MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Jannaschia sp. CCS1 plasmid1

Total Repeats: 175

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007801	CCAT	2	8	382	389	25 %	25 %	0 %	50 %	89057700
2	NC_007801	TCCA	2	8	549	556	25 %	25 %	0 %	50 %	89057700
3	NC_007801	AGGT	2	8	937	944	25 %	25 %	50 %	0 %	89057700
4	NC_007801	GCGG	2	8	963	970	0 %	0 %	75 %	25 %	89057700
5	NC_007801	ACGG	2	8	1112	1119	25 %	0 %	50 %	25 %	89057700
6	NC_007801	ATCT	2	8	2348	2355	25 %	50 %	0 %	25 %	89057701
7	NC_007801	CTGA	2	8	2826	2833	25 %	25 %	25 %	25 %	89057702
8	NC_007801	CGCC	2	8	3157	3164	0 %	0 %	25 %	75 %	89057702
9	NC_007801	TCGG	2	8	3297	3304	0 %	25 %	50 %	25 %	89057702
10	NC_007801	AGGC	2	8	4443	4450	25 %	0 %	50 %	25 %	89057703
11	NC_007801	GCCC	2	8	4575	4582	0 %	0 %	25 %	75 %	89057703
12	NC_007801	GCCC	2	8	4644	4651	0 %	0 %	25 %	75 %	89057703
13	NC_007801	CGCC	2	8	4974	4981	0 %	0 %	25 %	75 %	89057703
14	NC_007801	CACC	2	8	6802	6809	25 %	0 %	0 %	75 %	89057704
15	NC_007801	AGCA	2	8	6833	6840	50 %	0 %	25 %	25 %	89057704
16	NC_007801	GCGG	2	8	7752	7759	0 %	0 %	75 %	25 %	89057706
17	NC_007801	AGAT	2	8	8034	8041	50 %	25 %	25 %	0 %	89057706
18	NC_007801	CAGT	2	8	8496	8503	25 %	25 %	25 %	25 %	89057706
19	NC_007801	CCCG	2	8	8722	8729	0 %	0 %	25 %	75 %	89057707
20	NC_007801	ACCA	2	8	8820	8827	50 %	0 %	0 %	50 %	89057707
21	NC_007801	TGGC	2	8	9444	9451	0 %	25 %	50 %	25 %	89057709
22	NC_007801	GGCG	2	8	10606	10613	0 %	0 %	75 %	25 %	89057712
23	NC_007801	GATC	2	8	11197	11204	25 %	25 %	25 %	25 %	89057712
24	NC_007801	CGGG	2	8	11266	11273	0 %	0 %	75 %	25 %	89057712
25	NC_007801	CCGG	2	8	11492	11499	0 %	0 %	50 %	50 %	89057712
26	NC_007801	ATCG	2	8	11806	11813	25 %	25 %	25 %	25 %	89057712
27	NC_007801	GGCA	2	8	12036	12043	25 %	0 %	50 %	25 %	89057712
28	NC_007801	GCGG	2	8	12124	12131	0 %	0 %	75 %	25 %	89057712
29	NC_007801	CAAG	2	8	12931	12938	50 %	0 %	25 %	25 %	89057712
30	NC_007801	ACCC	2	8	13018	13025	25 %	0 %	0 %	75 %	89057712
31	NC_007801	AGGA	2	8	13170	13177	50 %	0 %	50 %	0 %	89057712
32	NC_007801	ACCT	2	8	14170	14177	25 %	25 %	0 %	50 %	89057713
33	NC_007801	GGAC	2	8	14380	14387	25 %	0 %	50 %	25 %	89057714
34	NC_007801	TCAT	2	8	15519	15526	25 %	50 %	0 %	25 %	89057716
35	NC_007801	GCTG	2	8	15563	15570	0 %	25 %	50 %	25 %	89057716
36	NC_007801	TTAC	2	8	16145	16152	25 %	50 %	0 %	25 %	89057716
37	NC_007801	TCTG	2	8	16957	16964	0 %	50 %	25 %	25 %	89057717
38	NC_007801	TCGC	2	8	16989	16996	0 %	25 %	25 %	50 %	89057717
39	NC_007801	CCCT	2	8	17016	17023	0 %	25 %	0 %	75 %	89057717
40	NC_007801	CGTC	2	8	17696	17703	0 %	25 %	25 %	50 %	89057717
41	NC_007801	CATT	2	8	18702	18709	25 %	50 %	0 %	25 %	89057718
42	NC_007801	CTGC	2	8	19021	19028	0 %	25 %	25 %	50 %	89057718
43	NC_007801	ATCA	2	8	19252	19259	50 %	25 %	0 %	25 %	89057719
44	NC_007801	CCGC	2	8	19436	19443	0 %	0 %	25 %	75 %	89057719
45	NC_007801	GACC	2	8	19560	19567	25 %	0 %	25 %	50 %	89057719
46	NC_007801	ACCC	2	8	19719	19726	25 %	0 %	0 %	75 %	89057719
47	NC_007801	ATTC	2	8	20582	20589	25 %	50 %	0 %	25 %	89057720
48	NC_007801	GGCC	2	8	21587	21594	0 %	0 %	50 %	50 %	89057721
49	NC_007801	CAGC	2	8	23201	23208	25 %	0 %	25 %	50 %	89057722
50	NC_007801	CCGC	2	8	23861	23868	0 %	0 %	25 %	75 %	89057722
51	NC_007801	GATC	2	8	24200	24207	25 %	25 %	25 %	25 %	89057722
52	NC_007801	CGGG	2	8	24873	24880	0 %	0 %	75 %	25 %	89057723
53	NC_007801	CGAG	2	8	24935	24942	25 %	0 %	50 %	25 %	89057723
54	NC_007801	TGTC	2	8	25147	25154	0 %	50 %	25 %	25 %	89057723
55	NC_007801	ACAA	2	8	25162	25169	75 %	0 %	0 %	25 %	89057723
56	NC_007801	CCCG	2	8	25972	25979	0 %	0 %	25 %	75 %	89057724
57	NC_007801	ACCA	2	8	26765	26772	50 %	0 %	0 %	50 %	89057724
58	NC_007801	TGCG	2	8	27185	27192	0 %	25 %	50 %	25 %	89057725
59	NC_007801	AACC	2	8	27681	27688	50 %	0 %	0 %	50 %	89057725
60	NC_007801	TTGA	2	8	28057	28064	25 %	50 %	25 %	0 %	89057725
61	NC_007801	TGGC	2	8	28145	28152	0 %	25 %	50 %	25 %	89057725
62	NC_007801	CGAT	2	8	28343	28350	25 %	25 %	25 %	25 %	89057725
63	NC_007801	ACCG	2	8	28757	28764	25 %	0 %	25 %	50 %	89057726
64	NC_007801	GACG	2	8	29881	29888	25 %	0 %	50 %	25 %	89057727
65	NC_007801	ACCC	2	8	30162	30169	25 %	0 %	0 %	75 %	89057727
66	NC_007801	TGAG	2	8	30552	30559	25 %	25 %	50 %	0 %	89057728
67	NC_007801	GCCA	2	8	30953	30960	25 %	0 %	25 %	50 %	89057728
68	NC_007801	ACGG	2	8	31936	31943	25 %	0 %	50 %	25 %	89057729
69	NC_007801	TGGC	2	8	32001	32008	0 %	25 %	50 %	25 %	89057729
70	NC_007801	TGGC	2	8	32316	32323	0 %	25 %	50 %	25 %	89057729
71	NC_007801	TCTG	2	8	32702	32709	0 %	50 %	25 %	25 %	89057729
72	NC_007801	GGCG	2	8	32773	32780	0 %	0 %	75 %	25 %	89057729
73	NC_007801	TGCC	2	8	33889	33896	0 %	25 %	25 %	50 %	89057730
74	NC_007801	TGGT	2	8	33910	33917	0 %	50 %	50 %	0 %	89057730
75	NC_007801	ATGT	2	8	34247	34254	25 %	50 %	25 %	0 %	89057731
76	NC_007801	CGCT	2	8	34877	34884	0 %	25 %	25 %	50 %	89057731
77	NC_007801	GCGG	2	8	34970	34977	0 %	0 %	75 %	25 %	89057731
78	NC_007801	CTTC	2	8	34984	34991	0 %	50 %	0 %	50 %	89057731
79	NC_007801	CCCG	2	8	35002	35009	0 %	0 %	25 %	75 %	89057731
80	NC_007801	CGGG	2	8	35152	35159	0 %	0 %	75 %	25 %	89057732
81	NC_007801	GGCC	2	8	35263	35270	0 %	0 %	50 %	50 %	89057732
82	NC_007801	TGGC	2	8	36113	36120	0 %	25 %	50 %	25 %	89057732
83	NC_007801	TGGA	2	8	36165	36172	25 %	25 %	50 %	0 %	89057732
84	NC_007801	CCCG	2	8	36182	36189	0 %	0 %	25 %	75 %	89057732
85	NC_007801	ACCA	2	8	37127	37134	50 %	0 %	0 %	50 %	89057734
86	NC_007801	CCAA	2	8	38422	38429	50 %	0 %	0 %	50 %	89057735
87	NC_007801	GAAA	2	8	38632	38639	75 %	0 %	25 %	0 %	89057736
88	NC_007801	TTTC	2	8	38648	38655	0 %	75 %	0 %	25 %	89057736
89	NC_007801	CAAC	2	8	39309	39316	50 %	0 %	0 %	50 %	89057736
90	NC_007801	GGTC	2	8	39630	39637	0 %	25 %	50 %	25 %	89057737
91	NC_007801	CAAT	2	8	40702	40709	50 %	25 %	0 %	25 %	89057738
92	NC_007801	AGCC	2	8	41604	41611	25 %	0 %	25 %	50 %	89057738
93	NC_007801	AATG	2	8	41861	41868	50 %	25 %	25 %	0 %	89057738
94	NC_007801	TCAG	2	8	42034	42041	25 %	25 %	25 %	25 %	89057738
95	NC_007801	CGCC	2	8	42608	42615	0 %	0 %	25 %	75 %	89057739
96	NC_007801	TCTG	2	8	44570	44577	0 %	50 %	25 %	25 %	89057740
97	NC_007801	CTGG	2	8	44714	44721	0 %	25 %	50 %	25 %	89057740
98	NC_007801	CTGC	2	8	44912	44919	0 %	25 %	25 %	50 %	89057740
99	NC_007801	GGCG	2	8	45034	45041	0 %	0 %	75 %	25 %	89057740
100	NC_007801	TGCA	2	8	45132	45139	25 %	25 %	25 %	25 %	89057740
101	NC_007801	GGCC	2	8	45525	45532	0 %	0 %	50 %	50 %	89057741
102	NC_007801	ATCA	2	8	45968	45975	50 %	25 %	0 %	25 %	89057741
103	NC_007801	CATC	2	8	46818	46825	25 %	25 %	0 %	50 %	89057742
104	NC_007801	AACC	2	8	47817	47824	50 %	0 %	0 %	50 %	89057743
105	NC_007801	ACCC	2	8	47908	47915	25 %	0 %	0 %	75 %	89057743
106	NC_007801	AGAA	2	8	48660	48667	75 %	0 %	25 %	0 %	89057743
107	NC_007801	AAAC	2	8	49264	49271	75 %	0 %	0 %	25 %	89057744
108	NC_007801	CAGC	2	8	49537	49544	25 %	0 %	25 %	50 %	89057744
109	NC_007801	CCAC	2	8	50211	50218	25 %	0 %	0 %	75 %	89057745
110	NC_007801	CGCT	2	8	51218	51225	0 %	25 %	25 %	50 %	89057746
111	NC_007801	GTCA	2	8	51819	51826	25 %	25 %	25 %	25 %	89057747
112	NC_007801	GCCT	2	8	52482	52489	0 %	25 %	25 %	50 %	89057748
113	NC_007801	ACGG	2	8	53499	53506	25 %	0 %	50 %	25 %	89057748
114	NC_007801	GGCT	2	8	54403	54410	0 %	25 %	50 %	25 %	89057748
115	NC_007801	TTGA	2	8	55339	55346	25 %	50 %	25 %	0 %	89057749
116	NC_007801	TCGA	2	8	55411	55418	25 %	25 %	25 %	25 %	89057749
117	NC_007801	AAGG	2	8	55738	55745	50 %	0 %	50 %	0 %	89057749
118	NC_007801	CAAC	2	8	56138	56145	50 %	0 %	0 %	50 %	89057749
119	NC_007801	TGGG	2	8	56302	56309	0 %	25 %	75 %	0 %	89057749
120	NC_007801	GCAA	2	8	56773	56780	50 %	0 %	25 %	25 %	89057749
121	NC_007801	TGGC	2	8	57398	57405	0 %	25 %	50 %	25 %	89057749
122	NC_007801	CTTG	2	8	57801	57808	0 %	50 %	25 %	25 %	89057749
123	NC_007801	GGTC	2	8	57849	57856	0 %	25 %	50 %	25 %	89057749
124	NC_007801	GACG	2	8	58017	58024	25 %	0 %	50 %	25 %	89057749
125	NC_007801	CGCC	2	8	59293	59300	0 %	0 %	25 %	75 %	89057751
126	NC_007801	GGCA	2	8	60911	60918	25 %	0 %	50 %	25 %	89057752
127	NC_007801	TTTC	2	8	60950	60957	0 %	75 %	0 %	25 %	89057752
128	NC_007801	GGGC	2	8	61101	61108	0 %	0 %	75 %	25 %	89057752
129	NC_007801	GGGT	2	8	61875	61882	0 %	25 %	75 %	0 %	89057752
130	NC_007801	CTCC	2	8	62415	62422	0 %	25 %	0 %	75 %	89057754
131	NC_007801	CCGA	2	8	63509	63516	25 %	0 %	25 %	50 %	89057754
132	NC_007801	AATC	2	8	63610	63617	50 %	25 %	0 %	25 %	89057754
133	NC_007801	CCGG	2	8	63825	63832	0 %	0 %	50 %	50 %	89057754
134	NC_007801	AGAA	2	8	64003	64010	75 %	0 %	25 %	0 %	89057755
135	NC_007801	ACAG	2	8	64016	64023	50 %	0 %	25 %	25 %	89057755
136	NC_007801	GCGG	2	8	64467	64474	0 %	0 %	75 %	25 %	89057755
137	NC_007801	GGCT	2	8	64730	64737	0 %	25 %	50 %	25 %	89057755
138	NC_007801	TGGC	2	8	65185	65192	0 %	25 %	50 %	25 %	89057756
139	NC_007801	CGAT	2	8	65229	65236	25 %	25 %	25 %	25 %	89057756
140	NC_007801	CAGG	2	8	65968	65975	25 %	0 %	50 %	25 %	89057756
141	NC_007801	CCAG	2	8	66439	66446	25 %	0 %	25 %	50 %	89057757
142	NC_007801	CAGG	2	8	66466	66473	25 %	0 %	50 %	25 %	89057757
143	NC_007801	GCAA	2	8	66726	66733	50 %	0 %	25 %	25 %	89057757
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.