MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rhizobium etli CFN 42 plasmid p42b

Total Repeats: 80

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007763	CCTCAT	2	12	1959	1970	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	86359883
2	NC_007763	GGCCAG	2	12	3164	3175	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86359884
3	NC_007763	AGGCGA	2	12	8958	8969	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	86359889
4	NC_007763	CGCTCT	2	12	10033	10044	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	86359890
5	NC_007763	GGCGCC	2	12	11027	11038	0 %	0 %	50 %	50 %	86359890
6	NC_007763	ATCTCG	2	12	13122	13133	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	86359893
7	NC_007763	TGCTCG	2	12	13938	13949	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	86359893
8	NC_007763	CGGCCG	2	12	17474	17485	0 %	0 %	50 %	50 %	86359897
9	NC_007763	GCTGGG	2	12	18050	18061	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	86359898
10	NC_007763	ATCGAG	2	12	22105	22116	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	86359901
11	NC_007763	GGCCGA	2	12	22551	22562	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86359902
12	NC_007763	CAGAAG	2	12	22648	22659	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	86359902
13	NC_007763	CGATCG	2	12	23174	23185	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86359902
14	NC_007763	AGGAAA	2	12	25502	25513	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	86359906
15	NC_007763	TCGATG	2	12	25835	25846	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	86359906
16	NC_007763	TCGGCA	2	12	29275	29286	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86359908
17	NC_007763	TGCCGG	2	12	29958	29969	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86359909
18	NC_007763	TCGGCG	2	12	31772	31783	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86359910
19	NC_007763	TGCCGA	2	12	31968	31979	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86359910
20	NC_007763	ATCGAT	2	12	35450	35461	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	86359913
21	NC_007763	GCCGAA	2	12	35503	35514	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	86359913
22	NC_007763	TGATCA	2	12	37269	37280	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	86359914
23	NC_007763	GGGGTC	2	12	38272	38283	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	86359915
24	NC_007763	CCAGCG	2	12	39937	39948	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86359917
25	NC_007763	CGCCAG	2	12	40268	40279	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86359917
26	NC_007763	GTCGCC	2	12	40531	40542	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	86359918
27	NC_007763	CTGGCG	2	12	40741	40752	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86359918
28	NC_007763	AACCGG	2	12	45145	45156	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	86359922
29	NC_007763	TGGGCT	2	12	45480	45491	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	86359923
30	NC_007763	CTTCGA	2	12	52312	52323	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	86359929
31	NC_007763	AGCGTC	2	12	53695	53706	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86359931
32	NC_007763	ATGCCG	2	12	57337	57348	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86359934
33	NC_007763	CGCTGG	2	12	59924	59935	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86359936
34	NC_007763	CCGATG	2	12	60071	60082	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86359936
35	NC_007763	AGGGGG	2	12	68126	68137	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	86359945
36	NC_007763	CGAGGG	2	12	69280	69291	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	86359945
37	NC_007763	CTGCCG	2	12	69708	69719	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	86359945
38	NC_007763	GGCGCT	2	12	78815	78826	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86359949
39	NC_007763	CCCAGC	2	12	78914	78925	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	86359949
40	NC_007763	AGGGCC	2	12	80428	80439	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86359950
41	NC_007763	AGAGCG	2	12	86002	86013	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	86359955
42	NC_007763	CTCGGT	2	12	87495	87506	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	86359956
43	NC_007763	TGCGCC	2	12	95479	95490	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	86359963
44	NC_007763	TTGCCG	2	12	101536	101547	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	86359967
45	NC_007763	CCGTCG	2	12	104580	104591	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	86359970
46	NC_007763	TCTCGG	2	12	105279	105290	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	86359971
47	NC_007763	CAAGGG	2	12	111452	111463	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	86359976
48	NC_007763	ACGTCT	2	12	111493	111504	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	86359976
49	NC_007763	GCAGGC	2	12	120344	120355	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86359986
50	NC_007763	CATGGA	2	12	129124	129135	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	86359995
51	NC_007763	GGCATT	2	12	135684	135695	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	86360000
52	NC_007763	GCCACC	2	12	135981	135992	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	86360000
53	NC_007763	GACATA	2	12	136816	136827	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	86360001
54	NC_007763	GGAGCC	2	12	137219	137230	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86360001
55	NC_007763	CCGCAC	2	12	138873	138884	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	86360002
56	NC_007763	CGTCAC	2	12	139259	139270	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	86360003
57	NC_007763	CCGTCG	2	12	139648	139659	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	86360003
58	NC_007763	GCTTGC	2	12	144632	144643	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	86360007
59	NC_007763	GGCTGA	2	12	146096	146107	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	86360009
60	NC_007763	GGCGGT	2	12	146819	146830	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	86360010
61	NC_007763	GATCGA	2	12	146957	146968	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	86360010
62	NC_007763	TGGCGC	2	12	147070	147081	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86360010
63	NC_007763	TGCGCG	2	12	147997	148008	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86360011
64	NC_007763	CTTGTC	2	12	150511	150522	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	86360014
65	NC_007763	CCGGTC	2	12	150948	150959	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	86360014
66	NC_007763	GCACCT	2	12	152504	152515	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	86360016
67	NC_007763	CGATGC	2	12	156774	156785	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360020
68	NC_007763	AGCGGC	2	12	159009	159020	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86360023
69	NC_007763	GGCATC	2	12	160752	160763	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360024
70	NC_007763	CGCTGG	2	12	163624	163635	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86360026
71	NC_007763	GCAGGC	2	12	168470	168481	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86360031
72	NC_007763	CCTCGA	2	12	169737	169748	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	86360033
73	NC_007763	TCCTGC	2	12	174126	174137	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	86360036
74	NC_007763	GGAGAT	2	12	174422	174433	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	86360036
75	NC_007763	CATCCT	2	12	177719	177730	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	86360039
76	NC_007763	GCGGCA	2	12	178754	178765	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86360040
77	NC_007763	AGCCGA	2	12	179039	179050	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	86360040
78	NC_007763	TCGATC	2	12	181047	181058	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	86360042
79	NC_007763	CGCAGA	2	12	181575	181586	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	86360042
80	NC_007763	TGCAGC	2	12	183533	183544	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86360044

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.