NC_007959	CAATA	2	10	66941	66950	60 %	20 %	0 %	20 %	92109294
37	NC_007959	AGCGA	2	10	71114	71123	40 %	0 %	40 %	20 %	92109299
38	NC_007959	CAGAT	2	10	71205	71214	40 %	20 %	20 %	20 %	92109299
39	NC_007959	CAGAC	2	10	71342	71351	40 %	0 %	20 %	40 %	92109299
40	NC_007959	CGTGA	2	10	71977	71986	20 %	20 %	40 %	20 %	92109300
41	NC_007959	ATCGG	2	10	72151	72160	20 %	20 %	40 %	20 %	92109301
42	NC_007959	CGTCC	2	10	74492	74501	0 %	20 %	20 %	60 %	92109305
43	NC_007959	GGCTT	2	10	78110	78119	0 %	40 %	40 %	20 %	92109309
44	NC_007959	GGAGC	2	10	81023	81032	20 %	0 %	60 %	20 %	92109311
45	NC_007959	CATCG	2	10	82275	82284	20 %	20 %	20 %	40 %	92109312
46	NC_007959	GATCA	2	10	86617	86626	40 %	20 %	20 %	20 %	92109315
47	NC_007959	CGCCC	2	10	87471	87480	0 %	0 %	20 %	80 %	92109316
48	NC_007959	GGGTC	2	10	89962	89971	0 %	20 %	60 %	20 %	92109318
49	NC_007959	GTGAT	2	10	97107	97116	20 %	40 %	40 %	0 %	92109320
50	NC_007959	CGGTC	2	10	97524	97533	0 %	20 %	40 %	40 %	92109320
51	NC_007959	TGCGA	2	10	98265	98274	20 %	20 %	40 %	20 %	92109321
52	NC_007959	GCTCG	2	10	102333	102342	0 %	20 %	40 %	40 %	92109323
53	NC_007959	CTTCC	2	10	105414	105423	0 %	40 %	0 %	60 %	92109325
54	NC_007959	AATGA	2	10	105607	105616	60 %	20 %	20 %	0 %	92109326
55	NC_007959	GCGTC	2	10	106948	106957	0 %	20 %	40 %	40 %	92109328
56	NC_007959	TGATC	2	10	111850	111859	20 %	40 %	20 %	20 %	92109330
57	NC_007959	CCAGG	2	10	118856	118865	20 %	0 %	40 %	40 %	92109332
58	NC_007959	GGGTC	2	10	122984	122993	0 %	20 %	60 %	20 %	92109336
59	NC_007959	GGCGA	2	10	125724	125733	20 %	0 %	60 %	20 %	92109337
60	NC_007959	CCCGG	2	10	126661	126670	0 %	0 %	40 %	60 %	92109337
61	NC_007959	CCGCG	2	10	132444	132453	0 %	0 %	40 %	60 %	92109341
62	NC_007959	TTCGC	2	10	134539	134548	0 %	40 %	20 %	40 %	92109342
63	NC_007959	CCCGA	2	10	134994	135003	20 %	0 %	20 %	60 %	92109343
64	NC_007959	GCGCG	2	10	135251	135260	0 %	0 %	60 %	40 %	92109343
65	NC_007959	GCGCA	2	10	135420	135429	20 %	0 %	40 %	40 %	92109343
66	NC_007959	AGGAC	2	10	137170	137179	40 %	0 %	40 %	20 %	92109346
67	NC_007959	TACGG	2	10	138754	138763	20 %	20 %	40 %	20 %	92109347
68	NC_007959	CCGGC	2	10	139048	139057	0 %	0 %	40 %	60 %	92109347
69	NC_007959	TCACC	2	10	144068	144077	20 %	20 %	0 %	60 %	92109353
70	NC_007959	ACTGC	2	10	144267	144276	20 %	20 %	20 %	40 %	92109354
71	NC_007959	CCGCT	2	10	145537	145546	0 %	20 %	20 %	60 %	92109354
72	NC_007959	GCCGT	2	10	145671	145680	0 %	20 %	40 %	40 %	92109354
73	NC_007959	GACCC	2	10	146314	146323	20 %	0 %	20 %	60 %	92109354
74	NC_007959	GTGAG	2	10	147008	147017	20 %	20 %	60 %	0 %	92109355
75	NC_007959	GATAT	2	10	147025	147034	40 %	40 %	20 %	0 %	92109355
76	NC_007959	TCGAT	2	10	147818	147827	20 %	40 %	20 %	20 %	92109356
77	NC_007959	TCCTT	2	10	149340	149349	0 %	60 %	0 %	40 %	92109357
78	NC_007959	CTCGC	2	10	149736	149745	0 %	20 %	20 %	60 %	92109357
79	NC_007959	TGAAA	2	10	150279	150288	60 %	20 %	20 %	0 %	92109357
80	NC_007959	ACGCC	2	10	151515	151524	20 %	0 %	20 %	60 %	92109359
81	NC_007959	CGGCG	2	10	154475	154484	0 %	0 %	60 %	40 %	92109361
82	NC_007959	ATCGC	2	10	157950	157959	20 %	20 %	20 %	40 %	92109365
83	NC_007959	ATCGG	2	10	160428	160437	20 %	20 %	40 %	20 %	92109367
84	NC_007959	CTGGG	2	10	166804	166813	0 %	20 %	60 %	20 %	92109373
85	NC_007959	GAAAT	2	10	167486	167495	60 %	20 %	20 %	0 %	92109373
86	NC_007959	TTCAC	2	10	167731	167740	20 %	40 %	0 %	40 %	92109373
87	NC_007959	CATCC	2	10	168138	168147	20 %	20 %	0 %	60 %	92109373
88	NC_007959	CTTGC	2	10	170557	170566	0 %	40 %	20 %	40 %	92109376
89	NC_007959	CCGCG	2	10	170641	170650	0 %	0 %	40 %	60 %	92109376
90	NC_007959	AAACG	2	10	175297	175306	60 %	0 %	20 %	20 %	92109381
91	NC_007959	GCTGC	2	10	175612	175621	0 %	20 %	40 %	40 %	92109381
92	NC_007959	GGATC	2	10	175902	175911	20 %	20 %	40 %	20 %	92109381
93	NC_007959	GCATC	2	10	179304	179313	20 %	20 %	20 %	40 %	92109384
94	NC_007959	GCCGG	2	10	182222	182231	0 %	0 %	60 %	40 %	92109388
95	NC_007959	GCAGC	2	10	183097	183106	20 %	0 %	40 %	40 %	92109389
96	NC_007959	TGCTT	2	10	184633	184642	0 %	60 %	20 %	20 %	92109390
97	NC_007959	CGATT	2	10	184872	184881	20 %	40 %	20 %	20 %	92109390
98	NC_007959	GCAAC	2	10	186247	186256	40 %	0 %	20 %	40 %	92109391
99	NC_007959	GGAGC	2	10	188343	188352	20 %	0 %	60 %	20 %	92109394
100	NC_007959	TCAAG	2	10	189155	189164	40 %	20 %	20 %	20 %	92109395
101	NC_007959	CGCCC	2	10	192374	192383	0 %	0 %	20 %	80 %	92109398
102	NC_007959	GGAAT	2	10	196981	196990	40 %	20 %	40 %	0 %	92109402
103	NC_007959	CGACG	2	10	208563	208572	20 %	0 %	40 %	40 %	92109411
104	NC_007959	CCGAA	2	10	210816	210825	40 %	0 %	20 %	40 %	92109412
105	NC_007959	TCCCG	2	10	211051	211060	0 %	20 %	20 %	60 %	92109413
106	NC_007959	TGGCG	2	10	211881	211890	0 %	20 %	60 %	20 %	92109414
107	NC_007959	TACGA	2	10	214264	214273	40 %	20 %	20 %	20 %	92109415
108	NC_007959	ATGCG	2	10	214822	214831	20 %	20 %	40 %	20 %	92109416
109	NC_007959	CGACG	2	10	217758	217767	20 %	0 %	40 %	40 %	92109418
110	NC_007959	CAGGC	2	10	223674	223683	20 %	0 %	40 %	40 %	92109423
111	NC_007959	GCTCC	2	10	224967	224976	0 %	20 %	20 %	60 %	92109425
112	NC_007959	CCGAC	2	10	226466	226475	20 %	0 %	20 %	60 %	92109427
113	NC_007959	AGCGC	2	10	226610	226619	20 %	0 %	40 %	40 %	92109427
114	NC_007959	TCCCC	2	10	227459	227468	0 %	20 %	0 %	80 %	92109428
115	NC_007959	GGCCG	2	10	228211	228220	0 %	0 %	60 %	40 %	92109428
116	NC_007959	GCTTC	2	10	228901	228910	0 %	40 %	20 %	40 %	92109429
117	NC_007959	GAAAA	2	10	230128	230137	80 %	0 %	20 %	0 %	92109430
118	NC_007959	CCCGG	2	10	232311	232320	0 %	0 %	40 %	60 %	92109431
119	NC_007959	TCGGG	2	10	233029	233038	0 %	20 %	60 %	20 %	92109432
120	NC_007959	GCGCG	2	10	237002	237011	0 %	0 %	60 %	40 %	92109437
121	NC_007959	CGACA	2	10	239707	239716	40 %	0 %	20 %	40 %	92109438
122	NC_007959	CGGCA	2	10	239909	239918	20 %	0 %	40 %	40 %	92109439
123	NC_007959	GGGTC	2	10	242803	242812	0 %	20 %	60 %	20 %	92109441
124	NC_007959	ACCTA	2	10	249780	249789	40 %	20 %	0 %	40 %	92109445
125	NC_007959	GCGCG	2	10	249980	249989	0 %	0 %	60 %	40 %	92109446
126	NC_007959	CGACC	2	10	259854	259863	20 %	0 %	20 %	60 %	92109458
127	NC_007959	TCGGC	2	10	264166	264175	0 %	20 %	40 %	40 %	92109462
128	NC_007959	GCATG	2	10	265307	265316	20 %	20 %	40 %	20 %	92109463
129	NC_007959	CGGCC	2	10	265439	265448	0 %	0 %	40 %	60 %	92109463
130	NC_007959	CGCGG	2	10	265904	265913	0 %	0 %	60 %	40 %	92109464
131	NC_007959	CGCTG	2	10	266134	266143	0 %	20 %	40 %	40 %	92109464
132	NC_007959	GCGCA	2	10	266789	266798	20 %	0 %	40 %	40 %	92109464
133	NC_007959	TCGGC	2	10	271085	271094	0 %	20 %	40 %	40 %	92109466
134	NC_007959	GCATG	2	10	272226	272235	20 %	20 %	40 %	20 %	92109467
135	NC_007959	CGGCC	2	10	272358	272367	0 %	0 %	40 %	60 %	92109467
136	NC_007959	CGCGG	2	10	272823	272832	0 %	0 %	60 %	40 %	92109468
137	NC_007959	CGCTG	2	10	273053	273062	0 %	20 %	40 %	40 %	92109468
138	NC_007959	GCGCA	2	10	273708	273717	20 %	0 %	40 %	40 %	92109468
139	NC_007959	GCGGG	2	10	276104	276113	0 %	0 %	80 %	20 %	92109470
140	NC_007959	GCGTG	2	10	276812	276821	0 %	20 %	60 %	20 %	92109470
141	NC_007959	GGCAC	2	10	279488	279497	20 %	0 %	40 %	40 %	92109473
142	NC_007959	CCCGC	2	10	279503	279512	0 %	0 %	20 %	80 %	92109473
143	NC_007959	CCGCG	2	10	280369	280378	0 %	0 %	40 %	60 %	92109473
144	NC_007959	GGCCC	2	10	280790	280799	0 %	0 %	40 %	60 %	92109473
145	NC_007959	GTCGC	2	10	281532	281541	0 %	20 %	40 %	40 %	92109473
146	NC_007959	GCGCC	2	10	282685	282694	0 %	0 %	40 %	60 %	92109474
147	NC_007959	ACACC	2	10	282983	282992	40 %	0 %	0 %	60 %	92109474
148	NC_007959	CCATG	2	10	283446	283455	20 %	20 %	20 %	40 %	92109475
149	NC_007959	GGCGC	2	10	285472	285481	0 %	0 %	60 %	40 %	92109480
150	NC_007959	GCTGC	2	10	289947	289956	0 %	20 %	40 %	40 %	92109484
151	NC_007959	AGCGC	2	10	290208	290217	20 %	0 %	40 %	40 %	92109484
152	NC_007959	TCGCG	2	10	294139	294148	0 %	20 %	40 %	40 %	92109488

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.