MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas

Total Repeats: 422

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007799	TTTAAA	2	12	616	627	50 %	50 %	0 %	0 %	88657847
2	NC_007799	TAAAAA	2	12	1066	1077	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	88658505
3	NC_007799	ATGTCA	2	12	1456	1467	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	88658505
4	NC_007799	AACGTT	2	12	1525	1536	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	88658505
5	NC_007799	AAAAAC	2	12	1750	1761	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	88658005
6	NC_007799	AGCTAT	2	12	7147	7158	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	88657820
7	NC_007799	AGCCAT	2	12	7513	7524	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	88657820
8	NC_007799	ATTTAC	2	12	11670	11681	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	88657880
9	NC_007799	AATAGA	2	12	12219	12230	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	88657800
10	NC_007799	AGTTTC	2	12	15857	15868	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	88658447
11	NC_007799	GGAGAA	2	12	22401	22412	50 %	0 %	50 %	0 %	88657578
12	NC_007799	AGCAAG	2	12	33594	33605	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	88658043
13	NC_007799	ATGTAT	2	12	34946	34957	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	88658043
14	NC_007799	TCATCT	2	12	36254	36265	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	88657566
15	NC_007799	CTTCAT	2	12	36312	36323	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	88657566
16	NC_007799	TTAATT	2	12	38436	38447	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	88658241
17	NC_007799	GGTTTA	2	12	40241	40252	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	88658039
18	NC_007799	TTTTGT	2	12	49751	49762	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	88657931
19	NC_007799	ATTAGT	2	12	70228	70239	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	88658619
20	NC_007799	ACTTGT	2	12	70252	70263	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	88658619
21	NC_007799	TACATG	2	12	71302	71313	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	88658019
22	NC_007799	TGAAAT	2	12	72575	72586	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	88658019
23	NC_007799	ATGTTG	2	12	78665	78676	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	88658224
24	NC_007799	AGGATG	2	12	82513	82524	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	88658503
25	NC_007799	AAAATT	2	12	84214	84225	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	88658613
26	NC_007799	TTTAGT	2	12	86892	86903	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	161486751
27	NC_007799	GTGATA	2	12	91409	91420	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	88657757
28	NC_007799	TAAAAG	2	12	94840	94851	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	88657565
29	NC_007799	AAAAAG	2	12	101710	101721	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	88657795
30	NC_007799	AAAAAG	2	12	103994	104005	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	88657659
31	NC_007799	TTAATG	2	12	106233	106244	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	88657633
32	NC_007799	AAAAAG	2	12	106278	106289	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	88657633
33	NC_007799	CTACTG	2	12	112394	112405	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	88657897
34	NC_007799	GATTAC	2	12	116597	116608	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	88658053
35	NC_007799	GTATGA	2	12	116956	116967	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	88658053
36	NC_007799	AAAACT	2	12	119430	119441	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	88658307
37	NC_007799	AAACAA	2	12	122086	122097	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	88657691
38	NC_007799	TTTTGG	2	12	127743	127754	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	88657620
39	NC_007799	AAAAAT	2	12	128426	128437	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	88657620
40	NC_007799	CTGGTA	2	12	131149	131160	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	88658320
41	NC_007799	CAAAAA	2	12	132266	132277	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	88658012
42	NC_007799	AGGGCT	2	12	137693	137704	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	88657864
43	NC_007799	CCAAAG	2	12	137795	137806	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	88657864
44	NC_007799	AGTTGT	2	12	145731	145742	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	88658475
45	NC_007799	CACATA	2	12	151559	151570	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	88658615
46	NC_007799	TATTGA	2	12	152183	152194	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	88658416
47	NC_007799	TTATTT	2	12	152494	152505	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	88657829
48	NC_007799	GTTGAT	2	12	153610	153621	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	88658228
49	NC_007799	CATGAT	2	12	154905	154916	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	88657782
50	NC_007799	TGCATG	2	12	156971	156982	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	88658497
51	NC_007799	AATTAT	2	12	157081	157092	50 %	50 %	0 %	0 %	88658497
52	NC_007799	TGATTC	2	12	159393	159404	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	88658035
53	NC_007799	CCTGAT	2	12	164462	164473	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	88657859
54	NC_007799	TGGTGC	2	12	165487	165498	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	88658354
55	NC_007799	TGGTGA	2	12	166537	166548	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	88658354
56	NC_007799	ATATTA	2	12	169218	169229	50 %	50 %	0 %	0 %	88658243
57	NC_007799	AGCTGC	2	12	171320	171331	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	88658471
58	NC_007799	ATTAAA	2	12	173875	173886	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	88658666
59	NC_007799	CAATAT	2	12	174717	174728	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	88658343
60	NC_007799	ATTGCT	2	12	187170	187181	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	88658138
61	NC_007799	AGAAAG	2	12	189798	189809	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	88657667
62	NC_007799	CATGTT	2	12	194114	194125	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	88657986
63	NC_007799	ATGGAT	2	12	194426	194437	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	88657986
64	NC_007799	ATTAAA	2	12	198422	198433	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	88658242
65	NC_007799	AGTTAC	2	12	199569	199580	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	88658238
66	NC_007799	TACCTG	2	12	201605	201616	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	88658381
67	NC_007799	ACCTTT	2	12	208029	208040	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	88657641
68	NC_007799	TCTATT	2	12	214869	214880	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	88658654
69	NC_007799	CTATTA	2	12	215353	215364	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	88658654
70	NC_007799	TAAATC	2	12	215551	215562	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	88658629
71	NC_007799	AGTCAG	2	12	224823	224834	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	88658494
72	NC_007799	GATATT	2	12	225112	225123	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	88658494
73	NC_007799	GTTGTA	2	12	226386	226397	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	88658470
74	NC_007799	GTTAGT	2	12	228277	228288	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	88658158
75	NC_007799	GGAAAT	2	12	229863	229874	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	88658520
76	NC_007799	ATTGAT	2	12	232515	232526	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	88658189
77	NC_007799	TATCAC	2	12	239943	239954	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	88657932
78	NC_007799	CAGTTT	3	18	239961	239978	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	88657932
79	NC_007799	CATCTA	2	12	243840	243851	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	88657590
80	NC_007799	GTATCT	2	12	251537	251548	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	88658452
81	NC_007799	GAAGGA	2	12	251899	251910	50 %	0 %	50 %	0 %	88658452
82	NC_007799	ATCTTT	2	12	252815	252826	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	88658570
83	NC_007799	GATATG	2	12	254439	254450	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	88657709
84	NC_007799	ATTCAT	2	12	256167	256178	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	88658446
85	NC_007799	TAAAAG	2	12	258073	258084	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	88658593
86	NC_007799	TTCTGT	2	12	260240	260251	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	88657612
87	NC_007799	AGTTTA	2	12	260539	260550	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	88658011
88	NC_007799	TCTGGT	2	12	261365	261376	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	88657738
89	NC_007799	TTTATG	2	12	269866	269877	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	88658088
90	NC_007799	TATTTT	2	12	272866	272877	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	88658076
91	NC_007799	TATGGA	2	12	275482	275493	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	88657598
92	NC_007799	ATATCA	2	12	278087	278098	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	88657598
93	NC_007799	TGCTTG	2	12	278835	278846	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	88658384
94	NC_007799	TATCCA	2	12	283308	283319	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	88658407
95	NC_007799	GTTATT	2	12	284954	284965	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	88658105
96	NC_007799	TTTGTA	2	12	290326	290337	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	88658618
97	NC_007799	TTTTTG	2	12	293354	293365	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	88658425
98	NC_007799	TCTTGT	2	12	309750	309761	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	88658340
99	NC_007799	AGAATA	2	12	310614	310625	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	88657668
100	NC_007799	GGATCG	2	12	314996	315007	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	88657865
101	NC_007799	AATAGT	2	12	315414	315425	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	88658010
102	NC_007799	ATACTA	2	12	315556	315567	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	88658010
103	NC_007799	TAATAT	2	12	316760	316771	50 %	50 %	0 %	0 %	88658010
104	NC_007799	ATATTT	2	12	321781	321792	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	88658372
105	NC_007799	ATTGAT	2	12	327693	327704	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	88657809
106	NC_007799	TGATTA	2	12	328749	328760	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	88657684
107	NC_007799	ATACCA	2	12	333138	333149	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	88657860
108	NC_007799	TAAGTT	2	12	334367	334378	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	88658030
109	NC_007799	TAAATC	2	12	341800	341811	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	88657843
110	NC_007799	AGTAAC	2	12	342715	342726	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	88657843
111	NC_007799	AATTAG	2	12	344182	344193	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	88658321
112	NC_007799	AAGAGC	2	12	347849	347860	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	88657994
113	NC_007799	ATATTT	2	12	349095	349106	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	88657925
114	NC_007799	TAACCT	2	12	349328	349339	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	88657925
115	NC_007799	GTGAAA	2	12	351545	351556	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	88657958
116	NC_007799	TTGCTA	2	12	354037	354048	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	88658066
117	NC_007799	CTAAAG	2	12	354145	354156	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	88658066
118	NC_007799	TGAAGT	2	12	354998	355009	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	88658066
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120	NC_007799	TAATAT	2	12	356606	356617	50 %	50 %	0 %	0 %	88657734
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.