MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Rhizobium etli CFN 42 plasmid p42a

Total Repeats: 381

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007762	TGCA	2	8	345	352	25 %	25 %	25 %	25 %	86359706
2	NC_007762	ACGG	2	8	671	678	25 %	0 %	50 %	25 %	86359706
3	NC_007762	AAAT	2	8	810	817	75 %	25 %	0 %	0 %	86359706
4	NC_007762	ACAA	2	8	846	853	75 %	0 %	0 %	25 %	86359706
5	NC_007762	GCCC	2	8	1355	1362	0 %	0 %	25 %	75 %	86359707
6	NC_007762	CGAT	2	8	1598	1605	25 %	25 %	25 %	25 %	86359707
7	NC_007762	CCGG	3	12	1668	1679	0 %	0 %	50 %	50 %	86359707
8	NC_007762	GGCC	2	8	1809	1816	0 %	0 %	50 %	50 %	86359707
9	NC_007762	ATCA	2	8	2585	2592	50 %	25 %	0 %	25 %	86359707
10	NC_007762	GCAT	2	8	3475	3482	25 %	25 %	25 %	25 %	86359708
11	NC_007762	GTTT	2	8	3955	3962	0 %	75 %	25 %	0 %	86359708
12	NC_007762	TCCA	2	8	4482	4489	25 %	25 %	0 %	50 %	86359708
13	NC_007762	GATC	2	8	4824	4831	25 %	25 %	25 %	25 %	86359709
14	NC_007762	GAAT	2	8	5525	5532	50 %	25 %	25 %	0 %	86359709
15	NC_007762	ATTG	2	8	5834	5841	25 %	50 %	25 %	0 %	86359710
16	NC_007762	CCTG	2	8	6502	6509	0 %	25 %	25 %	50 %	86359711
17	NC_007762	TGGC	2	8	7000	7007	0 %	25 %	50 %	25 %	86359711
18	NC_007762	TCCT	2	8	7161	7168	0 %	50 %	0 %	50 %	86359711
19	NC_007762	GCTG	2	8	7498	7505	0 %	25 %	50 %	25 %	86359711
20	NC_007762	CGGG	2	8	7657	7664	0 %	0 %	75 %	25 %	86359712
21	NC_007762	ACAG	3	12	8593	8604	50 %	0 %	25 %	25 %	86359712
22	NC_007762	AGCG	2	8	8731	8738	25 %	0 %	50 %	25 %	86359712
23	NC_007762	ATTG	2	8	9217	9224	25 %	50 %	25 %	0 %	86359712
24	NC_007762	GCGG	2	8	9339	9346	0 %	0 %	75 %	25 %	86359712
25	NC_007762	GCTC	2	8	9349	9356	0 %	25 %	25 %	50 %	86359712
26	NC_007762	TGAC	2	8	9529	9536	25 %	25 %	25 %	25 %	86359712
27	NC_007762	CGCT	2	8	10543	10550	0 %	25 %	25 %	50 %	86359713
28	NC_007762	TGAT	2	8	10827	10834	25 %	50 %	25 %	0 %	86359714
29	NC_007762	CAGG	2	8	10994	11001	25 %	0 %	50 %	25 %	86359714
30	NC_007762	CGGC	2	8	11579	11586	0 %	0 %	50 %	50 %	86359714
31	NC_007762	TGGG	2	8	13454	13461	0 %	25 %	75 %	0 %	86359715
32	NC_007762	CAGT	2	8	14262	14269	25 %	25 %	25 %	25 %	86359716
33	NC_007762	TGAG	2	8	15360	15367	25 %	25 %	50 %	0 %	86359717
34	NC_007762	CTTC	2	8	15447	15454	0 %	50 %	0 %	50 %	86359717
35	NC_007762	TGAC	2	8	15496	15503	25 %	25 %	25 %	25 %	86359717
36	NC_007762	AACG	2	8	15522	15529	50 %	0 %	25 %	25 %	86359717
37	NC_007762	CGAG	2	8	15625	15632	25 %	0 %	50 %	25 %	86359717
38	NC_007762	TCAA	2	8	15705	15712	50 %	25 %	0 %	25 %	86359717
39	NC_007762	TGCC	2	8	16472	16479	0 %	25 %	25 %	50 %	86359719
40	NC_007762	CAAG	2	8	17053	17060	50 %	0 %	25 %	25 %	86359719
41	NC_007762	GCGA	2	8	17547	17554	25 %	0 %	50 %	25 %	86359719
42	NC_007762	TTGA	2	8	17569	17576	25 %	50 %	25 %	0 %	86359719
43	NC_007762	GCTC	2	8	18175	18182	0 %	25 %	25 %	50 %	86359720
44	NC_007762	CCCA	2	8	18211	18218	25 %	0 %	0 %	75 %	86359720
45	NC_007762	AACG	2	8	18704	18711	50 %	0 %	25 %	25 %	86359721
46	NC_007762	ACAA	2	8	18795	18802	75 %	0 %	0 %	25 %	86359721
47	NC_007762	AACC	2	8	18837	18844	50 %	0 %	0 %	50 %	86359721
48	NC_007762	TCGC	2	8	19710	19717	0 %	25 %	25 %	50 %	86359723
49	NC_007762	GGAA	2	8	19741	19748	50 %	0 %	50 %	0 %	86359723
50	NC_007762	GCCT	2	8	19848	19855	0 %	25 %	25 %	50 %	86359723
51	NC_007762	AGCC	2	8	19964	19971	25 %	0 %	25 %	50 %	86359723
52	NC_007762	TTCC	2	8	20078	20085	0 %	50 %	0 %	50 %	86359723
53	NC_007762	TGGC	2	8	20767	20774	0 %	25 %	50 %	25 %	86359723
54	NC_007762	GTTC	2	8	20801	20808	0 %	50 %	25 %	25 %	86359723
55	NC_007762	GCGG	2	8	21132	21139	0 %	0 %	75 %	25 %	86359723
56	NC_007762	TTGC	2	8	22316	22323	0 %	50 %	25 %	25 %	86359725
57	NC_007762	CTTT	2	8	23201	23208	0 %	75 %	0 %	25 %	86359725
58	NC_007762	TCGT	2	8	23754	23761	0 %	50 %	25 %	25 %	86359725
59	NC_007762	CGGC	2	8	24398	24405	0 %	0 %	50 %	50 %	86359726
60	NC_007762	TTGA	2	8	25159	25166	25 %	50 %	25 %	0 %	86359727
61	NC_007762	CTGC	2	8	26551	26558	0 %	25 %	25 %	50 %	86359728
62	NC_007762	CGGC	2	8	26591	26598	0 %	0 %	50 %	50 %	86359728
63	NC_007762	CCGG	3	12	26618	26629	0 %	0 %	50 %	50 %	86359728
64	NC_007762	TTTC	2	8	27114	27121	0 %	75 %	0 %	25 %	86359728
65	NC_007762	GAAG	2	8	27653	27660	50 %	0 %	50 %	0 %	86359729
66	NC_007762	ATGA	2	8	27666	27673	50 %	25 %	25 %	0 %	86359729
67	NC_007762	GAAG	2	8	28169	28176	50 %	0 %	50 %	0 %	86359729
68	NC_007762	GATG	2	8	28178	28185	25 %	25 %	50 %	0 %	86359729
69	NC_007762	CGGC	2	8	28377	28384	0 %	0 %	50 %	50 %	86359730
70	NC_007762	GTCG	2	8	29902	29909	0 %	25 %	50 %	25 %	86359731
71	NC_007762	CCGA	2	8	29924	29931	25 %	0 %	25 %	50 %	86359731
72	NC_007762	ATGG	2	8	30393	30400	25 %	25 %	50 %	0 %	86359732
73	NC_007762	GATC	2	8	30560	30567	25 %	25 %	25 %	25 %	86359732
74	NC_007762	ACCA	2	8	30663	30670	50 %	0 %	0 %	50 %	86359732
75	NC_007762	AGAT	2	8	30871	30878	50 %	25 %	25 %	0 %	86359732
76	NC_007762	CGAA	2	8	31049	31056	50 %	0 %	25 %	25 %	86359732
77	NC_007762	GTCG	2	8	31565	31572	0 %	25 %	50 %	25 %	86359732
78	NC_007762	CATC	2	8	32484	32491	25 %	25 %	0 %	50 %	86359733
79	NC_007762	GAGC	2	8	32841	32848	25 %	0 %	50 %	25 %	86359733
80	NC_007762	CTGC	2	8	33666	33673	0 %	25 %	25 %	50 %	86359734
81	NC_007762	GGCT	2	8	34147	34154	0 %	25 %	50 %	25 %	86359735
82	NC_007762	TCCA	2	8	34257	34264	25 %	25 %	0 %	50 %	86359735
83	NC_007762	ACAA	2	8	34366	34373	75 %	0 %	0 %	25 %	86359735
84	NC_007762	GGAA	2	8	34420	34427	50 %	0 %	50 %	0 %	86359735
85	NC_007762	TTGC	2	8	34966	34973	0 %	50 %	25 %	25 %	86359736
86	NC_007762	CGAC	2	8	36188	36195	25 %	0 %	25 %	50 %	86359738
87	NC_007762	CGGC	2	8	36203	36210	0 %	0 %	50 %	50 %	86359738
88	NC_007762	CGGG	2	8	36300	36307	0 %	0 %	75 %	25 %	86359738
89	NC_007762	TCGA	2	8	37325	37332	25 %	25 %	25 %	25 %	86359739
90	NC_007762	GGCT	2	8	38838	38845	0 %	25 %	50 %	25 %	86359740
91	NC_007762	GTTG	2	8	39054	39061	0 %	50 %	50 %	0 %	86359740
92	NC_007762	AAAG	2	8	39281	39288	75 %	0 %	25 %	0 %	86359740
93	NC_007762	TCAA	2	8	39414	39421	50 %	25 %	0 %	25 %	86359740
94	NC_007762	CGGC	2	8	40570	40577	0 %	0 %	50 %	50 %	86359741
95	NC_007762	CTGG	2	8	41407	41414	0 %	25 %	50 %	25 %	86359743
96	NC_007762	ATCG	2	8	42727	42734	25 %	25 %	25 %	25 %	86359743
97	NC_007762	CGTG	2	8	43074	43081	0 %	25 %	50 %	25 %	86359743
98	NC_007762	TCCT	2	8	43236	43243	0 %	50 %	0 %	50 %	86359743
99	NC_007762	GCCT	2	8	43445	43452	0 %	25 %	25 %	50 %	86359744
100	NC_007762	GCAC	2	8	44185	44192	25 %	0 %	25 %	50 %	86359745
101	NC_007762	CTGA	2	8	44216	44223	25 %	25 %	25 %	25 %	86359745
102	NC_007762	TGGC	2	8	44880	44887	0 %	25 %	50 %	25 %	86359746
103	NC_007762	ACTC	2	8	44922	44929	25 %	25 %	0 %	50 %	86359746
104	NC_007762	ATGA	2	8	45179	45186	50 %	25 %	25 %	0 %	86359746
105	NC_007762	GCGA	2	8	45334	45341	25 %	0 %	50 %	25 %	86359747
106	NC_007762	GACT	2	8	46024	46031	25 %	25 %	25 %	25 %	86359747
107	NC_007762	GTTT	2	8	46079	46086	0 %	75 %	25 %	0 %	86359747
108	NC_007762	ATGC	2	8	46170	46177	25 %	25 %	25 %	25 %	86359747
109	NC_007762	GCGA	2	8	46444	46451	25 %	0 %	50 %	25 %	86359747
110	NC_007762	ATCT	2	8	47246	47253	25 %	50 %	0 %	25 %	86359747
111	NC_007762	TCGC	2	8	47986	47993	0 %	25 %	25 %	50 %	86359748
112	NC_007762	CTCG	2	8	48158	48165	0 %	25 %	25 %	50 %	86359748
113	NC_007762	CACG	2	8	48359	48366	25 %	0 %	25 %	50 %	86359748
114	NC_007762	GGAA	2	8	49003	49010	50 %	0 %	50 %	0 %	86359749
115	NC_007762	TCTA	2	8	49132	49139	25 %	50 %	0 %	25 %	86359750
116	NC_007762	ACCG	2	8	49734	49741	25 %	0 %	25 %	50 %	86359750
117	NC_007762	AAAG	2	8	49782	49789	75 %	0 %	25 %	0 %	86359750
118	NC_007762	GATC	2	8	49798	49805	25 %	25 %	25 %	25 %	86359750
119	NC_007762	TCGG	2	8	51185	51192	0 %	25 %	50 %	25 %	86359750
120	NC_007762	CCAT	2	8	52270	52277	25 %	25 %	0 %	50 %	86359752
121	NC_007762	TTCT	2	8	52992	52999	0 %	75 %	0 %	25 %	86359752
122	NC_007762	TTGC	2	8	53164	53171	0 %	50 %	25 %	25 %	86359753
123	NC_007762	CCGG	2	8	53531	53538	0 %	0 %	50 %	50 %	86359754
124	NC_007762	TGCC	2	8	53575	53582	0 %	25 %	25 %	50 %	86359754
125	NC_007762	GCCG	2	8	55152	55159	0 %	0 %	50 %	50 %	86359756
126	NC_007762	CCGG	2	8	55271	55278	0 %	0 %	50 %	50 %	86359756
127	NC_007762	TGGC	2	8	55466	55473	0 %	25 %	50 %	25 %	86359756
128	NC_007762	TGCC	2	8	56306	56313	0 %	25 %	25 %	50 %	86359757
129	NC_007762	TGCA	2	8	56505	56512	25 %	25 %	25 %	25 %	86359757
130	NC_007762	GCGG	2	8	56690	56697	0 %	0 %	75 %	25 %	86359757
131	NC_007762	CAGC	2	8	57287	57294	25 %	0 %	25 %	50 %	86359758
132	NC_007762	AAGC	2	8	58043	58050	50 %	0 %	25 %	25 %	86359759
133	NC_007762	GGAT	2	8	58098	58105	25 %	25 %	50 %	0 %	86359759
134	NC_007762	GCGG	2	8	58342	58349	0 %	0 %	75 %	25 %	86359759
135	NC_007762	GAAA	2	8	58357	58364	75 %	0 %	25 %	0 %	86359759
136	NC_007762	TCGT	2	8	58460	58467	0 %	50 %	25 %	25 %	86359759
137	NC_007762	CAAT	2	8	58636	58643	50 %	25 %	0 %	25 %	86359760
138	NC_007762	TTCC	2	8	59165	59172	0 %	50 %	0 %	50 %	86359760
139	NC_007762	TGCC	2	8	60300	60307	0 %	25 %	25 %	50 %	86359761
140	NC_007762	GCGA	2	8	60458	60465	25 %	0 %	50 %	25 %	86359761
141	NC_007762	TGTC	2	8	62777	62784	0 %	50 %	25 %	25 %	86359762
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.