MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Rhodoferax ferrireducens T118 plasmid1

Total Repeats: 77

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007901	CGGCTA	2	12	2245	2256	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	89885734
2	NC_007901	TTGAAT	2	12	4622	4633	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	89885736
3	NC_007901	CCGTAC	2	12	6974	6985	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	89885739
4	NC_007901	CCAGTC	2	12	14352	14363	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	89885745
5	NC_007901	AGCCCA	2	12	22775	22786	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	89885753
6	NC_007901	CAATGC	2	12	29173	29184	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	89885760
7	NC_007901	TGCCTT	2	12	32151	32162	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_007901	TTGCCG	2	12	35562	35573	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	89885765
9	NC_007901	AGCAAA	2	12	40010	40021	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	89885768
10	NC_007901	GCCTCG	2	12	48604	48615	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	89885776
11	NC_007901	CTTTTT	2	12	48917	48928	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	89885776
12	NC_007901	TTGGTG	2	12	73193	73204	0 %	50 %	50 %	0 %	89885793
13	NC_007901	TGGGGG	2	12	73602	73613	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_007901	TGCAAG	2	12	78331	78342	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	89885799
15	NC_007901	GGCGCC	2	12	82013	82024	0 %	0 %	50 %	50 %	89885804
16	NC_007901	GCCTCA	2	12	83933	83944	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	89885805
17	NC_007901	TTGCCA	2	12	86946	86957	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	89885809
18	NC_007901	TGTTTC	2	12	94128	94139	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_007901	TGTGAA	2	12	94299	94310	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_007901	TGCCGA	2	12	94690	94701	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_007901	GCTGGC	2	12	95100	95111	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	89885816
22	NC_007901	TGCAGC	2	12	96135	96146	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	89885819
23	NC_007901	TTGCAA	2	12	103717	103728	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_007901	CCCGAA	2	12	112639	112650	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	89885835
25	NC_007901	ATCTGG	2	12	120816	120827	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	89885842
26	NC_007901	TTGCGC	2	12	122363	122374	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	89885844
27	NC_007901	CAAAAA	2	12	128673	128684	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_007901	CTGCCG	2	12	130683	130694	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	89885850
29	NC_007901	GCGCCA	2	12	130698	130709	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	89885850
30	NC_007901	TCAGCG	2	12	131565	131576	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	89885851
31	NC_007901	TGCCGT	2	12	135953	135964	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	89885856
32	NC_007901	TATCGG	2	12	137507	137518	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	89885856
33	NC_007901	GGCAAT	2	12	140386	140397	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	89885860
34	NC_007901	GCGCTG	2	12	148785	148796	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	89885869
35	NC_007901	CCGCAG	2	12	149762	149773	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	89885871
36	NC_007901	ATCGAC	2	12	152032	152043	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	89885873
37	NC_007901	CGCAGG	2	12	153086	153097	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	89885873
38	NC_007901	TTGGTG	2	12	153377	153388	0 %	50 %	50 %	0 %	89885874
39	NC_007901	ACCCCC	2	12	155619	155630	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	89885877
40	NC_007901	GCCTGC	2	12	156570	156581	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	89885878
41	NC_007901	CGTCGC	2	12	157401	157412	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	89885878
42	NC_007901	ATGCCA	2	12	160192	160203	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	89885880
43	NC_007901	GAATTG	2	12	163542	163553	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	89885884
44	NC_007901	CAACGA	2	12	168958	168969	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	89885888
45	NC_007901	CCCAAC	2	12	179613	179624	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	89885899
46	NC_007901	GATGTA	2	12	180411	180422	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	89885899
47	NC_007901	CCAGAG	2	12	184551	184562	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_007901	CCAAAA	2	12	187450	187461	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	89885908
49	NC_007901	CAGCAT	2	12	188640	188651	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	89885910
50	NC_007901	ACTTGC	2	12	194153	194164	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	89885914
51	NC_007901	ACTTTG	2	12	194637	194648	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	89885914
52	NC_007901	CGAACA	2	12	195122	195133	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	89885914
53	NC_007901	GAACCA	2	12	196472	196483	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	89885916
54	NC_007901	GTATCA	2	12	200489	200500	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	89885921
55	NC_007901	TCAACG	2	12	203461	203472	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	89885927
56	NC_007901	CTGCAT	2	12	207847	207858	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	89885935
57	NC_007901	CTCGAC	2	12	209589	209600	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
58	NC_007901	TCATTG	2	12	209699	209710	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_007901	TGATTT	2	12	213427	213438	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	89885945
60	NC_007901	TAACGA	2	12	215046	215057	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_007901	CACGAT	2	12	215735	215746	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_007901	GGCCAG	2	12	218606	218617	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	89885951
63	NC_007901	ATCAAG	2	12	219285	219296	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	89885952
64	NC_007901	TGGATC	2	12	222025	222036	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	89885955
65	NC_007901	GTTGGC	2	12	223096	223107	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	89885955
66	NC_007901	CATTGC	2	12	224893	224904	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	89885957
67	NC_007901	GCATCC	2	12	225113	225124	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	89885957
68	NC_007901	GCACCG	2	12	227642	227653	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	89885958
69	NC_007901	GCAATG	2	12	229452	229463	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	89885959
70	NC_007901	TCGCCC	2	12	230436	230447	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	89885961
71	NC_007901	GCACTG	2	12	236216	236227	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	89885964
72	NC_007901	GGCGCT	2	12	236841	236852	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	89885965
73	NC_007901	TTTGAC	2	12	237040	237051	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	89885965
74	NC_007901	CCATGA	2	12	240420	240431	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	89885969
75	NC_007901	GCCAGC	2	12	240950	240961	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	89885969
76	NC_007901	TCAACG	2	12	245353	245364	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_007901	ACTCCG	2	12	251255	251266	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	89885975

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.