MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rhodoferax ferrireducens T118 plasmid1

Total Repeats: 191

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007901	AATCC	2	10	515	524	40 %	20 %	0 %	40 %	89885733
2	NC_007901	TCGCC	2	10	1335	1344	0 %	20 %	20 %	60 %	89885733
3	NC_007901	CGACG	2	10	5894	5903	20 %	0 %	40 %	40 %	89885738
4	NC_007901	GGCGC	2	10	10627	10636	0 %	0 %	60 %	40 %	89885742
5	NC_007901	TTCCA	2	10	12030	12039	20 %	40 %	0 %	40 %	89885743
6	NC_007901	ACACA	2	10	12380	12389	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
7	NC_007901	AGTCA	2	10	15322	15331	40 %	20 %	20 %	20 %	89885746
8	NC_007901	GCCCT	2	10	15452	15461	0 %	20 %	20 %	60 %	89885746
9	NC_007901	AGGCC	2	10	18370	18379	20 %	0 %	40 %	40 %	89885748
10	NC_007901	CTCCG	2	10	18429	18438	0 %	20 %	20 %	60 %	89885748
11	NC_007901	TTGAT	2	10	18891	18900	20 %	60 %	20 %	0 %	89885750
12	NC_007901	GGGCG	2	10	23039	23048	0 %	0 %	80 %	20 %	89885753
13	NC_007901	GGCAT	2	10	23080	23089	20 %	20 %	40 %	20 %	89885753
14	NC_007901	GGCGC	2	10	25648	25657	0 %	0 %	60 %	40 %	89885755
15	NC_007901	TGGCT	2	10	26097	26106	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_007901	TGTTT	2	10	26216	26225	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_007901	TTGCT	2	10	26998	27007	0 %	60 %	20 %	20 %	89885757
18	NC_007901	CAAAG	2	10	27064	27073	60 %	0 %	20 %	20 %	89885757
19	NC_007901	GTTTT	2	10	27219	27228	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_007901	ATGCG	2	10	27809	27818	20 %	20 %	40 %	20 %	89885758
21	NC_007901	CGGGG	2	10	27942	27951	0 %	0 %	80 %	20 %	89885758
22	NC_007901	GTCCA	2	10	28198	28207	20 %	20 %	20 %	40 %	89885758
23	NC_007901	TCCCC	2	10	28993	29002	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
24	NC_007901	AGGCA	2	10	29379	29388	40 %	0 %	40 %	20 %	89885760
25	NC_007901	GCCCT	2	10	30125	30134	0 %	20 %	20 %	60 %	89885760
26	NC_007901	GGTCC	2	10	30190	30199	0 %	20 %	40 %	40 %	89885760
27	NC_007901	TGATC	2	10	30349	30358	20 %	40 %	20 %	20 %	89885760
28	NC_007901	CGGGT	2	10	32398	32407	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
29	NC_007901	ATTGG	2	10	33251	33260	20 %	40 %	40 %	0 %	89885763
30	NC_007901	GGTTT	2	10	36290	36299	0 %	60 %	40 %	0 %	89885766
31	NC_007901	CGGCT	2	10	36862	36871	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
32	NC_007901	CGTTT	2	10	37326	37335	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_007901	GTCAA	2	10	39386	39395	40 %	20 %	20 %	20 %	89885768
34	NC_007901	GTGGC	2	10	39918	39927	0 %	20 %	60 %	20 %	89885768
35	NC_007901	AGTGC	2	10	39979	39988	20 %	20 %	40 %	20 %	89885768
36	NC_007901	CCATC	2	10	39999	40008	20 %	20 %	0 %	60 %	89885768
37	NC_007901	GCGCC	2	10	42075	42084	0 %	0 %	40 %	60 %	89885771
38	NC_007901	TTTGC	2	10	45922	45931	0 %	60 %	20 %	20 %	89885774
39	NC_007901	CGGGT	2	10	46725	46734	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
40	NC_007901	CAGGA	2	10	48697	48706	40 %	0 %	40 %	20 %	89885776
41	NC_007901	GGGCA	2	10	54373	54382	20 %	0 %	60 %	20 %	89885780
42	NC_007901	AAGAC	2	10	55510	55519	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_007901	AAGAC	2	10	55766	55775	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_007901	AAGAC	2	10	55965	55974	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_007901	CCTTT	2	10	57742	57751	0 %	60 %	0 %	40 %	89885781
46	NC_007901	GCGCT	2	10	58181	58190	0 %	20 %	40 %	40 %	89885781
47	NC_007901	AAGCA	2	10	58231	58240	60 %	0 %	20 %	20 %	89885781
48	NC_007901	GTTGA	2	10	59891	59900	20 %	40 %	40 %	0 %	89885781
49	NC_007901	AAATG	2	10	62029	62038	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_007901	ATAAA	2	10	63237	63246	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_007901	GTCAC	2	10	64942	64951	20 %	20 %	20 %	40 %	89885784
52	NC_007901	GGCCG	2	10	69559	69568	0 %	0 %	60 %	40 %	89885791
53	NC_007901	GCTTT	2	10	69616	69625	0 %	60 %	20 %	20 %	89885791
54	NC_007901	GCTGG	2	10	69946	69955	0 %	20 %	60 %	20 %	89885791
55	NC_007901	TGAAC	2	10	71823	71832	40 %	20 %	20 %	20 %	89885793
56	NC_007901	GCTTG	2	10	72099	72108	0 %	40 %	40 %	20 %	89885793
57	NC_007901	TGCAA	2	10	74352	74361	40 %	20 %	20 %	20 %	89885797
58	NC_007901	ACCTG	2	10	76148	76157	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_007901	GCCAA	2	10	82185	82194	40 %	0 %	20 %	40 %	89885804
60	NC_007901	ATCCA	2	10	85428	85437	40 %	20 %	0 %	40 %	89885808
61	NC_007901	GTGCT	2	10	85659	85668	0 %	40 %	40 %	20 %	89885808
62	NC_007901	GTCCC	2	10	86674	86683	0 %	20 %	20 %	60 %	89885809
63	NC_007901	TTGCA	2	10	86727	86736	20 %	40 %	20 %	20 %	89885809
64	NC_007901	CTGAT	2	10	87370	87379	20 %	40 %	20 %	20 %	89885810
65	NC_007901	TGCCA	2	10	88125	88134	20 %	20 %	20 %	40 %	89885811
66	NC_007901	GGAAT	2	10	88493	88502	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
67	NC_007901	TGAAC	2	10	90420	90429	40 %	20 %	20 %	20 %	89885813
68	NC_007901	TGGAT	2	10	90463	90472	20 %	40 %	40 %	0 %	89885813
69	NC_007901	GCAGG	2	10	94866	94875	20 %	0 %	60 %	20 %	89885816
70	NC_007901	TGACC	2	10	95702	95711	20 %	20 %	20 %	40 %	89885818
71	NC_007901	TCGAA	2	10	95902	95911	40 %	20 %	20 %	20 %	89885818
72	NC_007901	TCAAA	2	10	95990	95999	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_007901	ATCAA	2	10	96932	96941	60 %	20 %	0 %	20 %	89885819
74	NC_007901	ATGGC	2	10	98232	98241	20 %	20 %	40 %	20 %	89885820
75	NC_007901	ATCTG	2	10	98484	98493	20 %	40 %	20 %	20 %	89885820
76	NC_007901	GTCGG	2	10	98594	98603	0 %	20 %	60 %	20 %	89885820
77	NC_007901	ATGCC	2	10	103468	103477	20 %	20 %	20 %	40 %	89885825
78	NC_007901	TGATT	2	10	103647	103656	20 %	60 %	20 %	0 %	89885825
79	NC_007901	CTGGC	2	10	107388	107397	0 %	20 %	40 %	40 %	89885830
80	NC_007901	GATCG	2	10	109093	109102	20 %	20 %	40 %	20 %	89885831
81	NC_007901	CTGAT	2	10	109615	109624	20 %	40 %	20 %	20 %	89885832
82	NC_007901	CCAAA	2	10	112297	112306	60 %	0 %	0 %	40 %	89885835
83	NC_007901	TGGCA	2	10	112817	112826	20 %	20 %	40 %	20 %	89885835
84	NC_007901	GATTC	2	10	116211	116220	20 %	40 %	20 %	20 %	89885840
85	NC_007901	GCTGG	2	10	116571	116580	0 %	20 %	60 %	20 %	89885840
86	NC_007901	GGGTT	2	10	118064	118073	0 %	40 %	60 %	0 %	89885840
87	NC_007901	CTGTT	2	10	118279	118288	0 %	60 %	20 %	20 %	89885840
88	NC_007901	CAAGC	2	10	119952	119961	40 %	0 %	20 %	40 %	89885842
89	NC_007901	GCCCA	2	10	120276	120285	20 %	0 %	20 %	60 %	89885842
90	NC_007901	TGAAA	2	10	120352	120361	60 %	20 %	20 %	0 %	89885842
91	NC_007901	CTTGT	2	10	120843	120852	0 %	60 %	20 %	20 %	89885842
92	NC_007901	AGGCG	2	10	121437	121446	20 %	0 %	60 %	20 %	89885843
93	NC_007901	GTCGT	2	10	122552	122561	0 %	40 %	40 %	20 %	89885844
94	NC_007901	CAGTT	2	10	122779	122788	20 %	40 %	20 %	20 %	89885844
95	NC_007901	GAAAG	2	10	126892	126901	60 %	0 %	40 %	0 %	89885847
96	NC_007901	GGGGT	2	10	127625	127634	0 %	20 %	80 %	0 %	89885848
97	NC_007901	TGCTC	2	10	128844	128853	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
98	NC_007901	GCTTG	2	10	129379	129388	0 %	40 %	40 %	20 %	89885849
99	NC_007901	CGTCC	2	10	129426	129435	0 %	20 %	20 %	60 %	89885849
100	NC_007901	TGAAG	2	10	130232	130241	40 %	20 %	40 %	0 %	89885849
101	NC_007901	CTGAC	2	10	130293	130302	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_007901	CGACT	2	10	131425	131434	20 %	20 %	20 %	40 %	89885851
103	NC_007901	GGGTT	2	10	132797	132806	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
104	NC_007901	ACTCG	2	10	134269	134278	20 %	20 %	20 %	40 %	89885854
105	NC_007901	AGCGG	2	10	135461	135470	20 %	0 %	60 %	20 %	89885855
106	NC_007901	TGTTC	2	10	135561	135570	0 %	60 %	20 %	20 %	89885855
107	NC_007901	TTGTC	2	10	137255	137264	0 %	60 %	20 %	20 %	89885856
108	NC_007901	CCATG	2	10	138824	138833	20 %	20 %	20 %	40 %	89885859
109	NC_007901	TGCTG	2	10	138917	138926	0 %	40 %	40 %	20 %	89885859
110	NC_007901	GTCTT	2	10	139436	139445	0 %	60 %	20 %	20 %	89885860
111	NC_007901	CGGGT	2	10	139667	139676	0 %	20 %	60 %	20 %	89885860
112	NC_007901	ATCGA	2	10	139812	139821	40 %	20 %	20 %	20 %	89885860
113	NC_007901	CTTGA	2	10	145759	145768	20 %	40 %	20 %	20 %	89885867
114	NC_007901	CGGCG	2	10	148051	148060	0 %	0 %	60 %	40 %	89885869
115	NC_007901	CGGGG	2	10	150464	150473	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
116	NC_007901	CGCTG	2	10	152228	152237	0 %	20 %	40 %	40 %	89885873
117	NC_007901	GTCGT	2	10	152527	152536	0 %	40 %	40 %	20 %	89885873
118	NC_007901	TGTGA	2	10	154757	154766	20 %	40 %	40 %	0 %	89885876
119	NC_007901	TCAAC	2	10	156737	156746	40 %	20 %	0 %	40 %	89885878
120	NC_007901	GACGC	2	10	159337	159346	20 %	0 %	40 %	40 %	89885878
121	NC_007901	TGTTC	2	10	161150	161159	0 %	60 %	20 %	20 %	89885881
122	NC_007901	TTTCA	2	10	161289	161298	20 %	60 %	0 %	20 %	89885881
123	NC_007901	CTTTC	2	10	162777	162786	0 %	60 %	0 %	40 %	89885884
124	NC_007901	GGCCA	2	10	164438	164447	20 %	0 %	40 %	40 %	89885885
125	NC_007901	GCACG	2	10	167240	167249	20 %	0 %	40 %	40 %	89885887
126	NC_007901	TCGCC	2	10	167376	167385	0 %	20 %	20 %	60 %	89885888
127	NC_007901	GGCGC	2	10	169094	169103	0 %	0 %	60 %	40 %	89885888
128	NC_007901	GTTCT	2	10	169318	169327	0 %	60 %	20 %	20 %	89885889
129	NC_007901	TGAAA	2	10	176893	176902	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_007901	CATCG	2	10	177850	177859	20 %	20 %	20 %	40 %	89885898
131	NC_007901	TTGGC	2	10	178074	178083	0 %	40 %	40 %	20 %	89885898
132	NC_007901	TCAAT	2	10	179810	179819	40 %	40 %	0 %	20 %	89885899
133	NC_007901	GGTGC	2	10	184095	184104	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
134	NC_007901	ACTTC	2	10	184115	184124	20 %	40 %	0 %	40 %	89885903
135	NC_007901	CCAAT	2	10	184324	184333	40 %	20 %	0 %	40 %	89885903
136	NC_007901	AGTAA	2	10	184761	184770	60 %	20 %	20 %	0 %	89885904
137	NC_007901	TTTCA	2	10	185430	185439	20 %	60 %	0 %	20 %	89885905
138	NC_007901	CCATT	2	10	186023	186032	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
139	NC_007901	GTCTG	2	10	186359	186368	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
140	NC_007901	TCCTT	2	10	187164	187173	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
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155	NC_007901	CAAGC	2	10	207073	207082	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
156	NC_007901	ATTCC	2	10	207250	207259	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
157	NC_007901	TCCCG	2	10	209256	209265	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
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160	NC_007901	TTTCA	2	10	215179	215188	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
161	NC_007901	CATCG	2	10	216317	216326	20 %	20 %	20 %	40 %	89885948
162	NC_007901	GCGCT	2	10	217938	217947	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
163	NC_007901	GATGT	2	10	221626	221635	20 %	40 %	40 %	0 %	89885954
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176	NC_007901	GACCA	2	10	241170	241179	40 %	0 %	20 %	40 %	89885969
177	NC_007901	TTTGG	2	10	243453	243462	0 %	60 %	40 %	0 %	89885971
178	NC_007901	TTTGC	2	10	245499	245508	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
179	NC_007901	CCTTG	2	10	245531	245540	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
180	NC_007901	GAGCA	2	10	245781	245790	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
181	NC_007901	TGGGT	2	10	246030	246039	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
182	NC_007901	GCTGG	2	10	246246	246255	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
183	NC_007901	GTCAA	2	10	247195	247204	40 %	20 %	20 %	20 %	89885972
184	NC_007901	TCAAG	2	10	248256	248265	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
185	NC_007901	GTGTC	2	10	249451	249460	0 %	40 %	40 %	20 %	89885973
186	NC_007901	TCGTT	2	10	251749	251758	0 %	60 %	20 %	20 %	89885975
187	NC_007901	ATCCG	2	10	253354	253363	20 %	20 %	20 %	40 %	89885977
188	NC_007901	TCAGT	2	10	254501	254510	20 %	40 %	20 %	20 %	89885978
189	NC_007901	CAGGC	2	10	254535	254544	20 %	0 %	40 %	40 %	89885978
190	NC_007901	TTTCA	2	10	255483	255492	20 %	60 %	0 %	20 %	89885978
191	NC_007901	CGCCA	2	10	257029	257038	20 %	0 %	20 %	60 %	89885980

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.