MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydophila felis Fe/C-56

Total Repeats: 354

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007899	AGATTT	2	12	8473	8484	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	89897815
2	NC_007899	TACAAT	2	12	10025	10036	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	89897818
3	NC_007899	ACTTTG	2	12	16649	16660	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	89897825
4	NC_007899	CATATC	2	12	18339	18350	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	89897826
5	NC_007899	CCATTG	2	12	18852	18863	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	89897827
6	NC_007899	AATTTT	2	12	19271	19282	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	89897827
7	NC_007899	CTTCTC	2	12	25288	25299	0 %	50 %	0 %	50 %	89897832
8	NC_007899	TCGATA	2	12	25413	25424	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	89897832
9	NC_007899	CAGCTC	2	12	30103	30114	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	89897835
10	NC_007899	CAAAAA	2	12	50540	50551	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	89897854
11	NC_007899	TTTGTG	2	12	51178	51189	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	89897856
12	NC_007899	AGTATC	2	12	54361	54372	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	89897857
13	NC_007899	TCTTTT	2	12	63873	63884	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	89897865
14	NC_007899	TCCCGT	2	12	64451	64462	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	89897865
15	NC_007899	AGCTTG	2	12	67015	67026	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	89897867
16	NC_007899	CGTTTT	2	12	69853	69864	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	89897870
17	NC_007899	TTGGCA	2	12	73781	73792	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	89897873
18	NC_007899	GTTTTT	2	12	87097	87108	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	89897887
19	NC_007899	TATTTT	2	12	90339	90350	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	89897890
20	NC_007899	ACCATA	2	12	90696	90707	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	89897890
21	NC_007899	TGTAAG	2	12	91073	91084	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	89897890
22	NC_007899	GCTTCT	3	18	107609	107626	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	89897902
23	NC_007899	TTTTAG	2	12	110829	110840	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	89897903
24	NC_007899	TTCTGA	2	12	113677	113688	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	89897905
25	NC_007899	AAGGAT	2	12	115061	115072	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	89897905
26	NC_007899	GGAAAA	2	12	118007	118018	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	89897907
27	NC_007899	CCAATG	2	12	119304	119315	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	89897908
28	NC_007899	TCAAAG	2	12	119598	119609	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	89897908
29	NC_007899	GGCTAT	2	12	120488	120499	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	89897909
30	NC_007899	AGTATC	2	12	121843	121854	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	89897910
31	NC_007899	AAGGGC	2	12	122003	122014	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	89897910
32	NC_007899	ACTGAA	2	12	127719	127730	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	89897916
33	NC_007899	TTGGTT	2	12	131484	131495	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	89897921
34	NC_007899	ATAGCT	2	12	132708	132719	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	89897922
35	NC_007899	ATCCTA	2	12	134077	134088	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	89897923
36	NC_007899	GAAAAT	2	12	138068	138079	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	89897926
37	NC_007899	ATATAA	2	12	139246	139257	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	89897928
38	NC_007899	TTGAGT	2	12	140324	140335	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	89897929
39	NC_007899	GCGGTA	2	12	141856	141867	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	89897930
40	NC_007899	GCCATA	2	12	143101	143112	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	89897932
41	NC_007899	AGATTT	2	12	146711	146722	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	89897934
42	NC_007899	TTTAGC	2	12	158254	158265	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	89897940
43	NC_007899	GAATAT	2	12	163889	163900	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	89897944
44	NC_007899	CTTTAA	2	12	166204	166215	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	89897946
45	NC_007899	GCTTGG	2	12	169262	169273	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	89897947
46	NC_007899	TTGTCT	2	12	170426	170437	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	89897947
47	NC_007899	GTAGAT	2	12	171167	171178	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	89897948
48	NC_007899	GAACAA	2	12	181224	181235	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	89897956
49	NC_007899	GGGGTT	2	12	184230	184241	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	89897959
50	NC_007899	TTCGTT	2	12	193437	193448	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	89897968
51	NC_007899	GATAGA	2	12	195044	195055	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	89897970
52	NC_007899	GTTTTA	2	12	195086	195097	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	89897970
53	NC_007899	TTTTGG	2	12	195568	195579	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	89897970
54	NC_007899	TAACGA	2	12	195870	195881	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	89897971
55	NC_007899	GTTTTT	2	12	203537	203548	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	89897978
56	NC_007899	TGTTTT	2	12	204607	204618	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	89897978
57	NC_007899	CGGCAA	2	12	217291	217302	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	89897992
58	NC_007899	ATGTTC	2	12	221835	221846	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	89897997
59	NC_007899	TACAGA	2	12	222235	222246	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	89897998
60	NC_007899	TTAAAA	2	12	230081	230092	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	89898005
61	NC_007899	TTCAAT	2	12	236937	236948	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	89898012
62	NC_007899	GTTATG	2	12	243368	243379	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	89898016
63	NC_007899	AAGGGA	2	12	253746	253757	50 %	0 %	50 %	0 %	89898023
64	NC_007899	AGATGT	2	12	258089	258100	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	89898025
65	NC_007899	GCAATC	2	12	261254	261265	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	89898028
66	NC_007899	AAAGAG	2	12	262832	262843	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	89898029
67	NC_007899	TTACTT	2	12	267271	267282	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	89898032
68	NC_007899	TGGTAA	2	12	269090	269101	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	89898033
69	NC_007899	AGTGCA	2	12	270985	270996	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	89898036
70	NC_007899	AATGAA	2	12	276046	276057	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	89898039
71	NC_007899	TCAAGA	2	12	277097	277108	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	89898040
72	NC_007899	AGCTGC	2	12	280762	280773	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	89898042
73	NC_007899	ATTTAT	2	12	284500	284511	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	89898044
74	NC_007899	CATACT	2	12	285146	285157	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	89898045
75	NC_007899	AGCATA	2	12	293679	293690	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	89898054
76	NC_007899	AGAGTT	2	12	294250	294261	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	89898055
77	NC_007899	GAACTT	2	12	296159	296170	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	89898057
78	NC_007899	CAGGAA	2	12	298489	298500	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	89898058
79	NC_007899	CAACTT	2	12	300157	300168	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	89898059
80	NC_007899	TTTATG	2	12	303791	303802	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	89898063
81	NC_007899	GTTGAT	2	12	304449	304460	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	89898064
82	NC_007899	TTTGGT	2	12	305377	305388	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	89898066
83	NC_007899	GATTTA	2	12	309221	309232	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	89898071
84	NC_007899	TGAATG	2	12	312351	312362	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	89898074
85	NC_007899	ATGGCG	2	12	314981	314992	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	89898075
86	NC_007899	ACCTAC	2	12	317926	317937	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	89898078
87	NC_007899	CATCCA	2	12	318179	318190	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	89898078
88	NC_007899	CTTGAT	2	12	321031	321042	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	89898081
89	NC_007899	GCTTCA	2	12	324262	324273	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	89898084
90	NC_007899	GTTTTG	2	12	330239	330250	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	89898090
91	NC_007899	ATGCCT	2	12	333457	333468	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	89898092
92	NC_007899	GCTCCT	2	12	333493	333504	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	89898092
93	NC_007899	GGTGTG	2	12	334825	334836	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	89898094
94	NC_007899	TTTTCT	2	12	336127	336138	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	89898095
95	NC_007899	TCTTTT	2	12	339562	339573	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	89898098
96	NC_007899	CTGAGT	2	12	347863	347874	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	89898107
97	NC_007899	TCTAGT	2	12	355591	355602	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	89898115
98	NC_007899	GCTAAA	2	12	361185	361196	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	89898121
99	NC_007899	GTCGCA	2	12	362832	362843	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	89898124
100	NC_007899	TGGTGA	2	12	371134	371145	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	89898128
101	NC_007899	ATGCAA	2	12	376020	376031	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	89898133
102	NC_007899	TTAAAA	2	12	379298	379309	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	89898136
103	NC_007899	TAGATA	2	12	386189	386200	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	161611313
104	NC_007899	TTTGTA	2	12	389087	389098	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	89898142
105	NC_007899	TCCTGA	2	12	389320	389331	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	89898142
106	NC_007899	TATAGG	2	12	389458	389469	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	89898142
107	NC_007899	GAGATA	2	12	392085	392096	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	89898142
108	NC_007899	CTTAAT	2	12	395262	395273	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	89898143
109	NC_007899	CATCCA	2	12	396498	396509	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	89898145
110	NC_007899	GCTAAA	2	12	397228	397239	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	89898145
111	NC_007899	TCGTGA	2	12	398457	398468	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	89898146
112	NC_007899	TTATCT	2	12	411972	411983	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	89898155
113	NC_007899	AAAGAA	2	12	414034	414045	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	89898157
114	NC_007899	GGAAGT	2	12	414491	414502	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	89898158
115	NC_007899	CGAAAC	2	12	415013	415024	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	89898158
116	NC_007899	AAATAG	2	12	419169	419180	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	89898162
117	NC_007899	TCCTCT	2	12	430673	430684	0 %	50 %	0 %	50 %	89898173
118	NC_007899	AGCTTT	2	12	433059	433070	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	89898175
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348	NC_007899	ATTTCC	2	12	1154049	1154060	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	89898805
349	NC_007899	CCTCTC	2	12	1154294	1154305	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	89898805
350	NC_007899	TGATCA	2	12	1154677	1154688	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	89898805
351	NC_007899	TCTTCC	2	12	1154965	1154976	0 %	50 %	0 %	50 %	89898805
352	NC_007899	CGGGAA	2	12	1155313	1155324	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	89898806
353	NC_007899	CTCCCG	2	12	1163631	1163642	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	89898810
354	NC_007899	TTAAAG	2	12	1163859	1163870	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	89898811

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.