MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rhizobium etli CFN 42 plasmid p42c

Total Repeats: 163

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007764	ACGGC	2	10	1743	1752	20 %	0 %	40 %	40 %	86360048
2	NC_007764	GCAGG	2	10	2274	2283	20 %	0 %	60 %	20 %	86360049
3	NC_007764	ACCGC	2	10	3919	3928	20 %	0 %	20 %	60 %	86360050
4	NC_007764	GCCGC	2	10	5694	5703	0 %	0 %	40 %	60 %	86360052
5	NC_007764	GCGGT	2	10	6098	6107	0 %	20 %	60 %	20 %	86360052
6	NC_007764	GGCAT	2	10	6943	6952	20 %	20 %	40 %	20 %	86360053
7	NC_007764	ATGAG	2	10	8913	8922	40 %	20 %	40 %	0 %	86360055
8	NC_007764	GGGGA	2	10	9542	9551	20 %	0 %	80 %	0 %	86360055
9	NC_007764	CCGAT	2	10	9798	9807	20 %	20 %	20 %	40 %	86360055
10	NC_007764	GGATT	2	10	10325	10334	20 %	40 %	40 %	0 %	86360056
11	NC_007764	GCAGA	2	10	20299	20308	40 %	0 %	40 %	20 %	86360068
12	NC_007764	CGCGA	2	10	24067	24076	20 %	0 %	40 %	40 %	86360072
13	NC_007764	CGGAC	2	10	25775	25784	20 %	0 %	40 %	40 %	86360074
14	NC_007764	TTCAT	2	10	27770	27779	20 %	60 %	0 %	20 %	86360076
15	NC_007764	AGGCG	2	10	28015	28024	20 %	0 %	60 %	20 %	86360076
16	NC_007764	AGGGC	2	10	30160	30169	20 %	0 %	60 %	20 %	86360078
17	NC_007764	TCATC	2	10	30283	30292	20 %	40 %	0 %	40 %	86360078
18	NC_007764	CTCAT	2	10	30432	30441	20 %	40 %	0 %	40 %	86360078
19	NC_007764	ACGAA	2	10	30810	30819	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_007764	GGCCC	2	10	31663	31672	0 %	0 %	40 %	60 %	86360081
21	NC_007764	GCCGT	2	10	31726	31735	0 %	20 %	40 %	40 %	86360081
22	NC_007764	CAGCG	2	10	32970	32979	20 %	0 %	40 %	40 %	86360082
23	NC_007764	GGCCG	2	10	35659	35668	0 %	0 %	60 %	40 %	86360085
24	NC_007764	GTCGG	2	10	36666	36675	0 %	20 %	60 %	20 %	86360085
25	NC_007764	GCGCC	2	10	38424	38433	0 %	0 %	40 %	60 %	86360086
26	NC_007764	CCGAA	2	10	40382	40391	40 %	0 %	20 %	40 %	86360088
27	NC_007764	GGCGC	2	10	41220	41229	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
28	NC_007764	CGATG	2	10	42126	42135	20 %	20 %	40 %	20 %	86360089
29	NC_007764	ATCGT	2	10	42251	42260	20 %	40 %	20 %	20 %	86360089
30	NC_007764	GCGCC	2	10	43074	43083	0 %	0 %	40 %	60 %	86360089
31	NC_007764	TTGAA	2	10	44360	44369	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_007764	TTGCT	2	10	46692	46701	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_007764	GCCCG	2	10	47539	47548	0 %	0 %	40 %	60 %	86360096
34	NC_007764	GGGCA	2	10	48513	48522	20 %	0 %	60 %	20 %	86360097
35	NC_007764	AGCGA	2	10	48785	48794	40 %	0 %	40 %	20 %	86360097
36	NC_007764	CCGGC	2	10	49507	49516	0 %	0 %	40 %	60 %	86360098
37	NC_007764	CGGCG	2	10	50613	50622	0 %	0 %	60 %	40 %	86360099
38	NC_007764	CCTCG	2	10	51152	51161	0 %	20 %	20 %	60 %	86360100
39	NC_007764	TCGAT	2	10	51914	51923	20 %	40 %	20 %	20 %	86360100
40	NC_007764	TGAAG	2	10	54450	54459	40 %	20 %	40 %	0 %	86360101
41	NC_007764	TCCCG	2	10	54470	54479	0 %	20 %	20 %	60 %	86360101
42	NC_007764	ATGCC	2	10	57516	57525	20 %	20 %	20 %	40 %	86360103
43	NC_007764	GGCGA	2	10	59887	59896	20 %	0 %	60 %	20 %	86360105
44	NC_007764	GGCAG	2	10	63612	63621	20 %	0 %	60 %	20 %	86360108
45	NC_007764	GGCGA	2	10	65540	65549	20 %	0 %	60 %	20 %	86360110
46	NC_007764	TGGCG	2	10	67407	67416	0 %	20 %	60 %	20 %	86360112
47	NC_007764	GGCGC	2	10	67967	67976	0 %	0 %	60 %	40 %	86360113
48	NC_007764	ATCGC	2	10	69830	69839	20 %	20 %	20 %	40 %	86360114
49	NC_007764	CTGCC	2	10	70063	70072	0 %	20 %	20 %	60 %	86360114
50	NC_007764	GGGGC	2	10	70300	70309	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
51	NC_007764	GCCGC	2	10	72939	72948	0 %	0 %	40 %	60 %	86360117
52	NC_007764	GATCC	2	10	74272	74281	20 %	20 %	20 %	40 %	86360118
53	NC_007764	GGGAA	2	10	76136	76145	40 %	0 %	60 %	0 %	86360120
54	NC_007764	GAAGC	2	10	78621	78630	40 %	0 %	40 %	20 %	86360122
55	NC_007764	GGGTT	2	10	79388	79397	0 %	40 %	60 %	0 %	86360122
56	NC_007764	AAACG	2	10	81607	81616	60 %	0 %	20 %	20 %	86360124
57	NC_007764	CGGGG	2	10	83042	83051	0 %	0 %	80 %	20 %	86360125
58	NC_007764	GAAAT	2	10	83342	83351	60 %	20 %	20 %	0 %	86360125
59	NC_007764	AGCCG	2	10	89471	89480	20 %	0 %	40 %	40 %	86360132
60	NC_007764	CGGCA	2	10	89664	89673	20 %	0 %	40 %	40 %	86360132
61	NC_007764	CCGAG	2	10	91082	91091	20 %	0 %	40 %	40 %	86360133
62	NC_007764	GTCAG	2	10	91695	91704	20 %	20 %	40 %	20 %	86360134
63	NC_007764	CGCGC	2	10	94341	94350	0 %	0 %	40 %	60 %	86360136
64	NC_007764	GCCTC	2	10	94916	94925	0 %	20 %	20 %	60 %	86360137
65	NC_007764	CGGCG	2	10	96006	96015	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
66	NC_007764	CATGG	2	10	96630	96639	20 %	20 %	40 %	20 %	86360139
67	NC_007764	CGCGG	2	10	98294	98303	0 %	0 %	60 %	40 %	86360139
68	NC_007764	CAACT	2	10	98487	98496	40 %	20 %	0 %	40 %	86360139
69	NC_007764	CGCGC	2	10	98563	98572	0 %	0 %	40 %	60 %	86360139
70	NC_007764	TTCGG	2	10	99193	99202	0 %	40 %	40 %	20 %	86360139
71	NC_007764	TGGAA	2	10	99233	99242	40 %	20 %	40 %	0 %	86360139
72	NC_007764	AGAGG	2	10	101087	101096	40 %	0 %	60 %	0 %	86360139
73	NC_007764	TCGGA	2	10	103204	103213	20 %	20 %	40 %	20 %	86360141
74	NC_007764	TGAAA	2	10	105529	105538	60 %	20 %	20 %	0 %	86360143
75	NC_007764	GAATG	2	10	108654	108663	40 %	20 %	40 %	0 %	86360147
76	NC_007764	TGATC	2	10	110125	110134	20 %	40 %	20 %	20 %	86360148
77	NC_007764	TGCGC	2	10	111734	111743	0 %	20 %	40 %	40 %	86360149
78	NC_007764	GTCAG	2	10	112481	112490	20 %	20 %	40 %	20 %	86360149
79	NC_007764	TCCCC	2	10	113357	113366	0 %	20 %	0 %	80 %	86360150
80	NC_007764	TGCGG	2	10	115418	115427	0 %	20 %	60 %	20 %	86360152
81	NC_007764	CGTCA	2	10	115724	115733	20 %	20 %	20 %	40 %	86360152
82	NC_007764	CGCGG	2	10	115910	115919	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
83	NC_007764	CGGCA	2	10	116063	116072	20 %	0 %	40 %	40 %	86360153
84	NC_007764	GCACG	2	10	118499	118508	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
85	NC_007764	TCCGC	2	10	123476	123485	0 %	20 %	20 %	60 %	86360161
86	NC_007764	TCGCT	2	10	123691	123700	0 %	40 %	20 %	40 %	86360161
87	NC_007764	CGAAG	2	10	125930	125939	40 %	0 %	40 %	20 %	86360163
88	NC_007764	CTTGC	2	10	127790	127799	0 %	40 %	20 %	40 %	86360165
89	NC_007764	TTGGG	2	10	130849	130858	0 %	40 %	60 %	0 %	86360168
90	NC_007764	GCGAT	2	10	130934	130943	20 %	20 %	40 %	20 %	86360168
91	NC_007764	GGCGA	2	10	133281	133290	20 %	0 %	60 %	20 %	86360170
92	NC_007764	GAAGC	2	10	137543	137552	40 %	0 %	40 %	20 %	86360173
93	NC_007764	TCGAT	2	10	138400	138409	20 %	40 %	20 %	20 %	86360174
94	NC_007764	GAAGC	2	10	143929	143938	40 %	0 %	40 %	20 %	86360179
95	NC_007764	CGGGA	2	10	145543	145552	20 %	0 %	60 %	20 %	86360180
96	NC_007764	CGGCA	2	10	146511	146520	20 %	0 %	40 %	40 %	86360180
97	NC_007764	GCATC	2	10	146862	146871	20 %	20 %	20 %	40 %	86360180
98	NC_007764	GCAAG	2	10	147828	147837	40 %	0 %	40 %	20 %	86360181
99	NC_007764	CCCCT	2	10	149718	149727	0 %	20 %	0 %	80 %	86360183
100	NC_007764	CCTTC	2	10	151644	151653	0 %	40 %	0 %	60 %	86360184
101	NC_007764	CCGGG	2	10	153243	153252	0 %	0 %	60 %	40 %	86360185
102	NC_007764	GCGAG	2	10	153553	153562	20 %	0 %	60 %	20 %	86360185
103	NC_007764	TGCCG	2	10	155275	155284	0 %	20 %	40 %	40 %	86360187
104	NC_007764	GGCAT	2	10	157439	157448	20 %	20 %	40 %	20 %	86360190
105	NC_007764	CGGTT	2	10	159006	159015	0 %	40 %	40 %	20 %	86360191
106	NC_007764	GCCGG	2	10	160440	160449	0 %	0 %	60 %	40 %	86360192
107	NC_007764	CGATG	2	10	161179	161188	20 %	20 %	40 %	20 %	86360193
108	NC_007764	CCCTC	2	10	161818	161827	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
109	NC_007764	GCCGT	2	10	167459	167468	0 %	20 %	40 %	40 %	86360198
110	NC_007764	TTCAG	2	10	170675	170684	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_007764	AAGCT	2	10	172197	172206	40 %	20 %	20 %	20 %	86360204
112	NC_007764	CGGGA	2	10	172441	172450	20 %	0 %	60 %	20 %	86360205
113	NC_007764	CCCTG	2	10	176179	176188	0 %	20 %	20 %	60 %	86360209
114	NC_007764	TGCCG	2	10	180250	180259	0 %	20 %	40 %	40 %	86360213
115	NC_007764	GCTCG	2	10	181620	181629	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
116	NC_007764	GGCCG	2	10	181693	181702	0 %	0 %	60 %	40 %	86360214
117	NC_007764	CGGCA	2	10	181830	181839	20 %	0 %	40 %	40 %	86360214
118	NC_007764	CTGCG	2	10	182343	182352	0 %	20 %	40 %	40 %	86360214
119	NC_007764	GCAAG	2	10	183598	183607	40 %	0 %	40 %	20 %	86360215
120	NC_007764	TCGTG	2	10	185171	185180	0 %	40 %	40 %	20 %	86360216
121	NC_007764	CGTTC	2	10	185895	185904	0 %	40 %	20 %	40 %	86360217
122	NC_007764	GCGTC	2	10	187605	187614	0 %	20 %	40 %	40 %	86360218
123	NC_007764	GGCGG	2	10	188506	188515	0 %	0 %	80 %	20 %	86360219
124	NC_007764	CCTGC	2	10	190312	190321	0 %	20 %	20 %	60 %	86360221
125	NC_007764	CCGTC	2	10	191871	191880	0 %	20 %	20 %	60 %	86360222
126	NC_007764	GCGCA	2	10	193641	193650	20 %	0 %	40 %	40 %	86360224
127	NC_007764	AGGTC	2	10	194752	194761	20 %	20 %	40 %	20 %	86360226
128	NC_007764	CGACC	2	10	196559	196568	20 %	0 %	20 %	60 %	86360228
129	NC_007764	CGCGA	2	10	198045	198054	20 %	0 %	40 %	40 %	86360230
130	NC_007764	AGCCG	2	10	198380	198389	20 %	0 %	40 %	40 %	86360230
131	NC_007764	TGACG	2	10	199522	199531	20 %	20 %	40 %	20 %	86360231
132	NC_007764	CGATC	2	10	200517	200526	20 %	20 %	20 %	40 %	86360232
133	NC_007764	TCGCG	2	10	201634	201643	0 %	20 %	40 %	40 %	86360233
134	NC_007764	GCCCG	2	10	203552	203561	0 %	0 %	40 %	60 %	86360236
135	NC_007764	CGGTG	2	10	203562	203571	0 %	20 %	60 %	20 %	86360236
136	NC_007764	GCGGA	2	10	204499	204508	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
137	NC_007764	GAAGG	2	10	206049	206058	40 %	0 %	60 %	0 %	86360238
138	NC_007764	CAGCG	2	10	208279	208288	20 %	0 %	40 %	40 %	86360239
139	NC_007764	CGCGC	3	15	210100	210114	0 %	0 %	40 %	60 %	86360241
140	NC_007764	ATCGC	2	10	214730	214739	20 %	20 %	20 %	40 %	86360245
141	NC_007764	CAGGA	2	10	215269	215278	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
142	NC_007764	CGGCG	2	10	215328	215337	0 %	0 %	60 %	40 %	86360246
143	NC_007764	GGCCG	2	10	215394	215403	0 %	0 %	60 %	40 %	86360246
144	NC_007764	CCATG	2	10	224195	224204	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
145	NC_007764	GGCGC	2	10	228331	228340	0 %	0 %	60 %	40 %	86360258
146	NC_007764	GCCGC	2	10	230406	230415	0 %	0 %	40 %	60 %	86360259
147	NC_007764	GCGTG	2	10	231650	231659	0 %	20 %	60 %	20 %	86360260
148	NC_007764	GGCCG	2	10	233181	233190	0 %	0 %	60 %	40 %	86360261
149	NC_007764	CATCT	2	10	235605	235614	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
150	NC_007764	GCGCG	2	10	236838	236847	0 %	0 %	60 %	40 %	86360264
151	NC_007764	CTCTC	2	10	238127	238136	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
152	NC_007764	AGCGA	2	10	239789	239798	40 %	0 %	40 %	20 %	86360267
153	NC_007764	GCCGC	2	10	239975	239984	0 %	0 %	40 %	60 %	86360267
154	NC_007764	AATGC	2	10	240328	240337	40 %	20 %	20 %	20 %	86360267
155	NC_007764	CTTTG	2	10	242838	242847	0 %	60 %	20 %	20 %	86360269
156	NC_007764	TCTGA	2	10	243994	244003	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
157	NC_007764	GGAAA	2	10	245750	245759	60 %	0 %	40 %	0 %	86360272
158	NC_007764	CAGCT	2	10	246523	246532	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
159	NC_007764	CCCGT	2	10	246842	246851	0 %	20 %	20 %	60 %	86360273
160	NC_007764	ATGCG	2	10	247530	247539	20 %	20 %	40 %	20 %	86360275
161	NC_007764	GCATG	2	10	249919	249928	20 %	20 %	40 %	20 %	86360277
162	NC_007764	CAGGG	2	10	250027	250036	20 %	0 %	60 %	20 %	86360277
163	NC_007764	GCGAA	2	10	250861	250870	40 %	0 %	40 %	20 %	86360277

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.