MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Synechococcus sp. JA-3-3Ab chromosome

Total Repeats: 487

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007775	CAAAA	2	10	3174	3183	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_007775	TCCAA	2	10	14960	14969	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
3	NC_007775	AAGGC	2	10	18583	18592	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_007775	GGGTA	2	10	29551	29560	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
5	NC_007775	GAGCT	2	10	29690	29699	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
6	NC_007775	GGGAA	2	10	30471	30480	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
7	NC_007775	GCCCC	2	10	32282	32291	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
8	NC_007775	TCTCA	2	10	34229	34238	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
9	NC_007775	TTTAA	2	10	34509	34518	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_007775	TGAGA	2	10	43856	43865	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
11	NC_007775	GCAGA	2	10	45892	45901	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_007775	CAATC	2	10	48675	48684	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
13	NC_007775	ATTGA	2	10	48702	48711	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_007775	TTAAA	2	10	52686	52695	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_007775	TGCCT	2	10	59005	59014	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_007775	AAAAC	2	10	60386	60395	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_007775	AAACA	2	10	60545	60554	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_007775	CCAGT	2	10	65208	65217	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_007775	GCAGG	2	10	68391	68400	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
20	NC_007775	TAGCC	2	10	70744	70753	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_007775	CTCGG	2	10	70816	70825	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
22	NC_007775	TGCTT	2	10	75760	75769	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_007775	TAGAA	2	10	81917	81926	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_007775	ATTAA	2	10	87833	87842	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_007775	GTCTT	2	10	88208	88217	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_007775	GGCGG	2	10	111433	111442	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
27	NC_007775	TTGCT	2	10	117422	117431	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_007775	GTGGA	2	10	119417	119426	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
29	NC_007775	TGACG	2	10	119743	119752	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_007775	AACTC	2	10	122066	122075	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
31	NC_007775	CTTGC	2	10	133311	133320	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_007775	GTCTC	2	10	133770	133779	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_007775	GACTT	2	10	136170	136179	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_007775	TGGGC	2	10	136282	136291	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
35	NC_007775	TGCTT	2	10	141376	141385	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_007775	TAGCT	2	10	145680	145689	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_007775	CAACA	2	10	158275	158284	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
38	NC_007775	CAGGT	2	10	167083	167092	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_007775	CCGAG	2	10	173167	173176	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
40	NC_007775	CTTGG	2	10	173612	173621	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_007775	CGAGG	2	10	173905	173914	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
42	NC_007775	CTGCG	2	10	174442	174451	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
43	NC_007775	AAGAC	2	10	174533	174542	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_007775	AGCCC	2	10	209575	209584	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
45	NC_007775	GTTGA	2	10	209972	209981	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_007775	GAAAC	2	10	222966	222975	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_007775	CGAGT	2	10	224835	224844	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_007775	TTCCC	2	10	230618	230627	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
49	NC_007775	CAAAG	2	10	232121	232130	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_007775	GCTAT	2	10	236755	236764	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_007775	GGGAT	2	10	239114	239123	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
52	NC_007775	AAGCC	2	10	245564	245573	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_007775	GCCCT	2	10	267073	267082	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
54	NC_007775	CACTG	2	10	268662	268671	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_007775	CAGCC	2	10	279177	279186	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
56	NC_007775	ACCCT	2	10	282181	282190	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
57	NC_007775	CTGAA	2	10	286110	286119	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_007775	TTCCG	2	10	292692	292701	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_007775	TCCTC	2	10	325194	325203	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
60	NC_007775	CTCCC	2	10	348831	348840	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
61	NC_007775	ACCCA	2	10	348861	348870	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
62	NC_007775	GCCAA	2	10	348939	348948	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_007775	CCGGG	2	10	353434	353443	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
64	NC_007775	TTGAG	2	10	376092	376101	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_007775	TGCTT	2	10	378563	378572	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_007775	GAAGA	2	10	383665	383674	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
67	NC_007775	TCCTA	2	10	388098	388107	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_007775	GAGGG	2	10	390476	390485	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
69	NC_007775	TACCT	2	10	403694	403703	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
70	NC_007775	CAGCG	2	10	420732	420741	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
71	NC_007775	AGGAG	2	10	427851	427860	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
72	NC_007775	GAGTT	2	10	436350	436359	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_007775	GATAG	2	10	448500	448509	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
74	NC_007775	GCTGG	2	10	471855	471864	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
75	NC_007775	TCCCT	2	10	493689	493698	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
76	NC_007775	GGCGA	2	10	496109	496118	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
77	NC_007775	AGGGA	2	10	505817	505826	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
78	NC_007775	CAACC	2	10	508927	508936	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
79	NC_007775	ATCCT	2	10	512888	512897	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
80	NC_007775	AAGTC	2	10	517630	517639	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_007775	TGGGG	2	10	525461	525470	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
82	NC_007775	CCAGG	2	10	532809	532818	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
83	NC_007775	TAAAC	2	10	553368	553377	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_007775	CATAC	2	10	553382	553391	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
85	NC_007775	AGCTC	2	10	562612	562621	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
86	NC_007775	CAAAG	2	10	571812	571821	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
87	NC_007775	GCTGG	2	10	575837	575846	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
88	NC_007775	GATCA	2	10	575944	575953	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_007775	CGCAA	2	10	586258	586267	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
90	NC_007775	TAAGG	2	10	595538	595547	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_007775	CGGCT	2	10	597429	597438	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
92	NC_007775	GGAAG	2	10	599022	599031	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
93	NC_007775	CCCCG	2	10	602188	602197	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
94	NC_007775	CCTAG	2	10	603722	603731	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
95	NC_007775	TTTAT	2	10	610779	610788	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_007775	CTCAG	2	10	631417	631426	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
97	NC_007775	TAAAG	2	10	631472	631481	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_007775	GGGTG	2	10	641585	641594	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
99	NC_007775	CTGAA	2	10	644610	644619	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_007775	CAAAG	2	10	644864	644873	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_007775	GCCAA	2	10	645106	645115	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_007775	TACCC	2	10	662586	662595	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
103	NC_007775	ACAAT	2	10	662729	662738	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_007775	CGTTT	2	10	674782	674791	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_007775	TCAGA	2	10	693034	693043	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_007775	GCACC	2	10	694562	694571	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
107	NC_007775	CTGCT	2	10	698001	698010	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
108	NC_007775	CAGCG	2	10	702661	702670	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
109	NC_007775	TAGCT	2	10	703315	703324	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_007775	TACCA	2	10	703554	703563	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
111	NC_007775	TGCTT	2	10	705063	705072	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_007775	GTAGG	2	10	705434	705443	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
113	NC_007775	ATAGC	2	10	707623	707632	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_007775	GCTCA	2	10	714586	714595	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
115	NC_007775	CGGGC	2	10	733346	733355	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
116	NC_007775	TATTC	2	10	744345	744354	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_007775	AAAGG	2	10	744590	744599	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
118	NC_007775	ACCCG	2	10	759167	759176	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
119	NC_007775	CGCAC	2	10	760776	760785	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
120	NC_007775	AGACT	2	10	762650	762659	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_007775	AGGGA	2	10	765784	765793	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
122	NC_007775	AGGGG	2	10	767445	767454	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
123	NC_007775	AGTAA	2	10	777396	777405	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_007775	CCAAG	2	10	785858	785867	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
125	NC_007775	AGCCA	2	10	789886	789895	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
126	NC_007775	CACCC	2	10	794588	794597	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
127	NC_007775	CAGTG	2	10	802019	802028	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
128	NC_007775	CCAGG	2	10	822297	822306	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
129	NC_007775	AGGGG	2	10	822420	822429	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
130	NC_007775	TTTTC	2	10	824494	824503	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_007775	GGCAG	2	10	833718	833727	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
132	NC_007775	GGGAT	2	10	844320	844329	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
133	NC_007775	CCCAA	2	10	852734	852743	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
134	NC_007775	TCCTT	2	10	858949	858958	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
135	NC_007775	CCCGG	2	10	862069	862078	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
136	NC_007775	CCACC	2	10	865443	865452	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
137	NC_007775	GGACT	2	10	867402	867411	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
138	NC_007775	ACTCG	2	10	868698	868707	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
139	NC_007775	CAGGC	2	10	887289	887298	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
140	NC_007775	ATGGG	2	10	887759	887768	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
141	NC_007775	CTAAC	2	10	889647	889656	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
142	NC_007775	AACCT	2	10	890894	890903	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
143	NC_007775	GCCTT	2	10	901587	901596	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
144	NC_007775	GGCCG	2	10	901704	901713	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
145	NC_007775	ACAAT	2	10	903464	903473	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_007775	GGGCG	2	10	930674	930683	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
147	NC_007775	CACTT	2	10	931611	931620	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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484	NC_007775	TCCCA	2	10	2866622	2866631	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.