MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Rhodoferax ferrireducens T118 plasmid1

Total Repeats: 151

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007901	AATCC	2	10	515	524	40 %	20 %	0 %	40 %	89885733
2	NC_007901	TCGCC	2	10	1335	1344	0 %	20 %	20 %	60 %	89885733
3	NC_007901	CGACG	2	10	5894	5903	20 %	0 %	40 %	40 %	89885738
4	NC_007901	GGCGC	2	10	10627	10636	0 %	0 %	60 %	40 %	89885742
5	NC_007901	TTCCA	2	10	12030	12039	20 %	40 %	0 %	40 %	89885743
6	NC_007901	AGTCA	2	10	15322	15331	40 %	20 %	20 %	20 %	89885746
7	NC_007901	GCCCT	2	10	15452	15461	0 %	20 %	20 %	60 %	89885746
8	NC_007901	AGGCC	2	10	18370	18379	20 %	0 %	40 %	40 %	89885748
9	NC_007901	CTCCG	2	10	18429	18438	0 %	20 %	20 %	60 %	89885748
10	NC_007901	TTGAT	2	10	18891	18900	20 %	60 %	20 %	0 %	89885750
11	NC_007901	GGGCG	2	10	23039	23048	0 %	0 %	80 %	20 %	89885753
12	NC_007901	GGCAT	2	10	23080	23089	20 %	20 %	40 %	20 %	89885753
13	NC_007901	GGCGC	2	10	25648	25657	0 %	0 %	60 %	40 %	89885755
14	NC_007901	TTGCT	2	10	26998	27007	0 %	60 %	20 %	20 %	89885757
15	NC_007901	CAAAG	2	10	27064	27073	60 %	0 %	20 %	20 %	89885757
16	NC_007901	ATGCG	2	10	27809	27818	20 %	20 %	40 %	20 %	89885758
17	NC_007901	CGGGG	2	10	27942	27951	0 %	0 %	80 %	20 %	89885758
18	NC_007901	GTCCA	2	10	28198	28207	20 %	20 %	20 %	40 %	89885758
19	NC_007901	AGGCA	2	10	29379	29388	40 %	0 %	40 %	20 %	89885760
20	NC_007901	GCCCT	2	10	30125	30134	0 %	20 %	20 %	60 %	89885760
21	NC_007901	GGTCC	2	10	30190	30199	0 %	20 %	40 %	40 %	89885760
22	NC_007901	TGATC	2	10	30349	30358	20 %	40 %	20 %	20 %	89885760
23	NC_007901	ATTGG	2	10	33251	33260	20 %	40 %	40 %	0 %	89885763
24	NC_007901	GGTTT	2	10	36290	36299	0 %	60 %	40 %	0 %	89885766
25	NC_007901	GTCAA	2	10	39386	39395	40 %	20 %	20 %	20 %	89885768
26	NC_007901	GTGGC	2	10	39918	39927	0 %	20 %	60 %	20 %	89885768
27	NC_007901	AGTGC	2	10	39979	39988	20 %	20 %	40 %	20 %	89885768
28	NC_007901	CCATC	2	10	39999	40008	20 %	20 %	0 %	60 %	89885768
29	NC_007901	GCGCC	2	10	42075	42084	0 %	0 %	40 %	60 %	89885771
30	NC_007901	TTTGC	2	10	45922	45931	0 %	60 %	20 %	20 %	89885774
31	NC_007901	CAGGA	2	10	48697	48706	40 %	0 %	40 %	20 %	89885776
32	NC_007901	GGGCA	2	10	54373	54382	20 %	0 %	60 %	20 %	89885780
33	NC_007901	CCTTT	2	10	57742	57751	0 %	60 %	0 %	40 %	89885781
34	NC_007901	GCGCT	2	10	58181	58190	0 %	20 %	40 %	40 %	89885781
35	NC_007901	AAGCA	2	10	58231	58240	60 %	0 %	20 %	20 %	89885781
36	NC_007901	GTTGA	2	10	59891	59900	20 %	40 %	40 %	0 %	89885781
37	NC_007901	GTCAC	2	10	64942	64951	20 %	20 %	20 %	40 %	89885784
38	NC_007901	GGCCG	2	10	69559	69568	0 %	0 %	60 %	40 %	89885791
39	NC_007901	GCTTT	2	10	69616	69625	0 %	60 %	20 %	20 %	89885791
40	NC_007901	GCTGG	2	10	69946	69955	0 %	20 %	60 %	20 %	89885791
41	NC_007901	TGAAC	2	10	71823	71832	40 %	20 %	20 %	20 %	89885793
42	NC_007901	GCTTG	2	10	72099	72108	0 %	40 %	40 %	20 %	89885793
43	NC_007901	TGCAA	2	10	74352	74361	40 %	20 %	20 %	20 %	89885797
44	NC_007901	GCCAA	2	10	82185	82194	40 %	0 %	20 %	40 %	89885804
45	NC_007901	ATCCA	2	10	85428	85437	40 %	20 %	0 %	40 %	89885808
46	NC_007901	GTGCT	2	10	85659	85668	0 %	40 %	40 %	20 %	89885808
47	NC_007901	GTCCC	2	10	86674	86683	0 %	20 %	20 %	60 %	89885809
48	NC_007901	TTGCA	2	10	86727	86736	20 %	40 %	20 %	20 %	89885809
49	NC_007901	CTGAT	2	10	87370	87379	20 %	40 %	20 %	20 %	89885810
50	NC_007901	TGCCA	2	10	88125	88134	20 %	20 %	20 %	40 %	89885811
51	NC_007901	TGAAC	2	10	90420	90429	40 %	20 %	20 %	20 %	89885813
52	NC_007901	TGGAT	2	10	90463	90472	20 %	40 %	40 %	0 %	89885813
53	NC_007901	GCAGG	2	10	94866	94875	20 %	0 %	60 %	20 %	89885816
54	NC_007901	TGACC	2	10	95702	95711	20 %	20 %	20 %	40 %	89885818
55	NC_007901	TCGAA	2	10	95902	95911	40 %	20 %	20 %	20 %	89885818
56	NC_007901	ATCAA	2	10	96932	96941	60 %	20 %	0 %	20 %	89885819
57	NC_007901	ATGGC	2	10	98232	98241	20 %	20 %	40 %	20 %	89885820
58	NC_007901	ATCTG	2	10	98484	98493	20 %	40 %	20 %	20 %	89885820
59	NC_007901	GTCGG	2	10	98594	98603	0 %	20 %	60 %	20 %	89885820
60	NC_007901	ATGCC	2	10	103468	103477	20 %	20 %	20 %	40 %	89885825
61	NC_007901	TGATT	2	10	103647	103656	20 %	60 %	20 %	0 %	89885825
62	NC_007901	CTGGC	2	10	107388	107397	0 %	20 %	40 %	40 %	89885830
63	NC_007901	GATCG	2	10	109093	109102	20 %	20 %	40 %	20 %	89885831
64	NC_007901	CTGAT	2	10	109615	109624	20 %	40 %	20 %	20 %	89885832
65	NC_007901	CCAAA	2	10	112297	112306	60 %	0 %	0 %	40 %	89885835
66	NC_007901	TGGCA	2	10	112817	112826	20 %	20 %	40 %	20 %	89885835
67	NC_007901	GATTC	2	10	116211	116220	20 %	40 %	20 %	20 %	89885840
68	NC_007901	GCTGG	2	10	116571	116580	0 %	20 %	60 %	20 %	89885840
69	NC_007901	GGGTT	2	10	118064	118073	0 %	40 %	60 %	0 %	89885840
70	NC_007901	CTGTT	2	10	118279	118288	0 %	60 %	20 %	20 %	89885840
71	NC_007901	CAAGC	2	10	119952	119961	40 %	0 %	20 %	40 %	89885842
72	NC_007901	GCCCA	2	10	120276	120285	20 %	0 %	20 %	60 %	89885842
73	NC_007901	TGAAA	2	10	120352	120361	60 %	20 %	20 %	0 %	89885842
74	NC_007901	CTTGT	2	10	120843	120852	0 %	60 %	20 %	20 %	89885842
75	NC_007901	AGGCG	2	10	121437	121446	20 %	0 %	60 %	20 %	89885843
76	NC_007901	GTCGT	2	10	122552	122561	0 %	40 %	40 %	20 %	89885844
77	NC_007901	CAGTT	2	10	122779	122788	20 %	40 %	20 %	20 %	89885844
78	NC_007901	GAAAG	2	10	126892	126901	60 %	0 %	40 %	0 %	89885847
79	NC_007901	GGGGT	2	10	127625	127634	0 %	20 %	80 %	0 %	89885848
80	NC_007901	GCTTG	2	10	129379	129388	0 %	40 %	40 %	20 %	89885849
81	NC_007901	CGTCC	2	10	129426	129435	0 %	20 %	20 %	60 %	89885849
82	NC_007901	TGAAG	2	10	130232	130241	40 %	20 %	40 %	0 %	89885849
83	NC_007901	CGACT	2	10	131425	131434	20 %	20 %	20 %	40 %	89885851
84	NC_007901	ACTCG	2	10	134269	134278	20 %	20 %	20 %	40 %	89885854
85	NC_007901	AGCGG	2	10	135461	135470	20 %	0 %	60 %	20 %	89885855
86	NC_007901	TGTTC	2	10	135561	135570	0 %	60 %	20 %	20 %	89885855
87	NC_007901	TTGTC	2	10	137255	137264	0 %	60 %	20 %	20 %	89885856
88	NC_007901	CCATG	2	10	138824	138833	20 %	20 %	20 %	40 %	89885859
89	NC_007901	TGCTG	2	10	138917	138926	0 %	40 %	40 %	20 %	89885859
90	NC_007901	GTCTT	2	10	139436	139445	0 %	60 %	20 %	20 %	89885860
91	NC_007901	CGGGT	2	10	139667	139676	0 %	20 %	60 %	20 %	89885860
92	NC_007901	ATCGA	2	10	139812	139821	40 %	20 %	20 %	20 %	89885860
93	NC_007901	CTTGA	2	10	145759	145768	20 %	40 %	20 %	20 %	89885867
94	NC_007901	CGGCG	2	10	148051	148060	0 %	0 %	60 %	40 %	89885869
95	NC_007901	CGCTG	2	10	152228	152237	0 %	20 %	40 %	40 %	89885873
96	NC_007901	GTCGT	2	10	152527	152536	0 %	40 %	40 %	20 %	89885873
97	NC_007901	TGTGA	2	10	154757	154766	20 %	40 %	40 %	0 %	89885876
98	NC_007901	TCAAC	2	10	156737	156746	40 %	20 %	0 %	40 %	89885878
99	NC_007901	GACGC	2	10	159337	159346	20 %	0 %	40 %	40 %	89885878
100	NC_007901	TGTTC	2	10	161150	161159	0 %	60 %	20 %	20 %	89885881
101	NC_007901	TTTCA	2	10	161289	161298	20 %	60 %	0 %	20 %	89885881
102	NC_007901	CTTTC	2	10	162777	162786	0 %	60 %	0 %	40 %	89885884
103	NC_007901	GGCCA	2	10	164438	164447	20 %	0 %	40 %	40 %	89885885
104	NC_007901	GCACG	2	10	167240	167249	20 %	0 %	40 %	40 %	89885887
105	NC_007901	TCGCC	2	10	167376	167385	0 %	20 %	20 %	60 %	89885888
106	NC_007901	GGCGC	2	10	169094	169103	0 %	0 %	60 %	40 %	89885888
107	NC_007901	GTTCT	2	10	169318	169327	0 %	60 %	20 %	20 %	89885889
108	NC_007901	CATCG	2	10	177850	177859	20 %	20 %	20 %	40 %	89885898
109	NC_007901	TTGGC	2	10	178074	178083	0 %	40 %	40 %	20 %	89885898
110	NC_007901	TCAAT	2	10	179810	179819	40 %	40 %	0 %	20 %	89885899
111	NC_007901	ACTTC	2	10	184115	184124	20 %	40 %	0 %	40 %	89885903
112	NC_007901	CCAAT	2	10	184324	184333	40 %	20 %	0 %	40 %	89885903
113	NC_007901	AGTAA	2	10	184761	184770	60 %	20 %	20 %	0 %	89885904
114	NC_007901	TTTCA	2	10	185430	185439	20 %	60 %	0 %	20 %	89885905
115	NC_007901	CAACA	2	10	187745	187754	60 %	0 %	0 %	40 %	89885908
116	NC_007901	TGGAG	2	10	188138	188147	20 %	20 %	60 %	0 %	89885909
117	NC_007901	GCATG	2	10	190585	190594	20 %	20 %	40 %	20 %	89885911
118	NC_007901	CAGTT	2	10	190999	191008	20 %	40 %	20 %	20 %	89885911
119	NC_007901	TCGTC	2	10	193512	193521	0 %	40 %	20 %	40 %	89885914
120	NC_007901	CTCAA	2	10	194252	194261	40 %	20 %	0 %	40 %	89885914
121	NC_007901	CCAAC	2	10	199613	199622	40 %	0 %	0 %	60 %	89885919
122	NC_007901	GCATG	2	10	199847	199856	20 %	20 %	40 %	20 %	89885920
123	NC_007901	CGTCC	2	10	199989	199998	0 %	20 %	20 %	60 %	89885920
124	NC_007901	TTGAT	2	10	203123	203132	20 %	60 %	20 %	0 %	89885926
125	NC_007901	TCCCG	2	10	203335	203344	0 %	20 %	20 %	60 %	89885927
126	NC_007901	TGTCG	2	10	204419	204428	0 %	40 %	40 %	20 %	89885929
127	NC_007901	AATGC	2	10	206606	206615	40 %	20 %	20 %	20 %	89885932
128	NC_007901	ATTTC	2	10	206679	206688	20 %	60 %	0 %	20 %	89885932
129	NC_007901	CCCAG	2	10	210337	210346	20 %	0 %	20 %	60 %	89885939
130	NC_007901	GTCGC	2	10	212330	212339	0 %	20 %	40 %	40 %	89885943
131	NC_007901	CATCG	2	10	216317	216326	20 %	20 %	20 %	40 %	89885948
132	NC_007901	GATGT	2	10	221626	221635	20 %	40 %	40 %	0 %	89885954
133	NC_007901	TCAGG	2	10	222835	222844	20 %	20 %	40 %	20 %	89885955
134	NC_007901	AGTGC	2	10	222962	222971	20 %	20 %	40 %	20 %	89885955
135	NC_007901	TGCCC	2	10	224623	224632	0 %	20 %	20 %	60 %	89885957
136	NC_007901	GACGG	2	10	228438	228447	20 %	0 %	60 %	20 %	89885958
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151	NC_007901	CGCCA	2	10	257029	257038	20 %	0 %	20 %	60 %	89885980

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.