MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Rhizobium etli CFN 42 plasmid p42b

Total Repeats: 121

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007763	TGATC	2	10	630	639	20 %	40 %	20 %	20 %	86359882
2	NC_007763	GAAAA	2	10	3834	3843	80 %	0 %	20 %	0 %	86359884
3	NC_007763	ATCCA	2	10	3961	3970	40 %	20 %	0 %	40 %	86359884
4	NC_007763	TCGTC	2	10	6301	6310	0 %	40 %	20 %	40 %	86359887
5	NC_007763	CTGGT	2	10	6405	6414	0 %	40 %	40 %	20 %	86359887
6	NC_007763	CGTCC	2	10	7877	7886	0 %	20 %	20 %	60 %	86359888
7	NC_007763	AACAA	2	10	8787	8796	80 %	0 %	0 %	20 %	86359889
8	NC_007763	GATTG	2	10	12371	12380	20 %	40 %	40 %	0 %	86359892
9	NC_007763	GCCGG	2	10	12815	12824	0 %	0 %	60 %	40 %	86359893
10	NC_007763	CGCCT	2	10	16263	16272	0 %	20 %	20 %	60 %	86359896
11	NC_007763	CCTCG	2	10	16674	16683	0 %	20 %	20 %	60 %	86359897
12	NC_007763	GCCGC	2	10	20606	20615	0 %	0 %	40 %	60 %	86359900
13	NC_007763	TCGCC	2	10	21395	21404	0 %	20 %	20 %	60 %	86359901
14	NC_007763	CGGCC	2	10	26265	26274	0 %	0 %	40 %	60 %	86359906
15	NC_007763	CTGGA	2	10	26299	26308	20 %	20 %	40 %	20 %	86359906
16	NC_007763	GCGAG	2	10	31296	31305	20 %	0 %	60 %	20 %	86359910
17	NC_007763	CGATG	2	10	32536	32545	20 %	20 %	40 %	20 %	86359911
18	NC_007763	GGACC	2	10	33127	33136	20 %	0 %	40 %	40 %	86359911
19	NC_007763	CGATC	2	10	35302	35311	20 %	20 %	20 %	40 %	86359913
20	NC_007763	CGATC	2	10	36631	36640	20 %	20 %	20 %	40 %	86359914
21	NC_007763	GATCG	2	10	37396	37405	20 %	20 %	40 %	20 %	86359914
22	NC_007763	GGCGA	2	10	39797	39806	20 %	0 %	60 %	20 %	86359917
23	NC_007763	CACCG	2	10	42004	42013	20 %	0 %	20 %	60 %	86359919
24	NC_007763	ATCGT	2	10	42600	42609	20 %	40 %	20 %	20 %	86359920
25	NC_007763	CCGTT	2	10	43568	43577	0 %	40 %	20 %	40 %	86359922
26	NC_007763	CGGCC	2	10	44182	44191	0 %	0 %	40 %	60 %	86359922
27	NC_007763	GAACC	2	10	44333	44342	40 %	0 %	20 %	40 %	86359922
28	NC_007763	CAGGG	2	10	47780	47789	20 %	0 %	60 %	20 %	86359923
29	NC_007763	TCCGC	2	10	49119	49128	0 %	20 %	20 %	60 %	86359925
30	NC_007763	GATCC	2	10	50443	50452	20 %	20 %	20 %	40 %	86359926
31	NC_007763	TCGTC	2	10	50915	50924	0 %	40 %	20 %	40 %	86359927
32	NC_007763	CGAGC	2	10	51397	51406	20 %	0 %	40 %	40 %	86359928
33	NC_007763	GACCA	2	10	52143	52152	40 %	0 %	20 %	40 %	86359929
34	NC_007763	GGACA	2	10	52675	52684	40 %	0 %	40 %	20 %	86359930
35	NC_007763	GTCCG	2	10	55211	55220	0 %	20 %	40 %	40 %	86359932
36	NC_007763	CGGCT	2	10	55969	55978	0 %	20 %	40 %	40 %	86359933
37	NC_007763	CGGTT	2	10	56709	56718	0 %	40 %	40 %	20 %	86359934
38	NC_007763	GGCGC	2	10	57404	57413	0 %	0 %	60 %	40 %	86359934
39	NC_007763	GCAGG	2	10	57979	57988	20 %	0 %	60 %	20 %	86359934
40	NC_007763	GTCGG	2	10	58878	58887	0 %	20 %	60 %	20 %	86359935
41	NC_007763	GTCTC	2	10	60970	60979	0 %	40 %	20 %	40 %	86359937
42	NC_007763	CGAGG	2	10	61538	61547	20 %	0 %	60 %	20 %	86359937
43	NC_007763	GCGTC	2	10	61572	61581	0 %	20 %	40 %	40 %	86359937
44	NC_007763	TGCTC	2	10	63226	63235	0 %	40 %	20 %	40 %	86359939
45	NC_007763	ATGCC	2	10	66713	66722	20 %	20 %	20 %	40 %	86359943
46	NC_007763	GCGCA	2	10	68210	68219	20 %	0 %	40 %	40 %	86359945
47	NC_007763	CCATG	2	10	70537	70546	20 %	20 %	20 %	40 %	86359946
48	NC_007763	CCCGG	2	10	77921	77930	0 %	0 %	40 %	60 %	86359949
49	NC_007763	GAGCA	2	10	85782	85791	40 %	0 %	40 %	20 %	86359955
50	NC_007763	TGCCC	2	10	85963	85972	0 %	20 %	20 %	60 %	86359955
51	NC_007763	GCGCC	2	10	88407	88416	0 %	0 %	40 %	60 %	86359957
52	NC_007763	CGCGG	2	10	88519	88528	0 %	0 %	60 %	40 %	86359957
53	NC_007763	CATTT	2	10	89511	89520	20 %	60 %	0 %	20 %	86359958
54	NC_007763	CGGCG	2	10	89564	89573	0 %	0 %	60 %	40 %	86359958
55	NC_007763	CGGCG	2	10	89629	89638	0 %	0 %	60 %	40 %	86359958
56	NC_007763	ACGGC	2	10	89964	89973	20 %	0 %	40 %	40 %	86359959
57	NC_007763	ACGGC	2	10	93310	93319	20 %	0 %	40 %	40 %	86359961
58	NC_007763	CGATG	2	10	94494	94503	20 %	20 %	40 %	20 %	86359962
59	NC_007763	CGGCA	2	10	94821	94830	20 %	0 %	40 %	40 %	86359962
60	NC_007763	GCGAA	2	10	96843	96852	40 %	0 %	40 %	20 %	86359963
61	NC_007763	TGCCA	2	10	100484	100493	20 %	20 %	20 %	40 %	86359966
62	NC_007763	AGCGC	2	10	102124	102133	20 %	0 %	40 %	40 %	86359968
63	NC_007763	CTCGG	2	10	109244	109253	0 %	20 %	40 %	40 %	86359974
64	NC_007763	CGACG	2	10	112819	112828	20 %	0 %	40 %	40 %	86359978
65	NC_007763	CGCGG	2	10	112911	112920	0 %	0 %	60 %	40 %	86359979
66	NC_007763	GCGAC	2	10	115303	115312	20 %	0 %	40 %	40 %	86359982
67	NC_007763	CGCGG	2	10	115490	115499	0 %	0 %	60 %	40 %	86359982
68	NC_007763	TCGCC	2	10	117783	117792	0 %	20 %	20 %	60 %	86359983
69	NC_007763	CATGC	2	10	118779	118788	20 %	20 %	20 %	40 %	86359984
70	NC_007763	CGGCC	2	10	119701	119710	0 %	0 %	40 %	60 %	86359985
71	NC_007763	ACGGC	2	10	120805	120814	20 %	0 %	40 %	40 %	86359986
72	NC_007763	CGCTG	2	10	121643	121652	0 %	20 %	40 %	40 %	86359987
73	NC_007763	TGACC	2	10	123841	123850	20 %	20 %	20 %	40 %	86359990
74	NC_007763	CTGCC	2	10	124670	124679	0 %	20 %	20 %	60 %	86359991
75	NC_007763	CGCAG	2	10	125045	125054	20 %	0 %	40 %	40 %	86359991
76	NC_007763	GAGCA	2	10	126356	126365	40 %	0 %	40 %	20 %	86359992
77	NC_007763	GTTGT	2	10	126616	126625	0 %	60 %	40 %	0 %	86359993
78	NC_007763	AGAGC	2	10	127963	127972	40 %	0 %	40 %	20 %	86359994
79	NC_007763	CGACA	2	10	130537	130546	40 %	0 %	20 %	40 %	86359996
80	NC_007763	CGGCA	2	10	131562	131571	20 %	0 %	40 %	40 %	86359997
81	NC_007763	AGCGA	2	10	132449	132458	40 %	0 %	40 %	20 %	86359998
82	NC_007763	CAGAT	2	10	133704	133713	40 %	20 %	20 %	20 %	86359999
83	NC_007763	ATTGG	2	10	136173	136182	20 %	40 %	40 %	0 %	86360000
84	NC_007763	TCGCA	2	10	138142	138151	20 %	20 %	20 %	40 %	86360002
85	NC_007763	CTCGC	2	10	139794	139803	0 %	20 %	20 %	60 %	86360003
86	NC_007763	ATCCG	2	10	140692	140701	20 %	20 %	20 %	40 %	86360004
87	NC_007763	GCGCA	2	10	140976	140985	20 %	0 %	40 %	40 %	86360004
88	NC_007763	TGCCC	2	10	142127	142136	0 %	20 %	20 %	60 %	86360005
89	NC_007763	GATCG	2	10	143688	143697	20 %	20 %	40 %	20 %	86360006
90	NC_007763	GCTCG	2	10	144281	144290	0 %	20 %	40 %	40 %	86360007
91	NC_007763	CTTTC	2	10	144897	144906	0 %	60 %	0 %	40 %	86360007
92	NC_007763	GCGAC	2	10	145850	145859	20 %	0 %	40 %	40 %	86360008
93	NC_007763	TCGGT	2	10	146192	146201	0 %	40 %	40 %	20 %	86360009
94	NC_007763	GCCGC	2	10	146590	146599	0 %	0 %	40 %	60 %	86360009
95	NC_007763	CGACC	2	10	148355	148364	20 %	0 %	20 %	60 %	86360011
96	NC_007763	GATCA	2	10	148635	148644	40 %	20 %	20 %	20 %	86360011
97	NC_007763	GATCG	2	10	149228	149237	20 %	20 %	40 %	20 %	86360012
98	NC_007763	CTCTC	2	10	149286	149295	0 %	40 %	0 %	60 %	86360012
99	NC_007763	CCTGC	2	10	149737	149746	0 %	20 %	20 %	60 %	86360013
100	NC_007763	CGTTC	2	10	151300	151309	0 %	40 %	20 %	40 %	86360015
101	NC_007763	ACGCG	2	10	152640	152649	20 %	0 %	40 %	40 %	86360016
102	NC_007763	GCCCG	2	10	153380	153389	0 %	0 %	40 %	60 %	86360017
103	NC_007763	GCGCC	2	10	156786	156795	0 %	0 %	40 %	60 %	86360020
104	NC_007763	GATGT	2	10	158425	158434	20 %	40 %	40 %	0 %	86360022
105	NC_007763	CCCTC	2	10	159405	159414	0 %	20 %	0 %	80 %	86360023
106	NC_007763	AGATC	2	10	159775	159784	40 %	20 %	20 %	20 %	86360023
107	NC_007763	GATCG	2	10	161296	161305	20 %	20 %	40 %	20 %	86360025
108	NC_007763	TGACC	2	10	166132	166141	20 %	20 %	20 %	40 %	86360029
109	NC_007763	GGCAT	2	10	166710	166719	20 %	20 %	40 %	20 %	86360029
110	NC_007763	CACGG	2	10	169880	169889	20 %	0 %	40 %	40 %	86360033
111	NC_007763	GGCAA	2	10	172486	172495	40 %	0 %	40 %	20 %	86360035
112	NC_007763	CGACC	2	10	172653	172662	20 %	0 %	20 %	60 %	86360035
113	NC_007763	CGCGA	2	10	176273	176282	20 %	0 %	40 %	40 %	86360038
114	NC_007763	CCGAG	2	10	178592	178601	20 %	0 %	40 %	40 %	86360040
115	NC_007763	GCGAG	2	10	179279	179288	20 %	0 %	60 %	20 %	86360040
116	NC_007763	ATGTC	2	10	181446	181455	20 %	40 %	20 %	20 %	86360042
117	NC_007763	AGGCC	2	10	183182	183191	20 %	0 %	40 %	40 %	86360044
118	NC_007763	CACTA	2	10	183829	183838	40 %	20 %	0 %	40 %	86360044
119	NC_007763	GCCGA	2	10	183904	183913	20 %	0 %	40 %	40 %	86360044
120	NC_007763	AGGGC	2	10	184201	184210	20 %	0 %	60 %	20 %	86360044
121	NC_007763	TGACC	2	10	184239	184248	20 %	20 %	20 %	40 %	86360044

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.