MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Methanospirillum hungatei JF-1 chromosome

Total Repeats: 963

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007796	AACGGA	2	12	4478	4489	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	88601326
2	NC_007796	CGAAAA	2	12	14700	14711	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	88601331
3	NC_007796	GGTGTC	2	12	28783	28794	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	88601337
4	NC_007796	ATCGGC	2	12	29727	29738	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	88601337
5	NC_007796	TATCTG	2	12	35511	35522	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	88601344
6	NC_007796	CCTCTT	2	12	54536	54547	0 %	50 %	0 %	50 %	88601356
7	NC_007796	GACCAT	2	12	74285	74296	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	88601372
8	NC_007796	TTTGAG	2	12	74523	74534	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	88601372
9	NC_007796	ACCAGG	2	12	74748	74759	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	88601372
10	NC_007796	GGAGCA	2	12	90669	90680	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	88601390
11	NC_007796	TTTTCG	2	12	91747	91758	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	88601391
12	NC_007796	TGATGC	2	12	99366	99377	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	88601396
13	NC_007796	ACCGGG	2	12	103818	103829	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	88601402
14	NC_007796	TGAACC	2	12	105996	106007	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	88601404
15	NC_007796	CAGATC	2	12	108378	108389	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	88601406
16	NC_007796	ATCTGA	2	12	113351	113362	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	88601413
17	NC_007796	GAACGT	2	12	114063	114074	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	88601414
18	NC_007796	CTCCCA	2	12	118315	118326	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	88601419
19	NC_007796	TGTCAG	2	12	118396	118407	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	88601419
20	NC_007796	AATATT	2	12	119868	119879	50 %	50 %	0 %	0 %	88601421
21	NC_007796	AAAGGA	2	12	122081	122092	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	88601423
22	NC_007796	AGGTGA	2	12	122095	122106	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	88601423
23	NC_007796	ATGCAA	2	12	123057	123068	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	88601424
24	NC_007796	TTCTGC	2	12	123447	123458	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	88601424
25	NC_007796	AAGATA	2	12	124604	124615	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	88601425
26	NC_007796	AAATTT	2	12	131258	131269	50 %	50 %	0 %	0 %	88601430
27	NC_007796	TTGATG	2	12	137052	137063	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	88601434
28	NC_007796	CTTCAT	2	12	154382	154393	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	88601450
29	NC_007796	TGCAGA	2	12	160932	160943	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	88601456
30	NC_007796	TCCTGT	2	12	161509	161520	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	88601457
31	NC_007796	GATATT	2	12	162828	162839	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	88601459
32	NC_007796	GTTCAA	2	12	164852	164863	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	88601462
33	NC_007796	TGGTAC	2	12	175966	175977	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	88601474
34	NC_007796	TATGCA	2	12	182159	182170	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	88601481
35	NC_007796	TTTAAA	2	12	185127	185138	50 %	50 %	0 %	0 %	88601484
36	NC_007796	CAGATC	2	12	191941	191952	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	88601489
37	NC_007796	GATTGA	2	12	194129	194140	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	88601490
38	NC_007796	TCTTCA	2	12	194887	194898	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	88601491
39	NC_007796	TTTTCG	2	12	204032	204043	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	88601498
40	NC_007796	TTTACT	2	12	207864	207875	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	88601500
41	NC_007796	TCAGTT	2	12	209436	209447	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	88601502
42	NC_007796	TGCTCC	2	12	210501	210512	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	88601503
43	NC_007796	TTGCAT	2	12	210753	210764	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	88601503
44	NC_007796	GATTCT	2	12	211786	211797	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	88601503
45	NC_007796	CTGAAC	2	12	213038	213049	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	88601504
46	NC_007796	GATGTT	2	12	213121	213132	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	88601504
47	NC_007796	CATGAT	2	12	218445	218456	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	88601507
48	NC_007796	ATTCTG	2	12	219249	219260	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	88601508
49	NC_007796	CTGGGG	2	12	223614	223625	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	88601512
50	NC_007796	TCCAGA	2	12	236430	236441	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	88601523
51	NC_007796	TTATTC	2	12	236764	236775	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	88601524
52	NC_007796	TTGTTT	2	12	237616	237627	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	88601524
53	NC_007796	AGATCA	2	12	239663	239674	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	88601527
54	NC_007796	CAGAGC	2	12	240759	240770	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	88601528
55	NC_007796	TCTGTC	2	12	247914	247925	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	88601534
56	NC_007796	TCCTGG	2	12	249799	249810	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	88601536
57	NC_007796	ACCAGG	2	12	255445	255456	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	88601543
58	NC_007796	GAAGAG	2	12	258425	258436	50 %	0 %	50 %	0 %	88601545
59	NC_007796	GCAAGA	2	12	261411	261422	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	88601548
60	NC_007796	GGTGAA	2	12	264657	264668	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	88601552
61	NC_007796	TCCTTT	2	12	274962	274973	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	88601562
62	NC_007796	CGATGT	2	12	275144	275155	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	88601562
63	NC_007796	GCTTAT	2	12	277021	277032	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	88601564
64	NC_007796	CCAGAG	2	12	279911	279922	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	88601567
65	NC_007796	ACTGGG	2	12	282918	282929	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	88601569
66	NC_007796	AAGGAG	2	12	284929	284940	50 %	0 %	50 %	0 %	88601572
67	NC_007796	GGATCC	2	12	297477	297488	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	88601580
68	NC_007796	TCCATA	2	12	297659	297670	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	88601580
69	NC_007796	TTTTCG	2	12	298625	298636	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	88601581
70	NC_007796	TTTTCG	2	12	303191	303202	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	88601585
71	NC_007796	CTTTCC	2	12	305103	305114	0 %	50 %	0 %	50 %	88601586
72	NC_007796	GGATCA	2	12	309262	309273	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	88601589
73	NC_007796	ACGAAT	2	12	309527	309538	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	88601589
74	NC_007796	GGTTTT	2	12	310984	310995	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	88601590
75	NC_007796	TATACC	2	12	312865	312876	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	88601592
76	NC_007796	TGATCA	2	12	323602	323613	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	88601599
77	NC_007796	TACCCG	2	12	329740	329751	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	88601604
78	NC_007796	ATGACA	2	12	333623	333634	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	88601605
79	NC_007796	ATCTGC	2	12	333947	333958	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	88601605
80	NC_007796	ACGATA	2	12	339388	339399	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	88601612
81	NC_007796	ACGATA	2	12	341216	341227	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	88601615
82	NC_007796	GACACC	2	12	341317	341328	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	88601615
83	NC_007796	TTATCT	2	12	345477	345488	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	88601617
84	NC_007796	AATGAT	2	12	351811	351822	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	88601624
85	NC_007796	AAGATC	2	12	352207	352218	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	88601624
86	NC_007796	GTTTCT	2	12	354478	354489	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	88601625
87	NC_007796	ATTTTT	2	12	357533	357544	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	88601628
88	NC_007796	GAACCT	2	12	357710	357721	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	88601628
89	NC_007796	TTTTAT	2	12	357904	357915	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	88601628
90	NC_007796	TTTACC	2	12	360859	360870	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	88601631
91	NC_007796	GTATCA	2	12	360985	360996	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	88601631
92	NC_007796	CCTCTC	2	12	361964	361975	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	88601632
93	NC_007796	CGTCTC	2	12	362130	362141	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	88601632
94	NC_007796	ACTTGC	2	12	369289	369300	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	88601639
95	NC_007796	ATAAAA	2	12	373286	373297	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	88601642
96	NC_007796	GGGAAT	2	12	374333	374344	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	88601643
97	NC_007796	GTCCTT	2	12	377556	377567	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	88601646
98	NC_007796	GTGGGT	2	12	380513	380524	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	88601649
99	NC_007796	GGGCAT	2	12	381092	381103	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	88601650
100	NC_007796	CAAAAC	2	12	381989	382000	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	88601651
101	NC_007796	TCATCG	2	12	388111	388122	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	88601655
102	NC_007796	TGATTG	2	12	394682	394693	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	88601660
103	NC_007796	TTTTCG	2	12	395154	395165	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	88601661
104	NC_007796	CGTCCT	2	12	398063	398074	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	88601663
105	NC_007796	CTGGTC	2	12	402269	402280	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	88601665
106	NC_007796	GCACTT	2	12	403358	403369	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	88601665
107	NC_007796	CTGTAT	2	12	416315	416326	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	88601680
108	NC_007796	GAGATT	2	12	417409	417420	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	88601682
109	NC_007796	ATAAAA	2	12	417474	417485	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	88601682
110	NC_007796	GATTAT	2	12	418519	418530	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	88601683
111	NC_007796	TGATAT	2	12	423007	423018	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	88601689
112	NC_007796	TGATAT	2	12	424720	424731	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	88601690
113	NC_007796	TTTTCG	2	12	426899	426910	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	88601693
114	NC_007796	ACTATA	2	12	431915	431926	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	88601696
115	NC_007796	CTGAAT	2	12	432716	432727	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	88601696
116	NC_007796	AAATCA	2	12	435577	435588	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	88601698
117	NC_007796	CCGTCA	2	12	445396	445407	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	88601706
118	NC_007796	ATGATC	2	12	446360	446371	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	88601707
119	NC_007796	ATTCTC	2	12	451489	451500	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	88601712
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232	NC_007796	TTGCAT	2	12	836316	836327	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	88602022
233	NC_007796	GAAGAG	2	12	837180	837191	50 %	0 %	50 %	0 %	88602023
234	NC_007796	CCGGTA	2	12	845522	845533	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	88602029
235	NC_007796	TTTATT	2	12	849774	849785	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	88602031
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329	NC_007796	CTGCAA	2	12	1136779	1136790	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	88602298
330	NC_007796	GATCAG	2	12	1137774	1137785	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	88602300
331	NC_007796	TACATC	2	12	1143736	1143747	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	88602304
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333	NC_007796	TCGATC	2	12	1149820	1149831	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	88602311
334	NC_007796	CTGATA	2	12	1151848	1151859	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	88602313
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336	NC_007796	GATATA	2	12	1153987	1153998	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	88602315
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342	NC_007796	GGTTGA	2	12	1174882	1174893	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	88602335
343	NC_007796	TGGATG	2	12	1177594	1177605	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	88602336
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345	NC_007796	CAAGGA	2	12	1187767	1187778	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	88602347
346	NC_007796	TCCTGT	2	12	1190020	1190031	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	88602349
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458	NC_007796	GGGCAC	2	12	1650940	1650951	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	88602707
459	NC_007796	GAACTC	2	12	1655907	1655918	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	88602710
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