MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus salivarius UCC118 chromosome

Total Repeats: 320

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007929	TACTA	2	10	2759	2768	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_007929	TTTTA	2	10	9046	9055	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007929	ACTTT	2	10	16237	16246	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_007929	CCTTT	2	10	24555	24564	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
5	NC_007929	TCTTT	2	10	36477	36486	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_007929	ATTTA	2	10	37691	37700	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_007929	AATCT	2	10	37913	37922	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_007929	ATTAA	2	10	37943	37952	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_007929	TTTTA	2	10	38030	38039	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_007929	TAGCT	2	10	42093	42102	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_007929	GAAAG	2	10	53630	53639	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
12	NC_007929	ACTAA	2	10	54466	54475	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_007929	GATCA	2	10	56851	56860	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_007929	TCTTT	3	15	58312	58326	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_007929	ATTTT	2	10	58523	58532	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_007929	CACTG	2	10	58829	58838	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_007929	GGTCT	2	10	58974	58983	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_007929	GAGCA	2	10	59043	59052	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_007929	TCGTT	2	10	59900	59909	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_007929	TAAAA	2	10	63593	63602	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_007929	TAACT	2	10	69963	69972	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_007929	AATCT	2	10	72478	72487	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_007929	AGCTA	2	10	73883	73892	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_007929	GTATA	2	10	74190	74199	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_007929	TCGTG	2	10	75603	75612	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
26	NC_007929	GGGAG	2	10	76813	76822	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
27	NC_007929	AAATA	2	10	82279	82288	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_007929	TTTTA	2	10	86281	86290	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_007929	TAGCA	2	10	97137	97146	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_007929	TTTTA	2	10	109041	109050	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_007929	TATAT	2	10	111031	111040	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_007929	AAACA	2	10	114613	114622	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_007929	ATTAT	2	10	121869	121878	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_007929	ATTAA	2	10	122635	122644	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007929	AAGAT	2	10	122908	122917	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_007929	GATTA	2	10	125944	125953	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_007929	TAAAA	2	10	134624	134633	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_007929	TGAAT	2	10	134741	134750	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_007929	GTTTT	2	10	134880	134889	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_007929	TTTAA	2	10	139323	139332	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_007929	AAAAT	2	10	145807	145816	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_007929	TTTTA	2	10	158001	158010	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_007929	ATTAA	2	10	158668	158677	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_007929	AAATC	2	10	159119	159128	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_007929	AAAAT	2	10	160804	160813	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_007929	TTTTC	2	10	162391	162400	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_007929	TAGTT	2	10	171199	171208	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_007929	TGCAG	2	10	171989	171998	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_007929	AGAAA	2	10	174043	174052	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_007929	TGAAG	2	10	175807	175816	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_007929	AAAGT	2	10	176679	176688	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_007929	TAAAG	2	10	182016	182025	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_007929	TACTA	2	10	187605	187614	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_007929	AGGAA	2	10	189305	189314	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
55	NC_007929	CAAAG	2	10	193290	193299	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_007929	TGATA	2	10	217596	217605	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_007929	TCGTG	2	10	218841	218850	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_007929	GGGAG	2	10	220266	220275	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
59	NC_007929	AAATT	2	10	243144	243153	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_007929	CAGAG	2	10	251832	251841	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
61	NC_007929	CAGAG	2	10	253344	253353	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_007929	TATAT	2	10	268190	268199	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_007929	CTTTA	2	10	271729	271738	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_007929	AAGTA	2	10	271781	271790	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_007929	ATTAA	2	10	273010	273019	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_007929	TAATT	2	10	282036	282045	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_007929	AAAGA	2	10	288296	288305	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_007929	AAATT	2	10	291101	291110	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_007929	ATTTT	2	10	293319	293328	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_007929	AAAAT	2	10	304446	304455	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_007929	GTTAG	2	10	307107	307116	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
72	NC_007929	AAATT	2	10	307168	307177	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_007929	AAATT	2	10	308635	308644	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_007929	TGACT	2	10	343417	343426	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_007929	ATAAA	2	10	344020	344029	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_007929	AATCT	2	10	346418	346427	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_007929	TAATG	2	10	370601	370610	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_007929	AATAC	2	10	372648	372657	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_007929	TAAGT	2	10	385435	385444	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_007929	TGTAA	2	10	401438	401447	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_007929	AGATT	2	10	407075	407084	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_007929	AATTA	2	10	407112	407121	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_007929	GCTCT	2	10	412173	412182	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
84	NC_007929	TAAAT	2	10	414013	414022	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_007929	TTGGT	2	10	414720	414729	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_007929	ATTAT	2	10	423693	423702	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_007929	AAAGA	2	10	432086	432095	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_007929	TGATA	2	10	434682	434691	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_007929	TCGTG	2	10	435927	435936	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
90	NC_007929	GGGAG	2	10	437352	437361	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
91	NC_007929	AAAAG	2	10	444674	444683	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_007929	TTAAT	2	10	446539	446548	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_007929	ATTAA	2	10	457662	457671	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_007929	AAATA	2	10	462174	462183	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_007929	CAGAG	2	10	473109	473118	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_007929	TAAAA	2	10	473473	473482	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_007929	AAAAT	3	15	479553	479567	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_007929	GTATA	2	10	480044	480053	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_007929	TCGTG	2	10	481456	481465	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_007929	GGGAG	2	10	482666	482675	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
101	NC_007929	TAATT	2	10	485423	485432	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_007929	ATTAC	2	10	486988	486997	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_007929	ATAAA	2	10	497661	497670	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_007929	AAAAT	2	10	498600	498609	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_007929	GCTCT	2	10	510452	510461	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
106	NC_007929	ATTTA	2	10	520170	520179	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_007929	TTTTA	2	10	523512	523521	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_007929	ATTAA	2	10	526394	526403	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_007929	TTAGT	2	10	528374	528383	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_007929	AGATG	2	10	532368	532377	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
111	NC_007929	TAGAA	2	10	532572	532581	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_007929	GTTAT	2	10	532642	532651	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_007929	ACCTT	2	10	532687	532696	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
114	NC_007929	ATTAT	2	10	533150	533159	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_007929	GCAAC	2	10	533206	533215	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
116	NC_007929	GATTT	2	10	552574	552583	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_007929	AAAAT	2	10	560528	560537	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_007929	ATACT	2	10	570903	570912	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_007929	TAATA	2	10	583656	583665	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_007929	ATATA	2	10	584080	584089	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_007929	AGTGA	2	10	595655	595664	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
122	NC_007929	AAATA	2	10	625215	625224	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_007929	AAAGA	2	10	627972	627981	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_007929	TTTAC	2	10	662936	662945	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_007929	CTAAA	2	10	668327	668336	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_007929	GAAAG	2	10	680223	680232	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
127	NC_007929	TAATA	2	10	681317	681326	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_007929	ATGAT	2	10	689943	689952	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_007929	GTATA	2	10	691452	691461	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_007929	TTAAG	2	10	699055	699064	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_007929	TTTAT	2	10	699254	699263	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_007929	GTTAT	2	10	702265	702274	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_007929	TTTTA	2	10	707117	707126	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_007929	ATTAA	2	10	724654	724663	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_007929	TTTCT	2	10	779158	779167	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_007929	ATCAA	2	10	803776	803785	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_007929	TATAT	2	10	804097	804106	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_007929	TGATA	2	10	804237	804246	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_007929	AAAAT	2	10	826130	826139	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_007929	AACAA	2	10	829095	829104	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_007929	TTATA	2	10	836614	836623	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_007929	TGGAA	2	10	837352	837361	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
143	NC_007929	GTATG	2	10	856167	856176	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
144	NC_007929	TGAGT	2	10	856190	856199	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
145	NC_007929	AAGGC	2	10	856685	856694	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
146	NC_007929	ATCTT	2	10	864332	864341	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_007929	TATCT	2	10	885190	885199	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
148	NC_007929	AATGA	2	10	891696	891705	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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319	NC_007929	ATATT	2	10	1825167	1825176	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
320	NC_007929	TTACT	2	10	1826668	1826677	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.