MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhodoferax ferrireducens T118 plasmid1

Total Repeats: 114

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007901	ATTG	2	8	9673	9680	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_007901	TTGG	2	8	26191	26198	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007901	AGGG	2	8	29007	29014	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
4	NC_007901	TTCT	2	8	29040	29047	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
5	NC_007901	AAGG	2	8	32550	32557	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_007901	TGTC	2	8	34140	34147	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_007901	AGAA	2	8	36811	36818	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_007901	AAAC	2	8	37135	37142	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
9	NC_007901	TTTG	2	8	43144	43151	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_007901	TATT	2	8	43736	43743	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_007901	ATAA	2	8	49763	49770	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_007901	GGTG	2	8	50257	50264	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
13	NC_007901	TGCC	2	8	50518	50525	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
14	NC_007901	AAAG	2	8	54733	54740	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_007901	GGGA	2	8	55036	55043	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
16	NC_007901	CAAC	2	8	55071	55078	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_007901	TCAA	2	8	55221	55228	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_007901	TCAA	2	8	55370	55377	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
19	NC_007901	AACA	2	8	55527	55534	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_007901	TCAA	2	8	55791	55798	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
21	NC_007901	CAAC	2	8	55898	55905	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_007901	TCAA	2	8	55990	55997	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
23	NC_007901	CAAC	2	8	56097	56104	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
24	NC_007901	GGCA	2	8	61692	61699	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
25	NC_007901	GAAA	2	8	61879	61886	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_007901	CTGC	2	8	61977	61984	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
27	NC_007901	GTTC	2	8	62199	62206	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
28	NC_007901	CCCA	2	8	62472	62479	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
29	NC_007901	AGAA	2	8	63164	63171	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_007901	CAAC	2	8	70500	70507	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_007901	CCTT	2	8	74250	74257	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
32	NC_007901	GCTT	2	8	75606	75613	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_007901	CACT	2	8	75696	75703	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_007901	GAAA	2	8	75780	75787	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007901	ACGC	2	8	75856	75863	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
36	NC_007901	GGAA	2	8	82928	82935	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_007901	GTCC	2	8	92537	92544	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
38	NC_007901	TTTG	2	8	94144	94151	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_007901	GCGG	2	8	94260	94267	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
40	NC_007901	GTTC	2	8	94484	94491	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
41	NC_007901	CGAC	2	8	107976	107983	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
42	NC_007901	TGCA	2	8	108031	108038	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
43	NC_007901	GCTC	2	8	108181	108188	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
44	NC_007901	TTGT	2	8	108256	108263	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_007901	CTTC	2	8	111054	111061	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
46	NC_007901	TTGA	2	8	121101	121108	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_007901	AACA	2	8	121117	121124	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
48	NC_007901	CAGG	2	8	121164	121171	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
49	NC_007901	GCCC	2	8	125506	125513	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
50	NC_007901	AAAT	2	8	128854	128861	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_007901	GCAA	2	8	129059	129066	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_007901	TTCA	2	8	130325	130332	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
53	NC_007901	TGGG	2	8	130342	130349	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
54	NC_007901	GATT	2	8	132085	132092	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_007901	GCCG	2	8	132898	132905	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
56	NC_007901	CCCA	2	8	133767	133774	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
57	NC_007901	GGGA	2	8	134849	134856	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
58	NC_007901	TGAA	2	8	135001	135008	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_007901	AACC	2	8	137575	137582	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_007901	TGAA	2	8	139019	139026	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_007901	AATG	2	8	142085	142092	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_007901	CACC	2	8	144272	144279	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
63	NC_007901	GACC	2	8	144373	144380	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
64	NC_007901	CGCC	2	8	147517	147524	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
65	NC_007901	TGGA	3	12	147572	147583	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_007901	CATT	2	8	147938	147945	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_007901	TGCC	2	8	150352	150359	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
68	NC_007901	CCCT	2	8	150390	150397	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
69	NC_007901	TTGG	2	8	150439	150446	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_007901	TCCT	2	8	151016	151023	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_007901	ATTC	2	8	170845	170852	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_007901	GTTT	2	8	170910	170917	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_007901	ACGA	2	8	179401	179408	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_007901	GCCA	2	8	185137	185144	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
75	NC_007901	AAGC	2	8	186272	186279	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_007901	CTTC	2	8	187102	187109	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_007901	CCAA	2	8	188545	188552	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
78	NC_007901	CTTT	2	8	192417	192424	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_007901	CCAG	2	8	198588	198595	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
80	NC_007901	TCGC	2	8	205517	205524	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
81	NC_007901	ATCA	2	8	207059	207066	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_007901	TGGG	2	8	207371	207378	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
83	NC_007901	TGGC	2	8	207463	207470	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
84	NC_007901	AATC	2	8	209434	209441	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_007901	CCAT	2	8	209512	209519	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_007901	TGCC	2	8	209683	209690	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
87	NC_007901	CCGT	2	8	211747	211754	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
88	NC_007901	CCTT	2	8	213002	213009	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_007901	AAAG	2	8	214773	214780	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_007901	CGGC	2	8	215756	215763	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
91	NC_007901	CAGT	2	8	215813	215820	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
92	NC_007901	TTGG	2	8	216129	216136	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_007901	TTTG	2	8	216792	216799	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_007901	ATTC	2	8	216865	216872	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_007901	CAAG	2	8	217696	217703	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_007901	GCCT	2	8	217831	217838	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
97	NC_007901	CGGA	2	8	224096	224103	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
98	NC_007901	ACGG	2	8	240126	240133	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
99	NC_007901	GATG	2	8	240142	240149	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
100	NC_007901	CTTG	2	8	244112	244119	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_007901	GGAT	2	8	244179	244186	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_007901	CAAA	2	8	244628	244635	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
103	NC_007901	CTTG	2	8	245230	245237	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
104	NC_007901	CTTT	2	8	245467	245474	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
105	NC_007901	AAGG	2	8	245485	245492	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_007901	CCCG	2	8	245638	245645	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
107	NC_007901	GCAT	2	8	246007	246014	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_007901	GGCG	2	8	246099	246106	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
109	NC_007901	ATCA	2	8	246628	246635	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
110	NC_007901	CGTG	2	8	248095	248102	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
111	NC_007901	GTTC	2	8	248329	248336	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_007901	AGTA	2	8	250869	250876	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_007901	GCGA	2	8	250916	250923	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
114	NC_007901	TTTG	2	8	251071	251078	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.