MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhizobium etli CFN 42 plasmid p42f

Total Repeats: 61

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007766	TCATG	2	10	7861	7870	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_007766	GAGGG	2	10	20703	20712	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007766	ATCCT	2	10	45878	45887	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
4	NC_007766	GCAGG	2	10	47772	47781	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
5	NC_007766	GATCG	2	10	55289	55298	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
6	NC_007766	CGGTT	2	10	59861	59870	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_007766	CGCTG	2	10	66274	66283	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
8	NC_007766	CGCTT	2	10	80054	80063	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
9	NC_007766	TCGCG	2	10	89120	89129	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
10	NC_007766	CGCTG	2	10	99577	99586	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
11	NC_007766	GATGG	2	10	108104	108113	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
12	NC_007766	ACGGG	2	10	122593	122602	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
13	NC_007766	GAGCC	2	10	131397	131406	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
14	NC_007766	ATGGA	2	10	132160	132169	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_007766	CGCAC	2	10	143384	143393	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
16	NC_007766	CCTTC	2	10	149217	149226	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
17	NC_007766	CTGAT	2	10	153549	153558	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_007766	CTGAT	2	10	154417	154426	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_007766	CGAAC	2	10	156496	156505	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_007766	TATCC	2	10	164410	164419	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
21	NC_007766	GGCGA	2	10	165018	165027	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
22	NC_007766	AGCGG	2	10	175000	175009	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
23	NC_007766	CCCGC	2	10	175020	175029	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
24	NC_007766	GCAGC	2	10	176023	176032	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
25	NC_007766	GGCCG	2	10	180159	180168	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
26	NC_007766	CGACG	2	10	180229	180238	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
27	NC_007766	GATTG	2	10	187935	187944	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_007766	GCGCC	2	10	191947	191956	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
29	NC_007766	AGGAC	2	10	212835	212844	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_007766	GTTCG	2	10	227355	227364	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_007766	GGAAC	2	10	240646	240655	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_007766	TGGCG	2	10	250664	250673	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
33	NC_007766	ACACC	2	10	282862	282871	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
34	NC_007766	ACATC	2	10	308063	308072	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_007766	TCAAG	2	10	319815	319824	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_007766	CCCGC	2	10	324031	324040	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
37	NC_007766	GGTGC	2	10	324078	324087	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
38	NC_007766	GACGA	2	10	332418	332427	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_007766	ATATC	2	10	343081	343090	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_007766	GCCGC	2	10	346621	346630	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
41	NC_007766	CTGCG	2	10	346795	346804	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
42	NC_007766	CGAAG	2	10	348445	348454	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_007766	CGACG	2	10	363622	363631	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
44	NC_007766	GCGCA	2	10	364480	364489	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
45	NC_007766	CGCTT	2	10	398467	398476	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
46	NC_007766	AGGCA	2	10	415534	415543	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_007766	TGGCA	2	10	427522	427531	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_007766	TCATC	2	10	443559	443568	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
49	NC_007766	CCGTC	2	10	479374	479383	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
50	NC_007766	CGAAA	2	10	480967	480976	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_007766	AAATT	2	10	482250	482259	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_007766	AGCCG	2	10	493447	493456	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
53	NC_007766	TGAGC	2	10	493955	493964	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_007766	TCCGG	2	10	494114	494123	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
55	NC_007766	CAGAA	2	10	535922	535931	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_007766	CAGGA	2	10	554386	554395	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_007766	ATTGC	2	10	563228	563237	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_007766	CGTGG	2	10	614151	614160	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
59	NC_007766	CCTGG	2	10	623675	623684	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
60	NC_007766	ATCAA	2	10	631858	631867	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_007766	TCCCC	2	10	638545	638554	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.