MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus salivarius UCC118 chromosome

Total Repeats: 123

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007929	TAATAT	2	12	13623	13634	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_007929	TGGAAT	2	12	16868	16879	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007929	ATTAAA	2	12	26373	26384	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_007929	AAAAAT	2	12	29609	29620	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_007929	TCATAT	2	12	37144	37155	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_007929	CAAGGG	2	12	58773	58784	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_007929	TAAGAA	2	12	67774	67785	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_007929	AATTAT	2	12	72552	72563	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_007929	TTGATG	2	12	74261	74272	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_007929	GCCGAG	2	12	77675	77686	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_007929	TGGAAG	2	12	79135	79146	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_007929	ATTTTT	2	12	92485	92496	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_007929	TTTAAA	2	12	95770	95781	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_007929	TAATTA	2	12	96149	96160	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_007929	GATATA	2	12	101192	101203	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_007929	TAACAG	2	12	145951	145962	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_007929	ACTTTA	3	18	169770	169787	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_007929	AGATGG	2	12	173677	173688	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
19	NC_007929	AGATAA	2	12	175036	175047	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_007929	AAACAT	2	12	175130	175141	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_007929	GATAAC	2	12	177009	177020	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_007929	GCCGAG	2	12	221128	221139	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_007929	TGGAAG	2	12	222588	222599	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_007929	TAAAAA	2	12	234962	234973	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_007929	CTAATT	2	12	251166	251177	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_007929	CTAATT	2	12	252678	252689	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_007929	CATTTT	2	12	271704	271715	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_007929	CTAAAA	2	12	284403	284414	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_007929	TGAAAT	2	12	294712	294723	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_007929	TATTTT	2	12	306984	306995	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_007929	ATAAAA	2	12	327608	327619	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_007929	TAAAAT	2	12	332679	332690	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_007929	AGTTAG	2	12	368357	368368	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_007929	TATAAG	2	12	381573	381584	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007929	TAAAAT	2	12	386908	386919	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_007929	TATAAT	2	12	387788	387799	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_007929	AATTAG	2	12	412838	412849	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_007929	AATACA	2	12	414971	414982	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_007929	GTTAAG	2	12	420452	420463	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_007929	TTGAAA	2	12	420741	420752	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_007929	GCCGAG	2	12	438214	438225	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_007929	TAGGAA	2	12	457720	457731	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_007929	CTAATT	2	12	472443	472454	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_007929	TTGATG	2	12	480115	480126	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_007929	GCCGAG	2	12	483528	483539	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_007929	TGGAAG	2	12	484988	484999	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_007929	AATATC	2	12	486436	486447	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_007929	AATTAG	2	12	511117	511128	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_007929	TTTATC	2	12	513228	513239	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_007929	TGATAC	2	12	532062	532073	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_007929	AGTTAA	2	12	532506	532517	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_007929	TAATTT	2	12	558096	558107	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_007929	GGATTA	2	12	567207	567218	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_007929	AATTAA	2	12	599068	599079	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_007929	CTTTAT	2	12	621473	621484	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_007929	AATTAA	2	12	645756	645767	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_007929	TAAGAT	2	12	735628	735639	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_007929	TATATT	2	12	779387	779398	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_007929	TGATTA	2	12	780806	780817	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_007929	ATAAAA	2	12	823735	823746	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_007929	GATAAT	2	12	836773	836784	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_007929	TAAATA	2	12	836806	836817	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_007929	GAATTA	2	12	847540	847551	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_007929	GGATTT	2	12	864192	864203	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_007929	ACTATA	2	12	912074	912085	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_007929	ATGTAA	2	12	935818	935829	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_007929	TAATTT	2	12	969960	969971	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_007929	TTAAAG	2	12	976811	976822	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_007929	ACTTAA	2	12	981280	981291	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_007929	ATTAAG	2	12	1019989	1020000	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_007929	TATTTA	2	12	1073340	1073351	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_007929	TCTATA	2	12	1101142	1101153	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_007929	CAGTTT	2	12	1101202	1101213	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_007929	TTAATT	2	12	1101934	1101945	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_007929	AATCAA	2	12	1130302	1130313	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_007929	TCTGCT	2	12	1142432	1142443	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_007929	TAGATA	2	12	1147522	1147533	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_007929	TTAATT	2	12	1171158	1171169	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_007929	TATATC	2	12	1172639	1172650	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_007929	CTTTAA	2	12	1181014	1181025	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_007929	ATCACT	2	12	1185699	1185710	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_007929	AATTTC	2	12	1208099	1208110	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_007929	TTTTAT	2	12	1222369	1222380	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_007929	TAAAAA	2	12	1229440	1229451	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_007929	ATCTAA	2	12	1263437	1263448	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_007929	TAAAAT	2	12	1270856	1270867	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_007929	CACTTC	2	12	1297700	1297711	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_007929	CTCGGC	2	12	1299162	1299173	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
89	NC_007929	AAAAAT	2	12	1359019	1359030	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_007929	TTAGCA	2	12	1365447	1365458	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_007929	ACAGTT	3	18	1365873	1365890	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_007929	AGTTAC	2	12	1365920	1365931	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_007929	GTTACT	2	12	1366182	1366193	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_007929	TGGACT	2	12	1366925	1366936	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_007929	TTCAAA	2	12	1379481	1379492	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_007929	TACTTT	2	12	1387888	1387899	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_007929	CTTCCA	2	12	1407368	1407379	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
98	NC_007929	CTCGGC	2	12	1408824	1408835	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
99	NC_007929	ATTTTA	2	12	1431030	1431041	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_007929	TAGCTC	2	12	1453712	1453723	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_007929	CAATCA	2	12	1472046	1472057	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_007929	TATAAG	2	12	1474140	1474151	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_007929	TGATTT	2	12	1475244	1475255	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_007929	ATTTAA	2	12	1477251	1477262	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_007929	AATTAA	2	12	1506494	1506505	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_007929	ACTTTC	2	12	1508014	1508025	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_007929	TCTTAT	2	12	1511859	1511870	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_007929	TATAAT	2	12	1550991	1551002	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_007929	TGAAAA	2	12	1554600	1554611	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_007929	CCTATG	2	12	1577014	1577025	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_007929	ATAAAA	2	12	1594632	1594643	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_007929	ATTTTT	2	12	1596641	1596652	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_007929	TACTAG	2	12	1597237	1597248	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_007929	CCCCTA	2	12	1597590	1597601	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
115	NC_007929	AGTAAA	2	12	1670498	1670509	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_007929	TCAAAT	2	12	1713772	1713783	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_007929	TAAAAT	2	12	1717873	1717884	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_007929	TTATTT	2	12	1753156	1753167	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_007929	ATAATG	2	12	1768042	1768053	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_007929	CTAAAT	2	12	1779171	1779182	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_007929	ATCTTT	2	12	1800801	1800812	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_007929	CTTCCA	2	12	1814015	1814026	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
123	NC_007929	CTCGGC	2	12	1815475	1815486	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.