MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rhizobium etli CFN 42 plasmid p42a

Total Repeats: 148

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007762	CGCGC	2	10	683	692	0 %	0 %	40 %	60 %	86359706
2	NC_007762	GAGGG	2	10	1745	1754	20 %	0 %	80 %	0 %	86359707
3	NC_007762	CAGGG	2	10	2243	2252	20 %	0 %	60 %	20 %	86359707
4	NC_007762	ACCTT	2	10	3113	3122	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
5	NC_007762	CCCGA	2	10	6087	6096	20 %	0 %	20 %	60 %	86359710
6	NC_007762	GCACA	2	10	7291	7300	40 %	0 %	20 %	40 %	86359711
7	NC_007762	CCCAT	2	10	7741	7750	20 %	20 %	0 %	60 %	86359712
8	NC_007762	GGTTG	2	10	10140	10149	0 %	40 %	60 %	0 %	86359713
9	NC_007762	TCCGA	2	10	11064	11073	20 %	20 %	20 %	40 %	86359714
10	NC_007762	AGCCC	2	10	11316	11325	20 %	0 %	20 %	60 %	86359714
11	NC_007762	GACGT	2	10	16233	16242	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_007762	CCGTT	2	10	16799	16808	0 %	40 %	20 %	40 %	86359719
13	NC_007762	GATCT	2	10	17331	17340	20 %	40 %	20 %	20 %	86359719
14	NC_007762	CTTCG	2	10	19328	19337	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_007762	TCCGT	2	10	21006	21015	0 %	40 %	20 %	40 %	86359723
16	NC_007762	ATGCA	2	10	21362	21371	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_007762	TGCCG	2	10	22977	22986	0 %	20 %	40 %	40 %	86359725
18	NC_007762	ATCGT	2	10	27065	27074	20 %	40 %	20 %	20 %	86359728
19	NC_007762	AGGAA	2	10	30204	30213	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_007762	TGGCG	2	10	31145	31154	0 %	20 %	60 %	20 %	86359732
21	NC_007762	GGCGC	2	10	31341	31350	0 %	0 %	60 %	40 %	86359732
22	NC_007762	GCCGC	2	10	32720	32729	0 %	0 %	40 %	60 %	86359733
23	NC_007762	CGGCT	2	10	36347	36356	0 %	20 %	40 %	40 %	86359738
24	NC_007762	TCGGT	2	10	37284	37293	0 %	40 %	40 %	20 %	86359739
25	NC_007762	GCCTC	2	10	37773	37782	0 %	20 %	20 %	60 %	86359739
26	NC_007762	AAGGG	2	10	38187	38196	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
27	NC_007762	TTCCG	2	10	39125	39134	0 %	40 %	20 %	40 %	86359740
28	NC_007762	GGAGC	2	10	39663	39672	20 %	0 %	60 %	20 %	86359740
29	NC_007762	TGCGG	2	10	40703	40712	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
30	NC_007762	GCCGC	2	10	41324	41333	0 %	0 %	40 %	60 %	86359743
31	NC_007762	AGCTT	2	10	41720	41729	20 %	40 %	20 %	20 %	86359743
32	NC_007762	GATGC	2	10	42288	42297	20 %	20 %	40 %	20 %	86359743
33	NC_007762	TGATC	2	10	43408	43417	20 %	40 %	20 %	20 %	86359744
34	NC_007762	GACGC	2	10	44637	44646	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
35	NC_007762	GCTTT	2	10	44948	44957	0 %	60 %	20 %	20 %	86359746
36	NC_007762	CGTTG	2	10	46834	46843	0 %	40 %	40 %	20 %	86359747
37	NC_007762	GCGAT	2	10	50299	50308	20 %	20 %	40 %	20 %	86359750
38	NC_007762	GAGCA	2	10	50442	50451	40 %	0 %	40 %	20 %	86359750
39	NC_007762	GGGCG	2	10	50649	50658	0 %	0 %	80 %	20 %	86359750
40	NC_007762	GCTGG	2	10	50819	50828	0 %	20 %	60 %	20 %	86359750
41	NC_007762	ACCGT	2	10	51791	51800	20 %	20 %	20 %	40 %	86359751
42	NC_007762	CCAGC	2	10	55368	55377	20 %	0 %	20 %	60 %	86359756
43	NC_007762	CCGGA	2	10	56750	56759	20 %	0 %	40 %	40 %	86359757
44	NC_007762	CGCTT	2	10	58570	58579	0 %	40 %	20 %	40 %	86359759
45	NC_007762	GCTCG	2	10	61018	61027	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
46	NC_007762	GATTG	2	10	61067	61076	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_007762	GATCT	2	10	61618	61627	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_007762	CGATC	2	10	62529	62538	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
49	NC_007762	GATCC	2	10	62837	62846	20 %	20 %	20 %	40 %	86359762
50	NC_007762	GCCGA	2	10	63725	63734	20 %	0 %	40 %	40 %	86359763
51	NC_007762	CCGGA	2	10	67395	67404	20 %	0 %	40 %	40 %	86359766
52	NC_007762	GTTTG	2	10	67529	67538	0 %	60 %	40 %	0 %	86359766
53	NC_007762	ATTCC	2	10	70047	70056	20 %	40 %	0 %	40 %	86359768
54	NC_007762	CCGCA	2	10	71198	71207	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
55	NC_007762	GTTCT	2	10	75211	75220	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_007762	TCACC	2	10	83068	83077	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
57	NC_007762	GTATG	2	10	83147	83156	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_007762	GTAAC	2	10	84312	84321	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_007762	GCGCC	2	10	85732	85741	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
60	NC_007762	GCCGC	2	10	85809	85818	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
61	NC_007762	TCGCT	2	10	89999	90008	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
62	NC_007762	GTTGA	2	10	91149	91158	20 %	40 %	40 %	0 %	86359782
63	NC_007762	GCGAT	2	10	92855	92864	20 %	20 %	40 %	20 %	86359784
64	NC_007762	GATGA	2	10	93463	93472	40 %	20 %	40 %	0 %	86359785
65	NC_007762	GGCTT	3	15	96085	96099	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_007762	TTGGC	2	10	96108	96117	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_007762	GGCAA	2	10	97312	97321	40 %	0 %	40 %	20 %	86359787
68	NC_007762	TAAGC	2	10	98560	98569	40 %	20 %	20 %	20 %	86359788
69	NC_007762	AAGTC	2	10	98701	98710	40 %	20 %	20 %	20 %	86359788
70	NC_007762	TTTGA	2	10	99849	99858	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_007762	GCCCT	2	10	99949	99958	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
72	NC_007762	CTATT	2	10	100361	100370	20 %	60 %	0 %	20 %	86359789
73	NC_007762	ATAAG	2	10	100691	100700	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_007762	CCCTG	2	10	101057	101066	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
75	NC_007762	AGCAA	2	10	105823	105832	60 %	0 %	20 %	20 %	86359796
76	NC_007762	TCATC	2	10	107135	107144	20 %	40 %	0 %	40 %	86359797
77	NC_007762	ATCGC	2	10	107743	107752	20 %	20 %	20 %	40 %	86359798
78	NC_007762	CCCGG	2	10	108435	108444	0 %	0 %	40 %	60 %	86359798
79	NC_007762	TCAAC	2	10	109449	109458	40 %	20 %	0 %	40 %	86359800
80	NC_007762	GTGCC	2	10	110664	110673	0 %	20 %	40 %	40 %	86359801
81	NC_007762	GCGCG	2	10	111568	111577	0 %	0 %	60 %	40 %	86359801
82	NC_007762	TGGAG	2	10	112137	112146	20 %	20 %	60 %	0 %	86359803
83	NC_007762	GCGAT	2	10	113306	113315	20 %	20 %	40 %	20 %	86359804
84	NC_007762	TGCCG	2	10	115609	115618	0 %	20 %	40 %	40 %	86359805
85	NC_007762	CTCCG	2	10	120411	120420	0 %	20 %	20 %	60 %	86359813
86	NC_007762	CTCCA	2	10	120426	120435	20 %	20 %	0 %	60 %	86359813
87	NC_007762	CCCGC	2	10	120504	120513	0 %	0 %	20 %	80 %	86359813
88	NC_007762	CGTCT	2	10	120514	120523	0 %	40 %	20 %	40 %	86359813
89	NC_007762	TCTCT	2	10	120847	120856	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
90	NC_007762	GGAGC	2	10	121209	121218	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
91	NC_007762	CATCA	2	10	122205	122214	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
92	NC_007762	GGTCA	2	10	122215	122224	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
93	NC_007762	TTCAT	2	10	125273	125282	20 %	60 %	0 %	20 %	86359817
94	NC_007762	GATCA	2	10	125401	125410	40 %	20 %	20 %	20 %	86359817
95	NC_007762	TAGCA	2	10	126572	126581	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_007762	CGAGG	2	10	127351	127360	20 %	0 %	60 %	20 %	86359818
97	NC_007762	AATCC	2	10	128014	128023	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
98	NC_007762	TCGGC	2	10	134682	134691	0 %	20 %	40 %	40 %	86359824
99	NC_007762	CTTCG	2	10	136159	136168	0 %	40 %	20 %	40 %	86359825
100	NC_007762	CTCGC	2	10	140495	140504	0 %	20 %	20 %	60 %	86359830
101	NC_007762	CAGAC	2	10	141123	141132	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_007762	GCCGA	2	10	141661	141670	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
103	NC_007762	GGCGA	2	10	141947	141956	20 %	0 %	60 %	20 %	86359832
104	NC_007762	CAGCC	2	10	141966	141975	20 %	0 %	20 %	60 %	86359832
105	NC_007762	CACGC	2	10	142622	142631	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
106	NC_007762	CAAGG	2	10	142989	142998	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
107	NC_007762	CGACC	2	10	143073	143082	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
108	NC_007762	GGCCT	2	10	143133	143142	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
109	NC_007762	AGCTC	2	10	144259	144268	20 %	20 %	20 %	40 %	86359834
110	NC_007762	GCAAG	2	10	145096	145105	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
111	NC_007762	GGGAG	2	10	145853	145862	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
112	NC_007762	GGATC	2	10	146352	146361	20 %	20 %	40 %	20 %	86359835
113	NC_007762	TTTCG	2	10	147674	147683	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_007762	GAAGA	2	10	150232	150241	60 %	0 %	40 %	0 %	86359837
115	NC_007762	TTCGG	2	10	150806	150815	0 %	40 %	40 %	20 %	86359837
116	NC_007762	GACCG	2	10	152861	152870	20 %	0 %	40 %	40 %	86359839
117	NC_007762	ACCAC	2	10	153720	153729	40 %	0 %	0 %	60 %	86359839
118	NC_007762	CGGCC	2	10	158421	158430	0 %	0 %	40 %	60 %	86359841
119	NC_007762	CTTTG	2	10	160164	160173	0 %	60 %	20 %	20 %	86359843
120	NC_007762	CGCGC	2	10	160956	160965	0 %	0 %	40 %	60 %	86359844
121	NC_007762	TTCCT	2	10	163310	163319	0 %	60 %	0 %	40 %	86359847
122	NC_007762	GCCCC	2	10	163719	163728	0 %	0 %	20 %	80 %	86359847
123	NC_007762	CAACG	2	10	164108	164117	40 %	0 %	20 %	40 %	86359848
124	NC_007762	CTCCG	2	10	165030	165039	0 %	20 %	20 %	60 %	86359850
125	NC_007762	CCCGC	2	10	165124	165133	0 %	0 %	20 %	80 %	86359850
126	NC_007762	CGTCT	2	10	165134	165143	0 %	40 %	20 %	40 %	86359850
127	NC_007762	AGCCG	2	10	165315	165324	20 %	0 %	40 %	40 %	86359850
128	NC_007762	TCTCT	2	10	165467	165476	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
129	NC_007762	AGCCG	2	10	168492	168501	20 %	0 %	40 %	40 %	86359854
130	NC_007762	TCCAG	2	10	169080	169089	20 %	20 %	20 %	40 %	86359854
131	NC_007762	AGCAG	2	10	169311	169320	40 %	0 %	40 %	20 %	86359854
132	NC_007762	ATCCG	2	10	171229	171238	20 %	20 %	20 %	40 %	86359857
133	NC_007762	GACGC	2	10	174055	174064	20 %	0 %	40 %	40 %	86359858
134	NC_007762	CGAAC	2	10	175121	175130	40 %	0 %	20 %	40 %	86359859
135	NC_007762	GCGAC	2	10	180097	180106	20 %	0 %	40 %	40 %	86359867
136	NC_007762	CAGTC	2	10	182716	182725	20 %	20 %	20 %	40 %	86359870
137	NC_007762	GCCGA	2	10	183399	183408	20 %	0 %	40 %	40 %	86359871
138	NC_007762	CGCGC	2	10	184679	184688	0 %	0 %	40 %	60 %	86359872
139	NC_007762	GAGAC	2	10	184753	184762	40 %	0 %	40 %	20 %	86359872
140	NC_007762	CGGAT	2	10	187199	187208	20 %	20 %	40 %	20 %	86359873
141	NC_007762	CTCCC	2	10	187270	187279	0 %	20 %	0 %	80 %	86359873
142	NC_007762	CCGGC	2	10	187710	187719	0 %	0 %	40 %	60 %	86359873
143	NC_007762	GTTGC	2	10	188122	188131	0 %	40 %	40 %	20 %	86359874
144	NC_007762	CCCCT	2	10	188159	188168	0 %	20 %	0 %	80 %	86359875
145	NC_007762	GACCG	2	10	188381	188390	20 %	0 %	40 %	40 %	86359875
146	NC_007762	CGATC	2	10	188840	188849	20 %	20 %	20 %	40 %	86359876
147	NC_007762	CCCAA	2	10	190026	190035	40 %	0 %	0 %	60 %	86359877
148	NC_007762	CGAGC	2	10	192620	192629	20 %	0 %	40 %	40 %	86359879

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.