MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Nitrosospira multiformis ATCC 25196 chromosome

Total Repeats: 437

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007614	CAAAG	2	10	10853	10862	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_007614	CATTC	2	10	27818	27827	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
3	NC_007614	GCTTC	2	10	27860	27869	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
4	NC_007614	GTCAG	2	10	29441	29450	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_007614	CGGCG	2	10	29668	29677	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
6	NC_007614	GAATG	2	10	32423	32432	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_007614	CCTCG	2	10	39670	39679	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
8	NC_007614	ACATC	2	10	49878	49887	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
9	NC_007614	TTCAT	2	10	58697	58706	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_007614	TAAAA	2	10	68189	68198	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_007614	TTTAA	2	10	68880	68889	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_007614	CCTGG	2	10	69611	69620	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
13	NC_007614	TGAAA	2	10	71074	71083	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_007614	GCAGA	2	10	80732	80741	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_007614	CGCAA	2	10	95137	95146	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_007614	CAGGA	2	10	105943	105952	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_007614	GCAAG	2	10	106025	106034	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_007614	GACTT	2	10	106336	106345	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_007614	TTCCT	2	10	106947	106956	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
20	NC_007614	AATTA	2	10	118983	118992	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_007614	AAAAG	2	10	119399	119408	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_007614	TTAGC	2	10	120348	120357	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_007614	CAATT	2	10	123404	123413	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_007614	GAGCG	2	10	123426	123435	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
25	NC_007614	CTGCG	2	10	124259	124268	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
26	NC_007614	CAAAA	2	10	124912	124921	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_007614	CTACA	2	10	126419	126428	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
28	NC_007614	TTAGG	2	10	128577	128586	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_007614	ACCGG	2	10	131240	131249	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
30	NC_007614	GCAAT	2	10	139592	139601	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_007614	CAACC	2	10	139668	139677	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
32	NC_007614	TCCTA	2	10	142233	142242	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_007614	CTTTT	2	10	142831	142840	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_007614	CAGGC	2	10	143209	143218	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
35	NC_007614	CTCTT	3	15	147083	147097	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_007614	CTTGA	2	10	156214	156223	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_007614	GCAAC	2	10	157729	157738	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_007614	CCTTT	2	10	157853	157862	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
39	NC_007614	CCTTG	2	10	167284	167293	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
40	NC_007614	CAAAA	2	10	168875	168884	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_007614	GTTGA	2	10	177146	177155	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_007614	GTGGA	2	10	188721	188730	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
43	NC_007614	CATGA	2	10	194370	194379	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_007614	CAGAT	2	10	194611	194620	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_007614	TTGAA	2	10	202513	202522	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_007614	GCCAC	2	10	204711	204720	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
47	NC_007614	CGAGG	2	10	208707	208716	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
48	NC_007614	CAGAC	2	10	230357	230366	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
49	NC_007614	ATGCT	2	10	231910	231919	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_007614	TCCAT	2	10	232978	232987	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
51	NC_007614	GCGAT	2	10	235488	235497	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_007614	TATAA	2	10	246634	246643	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_007614	GATCT	2	10	247054	247063	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_007614	GTAGC	2	10	253135	253144	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_007614	GAAAT	2	10	271473	271482	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_007614	TGGAA	2	10	272842	272851	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_007614	GTATC	2	10	280932	280941	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_007614	AGGGA	2	10	294329	294338	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
59	NC_007614	TTCGA	2	10	294357	294366	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_007614	ACTTT	2	10	296816	296825	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_007614	GTCTT	2	10	296854	296863	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_007614	TAAAT	2	10	301648	301657	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_007614	CCATG	2	10	322725	322734	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_007614	GCTCT	2	10	322994	323003	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_007614	ACAAA	2	10	323832	323841	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_007614	GGAAG	2	10	326362	326371	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
67	NC_007614	GAATT	2	10	327385	327394	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_007614	GGTGC	2	10	345023	345032	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
69	NC_007614	GCATT	2	10	349819	349828	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_007614	AGAGG	2	10	350005	350014	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
71	NC_007614	CACTA	2	10	351186	351195	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
72	NC_007614	TGAAA	2	10	353464	353473	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_007614	TTTCC	2	10	353530	353539	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_007614	GAAGG	2	10	353670	353679	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
75	NC_007614	ACGAA	2	10	359734	359743	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_007614	CTTTT	2	10	370086	370095	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_007614	TGCAA	2	10	382681	382690	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_007614	CTGCC	2	10	387333	387342	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
79	NC_007614	GTATT	2	10	413829	413838	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_007614	ATTTC	2	10	415308	415317	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_007614	TTACT	2	10	462269	462278	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_007614	TGCGA	2	10	466349	466358	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
83	NC_007614	AGGGC	2	10	498263	498272	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
84	NC_007614	GAATG	2	10	504667	504676	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_007614	GGCTC	2	10	528838	528847	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
86	NC_007614	AGAAA	2	10	542179	542188	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_007614	TTCAT	2	10	548674	548683	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_007614	TCGTG	2	10	563686	563695	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_007614	GATGC	2	10	564709	564718	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
90	NC_007614	GGGAG	2	10	565299	565308	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
91	NC_007614	ATTTG	2	10	575224	575233	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_007614	ATCAC	2	10	576313	576322	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
93	NC_007614	CAGGA	2	10	596328	596337	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
94	NC_007614	TTCCG	2	10	596982	596991	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
95	NC_007614	GTCTT	2	10	603902	603911	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_007614	GCTGA	2	10	609399	609408	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
97	NC_007614	TACTG	2	10	609829	609838	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_007614	AAGAA	2	10	610057	610066	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_007614	CTCTT	2	10	617391	617400	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
100	NC_007614	CTGTC	2	10	622225	622234	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
101	NC_007614	ATCAG	2	10	622370	622379	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_007614	GATCT	2	10	638980	638989	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_007614	CCGGA	2	10	648649	648658	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
104	NC_007614	ATGTT	2	10	682946	682955	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_007614	GCGAG	2	10	683205	683214	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
106	NC_007614	AGGGC	2	10	683221	683230	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
107	NC_007614	CCCGT	2	10	687971	687980	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
108	NC_007614	TGATT	2	10	703465	703474	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_007614	CAGCT	2	10	708956	708965	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
110	NC_007614	GGAAA	2	10	737914	737923	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
111	NC_007614	ATGGG	2	10	739520	739529	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
112	NC_007614	TAAAC	2	10	752819	752828	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_007614	TTGAA	2	10	773089	773098	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_007614	GTCCT	2	10	776031	776040	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
115	NC_007614	TGACA	2	10	777861	777870	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_007614	AAGCC	2	10	783810	783819	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
117	NC_007614	CGATA	2	10	800913	800922	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_007614	AAAAG	2	10	802302	802311	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_007614	GCTAT	2	10	832695	832704	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_007614	CATGG	2	10	847227	847236	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
121	NC_007614	CAAAA	2	10	858885	858894	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_007614	TTGCT	2	10	861061	861070	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_007614	GCCAG	2	10	872340	872349	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
124	NC_007614	TTTCA	2	10	873979	873988	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_007614	TGGCA	2	10	878906	878915	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
126	NC_007614	GGCAG	2	10	907075	907084	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
127	NC_007614	TTCAT	2	10	911914	911923	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_007614	GGCAG	2	10	917105	917114	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
129	NC_007614	GATTC	2	10	920172	920181	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
130	NC_007614	GCGCG	2	10	920474	920483	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
131	NC_007614	TTCCC	2	10	939122	939131	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
132	NC_007614	GTCGA	2	10	941338	941347	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
133	NC_007614	TGGCA	2	10	948245	948254	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
134	NC_007614	CGGTC	2	10	949724	949733	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
135	NC_007614	CGTTC	2	10	955162	955171	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
136	NC_007614	TTCAC	2	10	955590	955599	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
137	NC_007614	TTAAC	2	10	959326	959335	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_007614	TGAGC	2	10	961737	961746	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
139	NC_007614	AATAC	2	10	968639	968648	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_007614	GCTGG	2	10	968889	968898	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
141	NC_007614	AGACA	2	10	968964	968973	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
142	NC_007614	CCGGC	2	10	982384	982393	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
143	NC_007614	TGGAT	2	10	988351	988360	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
144	NC_007614	ACTGT	2	10	1013213	1013222	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
145	NC_007614	CTTTC	2	10	1019368	1019377	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
146	NC_007614	CGATT	2	10	1019427	1019436	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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286	NC_007614	GCCAC	2	10	1970056	1970065	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
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362	NC_007614	ATCTG	2	10	2510872	2510881	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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420	NC_007614	CTGCG	2	10	3013155	3013164	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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423	NC_007614	AAAGT	2	10	3023102	3023111	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
424	NC_007614	CTCCA	2	10	3031171	3031180	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
425	NC_007614	ACCAT	2	10	3051334	3051343	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
426	NC_007614	GATTC	2	10	3052898	3052907	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
427	NC_007614	GCGCG	2	10	3053200	3053209	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
428	NC_007614	AATTA	2	10	3082546	3082555	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
429	NC_007614	TTACC	2	10	3125158	3125167	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
430	NC_007614	TCGCT	2	10	3127698	3127707	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
431	NC_007614	GAAAC	2	10	3127876	3127885	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
432	NC_007614	CCGTA	2	10	3131013	3131022	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
433	NC_007614	ACCGG	2	10	3132762	3132771	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
434	NC_007614	TTCCC	2	10	3133190	3133199	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
435	NC_007614	TTCCT	2	10	3133475	3133484	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
436	NC_007614	GTTGA	2	10	3157395	3157404	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
437	NC_007614	AATAC	2	10	3178234	3178243	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.