MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rhizobium etli CFN 42 plasmid p42a

Total Repeats: 57

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007762	AGGCGA	2	12	1842	1853	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	86359707
2	NC_007762	TGACGA	2	12	8225	8236	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	86359712
3	NC_007762	ACTCGA	2	12	9292	9303	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	86359712
4	NC_007762	AGCGAG	2	12	17971	17982	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	86359720
5	NC_007762	GCCTCA	2	12	22786	22797	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	86359725
6	NC_007762	GCTGAC	2	12	27395	27406	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86359729
7	NC_007762	CGTCAT	2	12	28813	28824	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	86359730
8	NC_007762	CGAGGT	2	12	30404	30415	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	86359732
9	NC_007762	GGAGAA	2	12	41110	41121	50 %	0 %	50 %	0 %	86359742
10	NC_007762	AGATCG	2	12	41828	41839	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	86359743
11	NC_007762	TCTGAT	2	12	47467	47478	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	86359747
12	NC_007762	ACCGGT	2	12	49691	49702	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86359750
13	NC_007762	GCCCGG	2	12	50103	50114	0 %	0 %	50 %	50 %	86359750
14	NC_007762	TCCCGC	2	12	51937	51948	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	86359751
15	NC_007762	TGACCA	2	12	52037	52048	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	86359751
16	NC_007762	ACGCCA	2	12	54089	54100	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	86359755
17	NC_007762	TCTTGT	2	12	55008	55019	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	86359756
18	NC_007762	ATTGCC	2	12	69427	69438	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	86359767
19	NC_007762	CGATCG	2	12	70303	70314	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86359768
20	NC_007762	TGGACG	2	12	71016	71027	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	86359768
21	NC_007762	GCGTCG	2	12	75736	75747	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86359771
22	NC_007762	GGGTCT	2	12	92424	92435	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	86359784
23	NC_007762	TTGGAA	2	12	92958	92969	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	86359784
24	NC_007762	GCTGCG	2	12	97063	97074	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86359787
25	NC_007762	GGGGTG	2	12	100317	100328	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	86359789
26	NC_007762	TTCCAA	2	12	107638	107649	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	86359798
27	NC_007762	AGACCC	2	12	108172	108183	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	86359798
28	NC_007762	CGAGGG	2	12	113196	113207	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	86359804
29	NC_007762	TGACGG	2	12	113630	113641	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	86359804
30	NC_007762	GAAACG	2	12	115538	115549	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	86359805
31	NC_007762	TCCTGG	2	12	118274	118285	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	86359809
32	NC_007762	CGGCGC	2	12	118962	118973	0 %	0 %	50 %	50 %	86359810
33	NC_007762	ATTCAG	2	12	123646	123657	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	86359815
34	NC_007762	CCGGCC	2	12	124155	124166	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	86359815
35	NC_007762	GCTTAT	2	12	132770	132781	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	86359823
36	NC_007762	GGCAAT	2	12	133751	133762	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	86359823
37	NC_007762	CGTCGA	2	12	134551	134562	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86359824
38	NC_007762	ACGGCC	2	12	139024	139035	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86359828
39	NC_007762	CCTATG	2	12	147284	147295	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	86359835
40	NC_007762	ATCGTC	2	12	150359	150370	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	86359837
41	NC_007762	CATCGA	2	12	153391	153402	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	86359839
42	NC_007762	CTCGAT	2	12	153974	153985	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	86359839
43	NC_007762	CGAGCT	2	12	155053	155064	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	86359839
44	NC_007762	TCCAGC	2	12	156777	156788	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	86359839
45	NC_007762	AGTCGA	2	12	157802	157813	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	86359841
46	NC_007762	CGGCGC	2	12	163583	163594	0 %	0 %	50 %	50 %	86359847
47	NC_007762	CGGCTC	2	12	168859	168870	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	86359854
48	NC_007762	CGATCA	2	12	169902	169913	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	86359854
49	NC_007762	ATCTCG	2	12	170332	170343	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	86359856
50	NC_007762	CGCCGG	2	12	171935	171946	0 %	0 %	50 %	50 %	86359857
51	NC_007762	CTCGTC	2	12	172215	172226	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	86359857
52	NC_007762	CGCCAG	2	12	172320	172331	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	86359857
53	NC_007762	CGGGAC	2	12	172705	172716	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	86359857
54	NC_007762	GGATGG	2	12	174999	175010	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	86359859
55	NC_007762	CCGTCA	2	12	175866	175877	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	86359860
56	NC_007762	CGATCT	2	12	185616	185627	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	86359873
57	NC_007762	GCGCTG	2	12	191187	191198	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	86359878

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.