MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Jannaschia sp. CCS1 plasmid1

Total Repeats: 44

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007801	GGCCTC	2	12	792	803	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	89057700
2	NC_007801	GGAACA	2	12	911	922	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	89057700
3	NC_007801	ATAGCC	2	12	1044	1055	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	89057700
4	NC_007801	CGGCAT	2	12	2488	2499	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	89057701
5	NC_007801	GCCGAT	2	12	6500	6511	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	89057704
6	NC_007801	GACAGC	2	12	7649	7660	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	89057706
7	NC_007801	CCCATG	2	12	10791	10802	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	89057712
8	NC_007801	CGCTGG	2	12	11112	11123	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	89057712
9	NC_007801	AGCCGC	2	12	13361	13372	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	89057712
10	NC_007801	CGATGC	2	12	16051	16062	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	89057716
11	NC_007801	GGAAGA	2	12	17821	17832	50 %	0 %	50 %	0 %	89057717
12	NC_007801	GCCGTG	2	12	20794	20805	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	89057720
13	NC_007801	GATCGC	2	12	22491	22502	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	89057722
14	NC_007801	CGAACG	2	12	27516	27527	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	89057725
15	NC_007801	TCACAA	2	12	30371	30382	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	89057727
16	NC_007801	TGCGTT	2	12	31709	31720	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	89057729
17	NC_007801	CCCGGC	2	12	35601	35612	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	89057732
18	NC_007801	CGATGA	2	12	36655	36666	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	89057733
19	NC_007801	AGGCCG	2	12	36940	36951	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	89057733
20	NC_007801	CCGGGC	2	12	37301	37312	0 %	0 %	50 %	50 %	89057734
21	NC_007801	CCGACA	2	12	37706	37717	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	89057735
22	NC_007801	GATGCG	2	12	40354	40365	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	89057737
23	NC_007801	GGACCA	2	12	41660	41671	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	89057738
24	NC_007801	CCGGAA	2	12	51236	51247	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	89057746
25	NC_007801	CACGGT	2	12	51422	51433	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	89057747
26	NC_007801	CCGGAG	2	12	55243	55254	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	89057749
27	NC_007801	CAGAGG	2	12	55289	55300	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	89057749
28	NC_007801	CATTCA	2	12	55862	55873	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	89057749
29	NC_007801	TCGTTT	2	12	59097	59108	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	89057750
30	NC_007801	AGGCGC	2	12	60183	60194	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	89057751
31	NC_007801	CCACAG	2	12	63344	63355	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	89057754
32	NC_007801	GGGGCA	2	12	64869	64880	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	89057755
33	NC_007801	CCGATC	2	12	65887	65898	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	89057756
34	NC_007801	GGCAAT	2	12	66992	67003	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	89057757
35	NC_007801	GGCAGC	2	12	67290	67301	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	89057757
36	NC_007801	GACCGT	2	12	70806	70817	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	89057760
37	NC_007801	GACCTG	2	12	73574	73585	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	89057763
38	NC_007801	GCGATG	2	12	74679	74690	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	89057764
39	NC_007801	CCTTGA	2	12	74902	74913	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	89057764
40	NC_007801	GCCTGG	2	12	75564	75575	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	89057764
41	NC_007801	GGTGTG	2	12	78180	78191	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	89057766
42	NC_007801	TGAGGG	2	12	78683	78694	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	89057766
43	NC_007801	GAGACT	2	12	78696	78707	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	89057766
44	NC_007801	AAGCCG	2	12	80710	80721	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	89057768

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.