MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhodoferax ferrireducens T118 chromosome

Total Repeats: 110

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007908	TTGATC	2	12	18561	18572	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_007908	TGGCAA	2	12	115151	115162	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_007908	CCAGCC	2	12	117664	117675	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_007908	TATTTC	2	12	124710	124721	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_007908	CAAGCG	2	12	153254	153265	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_007908	GCCTGA	2	12	155263	155274	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_007908	GCACCA	2	12	207529	207540	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
8	NC_007908	AAAGGA	2	12	252604	252615	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_007908	CTTGAC	2	12	253502	253513	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_007908	GCAGGG	2	12	283457	283468	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_007908	AGCGGG	2	12	333566	333577	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_007908	ATCGCC	2	12	405580	405591	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
13	NC_007908	AGCGCC	2	12	520905	520916	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
14	NC_007908	TTCGCC	2	12	550799	550810	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
15	NC_007908	CTGACG	2	12	553664	553675	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_007908	AGTAAA	2	12	605298	605309	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_007908	CCCTCG	2	12	732616	732627	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
18	NC_007908	ATGGCC	2	12	946824	946835	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_007908	CTTGCA	2	12	959433	959444	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_007908	CGCAGG	2	12	971073	971084	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_007908	AAAATG	2	12	985049	985060	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_007908	GCAGAC	2	12	1010076	1010087	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_007908	CCCGCT	2	12	1043642	1043653	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
24	NC_007908	GTTGCT	2	12	1092005	1092016	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_007908	TTCCAG	2	12	1104988	1104999	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_007908	TTGTTT	2	12	1136440	1136451	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_007908	AAGGGG	2	12	1147387	1147398	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_007908	AGGCAG	2	12	1183081	1183092	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_007908	TACAGG	2	12	1200956	1200967	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_007908	CGCCGG	2	12	1201177	1201188	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
31	NC_007908	GATCGT	2	12	1266256	1266267	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_007908	CCAGCA	2	12	1279081	1279092	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
33	NC_007908	CCCACC	2	12	1299270	1299281	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
34	NC_007908	AACTTA	2	12	1416159	1416170	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_007908	AACGGG	2	12	1539066	1539077	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_007908	GCCACG	2	12	1635924	1635935	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
37	NC_007908	TGGCTT	2	12	1734182	1734193	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_007908	CGCAAG	2	12	1774345	1774356	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_007908	CTGAGG	2	12	1779946	1779957	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_007908	AGATTG	2	12	1798440	1798451	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_007908	GCGGTC	2	12	1813187	1813198	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_007908	TGCGCT	2	12	1815337	1815348	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_007908	GGCCGT	2	12	1820737	1820748	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_007908	CGCAGG	2	12	1820763	1820774	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_007908	CCGGCG	2	12	1836370	1836381	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
46	NC_007908	ATGTGG	2	12	1837600	1837611	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_007908	TTTCTA	2	12	1954934	1954945	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_007908	ATCTTC	2	12	2031704	2031715	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_007908	CCGGTC	2	12	2107844	2107855	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
50	NC_007908	TGATCA	2	12	2110101	2110112	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_007908	TTGCCC	2	12	2146704	2146715	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
52	NC_007908	GGGCGT	2	12	2159649	2159660	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_007908	GGGGGT	2	12	2230051	2230062	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_007908	GCCCCG	2	12	2284590	2284601	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
55	NC_007908	CTTTTG	2	12	2298939	2298950	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_007908	ATTGAA	2	12	2451526	2451537	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_007908	GGCGTG	2	12	2501200	2501211	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_007908	TGGGGC	2	12	2501809	2501820	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_007908	GGGCTG	2	12	2502993	2503004	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_007908	CGACTA	2	12	2568336	2568347	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_007908	CCTGTA	2	12	2577006	2577017	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_007908	AACCCC	2	12	2642610	2642621	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
63	NC_007908	AACCCG	2	12	2924216	2924227	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
64	NC_007908	TACTAT	2	12	2964547	2964558	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_007908	ATCAAC	2	12	2972765	2972776	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_007908	AAAATA	2	12	2985157	2985168	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_007908	CCGCGC	4	24	3043195	3043218	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
68	NC_007908	AGACTG	2	12	3132052	3132063	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_007908	TTGGCA	2	12	3265348	3265359	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_007908	CCCCGT	2	12	3391129	3391140	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
71	NC_007908	CAGCGC	2	12	3391360	3391371	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
72	NC_007908	CCCGCG	2	12	3392288	3392299	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
73	NC_007908	GCGCTG	2	12	3393940	3393951	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_007908	TTGGCC	2	12	3394277	3394288	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_007908	ATCCCA	2	12	3409744	3409755	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_007908	TTTGGA	2	12	3567516	3567527	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_007908	CGACAC	2	12	3569309	3569320	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
78	NC_007908	CAAGCC	2	12	3605780	3605791	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
79	NC_007908	CTTGCG	2	12	3621452	3621463	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_007908	TGGCTT	2	12	3686630	3686641	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_007908	AACTTT	2	12	3688547	3688558	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_007908	ACAGGG	2	12	3727340	3727351	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_007908	GTTTGA	2	12	3735672	3735683	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_007908	ATCGCT	2	12	3772142	3772153	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_007908	CCGCAG	2	12	3772292	3772303	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
86	NC_007908	GGAAGG	2	12	3840204	3840215	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_007908	TTATTT	2	12	3846697	3846708	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_007908	CACGCG	2	12	3869858	3869869	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
89	NC_007908	GATCAA	2	12	3903992	3904003	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_007908	GCGCCA	2	12	3931541	3931552	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
91	NC_007908	GGCATG	2	12	3949121	3949132	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_007908	GACATT	2	12	3962488	3962499	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_007908	TTTCAA	2	12	3967250	3967261	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_007908	TGAAAA	2	12	3979372	3979383	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_007908	TGATGC	2	12	4020019	4020030	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_007908	GCCAAC	2	12	4022696	4022707	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
97	NC_007908	TGCGGT	2	12	4028465	4028476	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_007908	GGGCGC	2	12	4053618	4053629	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_007908	AACCTC	2	12	4081627	4081638	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_007908	GCTTGC	2	12	4106375	4106386	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_007908	CACAGT	2	12	4121775	4121786	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_007908	AGCGCT	2	12	4156236	4156247	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_007908	TAAGAA	2	12	4191124	4191135	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_007908	GGCAGG	2	12	4435041	4435052	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_007908	TCCAGG	2	12	4487452	4487463	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_007908	AAGGTG	2	12	4584687	4584698	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
107	NC_007908	GCCAGA	2	12	4605889	4605900	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_007908	GAGAAA	2	12	4621279	4621290	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_007908	ATTAAA	2	12	4654602	4654613	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_007908	TCATTG	2	12	4691354	4691365	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.