MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Xanthomonas oryzae pv. oryzae MAFF 311018 chromosome

Total Repeats: 3386

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007705	ACCAC	2	10	1263	1272	40 %	0 %	0 %	60 %	84621658
2	NC_007705	TGGAA	2	10	4213	4222	40 %	20 %	40 %	0 %	84621660
3	NC_007705	CAAGC	2	10	4833	4842	40 %	0 %	20 %	40 %	84621660
4	NC_007705	AGCGA	2	10	4891	4900	40 %	0 %	40 %	20 %	84621660
5	NC_007705	GGCGC	2	10	5806	5815	0 %	0 %	60 %	40 %	84621661
6	NC_007705	CCGCG	2	10	6103	6112	0 %	0 %	40 %	60 %	84621661
7	NC_007705	CAAGC	2	10	9522	9531	40 %	0 %	20 %	40 %	84621663
8	NC_007705	CACTG	2	10	11288	11297	20 %	20 %	20 %	40 %	84621665
9	NC_007705	CGCGC	2	10	12925	12934	0 %	0 %	40 %	60 %	84621667
10	NC_007705	ACGGT	2	10	14971	14980	20 %	20 %	40 %	20 %	84621670
11	NC_007705	CAGCG	2	10	15971	15980	20 %	0 %	40 %	40 %	84621671
12	NC_007705	CAGCG	2	10	20662	20671	20 %	0 %	40 %	40 %	84621675
13	NC_007705	GCACC	2	10	20847	20856	20 %	0 %	20 %	60 %	84621675
14	NC_007705	CAGCG	2	10	22872	22881	20 %	0 %	40 %	40 %	84621677
15	NC_007705	CCAGA	2	10	26022	26031	40 %	0 %	20 %	40 %	84621680
16	NC_007705	GCCCG	2	10	26573	26582	0 %	0 %	40 %	60 %	84621681
17	NC_007705	GGCAC	2	10	27317	27326	20 %	0 %	40 %	40 %	84621682
18	NC_007705	GGCGG	2	10	27327	27336	0 %	0 %	80 %	20 %	84621682
19	NC_007705	TGGCC	2	10	27696	27705	0 %	20 %	40 %	40 %	84621683
20	NC_007705	ACCGC	2	10	28283	28292	20 %	0 %	20 %	60 %	84621683
21	NC_007705	GTGCA	2	10	31792	31801	20 %	20 %	40 %	20 %	84621686
22	NC_007705	ATAAG	2	10	33965	33974	60 %	20 %	20 %	0 %	84621688
23	NC_007705	GTGCA	2	10	35261	35270	20 %	20 %	40 %	20 %	84621689
24	NC_007705	GCAGG	2	10	37320	37329	20 %	0 %	60 %	20 %	84621690
25	NC_007705	ACGCC	2	10	39250	39259	20 %	0 %	20 %	60 %	84621693
26	NC_007705	CCAAC	2	10	40114	40123	40 %	0 %	0 %	60 %	84621694
27	NC_007705	TGCGC	2	10	42518	42527	0 %	20 %	40 %	40 %	84621697
28	NC_007705	ACGCC	2	10	42721	42730	20 %	0 %	20 %	60 %	84621697
29	NC_007705	GCGCA	2	10	45788	45797	20 %	0 %	40 %	40 %	84621701
30	NC_007705	GCCGC	2	10	46456	46465	0 %	0 %	40 %	60 %	84621701
31	NC_007705	GCCAG	2	10	46948	46957	20 %	0 %	40 %	40 %	84621702
32	NC_007705	CCAGG	3	15	47482	47496	20 %	0 %	40 %	40 %	84621703
33	NC_007705	CAATC	2	10	47516	47525	40 %	20 %	0 %	40 %	84621703
34	NC_007705	GCACT	2	10	47656	47665	20 %	20 %	20 %	40 %	84621703
35	NC_007705	ACGGC	2	10	47679	47688	20 %	0 %	40 %	40 %	84621703
36	NC_007705	GTTGC	2	10	49828	49837	0 %	40 %	40 %	20 %	84621706
37	NC_007705	CATGC	2	10	57036	57045	20 %	20 %	20 %	40 %	84621714
38	NC_007705	GGTCG	2	10	59571	59580	0 %	20 %	60 %	20 %	84621717
39	NC_007705	TTCCA	2	10	59854	59863	20 %	40 %	0 %	40 %	84621717
40	NC_007705	GGTCG	2	10	63832	63841	0 %	20 %	60 %	20 %	84621719
41	NC_007705	CGCGA	2	10	64026	64035	20 %	0 %	40 %	40 %	84621720
42	NC_007705	GCGCC	2	10	65072	65081	0 %	0 %	40 %	60 %	84621720
43	NC_007705	TGCGT	2	10	66246	66255	0 %	40 %	40 %	20 %	84621721
44	NC_007705	TCGGG	2	10	66298	66307	0 %	20 %	60 %	20 %	84621721
45	NC_007705	GGGCC	2	10	70700	70709	0 %	0 %	60 %	40 %	84621723
46	NC_007705	CCAGC	2	10	70980	70989	20 %	0 %	20 %	60 %	84621723
47	NC_007705	GCAGC	2	10	72487	72496	20 %	0 %	40 %	40 %	84621724
48	NC_007705	ATGGC	2	10	72891	72900	20 %	20 %	40 %	20 %	84621724
49	NC_007705	CAGCG	2	10	73214	73223	20 %	0 %	40 %	40 %	84621724
50	NC_007705	CAGTC	2	10	73776	73785	20 %	20 %	20 %	40 %	84621725
51	NC_007705	GTCGC	2	10	74140	74149	0 %	20 %	40 %	40 %	84621725
52	NC_007705	ACCGG	2	10	81018	81027	20 %	0 %	40 %	40 %	84621731
53	NC_007705	CCGCC	2	10	82252	82261	0 %	0 %	20 %	80 %	84621732
54	NC_007705	TGATC	2	10	82275	82284	20 %	40 %	20 %	20 %	84621732
55	NC_007705	GTTCG	2	10	87521	87530	0 %	40 %	40 %	20 %	84621738
56	NC_007705	GGATT	2	10	89479	89488	20 %	40 %	40 %	0 %	84621739
57	NC_007705	CGTGT	2	10	89821	89830	0 %	40 %	40 %	20 %	84621739
58	NC_007705	CGCGT	2	10	91410	91419	0 %	20 %	40 %	40 %	84621741
59	NC_007705	TGCGC	2	10	93623	93632	0 %	20 %	40 %	40 %	84621743
60	NC_007705	GCCAA	2	10	94360	94369	40 %	0 %	20 %	40 %	84621744
61	NC_007705	CTCCG	2	10	94664	94673	0 %	20 %	20 %	60 %	84621745
62	NC_007705	GTGCG	2	10	95054	95063	0 %	20 %	60 %	20 %	84621745
63	NC_007705	AGGCG	2	10	98450	98459	20 %	0 %	60 %	20 %	84621749
64	NC_007705	GCGCA	2	10	99769	99778	20 %	0 %	40 %	40 %	84621750
65	NC_007705	TCGCT	2	10	99863	99872	0 %	40 %	20 %	40 %	84621750
66	NC_007705	CGCTG	2	10	101750	101759	0 %	20 %	40 %	40 %	84621753
67	NC_007705	GCAGT	2	10	105380	105389	20 %	20 %	40 %	20 %	84621760
68	NC_007705	GCACG	2	10	105617	105626	20 %	0 %	40 %	40 %	84621760
69	NC_007705	ACACG	2	10	107275	107284	40 %	0 %	20 %	40 %	84621761
70	NC_007705	GTGCA	2	10	109945	109954	20 %	20 %	40 %	20 %	84621763
71	NC_007705	CCCGC	2	10	112631	112640	0 %	0 %	20 %	80 %	84621765
72	NC_007705	CTGGA	2	10	115572	115581	20 %	20 %	40 %	20 %	84621766
73	NC_007705	TGCGC	2	10	117713	117722	0 %	20 %	40 %	40 %	84621767
74	NC_007705	CAGGC	2	10	119860	119869	20 %	0 %	40 %	40 %	84621770
75	NC_007705	AGCCC	2	10	121336	121345	20 %	0 %	20 %	60 %	84621772
76	NC_007705	GGATC	2	10	121705	121714	20 %	20 %	40 %	20 %	84621772
77	NC_007705	AGCGC	2	10	122760	122769	20 %	0 %	40 %	40 %	84621773
78	NC_007705	GACGG	2	10	123705	123714	20 %	0 %	60 %	20 %	84621775
79	NC_007705	GGCGG	2	10	124322	124331	0 %	0 %	80 %	20 %	84621776
80	NC_007705	CTGAC	2	10	124965	124974	20 %	20 %	20 %	40 %	84621776
81	NC_007705	GCGGG	2	10	126155	126164	0 %	0 %	80 %	20 %	84621778
82	NC_007705	CATGC	2	10	127174	127183	20 %	20 %	20 %	40 %	84621779
83	NC_007705	ATGAA	2	10	127479	127488	60 %	20 %	20 %	0 %	84621780
84	NC_007705	TGCCT	2	10	132396	132405	0 %	40 %	20 %	40 %	84621786
85	NC_007705	AGCAC	2	10	133316	133325	40 %	0 %	20 %	40 %	84621787
86	NC_007705	CCGAC	2	10	133702	133711	20 %	0 %	20 %	60 %	84621788
87	NC_007705	CGGGC	2	10	133907	133916	0 %	0 %	60 %	40 %	84621789
88	NC_007705	CGATC	2	10	136583	136592	20 %	20 %	20 %	40 %	84621791
89	NC_007705	TGCGC	2	10	136769	136778	0 %	20 %	40 %	40 %	84621791
90	NC_007705	GCAGC	2	10	139046	139055	20 %	0 %	40 %	40 %	84621793
91	NC_007705	CAGCG	2	10	141314	141323	20 %	0 %	40 %	40 %	84621795
92	NC_007705	CCTGC	2	10	141824	141833	0 %	20 %	20 %	60 %	84621795
93	NC_007705	GCTTG	2	10	144057	144066	0 %	40 %	40 %	20 %	84621798
94	NC_007705	ACGCC	2	10	145298	145307	20 %	0 %	20 %	60 %	84621801
95	NC_007705	CGGCG	2	10	145781	145790	0 %	0 %	60 %	40 %	84621801
96	NC_007705	GCGCG	2	10	151623	151632	0 %	0 %	60 %	40 %	84621805
97	NC_007705	TGGTC	2	10	151878	151887	0 %	40 %	40 %	20 %	84621805
98	NC_007705	CTTGC	2	10	152683	152692	0 %	40 %	20 %	40 %	84621805
99	NC_007705	CGGCG	2	10	152826	152835	0 %	0 %	60 %	40 %	84621805
100	NC_007705	GGCCT	2	10	154506	154515	0 %	20 %	40 %	40 %	84621807
101	NC_007705	GGCGC	2	10	155563	155572	0 %	0 %	60 %	40 %	84621807
102	NC_007705	GCCGC	2	10	156404	156413	0 %	0 %	40 %	60 %	84621807
103	NC_007705	CCTGG	2	10	156806	156815	0 %	20 %	40 %	40 %	84621807
104	NC_007705	CGTGC	2	10	158956	158965	0 %	20 %	40 %	40 %	84621809
105	NC_007705	ACCTG	2	10	159689	159698	20 %	20 %	20 %	40 %	84621810
106	NC_007705	GTTGT	2	10	160509	160518	0 %	60 %	40 %	0 %	84621811
107	NC_007705	GCGTC	2	10	161904	161913	0 %	20 %	40 %	40 %	84621812
108	NC_007705	GGTGT	2	10	163252	163261	0 %	40 %	60 %	0 %	84621814
109	NC_007705	GCAGC	2	10	163608	163617	20 %	0 %	40 %	40 %	84621814
110	NC_007705	CGGCC	2	10	164001	164010	0 %	0 %	40 %	60 %	84621814
111	NC_007705	CGGTG	2	10	164808	164817	0 %	20 %	60 %	20 %	84621814
112	NC_007705	CGGTG	2	10	164883	164892	0 %	20 %	60 %	20 %	84621814
113	NC_007705	CGCTG	2	10	167876	167885	0 %	20 %	40 %	40 %	84621815
114	NC_007705	CCGGC	2	10	168094	168103	0 %	0 %	40 %	60 %	84621815
115	NC_007705	ACCAG	2	10	168958	168967	40 %	0 %	20 %	40 %	84621815
116	NC_007705	GCAAT	2	10	172239	172248	40 %	20 %	20 %	20 %	84621820
117	NC_007705	GTGCA	2	10	173932	173941	20 %	20 %	40 %	20 %	84621823
118	NC_007705	GCACG	2	10	174841	174850	20 %	0 %	40 %	40 %	84621823
119	NC_007705	GGTGG	2	10	177367	177376	0 %	20 %	80 %	0 %	84621826
120	NC_007705	TGGCG	2	10	178191	178200	0 %	20 %	60 %	20 %	84621827
121	NC_007705	GCGCG	2	10	180753	180762	0 %	0 %	60 %	40 %	84621830
122	NC_007705	TCGGT	2	10	181278	181287	0 %	40 %	40 %	20 %	84621830
123	NC_007705	GGCGC	2	10	181768	181777	0 %	0 %	60 %	40 %	84621831
124	NC_007705	TGCCC	2	10	182316	182325	0 %	20 %	20 %	60 %	84621831
125	NC_007705	CGGCG	2	10	182353	182362	0 %	0 %	60 %	40 %	84621831
126	NC_007705	AGCGC	2	10	189350	189359	20 %	0 %	40 %	40 %	84621834
127	NC_007705	CGTGC	2	10	193847	193856	0 %	20 %	40 %	40 %	84621840
128	NC_007705	TGCAC	2	10	194750	194759	20 %	20 %	20 %	40 %	84621841
129	NC_007705	GGGCA	2	10	197428	197437	20 %	0 %	60 %	20 %	84621843
130	NC_007705	GACGC	2	10	199432	199441	20 %	0 %	40 %	40 %	84621846
131	NC_007705	GCCGC	2	10	201077	201086	0 %	0 %	40 %	60 %	84621846
132	NC_007705	GTGCC	2	10	201710	201719	0 %	20 %	40 %	40 %	84621847
133	NC_007705	TGTCG	2	10	202017	202026	0 %	40 %	40 %	20 %	84621848
134	NC_007705	GGCGC	2	10	203675	203684	0 %	0 %	60 %	40 %	84621850
135	NC_007705	GAACT	2	10	205982	205991	40 %	20 %	20 %	20 %	84621852
136	NC_007705	ATCGC	2	10	207147	207156	20 %	20 %	20 %	40 %	84621852
137	NC_007705	CGTGC	2	10	208235	208244	0 %	20 %	40 %	40 %	84621853
138	NC_007705	TGCAC	2	10	209138	209147	20 %	20 %	20 %	40 %	84621853
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150	NC_007705	TGCGA	2	10	219218	219227	20 %	20 %	40 %	20 %	84621859
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152	NC_007705	CAGCG	2	10	222050	222059	20 %	0 %	40 %	40 %	84621861
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252	NC_007705	CCACG	2	10	379068	379077	20 %	0 %	20 %	60 %	84622008
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258	NC_007705	CCGCC	2	10	390865	390874	0 %	0 %	20 %	80 %	84622017
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