MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rhizobium etli CFN 42 plasmid p42f

Total Repeats: 341

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007766	CATCGG	2	12	2213	2224	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360736
2	NC_007766	GCCTCG	2	12	4954	4965	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	86360738
3	NC_007766	CTCGCA	2	12	5619	5630	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	86360738
4	NC_007766	TGAACG	2	12	6383	6394	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	86360739
5	NC_007766	GACGCC	2	12	9042	9053	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86360742
6	NC_007766	GGTCGC	2	12	9805	9816	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86360743
7	NC_007766	CTTCCG	2	12	10505	10516	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	86360744
8	NC_007766	TTGCAT	2	12	11657	11668	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	86360745
9	NC_007766	GACATC	2	12	11764	11775	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	86360746
10	NC_007766	AAGGTC	2	12	11956	11967	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	86360746
11	NC_007766	ATCGGC	2	12	14770	14781	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360748
12	NC_007766	CCAGAT	2	12	19682	19693	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	86360754
13	NC_007766	CATCGT	2	12	21438	21449	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	86360755
14	NC_007766	TCGGCC	2	12	26402	26413	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	86360760
15	NC_007766	GCACGA	2	12	27078	27089	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	86360760
16	NC_007766	AGCATC	2	12	27618	27629	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	86360761
17	NC_007766	GGCGCC	2	12	28782	28793	0 %	0 %	50 %	50 %	86360762
18	NC_007766	CCGCCA	2	12	29761	29772	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	86360763
19	NC_007766	ACGAGC	2	12	29877	29888	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	86360763
20	NC_007766	TCGCCG	2	12	31121	31132	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	86360764
21	NC_007766	ATCTCC	2	12	31589	31600	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	86360765
22	NC_007766	TGAAGA	2	12	31755	31766	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	86360765
23	NC_007766	CCTTGC	2	12	32091	32102	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	86360765
24	NC_007766	ATCTGC	2	12	33104	33115	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	86360766
25	NC_007766	ATGCCG	2	12	37501	37512	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360769
26	NC_007766	CATCGA	2	12	38056	38067	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	86360770
27	NC_007766	GGCCGC	2	12	38306	38317	0 %	0 %	50 %	50 %	86360770
28	NC_007766	CTGCGC	2	12	38619	38630	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	86360771
29	NC_007766	GCGACG	2	12	39052	39063	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86360771
30	NC_007766	CGGCCT	2	12	39290	39301	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	86360771
31	NC_007766	GCGGCA	2	12	41813	41824	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86360775
32	NC_007766	CCCGGC	2	12	45355	45366	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	86360778
33	NC_007766	ATCGCC	2	12	47598	47609	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	86360779
34	NC_007766	CCTATG	2	12	49501	49512	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	86360781
35	NC_007766	ATCAGC	2	12	57595	57606	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	86360789
36	NC_007766	GCAGGA	2	12	61565	61576	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	86360795
37	NC_007766	TGACGG	2	12	64470	64481	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	86360799
38	NC_007766	AAGCGA	2	12	67333	67344	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	86360800
39	NC_007766	TGCTGA	2	12	69513	69524	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	86360802
40	NC_007766	CAGTCG	2	12	75784	75795	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360809
41	NC_007766	AGGCGC	2	12	83734	83745	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86360812
42	NC_007766	GAGAGC	2	12	85031	85042	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	86360815
43	NC_007766	GATGGC	2	12	86788	86799	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	86360818
44	NC_007766	GGCCGT	2	12	86811	86822	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86360818
45	NC_007766	CCGATG	2	12	86873	86884	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360818
46	NC_007766	CGGCAT	2	12	89731	89742	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360821
47	NC_007766	CCAGCG	2	12	91450	91461	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86360823
48	NC_007766	CTTCAC	2	12	94370	94381	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	86360825
49	NC_007766	GTCTTC	2	12	94717	94728	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	86360826
50	NC_007766	ATCTCA	2	12	96785	96796	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	86360828
51	NC_007766	GCCGGC	2	12	98335	98346	0 %	0 %	50 %	50 %	86360829
52	NC_007766	GCTGGT	2	12	99122	99133	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	86360830
53	NC_007766	TCGCTG	2	12	99629	99640	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	86360831
54	NC_007766	GACCGA	2	12	102399	102410	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	86360833
55	NC_007766	GCTGGC	2	12	102684	102695	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86360833
56	NC_007766	GGGGAG	2	12	102873	102884	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	86360833
57	NC_007766	CCGGAC	2	12	104338	104349	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86360835
58	NC_007766	TCCATC	2	12	110239	110250	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	86360837
59	NC_007766	GCGCCC	2	12	110673	110684	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	86360837
60	NC_007766	CGAGGA	2	12	112365	112376	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	86360838
61	NC_007766	TGCGGC	2	12	113951	113962	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86360839
62	NC_007766	CTCGGC	2	12	117730	117741	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	86360841
63	NC_007766	GCAGGT	2	12	118969	118980	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	86360841
64	NC_007766	TGTCGG	2	12	121821	121832	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	86360846
65	NC_007766	GCGATC	2	12	122739	122750	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360848
66	NC_007766	GACGTC	2	12	123572	123583	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360848
67	NC_007766	ATCACC	2	12	134114	134125	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	86360858
68	NC_007766	CAATTT	2	12	136286	136297	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	86360859
69	NC_007766	GGCTTC	2	12	138468	138479	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	86360861
70	NC_007766	GCGATC	2	12	139856	139867	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360863
71	NC_007766	CGACCT	2	12	145376	145387	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	86360869
72	NC_007766	GAAGGC	2	12	155128	155139	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	86360877
73	NC_007766	GATCTT	2	12	156172	156183	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	86360878
74	NC_007766	AGGCGC	2	12	159439	159450	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86360882
75	NC_007766	CGAGCG	2	12	161398	161409	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86360883
76	NC_007766	CTGGTC	2	12	162070	162081	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	86360883
77	NC_007766	GCTGGT	2	12	163621	163632	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	86360883
78	NC_007766	CTGGGA	2	12	166167	166178	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	86360887
79	NC_007766	GGCCGC	2	12	166679	166690	0 %	0 %	50 %	50 %	86360888
80	NC_007766	ACAACC	2	12	167929	167940	50 %	0 %	0 %	50 %	86360889
81	NC_007766	GCCGGA	2	12	173405	173416	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86360895
82	NC_007766	CCAGCA	2	12	173985	173996	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	86360896
83	NC_007766	CATCGC	2	12	177057	177068	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	86360899
84	NC_007766	TTCCTA	2	12	179467	179478	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	86360901
85	NC_007766	CGACGG	2	12	179698	179709	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86360901
86	NC_007766	CGTCAC	2	12	181484	181495	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	86360902
87	NC_007766	GATCGA	2	12	185883	185894	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	86360907
88	NC_007766	GGACCG	3	18	186637	186654	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86360907
89	NC_007766	GATGGA	2	12	187008	187019	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	86360908
90	NC_007766	CAGACG	2	12	189601	189612	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	86360909
91	NC_007766	GCCGGC	2	12	192217	192228	0 %	0 %	50 %	50 %	86360912
92	NC_007766	AGGCAT	2	12	193124	193135	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	86360913
93	NC_007766	ATGCCG	2	12	195105	195116	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360915
94	NC_007766	CGAGGC	2	12	195274	195285	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86360915
95	NC_007766	AGCGCC	2	12	195970	195981	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86360916
96	NC_007766	TGGCGA	2	12	196851	196862	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	86360917
97	NC_007766	GCCGGA	2	12	197700	197711	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86360918
98	NC_007766	GCTGGC	2	12	199503	199514	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86360920
99	NC_007766	GCCGAA	2	12	201119	201130	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	86360922
100	NC_007766	GCGCGG	2	12	204453	204464	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	86360926
101	NC_007766	GCTCGA	2	12	205856	205867	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360927
102	NC_007766	TGCCGG	2	12	206030	206041	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86360927
103	NC_007766	ACCGGA	2	12	208643	208654	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	86360929
104	NC_007766	CAAGAC	2	12	209283	209294	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	86360929
105	NC_007766	ACTGGC	2	12	210702	210713	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360931
106	NC_007766	CTTGCC	2	12	211863	211874	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	86360932
107	NC_007766	GCAGGC	2	12	216059	216070	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86360936
108	NC_007766	CGCTCG	2	12	217348	217359	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	86360937
109	NC_007766	GTCGAA	2	12	219769	219780	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	86360940
110	NC_007766	GCATAG	2	12	221169	221180	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	86360941
111	NC_007766	GCGATG	2	12	221922	221933	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	86360941
112	NC_007766	CCGATA	2	12	222505	222516	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	86360942
113	NC_007766	GTTCAA	2	12	223867	223878	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	86360943
114	NC_007766	TCGTCA	2	12	226152	226163	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	86360945
115	NC_007766	CGACAT	2	12	226171	226182	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	86360945
116	NC_007766	GGTCGA	2	12	226563	226574	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	86360945
117	NC_007766	GCCGAT	2	12	226843	226854	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360945
118	NC_007766	CGCTGG	2	12	235119	235130	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86360952
119	NC_007766	TCGACG	2	12	237861	237872	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360952
120	NC_007766	ATCCAG	2	12	237908	237919	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	86360952
121	NC_007766	GGCATG	2	12	238103	238114	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	86360952
122	NC_007766	TGAACA	2	12	238873	238884	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	86360953
123	NC_007766	AGCGCG	2	12	239750	239761	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86360955
124	NC_007766	TTACGA	2	12	241574	241585	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	86360958
125	NC_007766	GCTCGC	2	12	243761	243772	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	86360960
126	NC_007766	TCAGCG	2	12	247445	247456	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360963
127	NC_007766	GCCAGA	2	12	248038	248049	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	86360963
128	NC_007766	AGCCTG	2	12	251330	251341	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360965
129	NC_007766	TTCGAT	2	12	252868	252879	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	86360967
130	NC_007766	TCGATC	2	12	255439	255450	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	86360969
131	NC_007766	CTCTTC	2	12	256382	256393	0 %	50 %	0 %	50 %	86360970
132	NC_007766	CATCGC	2	12	257789	257800	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	86360971
133	NC_007766	ACCTCA	2	12	258507	258518	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	86360972
134	NC_007766	GCAGCG	2	12	259143	259154	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86360973
135	NC_007766	ATGCTG	2	12	261017	261028	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	86360975
136	NC_007766	CTGGAA	2	12	263302	263313	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	86360977
137	NC_007766	CGAGCG	2	12	264780	264791	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86360978
138	NC_007766	CCCGAC	2	12	265021	265032	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	86360978
139	NC_007766	CGGCGT	2	12	270748	270759	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86360983
140	NC_007766	GGACCG	2	12	272242	272253	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86360984
141	NC_007766	GCAGCC	2	12	272774	272785	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86360984
142	NC_007766	GAAGCG	2	12	277019	277030	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	86360988
143	NC_007766	CCCCTT	2	12	278611	278622	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	86360991
144	NC_007766	GATCGG	2	12	280358	280369	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	86360992
145	NC_007766	GCCGTC	2	12	281855	281866	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	86360993
146	NC_007766	ATGTCG	2	12	285407	285418	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	86360995
147	NC_007766	ATGCCG	2	12	286184	286195	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360995
148	NC_007766	GAGGAT	2	12	286645	286656	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	86360995
149	NC_007766	GATCGA	2	12	291510	291521	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	86360996
150	NC_007766	CCAGCC	2	12	293576	293587	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	86360999
151	NC_007766	GATCGG	2	12	298391	298402	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	86361004
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153	NC_007766	CGCCAT	2	12	304606	304617	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	86361006
154	NC_007766	CGCAGG	2	12	306738	306749	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86361007
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157	NC_007766	CCAGCG	2	12	316010	316021	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86361014
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159	NC_007766	GACATT	2	12	318430	318441	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	86361015
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164	NC_007766	CGCTGG	2	12	326907	326918	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86361023
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171	NC_007766	GTCGAT	2	12	343879	343890	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	86361035
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189	NC_007766	TGCGTC	2	12	375073	375084	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	86361064
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194	NC_007766	CGATCT	2	12	379468	379479	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	86361068
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198	NC_007766	ATCGTG	2	12	384959	384970	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	86361073
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204	NC_007766	GCGCGG	2	12	390274	390285	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	86361078
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216	NC_007766	CATCGA	2	12	407117	407128	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	86361091
217	NC_007766	GCGGCC	2	12	407371	407382	0 %	0 %	50 %	50 %	86361091
218	NC_007766	GCGCAT	2	12	407540	407551	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86361091
219	NC_007766	CCTGCT	2	12	408912	408923	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	86361092
220	NC_007766	ATCAGC	2	12	409124	409135	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	86361092
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229	NC_007766	AGCGCC	2	12	430891	430902	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86361112
230	NC_007766	GCATGT	2	12	431717	431728	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	86361113
231	NC_007766	CCGTCT	2	12	433144	433155	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	86361114
232	NC_007766	GGCCGC	2	12	433432	433443	0 %	0 %	50 %	50 %	86361114
233	NC_007766	CGGCAG	2	12	433730	433741	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86361114
234	NC_007766	CCGCAC	2	12	438727	438738	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	86361116
235	NC_007766	CGGCCT	2	12	439080	439091	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	86361116
236	NC_007766	ACCTTC	2	12	441458	441469	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	86361119
237	NC_007766	CGGTGA	2	12	441600	441611	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	86361119
238	NC_007766	GGCTGC	2	12	441897	441908	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86361119
239	NC_007766	GTTCTT	2	12	448060	448071	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	86361125
240	NC_007766	GCAGAT	2	12	451671	451682	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	86361128
241	NC_007766	GCCGGC	2	12	454936	454947	0 %	0 %	50 %	50 %	86361132
242	NC_007766	CGACCT	2	12	455274	455285	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	86361132
243	NC_007766	GCCCTG	2	12	455485	455496	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	86361132
244	NC_007766	GCACAT	2	12	457459	457470	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	86361134
245	NC_007766	CGATCT	2	12	457892	457903	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	86361135
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247	NC_007766	TCGGCA	2	12	464366	464377	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86361141
248	NC_007766	AGGCCG	2	12	467289	467300	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86361144
249	NC_007766	TCAGCT	2	12	469160	469171	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	86361146
250	NC_007766	CAGCCA	2	12	472248	472259	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	86361147
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253	NC_007766	CCGATC	2	12	479834	479845	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	86361156
254	NC_007766	CGCCCA	2	12	482756	482767	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	86361159
255	NC_007766	GCGTCG	2	12	484072	484083	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86361161
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260	NC_007766	TCAGCA	2	12	492434	492445	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	86361169
261	NC_007766	GCTGGG	2	12	496992	497003	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	86361173
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263	NC_007766	AAGGCC	2	12	499783	499794	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	86361176
264	NC_007766	CGCTGG	2	12	499940	499951	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86361176
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269	NC_007766	CCGATG	2	12	513789	513800	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86361186
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334	NC_007766	CCGTCA	2	12	633808	633819	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	86361294
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340	NC_007766	TCGACC	2	12	640207	640218	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	86361300
341	NC_007766	ATCTGA	2	12	642028	642039	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	86361301

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.