MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhizobium etli CFN 42 plasmid p42a

Total Repeats: 42

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007762	ACCTT	2	10	3113	3122	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
2	NC_007762	GACGT	2	10	16233	16242	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_007762	CTTCG	2	10	19328	19337	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
4	NC_007762	ATGCA	2	10	21362	21371	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_007762	AGGAA	2	10	30204	30213	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_007762	AAGGG	2	10	38187	38196	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
7	NC_007762	TGCGG	2	10	40703	40712	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
8	NC_007762	GACGC	2	10	44637	44646	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
9	NC_007762	GCTCG	2	10	61018	61027	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
10	NC_007762	GATTG	2	10	61067	61076	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
11	NC_007762	GATCT	2	10	61618	61627	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_007762	CGATC	2	10	62529	62538	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_007762	CCGCA	2	10	71198	71207	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
14	NC_007762	GTTCT	2	10	75211	75220	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_007762	TCACC	2	10	83068	83077	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
16	NC_007762	GTATG	2	10	83147	83156	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_007762	GTAAC	2	10	84312	84321	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_007762	GCGCC	2	10	85732	85741	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
19	NC_007762	GCCGC	2	10	85809	85818	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
20	NC_007762	TCGCT	2	10	89999	90008	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_007762	GGCTT	3	15	96085	96099	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_007762	TTGGC	2	10	96108	96117	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_007762	TTTGA	2	10	99849	99858	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_007762	GCCCT	2	10	99949	99958	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
25	NC_007762	ATAAG	2	10	100691	100700	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_007762	CCCTG	2	10	101057	101066	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
27	NC_007762	TCTCT	2	10	120847	120856	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
28	NC_007762	GGAGC	2	10	121209	121218	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
29	NC_007762	CATCA	2	10	122205	122214	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
30	NC_007762	GGTCA	2	10	122215	122224	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_007762	TAGCA	2	10	126572	126581	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_007762	AATCC	2	10	128014	128023	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_007762	CAGAC	2	10	141123	141132	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_007762	GCCGA	2	10	141661	141670	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
35	NC_007762	CACGC	2	10	142622	142631	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
36	NC_007762	CAAGG	2	10	142989	142998	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_007762	CGACC	2	10	143073	143082	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
38	NC_007762	GGCCT	2	10	143133	143142	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
39	NC_007762	GCAAG	2	10	145096	145105	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_007762	GGGAG	2	10	145853	145862	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
41	NC_007762	TTTCG	2	10	147674	147683	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_007762	TCTCT	2	10	165467	165476	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.