MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Rhizobium etli CFN 42 plasmid p42a

Total Repeats: 106

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007762	CGCGC	2	10	683	692	0 %	0 %	40 %	60 %	86359706
2	NC_007762	GAGGG	2	10	1745	1754	20 %	0 %	80 %	0 %	86359707
3	NC_007762	CAGGG	2	10	2243	2252	20 %	0 %	60 %	20 %	86359707
4	NC_007762	CCCGA	2	10	6087	6096	20 %	0 %	20 %	60 %	86359710
5	NC_007762	GCACA	2	10	7291	7300	40 %	0 %	20 %	40 %	86359711
6	NC_007762	CCCAT	2	10	7741	7750	20 %	20 %	0 %	60 %	86359712
7	NC_007762	GGTTG	2	10	10140	10149	0 %	40 %	60 %	0 %	86359713
8	NC_007762	TCCGA	2	10	11064	11073	20 %	20 %	20 %	40 %	86359714
9	NC_007762	AGCCC	2	10	11316	11325	20 %	0 %	20 %	60 %	86359714
10	NC_007762	CCGTT	2	10	16799	16808	0 %	40 %	20 %	40 %	86359719
11	NC_007762	GATCT	2	10	17331	17340	20 %	40 %	20 %	20 %	86359719
12	NC_007762	TCCGT	2	10	21006	21015	0 %	40 %	20 %	40 %	86359723
13	NC_007762	TGCCG	2	10	22977	22986	0 %	20 %	40 %	40 %	86359725
14	NC_007762	ATCGT	2	10	27065	27074	20 %	40 %	20 %	20 %	86359728
15	NC_007762	TGGCG	2	10	31145	31154	0 %	20 %	60 %	20 %	86359732
16	NC_007762	GGCGC	2	10	31341	31350	0 %	0 %	60 %	40 %	86359732
17	NC_007762	GCCGC	2	10	32720	32729	0 %	0 %	40 %	60 %	86359733
18	NC_007762	CGGCT	2	10	36347	36356	0 %	20 %	40 %	40 %	86359738
19	NC_007762	TCGGT	2	10	37284	37293	0 %	40 %	40 %	20 %	86359739
20	NC_007762	GCCTC	2	10	37773	37782	0 %	20 %	20 %	60 %	86359739
21	NC_007762	TTCCG	2	10	39125	39134	0 %	40 %	20 %	40 %	86359740
22	NC_007762	GGAGC	2	10	39663	39672	20 %	0 %	60 %	20 %	86359740
23	NC_007762	GCCGC	2	10	41324	41333	0 %	0 %	40 %	60 %	86359743
24	NC_007762	AGCTT	2	10	41720	41729	20 %	40 %	20 %	20 %	86359743
25	NC_007762	GATGC	2	10	42288	42297	20 %	20 %	40 %	20 %	86359743
26	NC_007762	TGATC	2	10	43408	43417	20 %	40 %	20 %	20 %	86359744
27	NC_007762	GCTTT	2	10	44948	44957	0 %	60 %	20 %	20 %	86359746
28	NC_007762	CGTTG	2	10	46834	46843	0 %	40 %	40 %	20 %	86359747
29	NC_007762	GCGAT	2	10	50299	50308	20 %	20 %	40 %	20 %	86359750
30	NC_007762	GAGCA	2	10	50442	50451	40 %	0 %	40 %	20 %	86359750
31	NC_007762	GGGCG	2	10	50649	50658	0 %	0 %	80 %	20 %	86359750
32	NC_007762	GCTGG	2	10	50819	50828	0 %	20 %	60 %	20 %	86359750
33	NC_007762	ACCGT	2	10	51791	51800	20 %	20 %	20 %	40 %	86359751
34	NC_007762	CCAGC	2	10	55368	55377	20 %	0 %	20 %	60 %	86359756
35	NC_007762	CCGGA	2	10	56750	56759	20 %	0 %	40 %	40 %	86359757
36	NC_007762	CGCTT	2	10	58570	58579	0 %	40 %	20 %	40 %	86359759
37	NC_007762	GATCC	2	10	62837	62846	20 %	20 %	20 %	40 %	86359762
38	NC_007762	GCCGA	2	10	63725	63734	20 %	0 %	40 %	40 %	86359763
39	NC_007762	CCGGA	2	10	67395	67404	20 %	0 %	40 %	40 %	86359766
40	NC_007762	GTTTG	2	10	67529	67538	0 %	60 %	40 %	0 %	86359766
41	NC_007762	ATTCC	2	10	70047	70056	20 %	40 %	0 %	40 %	86359768
42	NC_007762	GTTGA	2	10	91149	91158	20 %	40 %	40 %	0 %	86359782
43	NC_007762	GCGAT	2	10	92855	92864	20 %	20 %	40 %	20 %	86359784
44	NC_007762	GATGA	2	10	93463	93472	40 %	20 %	40 %	0 %	86359785
45	NC_007762	GGCAA	2	10	97312	97321	40 %	0 %	40 %	20 %	86359787
46	NC_007762	TAAGC	2	10	98560	98569	40 %	20 %	20 %	20 %	86359788
47	NC_007762	AAGTC	2	10	98701	98710	40 %	20 %	20 %	20 %	86359788
48	NC_007762	CTATT	2	10	100361	100370	20 %	60 %	0 %	20 %	86359789
49	NC_007762	AGCAA	2	10	105823	105832	60 %	0 %	20 %	20 %	86359796
50	NC_007762	TCATC	2	10	107135	107144	20 %	40 %	0 %	40 %	86359797
51	NC_007762	ATCGC	2	10	107743	107752	20 %	20 %	20 %	40 %	86359798
52	NC_007762	CCCGG	2	10	108435	108444	0 %	0 %	40 %	60 %	86359798
53	NC_007762	TCAAC	2	10	109449	109458	40 %	20 %	0 %	40 %	86359800
54	NC_007762	GTGCC	2	10	110664	110673	0 %	20 %	40 %	40 %	86359801
55	NC_007762	GCGCG	2	10	111568	111577	0 %	0 %	60 %	40 %	86359801
56	NC_007762	TGGAG	2	10	112137	112146	20 %	20 %	60 %	0 %	86359803
57	NC_007762	GCGAT	2	10	113306	113315	20 %	20 %	40 %	20 %	86359804
58	NC_007762	TGCCG	2	10	115609	115618	0 %	20 %	40 %	40 %	86359805
59	NC_007762	CTCCG	2	10	120411	120420	0 %	20 %	20 %	60 %	86359813
60	NC_007762	CTCCA	2	10	120426	120435	20 %	20 %	0 %	60 %	86359813
61	NC_007762	CCCGC	2	10	120504	120513	0 %	0 %	20 %	80 %	86359813
62	NC_007762	CGTCT	2	10	120514	120523	0 %	40 %	20 %	40 %	86359813
63	NC_007762	TTCAT	2	10	125273	125282	20 %	60 %	0 %	20 %	86359817
64	NC_007762	GATCA	2	10	125401	125410	40 %	20 %	20 %	20 %	86359817
65	NC_007762	CGAGG	2	10	127351	127360	20 %	0 %	60 %	20 %	86359818
66	NC_007762	TCGGC	2	10	134682	134691	0 %	20 %	40 %	40 %	86359824
67	NC_007762	CTTCG	2	10	136159	136168	0 %	40 %	20 %	40 %	86359825
68	NC_007762	CTCGC	2	10	140495	140504	0 %	20 %	20 %	60 %	86359830
69	NC_007762	GGCGA	2	10	141947	141956	20 %	0 %	60 %	20 %	86359832
70	NC_007762	CAGCC	2	10	141966	141975	20 %	0 %	20 %	60 %	86359832
71	NC_007762	AGCTC	2	10	144259	144268	20 %	20 %	20 %	40 %	86359834
72	NC_007762	GGATC	2	10	146352	146361	20 %	20 %	40 %	20 %	86359835
73	NC_007762	GAAGA	2	10	150232	150241	60 %	0 %	40 %	0 %	86359837
74	NC_007762	TTCGG	2	10	150806	150815	0 %	40 %	40 %	20 %	86359837
75	NC_007762	GACCG	2	10	152861	152870	20 %	0 %	40 %	40 %	86359839
76	NC_007762	ACCAC	2	10	153720	153729	40 %	0 %	0 %	60 %	86359839
77	NC_007762	CGGCC	2	10	158421	158430	0 %	0 %	40 %	60 %	86359841
78	NC_007762	CTTTG	2	10	160164	160173	0 %	60 %	20 %	20 %	86359843
79	NC_007762	CGCGC	2	10	160956	160965	0 %	0 %	40 %	60 %	86359844
80	NC_007762	TTCCT	2	10	163310	163319	0 %	60 %	0 %	40 %	86359847
81	NC_007762	GCCCC	2	10	163719	163728	0 %	0 %	20 %	80 %	86359847
82	NC_007762	CAACG	2	10	164108	164117	40 %	0 %	20 %	40 %	86359848
83	NC_007762	CTCCG	2	10	165030	165039	0 %	20 %	20 %	60 %	86359850
84	NC_007762	CCCGC	2	10	165124	165133	0 %	0 %	20 %	80 %	86359850
85	NC_007762	CGTCT	2	10	165134	165143	0 %	40 %	20 %	40 %	86359850
86	NC_007762	AGCCG	2	10	165315	165324	20 %	0 %	40 %	40 %	86359850
87	NC_007762	AGCCG	2	10	168492	168501	20 %	0 %	40 %	40 %	86359854
88	NC_007762	TCCAG	2	10	169080	169089	20 %	20 %	20 %	40 %	86359854
89	NC_007762	AGCAG	2	10	169311	169320	40 %	0 %	40 %	20 %	86359854
90	NC_007762	ATCCG	2	10	171229	171238	20 %	20 %	20 %	40 %	86359857
91	NC_007762	GACGC	2	10	174055	174064	20 %	0 %	40 %	40 %	86359858
92	NC_007762	CGAAC	2	10	175121	175130	40 %	0 %	20 %	40 %	86359859
93	NC_007762	GCGAC	2	10	180097	180106	20 %	0 %	40 %	40 %	86359867
94	NC_007762	CAGTC	2	10	182716	182725	20 %	20 %	20 %	40 %	86359870
95	NC_007762	GCCGA	2	10	183399	183408	20 %	0 %	40 %	40 %	86359871
96	NC_007762	CGCGC	2	10	184679	184688	0 %	0 %	40 %	60 %	86359872
97	NC_007762	GAGAC	2	10	184753	184762	40 %	0 %	40 %	20 %	86359872
98	NC_007762	CGGAT	2	10	187199	187208	20 %	20 %	40 %	20 %	86359873
99	NC_007762	CTCCC	2	10	187270	187279	0 %	20 %	0 %	80 %	86359873
100	NC_007762	CCGGC	2	10	187710	187719	0 %	0 %	40 %	60 %	86359873
101	NC_007762	GTTGC	2	10	188122	188131	0 %	40 %	40 %	20 %	86359874
102	NC_007762	CCCCT	2	10	188159	188168	0 %	20 %	0 %	80 %	86359875
103	NC_007762	GACCG	2	10	188381	188390	20 %	0 %	40 %	40 %	86359875
104	NC_007762	CGATC	2	10	188840	188849	20 %	20 %	20 %	40 %	86359876
105	NC_007762	CCCAA	2	10	190026	190035	40 %	0 %	0 %	60 %	86359877
106	NC_007762	CGAGC	2	10	192620	192629	20 %	0 %	40 %	40 %	86359879

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.