MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Rhizobium etli CFN 42 plasmid p42c

Total Repeats: 139

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007764	AGGCGG	2	12	2052	2063	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	86360049
2	NC_007764	CGGCGC	2	12	3733	3744	0 %	0 %	50 %	50 %	86360050
3	NC_007764	GGCTTC	2	12	3946	3957	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	86360050
4	NC_007764	GGCGCT	2	12	5370	5381	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86360052
5	NC_007764	GGCGCT	2	12	6579	6590	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86360052
6	NC_007764	TCGTCA	2	12	6698	6709	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	86360052
7	NC_007764	TCGGTT	2	12	7004	7015	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	86360053
8	NC_007764	GCCGGC	2	12	12501	12512	0 %	0 %	50 %	50 %	86360060
9	NC_007764	CCAGCA	2	12	13952	13963	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	86360062
10	NC_007764	GCCGAC	2	12	16248	16259	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86360064
11	NC_007764	CGGCGA	2	12	18606	18617	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86360066
12	NC_007764	CGGCGA	2	12	21176	21187	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86360069
13	NC_007764	GGGACG	2	12	21584	21595	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	86360070
14	NC_007764	CCGAGG	2	12	23587	23598	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86360071
15	NC_007764	ATGCCG	2	12	24642	24653	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360073
16	NC_007764	CGCAGG	2	12	27934	27945	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86360076
17	NC_007764	GGTCAC	2	12	32715	32726	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360082
18	NC_007764	GGATCA	2	12	32873	32884	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	86360082
19	NC_007764	GATGCC	2	12	33812	33823	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360083
20	NC_007764	GTGTGC	2	12	38845	38856	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	86360086
21	NC_007764	GGCGCT	2	12	41742	41753	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86360089
22	NC_007764	CGGTTC	2	12	41976	41987	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	86360089
23	NC_007764	TCGCCA	2	12	48618	48629	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	86360097
24	NC_007764	CCGCGC	2	12	50541	50552	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	86360099
25	NC_007764	TCTCGA	2	12	53070	53081	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	86360100
26	NC_007764	GCCGTC	2	12	54907	54918	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	86360101
27	NC_007764	TTGGCC	2	12	54997	55008	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	86360101
28	NC_007764	ACGGAT	2	12	55794	55805	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	86360102
29	NC_007764	TCGGCC	2	12	61967	61978	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	86360107
30	NC_007764	CTTGCC	2	12	63871	63882	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	86360108
31	NC_007764	CCTATC	2	12	65617	65628	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	86360110
32	NC_007764	ATCGTC	2	12	67955	67966	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	86360113
33	NC_007764	CGGTCA	2	12	68550	68561	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360113
34	NC_007764	CGATCT	2	12	68929	68940	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	86360113
35	NC_007764	GATCCA	2	12	70137	70148	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	86360114
36	NC_007764	CTCGAT	2	12	72330	72341	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	86360116
37	NC_007764	CCCCGG	2	12	72530	72541	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	86360116
38	NC_007764	GGCCGA	2	12	72629	72640	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86360117
39	NC_007764	GGTGGA	2	12	74207	74218	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	86360118
40	NC_007764	CGGCAC	2	12	80490	80501	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86360123
41	NC_007764	TGATCG	2	12	82081	82092	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	86360124
42	NC_007764	CAGCGC	2	12	83761	83772	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86360126
43	NC_007764	CGGCGC	2	12	85742	85753	0 %	0 %	50 %	50 %	86360128
44	NC_007764	TTGAGC	2	12	86979	86990	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	86360130
45	NC_007764	GCAATC	2	12	87177	87188	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	86360130
46	NC_007764	ATGATC	2	12	89104	89115	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	86360132
47	NC_007764	CGCCTC	2	12	89277	89288	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	86360132
48	NC_007764	ATGCCG	2	12	90214	90225	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360132
49	NC_007764	CGAGGT	2	12	90380	90391	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	86360132
50	NC_007764	TTCGCC	2	12	92234	92245	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	86360134
51	NC_007764	GGATCG	2	12	93464	93475	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	86360135
52	NC_007764	GCGGAC	2	12	94298	94309	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86360136
53	NC_007764	TCGTGC	2	12	96568	96579	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	86360139
54	NC_007764	TGGGAT	2	12	98091	98102	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	86360139
55	NC_007764	GCCGAG	2	12	100923	100934	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86360139
56	NC_007764	GGCCGG	2	12	105205	105216	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	86360143
57	NC_007764	GAGCTT	2	12	108483	108494	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	86360147
58	NC_007764	CATGAT	2	12	108678	108689	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	86360147
59	NC_007764	GAAGCC	2	12	110294	110305	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	86360148
60	NC_007764	GCCGTC	2	12	116452	116463	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	86360153
61	NC_007764	GAGCTC	2	12	122712	122723	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360161
62	NC_007764	GGTCGA	2	12	123548	123559	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	86360161
63	NC_007764	CGGCTG	2	12	124005	124016	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86360161
64	NC_007764	TCGATG	2	12	125091	125102	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	86360162
65	NC_007764	AGCCGC	2	12	126279	126290	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86360163
66	NC_007764	CCGGCG	2	12	126304	126315	0 %	0 %	50 %	50 %	86360163
67	NC_007764	TCGACG	2	12	126646	126657	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360163
68	NC_007764	CCAGCG	2	12	128405	128416	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86360166
69	NC_007764	GACGCC	2	12	128655	128666	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86360166
70	NC_007764	TGCCGT	2	12	130508	130519	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	86360168
71	NC_007764	GATCAG	2	12	130975	130986	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	86360168
72	NC_007764	CCGGCG	2	12	131199	131210	0 %	0 %	50 %	50 %	86360169
73	NC_007764	TCGACG	2	12	132145	132156	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360170
74	NC_007764	TGCCGA	2	12	132296	132307	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360170
75	NC_007764	CGCCGG	2	12	134986	134997	0 %	0 %	50 %	50 %	86360172
76	NC_007764	GTCTCG	2	12	135537	135548	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	86360172
77	NC_007764	CGGGCG	2	12	136948	136959	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	86360173
78	NC_007764	GATCGA	2	12	138884	138895	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	86360174
79	NC_007764	GAAGGC	2	12	146166	146177	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	86360180
80	NC_007764	CTGCGG	2	12	146656	146667	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86360180
81	NC_007764	GACCTG	2	12	147225	147236	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360180
82	NC_007764	ACGCTG	2	12	148796	148807	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360182
83	NC_007764	GGCGCG	2	12	149160	149171	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_007764	CAGCTC	2	12	149752	149763	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	86360183
85	NC_007764	CGGCAT	2	12	154319	154330	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360186
86	NC_007764	GAAGAC	2	12	157849	157860	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	86360190
87	NC_007764	CGCTGT	2	12	159113	159124	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	86360191
88	NC_007764	GCGATC	2	12	161273	161284	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360193
89	NC_007764	CGAAAA	2	12	164260	164271	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	86360197
90	NC_007764	CGATCG	2	12	166485	166496	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360198
91	NC_007764	TCGCGC	2	12	168125	168136	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	86360200
92	NC_007764	ACTTCG	2	12	172266	172277	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	86360204
93	NC_007764	CTGATC	2	12	172535	172546	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	86360205
94	NC_007764	ACGGTG	2	12	173572	173583	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	86360206
95	NC_007764	GGCGCT	2	12	173896	173907	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86360207
96	NC_007764	CCGAGC	2	12	179551	179562	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86360212
97	NC_007764	AGCGCC	2	12	179584	179595	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86360212
98	NC_007764	GCAAAG	2	12	179692	179703	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	86360212
99	NC_007764	TCGCCA	2	12	186545	186556	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	86360217
100	NC_007764	CCGTCA	2	12	186677	186688	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	86360217
101	NC_007764	GCGTCA	2	12	186857	186868	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360217
102	NC_007764	GACGGC	2	12	187077	187088	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86360217
103	NC_007764	GCGGAA	2	12	187530	187541	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	86360218
104	NC_007764	CACTGC	2	12	188270	188281	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	86360219
105	NC_007764	GGCATG	2	12	189166	189177	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	86360219
106	NC_007764	ATGCCG	2	12	193095	193106	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360224
107	NC_007764	CCTTGC	2	12	193147	193158	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	86360224
108	NC_007764	AGCCCG	2	12	195677	195688	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86360227
109	NC_007764	ACCCGC	2	12	196267	196278	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	86360228
110	NC_007764	GGCGCC	2	12	202706	202717	0 %	0 %	50 %	50 %	86360235
111	NC_007764	ATACAT	2	12	204438	204449	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_007764	AGCCGT	2	12	206099	206110	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360238
113	NC_007764	GACAAG	2	12	211651	211662	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	86360242
114	NC_007764	TGGTCA	2	12	212852	212863	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	86360243
115	NC_007764	CGGCAT	2	12	214350	214361	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360245
116	NC_007764	CAGCGC	2	12	214537	214548	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86360245
117	NC_007764	TCGGCA	2	12	216145	216156	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360246
118	NC_007764	CGCCTC	2	12	216946	216957	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
119	NC_007764	CCAAGG	2	12	217779	217790	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	86360247
120	NC_007764	TGACGA	2	12	219107	219118	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	86360248
121	NC_007764	CGGCGC	2	12	224246	224257	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
122	NC_007764	TCGCGA	2	12	225678	225689	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360255
123	NC_007764	GCCATG	2	12	226053	226064	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360256
124	NC_007764	GCCTCG	2	12	226230	226241	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	86360256
125	NC_007764	CCGATC	2	12	227695	227706	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	86360257
126	NC_007764	GCTGGT	2	12	229406	229417	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	86360259
127	NC_007764	TGCCGG	2	12	229954	229965	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86360259
128	NC_007764	CGAGAT	2	12	230291	230302	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	86360259
129	NC_007764	CCCTCG	2	12	231091	231102	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	86360260
130	NC_007764	CGAAGC	2	12	231368	231379	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	86360260
131	NC_007764	GGTTGA	2	12	231881	231892	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	86360260
132	NC_007764	CGCGCA	2	12	233160	233171	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86360261
133	NC_007764	CGGCAG	2	12	233197	233208	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86360261
134	NC_007764	TCGATA	2	12	233940	233951	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	86360262
135	NC_007764	CCGGCG	2	12	236620	236631	0 %	0 %	50 %	50 %	86360263
136	NC_007764	CTACAG	2	12	237848	237859	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	86360264
137	NC_007764	CGGCCG	2	12	242061	242072	0 %	0 %	50 %	50 %	86360269
138	NC_007764	TCGACC	2	12	247704	247715	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	86360275
139	NC_007764	CGTCAC	2	12	249514	249525	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.