MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Rhizobium etli CFN 42 plasmid p42f

Total Repeats: 403

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007766	CGGCC	2	10	894	903	0 %	0 %	40 %	60 %	86360735
2	NC_007766	GCGCT	2	10	3251	3260	0 %	20 %	40 %	40 %	86360737
3	NC_007766	CGATC	2	10	4680	4689	20 %	20 %	20 %	40 %	86360738
4	NC_007766	ATTGG	2	10	6106	6115	20 %	40 %	40 %	0 %	86360739
5	NC_007766	GGCCG	2	10	7215	7224	0 %	0 %	60 %	40 %	86360740
6	NC_007766	GGAGG	2	10	7310	7319	20 %	0 %	80 %	0 %	86360740
7	NC_007766	GGAAG	2	10	10517	10526	40 %	0 %	60 %	0 %	86360744
8	NC_007766	AGGGC	2	10	10726	10735	20 %	0 %	60 %	20 %	86360745
9	NC_007766	AGCCG	2	10	12629	12638	20 %	0 %	40 %	40 %	86360747
10	NC_007766	GTGCC	2	10	14045	14054	0 %	20 %	40 %	40 %	86360748
11	NC_007766	CGCGC	2	10	18613	18622	0 %	0 %	40 %	60 %	86360753
12	NC_007766	CTTGC	2	10	18801	18810	0 %	40 %	20 %	40 %	86360753
13	NC_007766	GAAGA	2	10	19106	19115	60 %	0 %	40 %	0 %	86360753
14	NC_007766	GTTCA	2	10	19533	19542	20 %	40 %	20 %	20 %	86360754
15	NC_007766	CATCG	2	10	20093	20102	20 %	20 %	20 %	40 %	86360754
16	NC_007766	GATCG	2	10	20279	20288	20 %	20 %	40 %	20 %	86360754
17	NC_007766	TTGCC	2	10	20522	20531	0 %	40 %	20 %	40 %	86360754
18	NC_007766	AGACG	2	10	21477	21486	40 %	0 %	40 %	20 %	86360755
19	NC_007766	ATACA	2	10	21592	21601	60 %	20 %	0 %	20 %	86360755
20	NC_007766	ATTTC	2	10	24857	24866	20 %	60 %	0 %	20 %	86360758
21	NC_007766	TCGGT	2	10	25190	25199	0 %	40 %	40 %	20 %	86360758
22	NC_007766	CCGTC	2	10	28855	28864	0 %	20 %	20 %	60 %	86360762
23	NC_007766	GATCG	2	10	31969	31978	20 %	20 %	40 %	20 %	86360765
24	NC_007766	GAGGG	2	10	33010	33019	20 %	0 %	80 %	0 %	86360766
25	NC_007766	CCGCG	2	10	34238	34247	0 %	0 %	40 %	60 %	86360767
26	NC_007766	CGGCT	2	10	36463	36472	0 %	20 %	40 %	40 %	86360769
27	NC_007766	CATGG	2	10	37077	37086	20 %	20 %	40 %	20 %	86360769
28	NC_007766	CCGCG	2	10	37655	37664	0 %	0 %	40 %	60 %	86360769
29	NC_007766	GCGCC	2	10	39178	39187	0 %	0 %	40 %	60 %	86360771
30	NC_007766	CGGCC	2	10	41260	41269	0 %	0 %	40 %	60 %	86360774
31	NC_007766	GCGCA	2	10	45585	45594	20 %	0 %	40 %	40 %	86360778
32	NC_007766	ACGGG	2	10	47702	47711	20 %	0 %	60 %	20 %	86360779
33	NC_007766	CGCAC	2	10	51227	51236	20 %	0 %	20 %	60 %	86360783
34	NC_007766	CAAGC	2	10	52095	52104	40 %	0 %	20 %	40 %	86360784
35	NC_007766	GTTCA	2	10	52766	52775	20 %	40 %	20 %	20 %	86360784
36	NC_007766	CCGGT	2	10	53262	53271	0 %	20 %	40 %	40 %	86360784
37	NC_007766	CGGCA	2	10	53987	53996	20 %	0 %	40 %	40 %	86360785
38	NC_007766	GCGCG	2	10	54280	54289	0 %	0 %	60 %	40 %	86360785
39	NC_007766	CGGAT	2	10	56833	56842	20 %	20 %	40 %	20 %	86360788
40	NC_007766	TCGGG	2	10	57469	57478	0 %	20 %	60 %	20 %	86360789
41	NC_007766	CTTCT	2	10	59942	59951	0 %	60 %	0 %	40 %	86360793
42	NC_007766	CGATC	2	10	61206	61215	20 %	20 %	20 %	40 %	86360794
43	NC_007766	GACCG	2	10	61992	62001	20 %	0 %	40 %	40 %	86360795
44	NC_007766	CCGCC	2	10	62459	62468	0 %	0 %	20 %	80 %	86360796
45	NC_007766	ATTTT	2	10	63908	63917	20 %	80 %	0 %	0 %	86360798
46	NC_007766	GCCGG	2	10	67424	67433	0 %	0 %	60 %	40 %	86360800
47	NC_007766	CGGCG	2	10	71610	71619	0 %	0 %	60 %	40 %	86360804
48	NC_007766	CAGAT	2	10	74928	74937	40 %	20 %	20 %	20 %	86360808
49	NC_007766	CGCCA	2	10	76947	76956	20 %	0 %	20 %	60 %	86360809
50	NC_007766	ACGCC	2	10	80883	80892	20 %	0 %	20 %	60 %	86360811
51	NC_007766	CGAGA	2	10	81043	81052	40 %	0 %	40 %	20 %	86360811
52	NC_007766	GCCTT	2	10	82911	82920	0 %	40 %	20 %	40 %	86360812
53	NC_007766	CGTCA	2	10	84490	84499	20 %	20 %	20 %	40 %	86360814
54	NC_007766	CGAAA	2	10	87042	87051	60 %	0 %	20 %	20 %	86360818
55	NC_007766	CGATG	2	10	90100	90109	20 %	20 %	40 %	20 %	86360821
56	NC_007766	GGGCC	2	10	91471	91480	0 %	0 %	60 %	40 %	86360823
57	NC_007766	TCCGG	2	10	92564	92573	0 %	20 %	40 %	40 %	86360824
58	NC_007766	ACGTG	2	10	96630	96639	20 %	20 %	40 %	20 %	86360828
59	NC_007766	GACGA	2	10	96868	96877	40 %	0 %	40 %	20 %	86360828
60	NC_007766	CGCGG	2	10	97295	97304	0 %	0 %	60 %	40 %	86360829
61	NC_007766	GAGCT	2	10	97537	97546	20 %	20 %	40 %	20 %	86360829
62	NC_007766	GTTCC	2	10	98347	98356	0 %	40 %	20 %	40 %	86360829
63	NC_007766	TCTCC	2	10	99056	99065	0 %	40 %	0 %	60 %	86360830
64	NC_007766	CGGCA	2	10	99365	99374	20 %	0 %	40 %	40 %	86360830
65	NC_007766	CGGCG	2	10	100430	100439	0 %	0 %	60 %	40 %	86360832
66	NC_007766	GAGGG	2	10	102200	102209	20 %	0 %	80 %	0 %	86360833
67	NC_007766	GGGCT	2	10	104910	104919	0 %	20 %	60 %	20 %	86360835
68	NC_007766	CGATG	2	10	105783	105792	20 %	20 %	40 %	20 %	86360835
69	NC_007766	AAGAG	2	10	106336	106345	60 %	0 %	40 %	0 %	86360835
70	NC_007766	GTTCA	2	10	106356	106365	20 %	40 %	20 %	20 %	86360835
71	NC_007766	GAACA	2	10	109378	109387	60 %	0 %	20 %	20 %	86360836
72	NC_007766	GCAAC	2	10	112668	112677	40 %	0 %	20 %	40 %	86360838
73	NC_007766	GGCCG	2	10	113431	113440	0 %	0 %	60 %	40 %	86360839
74	NC_007766	GACGG	2	10	113559	113568	20 %	0 %	60 %	20 %	86360839
75	NC_007766	ATTGC	2	10	114145	114154	20 %	40 %	20 %	20 %	86360839
76	NC_007766	TTGGC	2	10	114247	114256	0 %	40 %	40 %	20 %	86360839
77	NC_007766	CGAGT	2	10	115654	115663	20 %	20 %	40 %	20 %	86360840
78	NC_007766	CATTA	2	10	122625	122634	40 %	40 %	0 %	20 %	86360848
79	NC_007766	CTCCG	2	10	123297	123306	0 %	20 %	20 %	60 %	86360848
80	NC_007766	GGGAA	2	10	129919	129928	40 %	0 %	60 %	0 %	86360854
81	NC_007766	GAAGG	2	10	130855	130864	40 %	0 %	60 %	0 %	86360854
82	NC_007766	GCGAT	2	10	138986	138995	20 %	20 %	40 %	20 %	86360862
83	NC_007766	CAGAG	2	10	139065	139074	40 %	0 %	40 %	20 %	86360862
84	NC_007766	AAGCC	2	10	139264	139273	40 %	0 %	20 %	40 %	86360863
85	NC_007766	TGGCT	2	10	141625	141634	0 %	40 %	40 %	20 %	86360865
86	NC_007766	GCTGG	2	10	141711	141720	0 %	20 %	60 %	20 %	86360865
87	NC_007766	ACCTG	2	10	145667	145676	20 %	20 %	20 %	40 %	86360870
88	NC_007766	GATCG	2	10	146609	146618	20 %	20 %	40 %	20 %	86360871
89	NC_007766	CTCGT	2	10	147539	147548	0 %	40 %	20 %	40 %	86360872
90	NC_007766	CCAGC	2	10	153046	153055	20 %	0 %	20 %	60 %	86360876
91	NC_007766	TGCCG	2	10	153193	153202	0 %	20 %	40 %	40 %	86360876
92	NC_007766	GCGCC	2	10	157013	157022	0 %	0 %	40 %	60 %	86360879
93	NC_007766	GTTCC	2	10	157075	157084	0 %	40 %	20 %	40 %	86360880
94	NC_007766	TGGCC	2	10	158713	158722	0 %	20 %	40 %	40 %	86360881
95	NC_007766	CCGAT	2	10	159478	159487	20 %	20 %	20 %	40 %	86360882
96	NC_007766	CAATC	2	10	160132	160141	40 %	20 %	0 %	40 %	86360882
97	NC_007766	CAGGG	2	10	161759	161768	20 %	0 %	60 %	20 %	86360883
98	NC_007766	AGGTG	2	10	163792	163801	20 %	20 %	60 %	0 %	86360883
99	NC_007766	GACAT	2	10	165619	165628	40 %	20 %	20 %	20 %	86360887
100	NC_007766	GGCGC	2	10	165972	165981	0 %	0 %	60 %	40 %	86360887
101	NC_007766	CAAGC	2	10	169812	169821	40 %	0 %	20 %	40 %	86360891
102	NC_007766	GGCCG	2	10	170589	170598	0 %	0 %	60 %	40 %	86360892
103	NC_007766	TCCTC	2	10	172006	172015	0 %	40 %	0 %	60 %	86360894
104	NC_007766	CGCCT	2	10	172095	172104	0 %	20 %	20 %	60 %	86360894
105	NC_007766	CGCAG	2	10	173383	173392	20 %	0 %	40 %	40 %	86360895
106	NC_007766	GACGT	2	10	176810	176819	20 %	20 %	40 %	20 %	86360899
107	NC_007766	ATCCT	2	10	179510	179519	20 %	40 %	0 %	40 %	86360901
108	NC_007766	CGGCC	2	10	179736	179745	0 %	0 %	40 %	60 %	86360901
109	NC_007766	GCGCA	2	10	181593	181602	20 %	0 %	40 %	40 %	86360902
110	NC_007766	GCGAC	2	10	182953	182962	20 %	0 %	40 %	40 %	86360903
111	NC_007766	CGAAC	2	10	187020	187029	40 %	0 %	20 %	40 %	86360908
112	NC_007766	ATGAA	2	10	190860	190869	60 %	20 %	20 %	0 %	86360911
113	NC_007766	TGCGG	2	10	191232	191241	0 %	20 %	60 %	20 %	86360911
114	NC_007766	ACGAC	2	10	195578	195587	40 %	0 %	20 %	40 %	86360916
115	NC_007766	CGAGC	2	10	198038	198047	20 %	0 %	40 %	40 %	86360919
116	NC_007766	GCCGT	2	10	198288	198297	0 %	20 %	40 %	40 %	86360919
117	NC_007766	ACTTC	2	10	202172	202181	20 %	40 %	0 %	40 %	86360923
118	NC_007766	TGGAT	2	10	203390	203399	20 %	40 %	40 %	0 %	86360925
119	NC_007766	AGCGC	2	10	205370	205379	20 %	0 %	40 %	40 %	86360927
120	NC_007766	GAGGC	2	10	205408	205417	20 %	0 %	60 %	20 %	86360927
121	NC_007766	GCGCA	2	10	207004	207013	20 %	0 %	40 %	40 %	86360928
122	NC_007766	GCGGT	2	10	207213	207222	0 %	20 %	60 %	20 %	86360928
123	NC_007766	ACCGC	2	10	208224	208233	20 %	0 %	20 %	60 %	86360929
124	NC_007766	TCCTT	2	10	210391	210400	0 %	60 %	0 %	40 %	86360930
125	NC_007766	CACGG	2	10	213115	213124	20 %	0 %	40 %	40 %	86360933
126	NC_007766	GATGC	2	10	216221	216230	20 %	20 %	40 %	20 %	86360936
127	NC_007766	GCATG	2	10	216794	216803	20 %	20 %	40 %	20 %	86360936
128	NC_007766	GCCCG	2	10	217822	217831	0 %	0 %	40 %	60 %	86360938
129	NC_007766	CCGAG	2	10	217964	217973	20 %	0 %	40 %	40 %	86360938
130	NC_007766	CGTGC	2	10	218259	218268	0 %	20 %	40 %	40 %	86360938
131	NC_007766	AGATC	2	10	219843	219852	40 %	20 %	20 %	20 %	86360940
132	NC_007766	GCATC	2	10	219861	219870	20 %	20 %	20 %	40 %	86360940
133	NC_007766	CGCGA	2	10	225291	225300	20 %	0 %	40 %	40 %	86360944
134	NC_007766	CGGAG	2	10	225791	225800	20 %	0 %	60 %	20 %	86360944
135	NC_007766	CGTTC	2	10	226717	226726	0 %	40 %	20 %	40 %	86360945
136	NC_007766	CCGTC	2	10	228144	228153	0 %	20 %	20 %	60 %	86360946
137	NC_007766	CCCGA	2	10	229212	229221	20 %	0 %	20 %	60 %	86360947
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140	NC_007766	GCGTG	2	10	230495	230504	0 %	20 %	60 %	20 %	86360948
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398	NC_007766	CCCTG	2	10	633571	633580	0 %	20 %	20 %	60 %	86361294
399	NC_007766	GCGCA	2	10	636498	636507	20 %	0 %	40 %	40 %	86361296
400	NC_007766	TCGTC	2	10	636763	636772	0 %	40 %	20 %	40 %	86361297
401	NC_007766	ATCGC	2	10	637165	637174	20 %	20 %	20 %	40 %	86361297
402	NC_007766	GGCAG	2	10	641618	641627	20 %	0 %	60 %	20 %	86361301
403	NC_007766	GCCCG	2	10	642454	642463	0 %	0 %	40 %	60 %	86361301

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.