MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhizobium etli CFN 42 chromosome

Total Repeats: 156

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007761	TTTCCG	2	12	12110	12121	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_007761	GGCGCA	2	12	35592	35603	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_007761	CCTTTT	2	12	50332	50343	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_007761	CCAAAT	2	12	65175	65186	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_007761	GAATAG	2	12	65380	65391	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_007761	TCCGGG	2	12	67414	67425	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_007761	CGTTCC	2	12	127788	127799	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
8	NC_007761	AATGAG	2	12	127854	127865	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_007761	ATGTTT	2	12	196811	196822	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_007761	CGCTCA	2	12	269923	269934	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
11	NC_007761	GAATTC	2	12	354617	354628	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_007761	ATTTTT	2	12	369869	369880	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_007761	GGATAG	2	12	370252	370263	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_007761	GTTCAA	2	12	413682	413693	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_007761	CGTCAG	2	12	447572	447583	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_007761	ACGGGA	2	12	457983	457994	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_007761	TCGGCC	2	12	484633	484644	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
18	NC_007761	CGGCAG	2	12	524096	524107	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_007761	AAAACA	2	12	542458	542469	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_007761	GTAAAG	2	12	555209	555220	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_007761	CGTCGC	2	12	638473	638484	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
22	NC_007761	GACAAG	2	12	660033	660044	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_007761	ATCCGG	2	12	723477	723488	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_007761	CTTTGC	2	12	828205	828216	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_007761	CCGAGC	2	12	881532	881543	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
26	NC_007761	GCCACA	2	12	904574	904585	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
27	NC_007761	CCGGTC	2	12	906459	906470	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
28	NC_007761	AACGAC	2	12	907275	907286	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_007761	TTTGCA	2	12	907614	907625	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_007761	CTTTCA	2	12	983139	983150	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_007761	CCTCGC	2	12	1043808	1043819	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
32	NC_007761	TCGAGC	2	12	1095753	1095764	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_007761	CCCACT	2	12	1106056	1106067	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
34	NC_007761	TTGGTA	2	12	1106787	1106798	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007761	GATCAA	2	12	1135193	1135204	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_007761	GTGCGG	2	12	1153070	1153081	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_007761	GCCGGA	2	12	1167102	1167113	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_007761	GCCGGA	2	12	1167804	1167815	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_007761	CGTCCG	2	12	1171705	1171716	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
40	NC_007761	GAATTC	2	12	1192524	1192535	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_007761	CTTCGG	2	12	1226567	1226578	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_007761	AAGGAG	2	12	1227289	1227300	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_007761	CGGTTC	2	12	1287170	1287181	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_007761	GCCCGC	2	12	1308473	1308484	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
45	NC_007761	CAGTCG	2	12	1315741	1315752	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_007761	TGCCGG	2	12	1329231	1329242	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_007761	CGCGAA	2	12	1352102	1352113	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_007761	TCGCAG	2	12	1396225	1396236	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_007761	GAAGGT	2	12	1436145	1436156	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_007761	TCCGAT	2	12	1453122	1453133	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_007761	GCCCGC	2	12	1467198	1467209	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
52	NC_007761	ACCGCC	2	12	1486784	1486795	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
53	NC_007761	AGCGGC	2	12	1498939	1498950	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_007761	CCCGCC	2	12	1617755	1617766	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
55	NC_007761	GATGCT	2	12	1732632	1732643	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_007761	GCGAAT	2	12	1792764	1792775	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_007761	CGTTCT	2	12	1823555	1823566	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_007761	CGAAAT	2	12	1834937	1834948	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_007761	CAATTG	2	12	1880553	1880564	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_007761	AGCCGC	2	12	1912429	1912440	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
61	NC_007761	AGGCAT	2	12	1928493	1928504	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_007761	AAGACA	2	12	1975517	1975528	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_007761	CGGGGA	2	12	2001152	2001163	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_007761	CAGCGC	2	12	2060544	2060555	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
65	NC_007761	ATCACA	2	12	2076826	2076837	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_007761	CATAGC	2	12	2095473	2095484	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_007761	CATTGG	2	12	2098522	2098533	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_007761	CATAAG	2	12	2107358	2107369	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_007761	CGGTCA	2	12	2107399	2107410	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_007761	CGCTCC	2	12	2159325	2159336	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
71	NC_007761	TGCCGG	2	12	2180852	2180863	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_007761	TGACCA	2	12	2213614	2213625	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_007761	CAGGGA	2	12	2234659	2234670	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_007761	TCGCCC	2	12	2288751	2288762	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
75	NC_007761	GGCCCG	2	12	2299807	2299818	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
76	NC_007761	CTTAAC	2	12	2310607	2310618	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_007761	AGCAGT	2	12	2319505	2319516	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_007761	CGCCGG	2	12	2394738	2394749	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
79	NC_007761	AAATCA	2	12	2396449	2396460	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_007761	CGCTAC	2	12	2431812	2431823	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
81	NC_007761	GTGATT	2	12	2465191	2465202	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_007761	GCCAGC	2	12	2504825	2504836	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
83	NC_007761	CTTGGT	2	12	2617498	2617509	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_007761	TTCCAA	2	12	2633715	2633726	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_007761	CGCAAG	2	12	2640932	2640943	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_007761	CGGCGC	2	12	2644588	2644599	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
87	NC_007761	CCTTCT	2	12	2655011	2655022	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_007761	GAATAG	2	12	2658674	2658685	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_007761	GTTTCA	2	12	2663182	2663193	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_007761	ACCCGT	2	12	2667539	2667550	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
91	NC_007761	CGGTCG	2	12	2679986	2679997	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_007761	TCGACA	2	12	2692745	2692756	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_007761	GCCTTG	2	12	2694562	2694573	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_007761	AGCGAC	2	12	2698234	2698245	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_007761	ATTTTA	2	12	2699900	2699911	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_007761	GTCGAA	2	12	2711674	2711685	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_007761	TACGAT	2	12	2716457	2716468	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_007761	GACAGT	2	12	2778887	2778898	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_007761	CGGCAG	2	12	2818750	2818761	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_007761	CGCCGA	2	12	2845282	2845293	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
101	NC_007761	TGCCGA	2	12	2866504	2866515	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_007761	GGTGAG	2	12	2876595	2876606	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_007761	CGACGT	2	12	2924785	2924796	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_007761	CGATGA	2	12	2987340	2987351	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_007761	TGAGCG	2	12	3043209	3043220	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_007761	GTGCGC	2	12	3048908	3048919	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_007761	ATCCGC	2	12	3066597	3066608	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
108	NC_007761	CAAAAG	2	12	3077520	3077531	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_007761	GGTTTC	2	12	3120730	3120741	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_007761	GCACCG	2	12	3220430	3220441	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
111	NC_007761	CTCGCC	2	12	3220806	3220817	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
112	NC_007761	GTGCCG	2	12	3234390	3234401	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_007761	ACCGCG	2	12	3258968	3258979	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
114	NC_007761	GCGGCC	2	12	3265102	3265113	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
115	NC_007761	ATCGAG	2	12	3276830	3276841	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_007761	CCCTCC	2	12	3311672	3311683	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
117	NC_007761	GATTCC	2	12	3334746	3334757	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_007761	AACCCA	2	12	3395025	3395036	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
119	NC_007761	CTTCAT	2	12	3483152	3483163	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_007761	GCGCTG	2	12	3484317	3484328	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_007761	CAGGCA	2	12	3484884	3484895	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_007761	TCACCG	2	12	3485065	3485076	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
123	NC_007761	GCCTCG	2	12	3485167	3485178	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
124	NC_007761	CAGCAT	2	12	3566680	3566691	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_007761	CCCGGA	2	12	3573001	3573012	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
126	NC_007761	CTATTC	2	12	3575035	3575046	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_007761	ATTTGG	2	12	3575240	3575251	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_007761	TGGAGA	2	12	3620926	3620937	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
129	NC_007761	CGAAAT	2	12	3669097	3669108	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_007761	GATTCC	2	12	3692514	3692525	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_007761	AGATGA	2	12	3719939	3719950	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_007761	GTTTGC	2	12	3774481	3774492	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_007761	AAAATT	2	12	3793824	3793835	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_007761	AATTTG	2	12	3854793	3854804	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
135	NC_007761	TCCTGG	2	12	3882196	3882207	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_007761	ATCGCC	2	12	3924602	3924613	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
137	NC_007761	AAATCG	2	12	3927091	3927102	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_007761	GCACCG	2	12	3949514	3949525	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
139	NC_007761	CCCGGA	2	12	3969962	3969973	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
140	NC_007761	CTATTC	2	12	3971996	3972007	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_007761	ATTTGG	2	12	3972201	3972212	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
142	NC_007761	CAATAA	2	12	3981410	3981421	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
143	NC_007761	GCTAAT	2	12	3992170	3992181	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
144	NC_007761	ACGTAA	2	12	4017071	4017082	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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146	NC_007761	GCGCCG	2	12	4084887	4084898	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
147	NC_007761	TTGCGG	2	12	4094553	4094564	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
148	NC_007761	ACGTAA	2	12	4125824	4125835	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
149	NC_007761	GGAAGC	2	12	4142895	4142906	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
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154	NC_007761	GATAAT	2	12	4255982	4255993	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
155	NC_007761	CTCGCG	2	12	4307026	4307037	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
156	NC_007761	AGGATG	2	12	4365683	4365694	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.