MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Shigella boydii Sb227 chromosome

Total Repeats: 285

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007613	TGCCGC	2	12	7883	7894	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
2	NC_007613	GAAAAT	2	12	11388	11399	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007613	TTCCAT	2	12	71580	71591	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_007613	AAGGGA	2	12	72334	72345	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_007613	TTCCAT	2	12	105313	105324	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_007613	CGCCAT	2	12	136097	136108	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
7	NC_007613	TTCAAT	2	12	140098	140109	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_007613	ATGGAA	2	12	141901	141912	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_007613	TCTCCC	2	12	150763	150774	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
10	NC_007613	TCACCC	2	12	150814	150825	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_007613	GTAGTG	2	12	186397	186408	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_007613	CACCAA	2	12	234378	234389	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
13	NC_007613	CCCTTA	2	12	237611	237622	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_007613	CCGAAC	2	12	242315	242326	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
15	NC_007613	GTTTGT	2	12	242625	242636	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_007613	AAAAAT	2	12	271921	271932	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_007613	AACAAT	2	12	296437	296448	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_007613	TATTGA	2	12	299283	299294	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_007613	GCAATG	2	12	313216	313227	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_007613	TTTTCA	2	12	362769	362780	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_007613	CAGGCG	2	12	384632	384643	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_007613	TGGCAG	2	12	414997	415008	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_007613	TGTTGC	2	12	416311	416322	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_007613	CAGGTG	2	12	416328	416339	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_007613	TTCCAT	2	12	420870	420881	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_007613	ATGGAA	2	12	443816	443827	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_007613	ATGGAA	2	12	447358	447369	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_007613	TGCAAA	2	12	461131	461142	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_007613	ATGGAA	2	12	487258	487269	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_007613	TTCCAT	2	12	539298	539309	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_007613	ATTTTT	2	12	559154	559165	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_007613	CGCTGG	2	12	559245	559256	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_007613	TTCCAT	2	12	585244	585255	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_007613	GAATAA	2	12	586706	586717	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007613	TAAAAA	2	12	586881	586892	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_007613	ATGGAA	2	12	614056	614067	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_007613	TAGCAA	2	12	645510	645521	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_007613	AATATT	2	12	686782	686793	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_007613	TTCCAT	2	12	687198	687209	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_007613	CAGAAA	2	12	699779	699790	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_007613	TTCCAT	2	12	743497	743508	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_007613	AAAGAG	2	12	753333	753344	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_007613	TAACCG	2	12	753371	753382	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_007613	TAACCG	2	12	825689	825700	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_007613	TTTTGT	2	12	893731	893742	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_007613	CCCAGC	2	12	896092	896103	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
47	NC_007613	TATTCG	2	12	904385	904396	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_007613	GTTTAG	2	12	914203	914214	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_007613	TGGGAG	2	12	915468	915479	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_007613	TCCCCC	2	12	923370	923381	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
51	NC_007613	TGGTAT	2	12	940736	940747	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_007613	CGGAAC	2	12	945977	945988	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_007613	GAAAAA	2	12	962528	962539	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_007613	CCTTAC	2	12	971782	971793	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_007613	TTTTTC	2	12	983083	983094	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_007613	CCTGAC	2	12	1006052	1006063	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
57	NC_007613	TGTTGG	2	12	1023590	1023601	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_007613	GAAAAT	2	12	1024732	1024743	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_007613	AACAGG	2	12	1037081	1037092	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_007613	CGTCAG	2	12	1039425	1039436	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_007613	CATCGA	2	12	1069380	1069391	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_007613	ATAAGA	2	12	1095982	1095993	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_007613	TCGAGT	2	12	1104383	1104394	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_007613	TGAATT	2	12	1109799	1109810	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_007613	GTCAGG	2	12	1110739	1110750	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_007613	GGTGAT	2	12	1110800	1110811	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_007613	GGCATT	2	12	1111074	1111085	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_007613	GCATTG	2	12	1114227	1114238	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_007613	TTCCAT	2	12	1116656	1116667	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_007613	GTTCTT	2	12	1118001	1118012	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_007613	CATTAA	2	12	1118941	1118952	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_007613	TGGGGC	2	12	1137507	1137518	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_007613	TATCCA	2	12	1151477	1151488	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_007613	CGAACC	2	12	1152338	1152349	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
75	NC_007613	AAATCA	2	12	1155894	1155905	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_007613	ACTGTC	2	12	1162618	1162629	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_007613	TTCCAT	2	12	1164583	1164594	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_007613	ATGGAA	2	12	1169288	1169299	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_007613	ATCCTC	2	12	1203987	1203998	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_007613	ATGGAA	2	12	1205705	1205716	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_007613	GTACTG	2	12	1213284	1213295	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_007613	ATTTTT	2	12	1215088	1215099	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_007613	TTCCAT	2	12	1229749	1229760	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_007613	ATCGGC	2	12	1231427	1231438	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_007613	AAAGAA	2	12	1271650	1271661	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_007613	TTCCAT	2	12	1282962	1282973	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_007613	GTAATA	2	12	1291361	1291372	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_007613	ATGGAA	2	12	1322770	1322781	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_007613	GCTTGG	2	12	1366918	1366929	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_007613	TCCTTC	2	12	1379857	1379868	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_007613	CGGCCA	2	12	1379987	1379998	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
92	NC_007613	CTTTTT	2	12	1423678	1423689	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_007613	AGTCTT	2	12	1432601	1432612	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_007613	AAAACA	2	12	1432861	1432872	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_007613	TTATTT	2	12	1433493	1433504	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_007613	TAAGTA	2	12	1447846	1447857	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_007613	ATGGTA	2	12	1535492	1535503	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_007613	CATAAC	3	18	1547427	1547444	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_007613	GAACTT	2	12	1548710	1548721	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_007613	TAACGG	2	12	1556264	1556275	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_007613	TATGAA	2	12	1559551	1559562	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_007613	ATTAAT	2	12	1570448	1570459	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_007613	GTTTTT	2	12	1571137	1571148	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_007613	ATGGAA	2	12	1599266	1599277	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_007613	TTAAAT	2	12	1605441	1605452	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_007613	GCTGAT	2	12	1623369	1623380	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_007613	AATCTC	2	12	1649421	1649432	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_007613	CACAAA	2	12	1694534	1694545	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_007613	TTGGGC	2	12	1705494	1705505	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_007613	TTCCAT	2	12	1719950	1719961	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_007613	AGTTAT	2	12	1745045	1745056	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_007613	ACTGAT	2	12	1765832	1765843	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_007613	TGCCTG	2	12	1766561	1766572	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_007613	GATCAG	2	12	1791986	1791997	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_007613	CCCCCG	2	12	1795513	1795524	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
116	NC_007613	CTTTTG	2	12	1803732	1803743	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_007613	CGCAGC	2	12	1823801	1823812	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
118	NC_007613	GGGTAT	2	12	1825467	1825478	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
119	NC_007613	ATGGAA	2	12	1846732	1846743	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_007613	GGCGAC	2	12	1859501	1859512	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_007613	AGCCTG	2	12	1865212	1865223	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_007613	AAGCGT	2	12	1865364	1865375	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_007613	TATGAT	2	12	1876695	1876706	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_007613	GCCTGT	2	12	1881033	1881044	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_007613	TTTTTG	2	12	1975455	1975466	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_007613	AAATAA	2	12	1977544	1977555	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_007613	CCCAGG	2	12	2009202	2009213	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
128	NC_007613	TAGTGG	2	12	2029986	2029997	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
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130	NC_007613	TGTCTC	2	12	2057273	2057284	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_007613	AACTGC	2	12	2058599	2058610	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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248	NC_007613	TTCCAT	2	12	3983783	3983794	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
249	NC_007613	ATGATA	2	12	3984592	3984603	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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252	NC_007613	CTTATC	2	12	4023877	4023888	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
253	NC_007613	TTTTAT	2	12	4036779	4036790	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
254	NC_007613	TTCCAT	2	12	4078692	4078703	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.