MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rhizobium etli CFN 42 plasmid p42e

Total Repeats: 384

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007765	CGGCA	2	10	3493	3502	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
2	NC_007765	GCGCC	2	10	5356	5365	0 %	0 %	40 %	60 %	86360285
3	NC_007765	AGGGG	2	10	7122	7131	20 %	0 %	80 %	0 %	86360286
4	NC_007765	CAGCG	2	10	8571	8580	20 %	0 %	40 %	40 %	86360286
5	NC_007765	GCCGC	2	10	8873	8882	0 %	0 %	40 %	60 %	86360286
6	NC_007765	GGCAG	2	10	10464	10473	20 %	0 %	60 %	20 %	86360287
7	NC_007765	CGGCG	2	10	10483	10492	0 %	0 %	60 %	40 %	86360287
8	NC_007765	CCGCT	2	10	11030	11039	0 %	20 %	20 %	60 %	86360287
9	NC_007765	ATTTC	2	10	12873	12882	20 %	60 %	0 %	20 %	86360288
10	NC_007765	TCAGT	2	10	13398	13407	20 %	40 %	20 %	20 %	86360288
11	NC_007765	GCCTT	2	10	13703	13712	0 %	40 %	20 %	40 %	86360288
12	NC_007765	ACCGG	2	10	13727	13736	20 %	0 %	40 %	40 %	86360288
13	NC_007765	GGCGC	2	10	16875	16884	0 %	0 %	60 %	40 %	86360288
14	NC_007765	TCAAC	2	10	17291	17300	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
15	NC_007765	GGGCA	2	10	23671	23680	20 %	0 %	60 %	20 %	86360295
16	NC_007765	CGATG	2	10	26525	26534	20 %	20 %	40 %	20 %	86360297
17	NC_007765	CGGCG	2	10	27321	27330	0 %	0 %	60 %	40 %	86360298
18	NC_007765	CAGGC	2	10	28274	28283	20 %	0 %	40 %	40 %	86360298
19	NC_007765	CGATG	2	10	28495	28504	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
20	NC_007765	GGCCG	2	10	31345	31354	0 %	0 %	60 %	40 %	86360301
21	NC_007765	CGATC	2	10	32110	32119	20 %	20 %	20 %	40 %	86360302
22	NC_007765	GAATT	2	10	34498	34507	40 %	40 %	20 %	0 %	86360303
23	NC_007765	GCCTC	2	10	40597	40606	0 %	20 %	20 %	60 %	86360309
24	NC_007765	CTTTC	2	10	40631	40640	0 %	60 %	0 %	40 %	86360309
25	NC_007765	CCCGT	2	10	40702	40711	0 %	20 %	20 %	60 %	86360309
26	NC_007765	TTCCT	2	10	41052	41061	0 %	60 %	0 %	40 %	86360309
27	NC_007765	CCGCG	2	10	42809	42818	0 %	0 %	40 %	60 %	86360312
28	NC_007765	TGATC	2	10	43532	43541	20 %	40 %	20 %	20 %	86360313
29	NC_007765	GGCGT	2	10	43999	44008	0 %	20 %	60 %	20 %	86360313
30	NC_007765	AGCGC	2	10	44426	44435	20 %	0 %	40 %	40 %	86360313
31	NC_007765	CGGGA	2	10	46106	46115	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
32	NC_007765	CGATG	2	10	46745	46754	20 %	20 %	40 %	20 %	86360314
33	NC_007765	CGGCG	2	10	47718	47727	0 %	0 %	60 %	40 %	86360315
34	NC_007765	CGCTG	2	10	49239	49248	0 %	20 %	40 %	40 %	86360316
35	NC_007765	GCGTG	2	10	50231	50240	0 %	20 %	60 %	20 %	86360317
36	NC_007765	AGATG	2	10	50653	50662	40 %	20 %	40 %	0 %	86360317
37	NC_007765	GCGAG	2	10	51001	51010	20 %	0 %	60 %	20 %	86360317
38	NC_007765	GGGTT	2	10	53471	53480	0 %	40 %	60 %	0 %	86360319
39	NC_007765	CCGGC	2	10	55172	55181	0 %	0 %	40 %	60 %	86360320
40	NC_007765	GGTGC	2	10	55446	55455	0 %	20 %	60 %	20 %	86360320
41	NC_007765	CCCCT	2	10	57884	57893	0 %	20 %	0 %	80 %	86360322
42	NC_007765	TGTCA	2	10	60522	60531	20 %	40 %	20 %	20 %	86360323
43	NC_007765	GGCCG	2	10	63359	63368	0 %	0 %	60 %	40 %	86360327
44	NC_007765	GAAGG	2	10	63617	63626	40 %	0 %	60 %	0 %	86360327
45	NC_007765	GCTGC	2	10	65941	65950	0 %	20 %	40 %	40 %	86360328
46	NC_007765	ATGAA	2	10	66079	66088	60 %	20 %	20 %	0 %	86360328
47	NC_007765	GCCGG	2	10	66351	66360	0 %	0 %	60 %	40 %	86360329
48	NC_007765	GATCA	2	10	67099	67108	40 %	20 %	20 %	20 %	86360330
49	NC_007765	GGGCG	2	10	71439	71448	0 %	0 %	80 %	20 %	86360335
50	NC_007765	TCAGT	2	10	73168	73177	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_007765	GCGAT	2	10	74145	74154	20 %	20 %	40 %	20 %	86360338
52	NC_007765	TGCCG	2	10	74269	74278	0 %	20 %	40 %	40 %	86360338
53	NC_007765	CTGGT	2	10	77599	77608	0 %	40 %	40 %	20 %	86360342
54	NC_007765	ATCAC	2	10	78186	78195	40 %	20 %	0 %	40 %	86360343
55	NC_007765	TTTCG	2	10	78731	78740	0 %	60 %	20 %	20 %	86360343
56	NC_007765	CTCTG	2	10	79076	79085	0 %	40 %	20 %	40 %	86360344
57	NC_007765	GGCGA	2	10	81952	81961	20 %	0 %	60 %	20 %	86360348
58	NC_007765	GCCGC	2	10	83791	83800	0 %	0 %	40 %	60 %	86360349
59	NC_007765	GTCGA	2	10	84655	84664	20 %	20 %	40 %	20 %	86360350
60	NC_007765	GCGCG	2	10	85229	85238	0 %	0 %	60 %	40 %	86360350
61	NC_007765	GCCGC	2	10	88162	88171	0 %	0 %	40 %	60 %	86360352
62	NC_007765	CGGTT	2	10	89538	89547	0 %	40 %	40 %	20 %	86360354
63	NC_007765	TCCTC	2	10	91466	91475	0 %	40 %	0 %	60 %	86360356
64	NC_007765	GCTTC	2	10	91781	91790	0 %	40 %	20 %	40 %	86360356
65	NC_007765	GCGCC	2	10	91991	92000	0 %	0 %	40 %	60 %	86360356
66	NC_007765	ATGAG	2	10	93408	93417	40 %	20 %	40 %	0 %	86360358
67	NC_007765	ACGGC	2	10	94124	94133	20 %	0 %	40 %	40 %	86360359
68	NC_007765	ACAGG	2	10	95050	95059	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_007765	TTTCG	2	10	95934	95943	0 %	60 %	20 %	20 %	86360361
70	NC_007765	AGCGC	2	10	97108	97117	20 %	0 %	40 %	40 %	86360362
71	NC_007765	CACGG	2	10	99440	99449	20 %	0 %	40 %	40 %	86360363
72	NC_007765	GCCCG	2	10	99615	99624	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
73	NC_007765	GGCCA	2	10	104272	104281	20 %	0 %	40 %	40 %	86360368
74	NC_007765	TGAAC	2	10	104286	104295	40 %	20 %	20 %	20 %	86360368
75	NC_007765	TGCCG	2	10	106081	106090	0 %	20 %	40 %	40 %	86360369
76	NC_007765	CGCCC	2	10	107520	107529	0 %	0 %	20 %	80 %	86360371
77	NC_007765	AGGGC	2	10	109880	109889	20 %	0 %	60 %	20 %	86360372
78	NC_007765	CGGCT	2	10	109948	109957	0 %	20 %	40 %	40 %	86360372
79	NC_007765	GTCTC	2	10	111953	111962	0 %	40 %	20 %	40 %	86360374
80	NC_007765	ATGCG	2	10	114808	114817	20 %	20 %	40 %	20 %	86360377
81	NC_007765	TCGCC	2	10	120150	120159	0 %	20 %	20 %	60 %	86360381
82	NC_007765	CTGCG	2	10	120753	120762	0 %	20 %	40 %	40 %	86360382
83	NC_007765	CGGCG	2	10	120956	120965	0 %	0 %	60 %	40 %	86360382
84	NC_007765	TAGAT	2	10	122921	122930	40 %	40 %	20 %	0 %	86360384
85	NC_007765	CTGCA	2	10	123523	123532	20 %	20 %	20 %	40 %	86360384
86	NC_007765	TGAGG	2	10	123596	123605	20 %	20 %	60 %	0 %	86360384
87	NC_007765	TGGCC	2	10	124934	124943	0 %	20 %	40 %	40 %	86360385
88	NC_007765	CTTAT	2	10	124992	125001	20 %	60 %	0 %	20 %	86360385
89	NC_007765	GCAGC	2	10	125845	125854	20 %	0 %	40 %	40 %	86360385
90	NC_007765	CGGTG	2	10	126924	126933	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
91	NC_007765	GCCGC	2	10	130391	130400	0 %	0 %	40 %	60 %	86360388
92	NC_007765	GCGAT	2	10	130822	130831	20 %	20 %	40 %	20 %	86360388
93	NC_007765	GCCGC	2	10	133551	133560	0 %	0 %	40 %	60 %	86360391
94	NC_007765	GCGCC	2	10	135009	135018	0 %	0 %	40 %	60 %	86360392
95	NC_007765	GGCCG	2	10	139455	139464	0 %	0 %	60 %	40 %	86360395
96	NC_007765	CCGGC	2	10	140322	140331	0 %	0 %	40 %	60 %	86360395
97	NC_007765	CCTTG	2	10	141062	141071	0 %	40 %	20 %	40 %	86360395
98	NC_007765	AATGA	2	10	142307	142316	60 %	20 %	20 %	0 %	86360396
99	NC_007765	TCGCC	2	10	142994	143003	0 %	20 %	20 %	60 %	86360397
100	NC_007765	GCCGA	2	10	144743	144752	20 %	0 %	40 %	40 %	86360399
101	NC_007765	TGCCT	2	10	145199	145208	0 %	40 %	20 %	40 %	86360400
102	NC_007765	TCACG	2	10	145474	145483	20 %	20 %	20 %	40 %	86360400
103	NC_007765	GCGCG	2	10	146273	146282	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
104	NC_007765	CGGGC	2	10	151057	151066	0 %	0 %	60 %	40 %	86360403
105	NC_007765	CAGGC	2	10	151467	151476	20 %	0 %	40 %	40 %	86360403
106	NC_007765	GCCGG	2	10	152658	152667	0 %	0 %	60 %	40 %	86360405
107	NC_007765	CGGCC	2	10	154011	154020	0 %	0 %	40 %	60 %	86360406
108	NC_007765	GCGCC	2	10	154968	154977	0 %	0 %	40 %	60 %	86360406
109	NC_007765	CTGGT	2	10	156635	156644	0 %	40 %	40 %	20 %	86360407
110	NC_007765	CCTCG	2	10	157250	157259	0 %	20 %	20 %	60 %	86360408
111	NC_007765	TGGTC	2	10	158509	158518	0 %	40 %	40 %	20 %	86360408
112	NC_007765	CCCGG	2	10	159038	159047	0 %	0 %	40 %	60 %	86360408
113	NC_007765	TGATC	2	10	160563	160572	20 %	40 %	20 %	20 %	86360410
114	NC_007765	CGGCG	2	10	160745	160754	0 %	0 %	60 %	40 %	86360410
115	NC_007765	CATTT	2	10	163169	163178	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
116	NC_007765	ATTTT	2	10	163345	163354	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_007765	GTTCT	2	10	163522	163531	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_007765	TTTGC	2	10	164003	164012	0 %	60 %	20 %	20 %	86360411
119	NC_007765	CCTTT	2	10	164292	164301	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
120	NC_007765	GGGTG	2	10	167725	167734	0 %	20 %	80 %	0 %	86360417
121	NC_007765	GCACG	3	15	170544	170558	20 %	0 %	40 %	40 %	86360420
122	NC_007765	GTGCC	2	10	171202	171211	0 %	20 %	40 %	40 %	86360421
123	NC_007765	CGATC	2	10	171532	171541	20 %	20 %	20 %	40 %	86360421
124	NC_007765	CGTTG	2	10	172596	172605	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
125	NC_007765	CACAG	2	10	172911	172920	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
126	NC_007765	GGCGG	2	10	173586	173595	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
127	NC_007765	CGGCG	2	10	174978	174987	0 %	0 %	60 %	40 %	86360423
128	NC_007765	CGAGG	2	10	175087	175096	20 %	0 %	60 %	20 %	86360423
129	NC_007765	CGGCA	2	10	177425	177434	20 %	0 %	40 %	40 %	86360425
130	NC_007765	CGGCG	2	10	181924	181933	0 %	0 %	60 %	40 %	86360429
131	NC_007765	AAGGA	2	10	182388	182397	60 %	0 %	40 %	0 %	86360430
132	NC_007765	CGCCC	2	10	182426	182435	0 %	0 %	20 %	80 %	86360430
133	NC_007765	AGTGG	2	10	188847	188856	20 %	20 %	60 %	0 %	86360435
134	NC_007765	GGAGC	2	10	191355	191364	20 %	0 %	60 %	20 %	86360436
135	NC_007765	CGATG	2	10	192336	192345	20 %	20 %	40 %	20 %	86360437
136	NC_007765	CGCGC	2	10	192563	192572	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
137	NC_007765	GCCTT	2	10	193487	193496	0 %	40 %	20 %	40 %	86360439
138	NC_007765	GCATC	2	10	194438	194447	20 %	20 %	20 %	40 %	86360441
139	NC_007765	GGTGA	2	10	195586	195595	20 %	20 %	60 %	0 %	86360443
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267	NC_007765	ATCCG	2	10	381806	381815	20 %	20 %	20 %	40 %	86360620
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.