MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Frankia sp. CcI3 chromosome

Total Repeats: 379

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007777	TCGTGG	2	12	10687	10698	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_007777	CGGGCC	2	12	12790	12801	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3	NC_007777	GTCACC	2	12	38848	38859	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
4	NC_007777	GGTCGC	2	12	63021	63032	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_007777	GGGCCG	2	12	101248	101259	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_007777	AGGGAG	2	12	107385	107396	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_007777	GGCTGA	2	12	131246	131257	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_007777	CGCGGT	2	12	131490	131501	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_007777	TCGCTG	2	12	139143	139154	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_007777	GGCGAC	2	12	139625	139636	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_007777	CGGGCA	2	12	157989	158000	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_007777	GGTCCG	2	12	164866	164877	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_007777	GTGCGG	2	12	168569	168580	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_007777	GCTACC	2	12	177642	177653	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
15	NC_007777	GTCCGG	2	12	198324	198335	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_007777	GACACC	2	12	208021	208032	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
17	NC_007777	CGGGTC	2	12	210818	210829	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_007777	CTGGAT	2	12	232686	232697	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_007777	GCTGCC	2	12	247481	247492	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
20	NC_007777	TCGCCC	2	12	258556	258567	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
21	NC_007777	CCCGCG	2	12	260144	260155	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_007777	GGTGCT	2	12	285006	285017	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_007777	GAGGCG	2	12	287354	287365	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_007777	CGCGCA	2	12	293167	293178	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
25	NC_007777	TTCGGC	2	12	314682	314693	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_007777	TCATGG	2	12	316252	316263	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_007777	CCGGGG	2	12	331663	331674	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_007777	GGTAAC	2	12	332475	332486	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_007777	GTTACG	2	12	352877	352888	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_007777	TGTGGT	2	12	371034	371045	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_007777	GATGGT	2	12	385299	385310	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_007777	TGCTGA	2	12	437257	437268	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_007777	GCGGCC	2	12	442645	442656	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
34	NC_007777	ACGGAG	2	12	471706	471717	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_007777	GGCGAC	2	12	504674	504685	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_007777	TGCGGA	2	12	510320	510331	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_007777	AGGGCG	2	12	519227	519238	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_007777	TCCGCA	2	12	535041	535052	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
39	NC_007777	GCCGGG	3	18	565126	565143	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_007777	GCGTCG	2	12	577751	577762	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_007777	GCGCTG	2	12	586820	586831	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_007777	CGCCGG	2	12	610168	610179	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
43	NC_007777	CCGGCC	2	12	626884	626895	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
44	NC_007777	TGCGCC	2	12	660982	660993	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
45	NC_007777	CGTGGC	2	12	662215	662226	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_007777	GCGGTG	2	12	670606	670617	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_007777	CCCGGT	2	12	677134	677145	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
48	NC_007777	GCCGGG	2	12	683012	683023	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_007777	GGGCGC	2	12	704358	704369	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_007777	CCCGGT	3	18	753312	753329	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
51	NC_007777	CCGGCG	2	12	766973	766984	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
52	NC_007777	CGCAGA	2	12	798171	798182	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_007777	CGGTCG	2	12	827606	827617	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_007777	ACCGAG	2	12	834584	834595	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_007777	ACCGTG	2	12	857227	857238	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_007777	GCGTCT	3	18	937538	937555	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_007777	CCGGGC	2	12	949108	949119	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
58	NC_007777	GTCGCG	2	12	949145	949156	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_007777	CACCGT	2	12	966259	966270	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
60	NC_007777	TCAGAA	2	12	971344	971355	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_007777	TGCGGC	2	12	1008643	1008654	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_007777	CGAAGG	2	12	1021803	1021814	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_007777	CGGTGT	2	12	1028229	1028240	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_007777	CGGCCA	2	12	1034626	1034637	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
65	NC_007777	CCCCGC	2	12	1047696	1047707	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
66	NC_007777	GACCGG	2	12	1059096	1059107	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_007777	TCACCG	2	12	1063464	1063475	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
68	NC_007777	CGGTCG	2	12	1098728	1098739	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_007777	GCCTGT	2	12	1105797	1105808	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_007777	TGAACG	2	12	1120521	1120532	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_007777	TGAACG	2	12	1120535	1120546	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_007777	CGACCG	2	12	1123622	1123633	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
73	NC_007777	TGATTC	2	12	1126193	1126204	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_007777	ACGCGG	2	12	1128542	1128553	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_007777	GCGGTC	2	12	1131676	1131687	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_007777	GGGCCG	2	12	1134910	1134921	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_007777	CCCGCC	2	12	1138976	1138987	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
78	NC_007777	CGCGGA	2	12	1154251	1154262	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_007777	CTCGCT	2	12	1156889	1156900	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
80	NC_007777	GACCGC	2	12	1163562	1163573	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
81	NC_007777	GGTGCA	2	12	1165920	1165931	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_007777	GACCGC	2	12	1167141	1167152	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
83	NC_007777	GGTACG	2	12	1186099	1186110	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_007777	CGTCGC	2	12	1192036	1192047	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
85	NC_007777	CTACGA	2	12	1210579	1210590	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_007777	GCTCGT	2	12	1215507	1215518	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_007777	CACCGG	2	12	1224323	1224334	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
88	NC_007777	TGCGCC	2	12	1237757	1237768	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
89	NC_007777	AGAGTG	2	12	1258820	1258831	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
90	NC_007777	CGTCCT	2	12	1270593	1270604	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
91	NC_007777	CCGGCC	2	12	1270644	1270655	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
92	NC_007777	GGCCTC	2	12	1273159	1273170	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
93	NC_007777	GCCCCA	4	24	1296230	1296253	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
94	NC_007777	GCGACC	2	12	1301452	1301463	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
95	NC_007777	GTGGCT	2	12	1317173	1317184	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_007777	CCACCC	2	12	1321161	1321172	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
97	NC_007777	CGGGGC	2	12	1343954	1343965	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_007777	GTCGAT	2	12	1345826	1345837	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_007777	GCCGGT	2	12	1350497	1350508	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_007777	ACCCAC	4	24	1385161	1385184	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
101	NC_007777	ATCCTT	2	12	1387946	1387957	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_007777	GCCGGG	2	12	1409876	1409887	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_007777	GATGCC	2	12	1419482	1419493	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_007777	CGGGCG	2	12	1424729	1424740	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_007777	GCTAGC	2	12	1426676	1426687	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_007777	ACGCCT	2	12	1428743	1428754	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
107	NC_007777	GCCAGG	2	12	1455251	1455262	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_007777	CGTCCT	2	12	1480334	1480345	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
109	NC_007777	CCGTCC	2	12	1481531	1481542	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
110	NC_007777	AGGACG	2	12	1518956	1518967	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_007777	ATCCGG	2	12	1535367	1535378	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_007777	GCGACG	2	12	1545262	1545273	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_007777	GACCTC	2	12	1561445	1561456	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
114	NC_007777	CCCGTT	2	12	1575043	1575054	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
115	NC_007777	TCCGGC	3	18	1576244	1576261	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
116	NC_007777	CCGGAC	2	12	1589952	1589963	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
117	NC_007777	GCCGTG	2	12	1600984	1600995	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_007777	TCGGGC	2	12	1605450	1605461	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_007777	GCCTCG	2	12	1608792	1608803	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
120	NC_007777	CGGCAC	2	12	1608824	1608835	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
121	NC_007777	GCCGGT	2	12	1614945	1614956	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_007777	GCCGGT	2	12	1614976	1614987	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_007777	GGCCGG	2	12	1620035	1620046	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_007777	CCGGGC	2	12	1629610	1629621	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
125	NC_007777	AGGCGG	2	12	1630797	1630808	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_007777	CGGGCT	2	12	1634412	1634423	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_007777	CCGCAC	2	12	1634610	1634621	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
128	NC_007777	TCTGGT	2	12	1660947	1660958	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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371	NC_007777	TCCCGG	2	12	5230786	5230797	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
372	NC_007777	CCGCGC	2	12	5236911	5236922	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
373	NC_007777	ACCGGT	2	12	5261479	5261490	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
374	NC_007777	TACCGA	2	12	5264756	5264767	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
375	NC_007777	CGTGGC	2	12	5278402	5278413	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
376	NC_007777	CGCGGC	2	12	5320908	5320919	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
377	NC_007777	CCGGGT	2	12	5360780	5360791	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
378	NC_007777	GGCTAC	2	12	5380479	5380490	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
379	NC_007777	CCGCGG	2	12	5433108	5433119	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.