MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Methanospirillum hungatei JF-1 chromosome

Total Repeats: 163

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007796	GCATTT	2	12	402	413	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_007796	GAGAGT	2	12	459	470	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007796	AAAACA	2	12	1173	1184	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_007796	CACAAA	2	12	13314	13325	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_007796	AAAAGA	2	12	22832	22843	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_007796	CCTGTA	2	12	43079	43090	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_007796	GAAGGC	2	12	43280	43291	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_007796	TTCTTT	2	12	53011	53022	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_007796	AAATTA	2	12	120002	120013	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_007796	ATATGT	2	12	175468	175479	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_007796	GTGAAA	2	12	175544	175555	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_007796	ATAAGA	2	12	183653	183664	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_007796	GAACCA	2	12	268181	268192	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_007796	GATTAA	2	12	294675	294686	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_007796	TAATTT	2	12	338739	338750	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_007796	TATTAA	2	12	355583	355594	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_007796	ATATTA	2	12	356529	356540	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_007796	TCAGAT	2	12	400028	400039	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_007796	GGATTA	2	12	411033	411044	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_007796	GAAGTC	2	12	416682	416693	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_007796	AAAAGA	2	12	437024	437035	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_007796	CTTAAC	2	12	440368	440379	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_007796	CTGCAT	2	12	440533	440544	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_007796	AATACT	2	12	441376	441387	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_007796	CACAAA	2	12	457124	457135	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_007796	TTTTAT	2	12	484160	484171	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_007796	ATTTTT	2	12	495316	495327	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_007796	ACTATT	2	12	503509	503520	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_007796	GAACTG	2	12	504247	504258	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_007796	ACATGC	2	12	549410	549421	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_007796	CACAAA	2	12	559141	559152	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_007796	TCTCTT	2	12	586348	586359	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_007796	GATAAT	2	12	587350	587361	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_007796	AGCAAC	2	12	590368	590379	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_007796	TGTAAA	2	12	594513	594524	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_007796	GTGAAA	2	12	662799	662810	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_007796	ATCTCA	2	12	666130	666141	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_007796	GAAGAT	2	12	670936	670947	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_007796	CACAAA	2	12	674792	674803	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_007796	CACAAA	2	12	725810	725821	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_007796	TAATTT	2	12	727566	727577	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_007796	TTCTCT	2	12	728531	728542	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_007796	GTATAT	2	12	744570	744581	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_007796	TTATAC	2	12	780939	780950	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_007796	CTATGC	2	12	781145	781156	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_007796	ATGTGG	2	12	812828	812839	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_007796	GTGAAA	2	12	819379	819390	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_007796	TCTGCA	2	12	830710	830721	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_007796	AGGAGA	2	12	830739	830750	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_007796	CTCTAT	2	12	842914	842925	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_007796	GCGGGC	2	12	855413	855424	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_007796	CTTAAA	2	12	869291	869302	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_007796	ATTTAA	2	12	895721	895732	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_007796	GTGAAA	2	12	906543	906554	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_007796	TTTCAC	2	12	947730	947741	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_007796	ACCTTC	2	12	970209	970220	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
57	NC_007796	AGCCGG	2	12	972053	972064	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_007796	TGATAT	2	12	977681	977692	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_007796	ACAATA	2	12	987972	987983	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_007796	TCATTT	2	12	1047039	1047050	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_007796	AATATA	2	12	1057875	1057886	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_007796	TTCCTC	2	12	1130060	1130071	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_007796	CTATCG	2	12	1168128	1168139	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_007796	AATCAG	2	12	1201356	1201367	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_007796	ATAAAA	2	12	1209804	1209815	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_007796	GGGCAG	2	12	1212467	1212478	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_007796	CCTCTT	2	12	1212700	1212711	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_007796	CTTATG	2	12	1213527	1213538	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_007796	CGCCTT	2	12	1299067	1299078	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
70	NC_007796	TACAGG	2	12	1299269	1299280	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_007796	AACCAG	2	12	1325439	1325450	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_007796	ACATCA	2	12	1350340	1350351	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_007796	AAATTA	2	12	1386927	1386938	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_007796	AAATAT	2	12	1391491	1391502	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_007796	AGTGAT	2	12	1392085	1392096	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_007796	AAAACC	2	12	1413892	1413903	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_007796	AATATT	2	12	1463100	1463111	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_007796	ACCGGG	2	12	1478138	1478149	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_007796	ATAAGG	2	12	1484161	1484172	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_007796	AATATA	2	12	1498351	1498362	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_007796	TCTCTG	2	12	1534424	1534435	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_007796	GATCAG	2	12	1548177	1548188	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_007796	GGTTTT	2	12	1558324	1558335	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_007796	AAACAG	2	12	1560037	1560048	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_007796	CCTGAT	2	12	1581934	1581945	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_007796	CTTTTT	2	12	1600547	1600558	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_007796	TTTCAC	2	12	1666188	1666199	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_007796	GTCCTG	2	12	1672765	1672776	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_007796	CAAAAA	2	12	1674681	1674692	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_007796	GAGAAA	2	12	1689242	1689253	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_007796	TTTCAC	2	12	1691179	1691190	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_007796	AACCAT	2	12	1708483	1708494	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_007796	TCCAAC	2	12	1712054	1712065	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_007796	GTATCC	2	12	1717747	1717758	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_007796	CGGATC	2	12	1729489	1729500	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_007796	ATTTTT	2	12	1730006	1730017	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_007796	CACAAA	2	12	1766888	1766899	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_007796	GGATTC	2	12	1858198	1858209	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_007796	ATTCAG	2	12	1892485	1892496	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_007796	GAGTTT	2	12	1950943	1950954	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_007796	AGGAAC	2	12	1975144	1975155	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_007796	CGGTAA	2	12	1975549	1975560	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_007796	GGTTGA	2	12	1975616	1975627	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_007796	CTTTTT	2	12	1984758	1984769	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_007796	CTGAAA	2	12	2014257	2014268	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_007796	CAGGTA	2	12	2030213	2030224	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_007796	GATTCT	2	12	2068212	2068223	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_007796	CTGGAA	2	12	2085973	2085984	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_007796	CTCCCT	2	12	2093698	2093709	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
110	NC_007796	CTGCCC	2	12	2130368	2130379	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
111	NC_007796	GTGAAA	2	12	2130803	2130814	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_007796	AATCCC	2	12	2135663	2135674	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
113	NC_007796	GTGAAA	2	12	2163755	2163766	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_007796	TCTTCC	2	12	2184476	2184487	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
115	NC_007796	TCTCAT	2	12	2270782	2270793	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_007796	CACAAA	2	12	2283256	2283267	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_007796	GTCTGA	2	12	2287689	2287700	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_007796	GAAAAA	2	12	2288175	2288186	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_007796	TTCTAT	2	12	2321462	2321473	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_007796	GAATGG	2	12	2339957	2339968	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_007796	ATTTCC	2	12	2361410	2361421	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_007796	AAGATT	2	12	2394887	2394898	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_007796	TAAAAA	2	12	2394923	2394934	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_007796	AATATT	2	12	2406997	2407008	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_007796	ACTTGA	2	12	2413568	2413579	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_007796	CTTTTT	2	12	2426426	2426437	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_007796	TAAAAA	2	12	2446621	2446632	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_007796	TACAGA	2	12	2448031	2448042	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_007796	TCAGAT	2	12	2448465	2448476	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.