MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Syntrophus aciditrophicus SB chromosome

Total Repeats: 321

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007759	CAGAC	2	10	9733	9742	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_007759	ATCAT	2	10	14517	14526	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_007759	CCCAT	2	10	16284	16293	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
4	NC_007759	CAGCA	2	10	22878	22887	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_007759	TCCCA	2	10	66384	66393	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
6	NC_007759	ATCAA	2	10	127388	127397	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_007759	TCCCT	2	10	135393	135402	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
8	NC_007759	ACACA	2	10	141586	141595	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
9	NC_007759	TCTTA	2	10	142561	142570	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_007759	TCCTT	2	10	145744	145753	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
11	NC_007759	TAGAA	2	10	146324	146333	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_007759	CCGAA	2	10	149446	149455	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_007759	CGGAA	2	10	179307	179316	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_007759	GAGAA	2	10	179547	179556	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_007759	GTGTA	2	10	181738	181747	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
16	NC_007759	TTTCC	2	10	183779	183788	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
17	NC_007759	CTGAT	2	10	187287	187296	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_007759	TTAAT	2	10	187738	187747	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_007759	AATTA	2	10	200310	200319	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_007759	AATAA	2	10	209731	209740	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_007759	TGTTC	2	10	233593	233602	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_007759	CAGTT	2	10	234207	234216	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_007759	ATGAG	2	10	252676	252685	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_007759	CAGGG	2	10	294463	294472	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
25	NC_007759	GCCGG	2	10	297824	297833	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
26	NC_007759	TGTTT	2	10	328487	328496	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_007759	TCTCC	2	10	343211	343220	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
28	NC_007759	CCTTT	2	10	348655	348664	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
29	NC_007759	TAAAA	2	10	366656	366665	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_007759	GAGAG	2	10	389437	389446	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
31	NC_007759	ATGGA	2	10	407027	407036	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_007759	TAAAT	2	10	407123	407132	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_007759	TCAAT	2	10	410654	410663	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_007759	TAGAA	2	10	413181	413190	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007759	TGGTG	2	10	414400	414409	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
36	NC_007759	GGAGC	2	10	416431	416440	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
37	NC_007759	TTCTT	2	10	451813	451822	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_007759	GTCCT	2	10	453998	454007	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_007759	ATAGA	2	10	456250	456259	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_007759	GGGAG	2	10	493195	493204	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
41	NC_007759	GAAAC	2	10	493317	493326	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_007759	CTTTT	2	10	511068	511077	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_007759	ATAAA	2	10	512461	512470	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_007759	TCTTG	2	10	516318	516327	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_007759	AAATG	2	10	518389	518398	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_007759	TTGTC	2	10	518759	518768	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_007759	ACTGG	2	10	528352	528361	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_007759	TTCCT	2	10	533881	533890	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
49	NC_007759	GGGCG	2	10	533897	533906	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
50	NC_007759	GGAGG	2	10	533921	533930	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
51	NC_007759	TTTTC	2	10	565582	565591	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_007759	TCTTA	2	10	584011	584020	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_007759	TTAGC	2	10	588652	588661	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_007759	CTTTT	2	10	588850	588859	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_007759	TGCAT	2	10	602621	602630	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_007759	CAGTC	2	10	609882	609891	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_007759	TGTTT	2	10	628978	628987	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_007759	CGGGG	2	10	674315	674324	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
59	NC_007759	TGAGA	2	10	711262	711271	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_007759	TAAAA	2	10	713682	713691	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_007759	TAATT	2	10	725619	725628	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_007759	GGCTT	2	10	725894	725903	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_007759	TCGTG	2	10	739095	739104	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_007759	TAAGT	2	10	739582	739591	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_007759	AAGAA	2	10	752081	752090	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_007759	TTATA	2	10	752981	752990	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_007759	TAAAA	2	10	765651	765660	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_007759	ACAGC	2	10	765719	765728	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_007759	CTTTC	2	10	765767	765776	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
70	NC_007759	GTTCA	2	10	765782	765791	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_007759	ATTGA	2	10	783696	783705	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_007759	AATCG	2	10	795147	795156	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_007759	CAGGC	2	10	811704	811713	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
74	NC_007759	AATTA	2	10	813804	813813	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_007759	GAAAA	2	10	816198	816207	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_007759	TTTCA	2	10	818288	818297	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_007759	CAGAT	2	10	823990	823999	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_007759	CAATG	2	10	828917	828926	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_007759	GAATA	2	10	834299	834308	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_007759	TGGGA	2	10	854275	854284	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
81	NC_007759	TATAA	2	10	877051	877060	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_007759	TGACT	2	10	892284	892293	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_007759	AAAAG	2	10	892333	892342	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_007759	GGCCG	2	10	892406	892415	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
85	NC_007759	CAGGG	2	10	900195	900204	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
86	NC_007759	TAAAA	2	10	913981	913990	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_007759	ATATA	2	10	931622	931631	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_007759	TTTCG	2	10	967821	967830	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_007759	CAGCA	2	10	970783	970792	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
90	NC_007759	TGGCT	2	10	975466	975475	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_007759	ATTTC	2	10	976803	976812	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_007759	CCACG	2	10	976923	976932	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
93	NC_007759	ATTTA	2	10	978085	978094	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_007759	TAATT	2	10	990997	991006	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_007759	CGAAG	2	10	992269	992278	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_007759	AACAA	2	10	999835	999844	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_007759	TGCTT	2	10	1005488	1005497	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_007759	CCGGC	2	10	1016597	1016606	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
99	NC_007759	AGAAA	2	10	1033435	1033444	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_007759	GATGT	2	10	1040344	1040353	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
101	NC_007759	TGATT	2	10	1040468	1040477	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_007759	TGCGC	2	10	1040491	1040500	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
103	NC_007759	GAATA	2	10	1048599	1048608	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_007759	ACGAT	2	10	1057695	1057704	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_007759	TAAGA	2	10	1058102	1058111	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_007759	TGACA	2	10	1058431	1058440	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_007759	AAAGG	2	10	1058484	1058493	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
108	NC_007759	GATTG	2	10	1058973	1058982	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
109	NC_007759	TTTTG	2	10	1059062	1059071	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_007759	AAGGC	2	10	1059110	1059119	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
111	NC_007759	TCCTT	2	10	1061652	1061661	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
112	NC_007759	AAAAT	2	10	1061836	1061845	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_007759	AAATA	2	10	1062234	1062243	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_007759	TTTCT	2	10	1063525	1063534	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_007759	GATGT	2	10	1067124	1067133	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_007759	TGATT	2	10	1067248	1067257	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_007759	TGCGC	2	10	1067271	1067280	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
118	NC_007759	GTAGA	2	10	1068024	1068033	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
119	NC_007759	TGGTA	2	10	1075614	1075623	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
120	NC_007759	CTTGC	2	10	1094352	1094361	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
121	NC_007759	GAAAT	2	10	1102194	1102203	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_007759	ATTCA	2	10	1102466	1102475	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_007759	ATTTT	3	15	1108646	1108660	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_007759	CTATC	2	10	1115365	1115374	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
125	NC_007759	GAGGC	2	10	1115984	1115993	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
126	NC_007759	AACGA	2	10	1122836	1122845	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_007759	CTTTT	2	10	1126854	1126863	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_007759	ATCAA	2	10	1144853	1144862	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_007759	TTTAT	2	10	1161470	1161479	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_007759	GCACC	2	10	1178840	1178849	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
131	NC_007759	GTGAA	2	10	1184257	1184266	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
132	NC_007759	GTAGA	2	10	1184658	1184667	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
133	NC_007759	TTTTG	2	10	1185529	1185538	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_007759	AGAAA	2	10	1186674	1186683	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_007759	ATCCA	2	10	1188280	1188289	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
136	NC_007759	TAAAG	2	10	1188363	1188372	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_007759	ATTTA	2	10	1193242	1193251	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_007759	AAAAC	2	10	1194258	1194267	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_007759	CGGCA	2	10	1203195	1203204	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
140	NC_007759	TGACC	2	10	1208196	1208205	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
141	NC_007759	CAAAT	2	10	1208391	1208400	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_007759	CTGAA	2	10	1217643	1217652	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
143	NC_007759	AAGAA	2	10	1244905	1244914	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_007759	ATTTT	2	10	1310131	1310140	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_007759	AAATC	2	10	1322266	1322275	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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286	NC_007759	CCTGA	2	10	2727736	2727745	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
287	NC_007759	AATGC	2	10	2733583	2733592	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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321	NC_007759	AAAAG	2	10	3176740	3176749	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.