MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Shigella boydii Sb227 chromosome

Total Repeats: 3024

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007613	CGCTG	2	10	691	700	0 %	20 %	40 %	40 %	82542619
2	NC_007613	ATTGC	2	10	3394	3403	20 %	40 %	20 %	20 %	82542620
3	NC_007613	GTGAT	2	10	7065	7074	20 %	40 %	40 %	0 %	82542625
4	NC_007613	CGCAG	2	10	9135	9144	20 %	0 %	40 %	40 %	82542626
5	NC_007613	CGTAC	2	10	10563	10572	20 %	20 %	20 %	40 %	82542627
6	NC_007613	CGCGC	2	10	11550	11559	0 %	0 %	40 %	60 %	82542629
7	NC_007613	ATCAC	2	10	12747	12756	40 %	20 %	0 %	40 %	82542630
8	NC_007613	CCGAT	2	10	17630	17639	20 %	20 %	20 %	40 %	82542635
9	NC_007613	AGCGA	2	10	18018	18027	40 %	0 %	40 %	20 %	82542635
10	NC_007613	GTGAT	2	10	20273	20282	20 %	40 %	40 %	0 %	82542638
11	NC_007613	AGCGA	2	10	24883	24892	40 %	0 %	40 %	20 %	82542642
12	NC_007613	CAGTA	2	10	26709	26718	40 %	20 %	20 %	20 %	82542645
13	NC_007613	ATTTA	2	10	29266	29275	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_007613	GCGAA	2	10	32503	32512	40 %	0 %	40 %	20 %	82542649
15	NC_007613	CCGTT	2	10	33397	33406	0 %	40 %	20 %	40 %	82542649
16	NC_007613	CACGG	2	10	33774	33783	20 %	0 %	40 %	40 %	82542649
17	NC_007613	ATCAC	2	10	34585	34594	40 %	20 %	0 %	40 %	82542650
18	NC_007613	TGGCG	2	10	34978	34987	0 %	20 %	60 %	20 %	161984994
19	NC_007613	TGCAC	2	10	36741	36750	20 %	20 %	20 %	40 %	82542652
20	NC_007613	AGGGC	2	10	37826	37835	20 %	0 %	60 %	20 %	82542653
21	NC_007613	GGCGC	2	10	37860	37869	0 %	0 %	60 %	40 %	82542653
22	NC_007613	GAAAC	2	10	38673	38682	60 %	0 %	20 %	20 %	82542653
23	NC_007613	AACGT	2	10	40585	40594	40 %	20 %	20 %	20 %	82542656
24	NC_007613	GCGTC	2	10	43569	43578	0 %	20 %	40 %	40 %	82542659
25	NC_007613	ATGTT	2	10	44383	44392	20 %	60 %	20 %	0 %	82542660
26	NC_007613	CTTCG	2	10	44816	44825	0 %	40 %	20 %	40 %	82542660
27	NC_007613	TGCGT	2	10	45102	45111	0 %	40 %	40 %	20 %	82542660
28	NC_007613	AAAGT	2	10	50836	50845	60 %	20 %	20 %	0 %	82542663
29	NC_007613	GGTGA	2	10	53083	53092	20 %	20 %	60 %	0 %	82542664
30	NC_007613	TCGCG	2	10	55721	55730	0 %	20 %	40 %	40 %	82542666
31	NC_007613	TAGTG	2	10	63198	63207	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_007613	GATGG	2	10	64086	64095	20 %	20 %	60 %	0 %	82542673
33	NC_007613	ATTTT	2	10	64914	64923	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_007613	CTGGA	2	10	65890	65899	20 %	20 %	40 %	20 %	82542674
35	NC_007613	CCTGG	2	10	67464	67473	0 %	20 %	40 %	40 %	82542676
36	NC_007613	CTGGT	2	10	69183	69192	0 %	40 %	40 %	20 %	161984993
37	NC_007613	GACCG	2	10	69731	69740	20 %	0 %	40 %	40 %	82542678
38	NC_007613	GTGAT	2	10	71872	71881	20 %	40 %	40 %	0 %	82542680
39	NC_007613	ATGTT	2	10	72795	72804	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_007613	AAAAC	2	10	73210	73219	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_007613	TGCAT	2	10	73737	73746	20 %	40 %	20 %	20 %	82542681
42	NC_007613	ATTCC	2	10	73907	73916	20 %	40 %	0 %	40 %	82542681
43	NC_007613	AGTTC	2	10	79000	79009	20 %	40 %	20 %	20 %	82542686
44	NC_007613	CGTGG	2	10	80373	80382	0 %	20 %	60 %	20 %	82542688
45	NC_007613	TATCG	2	10	80880	80889	20 %	40 %	20 %	20 %	82542688
46	NC_007613	GCCTG	2	10	85212	85221	0 %	20 %	40 %	40 %	82542692
47	NC_007613	GTTTG	2	10	85656	85665	0 %	60 %	40 %	0 %	82542692
48	NC_007613	ACCGT	2	10	87125	87134	20 %	20 %	20 %	40 %	82542693
49	NC_007613	ATCAG	2	10	88898	88907	40 %	20 %	20 %	20 %	82542695
50	NC_007613	AGCCG	2	10	90666	90675	20 %	0 %	40 %	40 %	82542696
51	NC_007613	GCGCA	2	10	92994	93003	20 %	0 %	40 %	40 %	82542698
52	NC_007613	TGGCG	2	10	93988	93997	0 %	20 %	60 %	20 %	82542700
53	NC_007613	CCGGC	2	10	96958	96967	0 %	0 %	40 %	60 %	82542702
54	NC_007613	CGCGG	2	10	100174	100183	0 %	0 %	60 %	40 %	82542706
55	NC_007613	TCAGA	2	10	101455	101464	40 %	20 %	20 %	20 %	82542708
56	NC_007613	ATCCC	2	10	102418	102427	20 %	20 %	0 %	60 %	82542710
57	NC_007613	CATCG	2	10	102431	102440	20 %	20 %	20 %	40 %	82542710
58	NC_007613	TAACG	2	10	103125	103134	40 %	20 %	20 %	20 %	82542710
59	NC_007613	ATGCC	2	10	103584	103593	20 %	20 %	20 %	40 %	82542710
60	NC_007613	AATGC	2	10	104856	104865	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_007613	GTGAT	2	10	105605	105614	20 %	40 %	40 %	0 %	82542711
62	NC_007613	TCTGT	2	10	106579	106588	0 %	60 %	20 %	20 %	82542712
63	NC_007613	GCATG	2	10	107672	107681	20 %	20 %	40 %	20 %	82542713
64	NC_007613	AGCAG	2	10	109010	109019	40 %	0 %	40 %	20 %	82542715
65	NC_007613	TCAGC	2	10	109878	109887	20 %	20 %	20 %	40 %	82542715
66	NC_007613	CGAAG	2	10	110925	110934	40 %	0 %	40 %	20 %	82542716
67	NC_007613	ACACG	2	10	111058	111067	40 %	0 %	20 %	40 %	82542716
68	NC_007613	TCGCG	2	10	111319	111328	0 %	20 %	40 %	40 %	82542716
69	NC_007613	GCATC	2	10	111409	111418	20 %	20 %	20 %	40 %	82542716
70	NC_007613	GACTG	2	10	112727	112736	20 %	20 %	40 %	20 %	82542717
71	NC_007613	AGAGC	2	10	113137	113146	40 %	0 %	40 %	20 %	82542717
72	NC_007613	AGGCG	2	10	118106	118115	20 %	0 %	60 %	20 %	82542720
73	NC_007613	GGTTG	2	10	118859	118868	0 %	40 %	60 %	0 %	82542720
74	NC_007613	TCTGG	2	10	121504	121513	0 %	40 %	40 %	20 %	82542721
75	NC_007613	GGGCA	2	10	122915	122924	20 %	0 %	60 %	20 %	161984991
76	NC_007613	CAGCG	2	10	123193	123202	20 %	0 %	40 %	40 %	82542723
77	NC_007613	ACGAC	2	10	124473	124482	40 %	0 %	20 %	40 %	82542724
78	NC_007613	GGCTG	2	10	125904	125913	0 %	20 %	60 %	20 %	82542726
79	NC_007613	CCGTC	2	10	130023	130032	0 %	20 %	20 %	60 %	161984990
80	NC_007613	GTGAA	2	10	130033	130042	40 %	20 %	40 %	0 %	161984990
81	NC_007613	GGCAT	2	10	130195	130204	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
82	NC_007613	GTTCA	2	10	130420	130429	20 %	40 %	20 %	20 %	82542729
83	NC_007613	ATCCA	2	10	130746	130755	40 %	20 %	0 %	40 %	82542729
84	NC_007613	GTAAG	2	10	130959	130968	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_007613	CTTTA	2	10	132009	132018	20 %	60 %	0 %	20 %	82542731
86	NC_007613	TGGCG	2	10	132236	132245	0 %	20 %	60 %	20 %	82542731
87	NC_007613	TCCTC	2	10	132679	132688	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
88	NC_007613	TACAA	2	10	133242	133251	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_007613	CGGGC	2	10	133425	133434	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
90	NC_007613	TTTCA	2	10	134551	134560	20 %	60 %	0 %	20 %	82542733
91	NC_007613	GGGAG	2	10	135876	135885	20 %	0 %	80 %	0 %	82542734
92	NC_007613	TGAAG	2	10	137986	137995	40 %	20 %	40 %	0 %	82542736
93	NC_007613	ACCGC	2	10	138091	138100	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
94	NC_007613	GCGGT	2	10	138110	138119	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
95	NC_007613	GCCCA	2	10	138627	138636	20 %	0 %	20 %	60 %	82542737
96	NC_007613	ATCAC	2	10	141611	141620	40 %	20 %	0 %	40 %	82542739
97	NC_007613	TTTGC	2	10	142057	142066	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_007613	AAATT	2	10	142498	142507	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_007613	GTGAT	2	10	142925	142934	20 %	40 %	40 %	0 %	82542741
100	NC_007613	GCGAG	2	10	144642	144651	20 %	0 %	60 %	20 %	82542743
101	NC_007613	GGCGT	2	10	145080	145089	0 %	20 %	60 %	20 %	82542743
102	NC_007613	ATCAG	2	10	145718	145727	40 %	20 %	20 %	20 %	161984989
103	NC_007613	ACCAC	2	10	147983	147992	40 %	0 %	0 %	60 %	82542747
104	NC_007613	GGCGT	2	10	149686	149695	0 %	20 %	60 %	20 %	82542748
105	NC_007613	CGACG	2	10	150725	150734	20 %	0 %	40 %	40 %	82542748
106	NC_007613	CTGGT	2	10	152584	152593	0 %	40 %	40 %	20 %	82542749
107	NC_007613	TTATC	2	10	153625	153634	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_007613	TGAAA	2	10	154698	154707	60 %	20 %	20 %	0 %	82542750
109	NC_007613	GGAAT	2	10	155034	155043	40 %	20 %	40 %	0 %	82542750
110	NC_007613	AACCT	2	10	156984	156993	40 %	20 %	0 %	40 %	82542752
111	NC_007613	TGGTC	2	10	157026	157035	0 %	40 %	40 %	20 %	82542752
112	NC_007613	TGGCG	2	10	158271	158280	0 %	20 %	60 %	20 %	82542753
113	NC_007613	TTCCA	2	10	159512	159521	20 %	40 %	0 %	40 %	82542753
114	NC_007613	GGTCC	2	10	163834	163843	0 %	20 %	40 %	40 %	82542758
115	NC_007613	ACGGG	2	10	165751	165760	20 %	0 %	60 %	20 %	82542760
116	NC_007613	GTGAT	2	10	167910	167919	20 %	40 %	40 %	0 %	82542761
117	NC_007613	GTGAT	2	10	168201	168210	20 %	40 %	40 %	0 %	82542761
118	NC_007613	TACGT	2	10	168446	168455	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_007613	CCACG	2	10	170336	170345	20 %	0 %	20 %	60 %	161984987
120	NC_007613	GCCAG	2	10	172622	172631	20 %	0 %	40 %	40 %	82542766
121	NC_007613	GTTCT	2	10	174063	174072	0 %	60 %	20 %	20 %	82542766
122	NC_007613	CTGAA	2	10	176055	176064	40 %	20 %	20 %	20 %	82542768
123	NC_007613	AAGCG	2	10	176119	176128	40 %	0 %	40 %	20 %	82542768
124	NC_007613	TGGTG	2	10	178025	178034	0 %	40 %	60 %	0 %	82542770
125	NC_007613	TGCAC	2	10	178151	178160	20 %	20 %	20 %	40 %	82542770
126	NC_007613	TGCGC	2	10	178544	178553	0 %	20 %	40 %	40 %	82542770
127	NC_007613	AAATA	2	10	178766	178775	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_007613	GTCTG	2	10	178851	178860	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
129	NC_007613	CATGG	2	10	180387	180396	20 %	20 %	40 %	20 %	82542772
130	NC_007613	CAGAT	2	10	181425	181434	40 %	20 %	20 %	20 %	82542773
131	NC_007613	ACTTT	2	10	181558	181567	20 %	60 %	0 %	20 %	82542773
132	NC_007613	GACGT	2	10	185478	185487	20 %	20 %	40 %	20 %	82542776
133	NC_007613	CGACG	2	10	187305	187314	20 %	0 %	40 %	40 %	82542778
134	NC_007613	ATGCC	2	10	189873	189882	20 %	20 %	20 %	40 %	82542781
135	NC_007613	GGATG	2	10	190135	190144	20 %	20 %	60 %	0 %	82542781
136	NC_007613	TGGCC	2	10	191199	191208	0 %	20 %	40 %	40 %	82542783
137	NC_007613	GTAAC	2	10	191942	191951	40 %	20 %	20 %	20 %	82542783
138	NC_007613	AGCCG	2	10	192570	192579	20 %	0 %	40 %	40 %	82542783
139	NC_007613	GGTGG	2	10	192679	192688	0 %	20 %	80 %	0 %	82542783
140	NC_007613	TTAAC	2	10	200789	200798	40 %	40 %	0 %	20 %	82542789
141	NC_007613	ACGGT	2	10	203697	203706	20 %	20 %	40 %	20 %	82542793
142	NC_007613	TGATT	2	10	206538	206547	20 %	60 %	20 %	0 %	82542796
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145	NC_007613	ACTGG	2	10	221247	221256	20 %	20 %	40 %	20 %	82542806
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151	NC_007613	ATCAC	2	10	231745	231754	40 %	20 %	0 %	40 %	82542818
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154	NC_007613	TAACA	2	10	236539	236548	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
155	NC_007613	CTGCG	2	10	240602	240611	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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160	NC_007613	CTGGA	2	10	248178	248187	20 %	20 %	40 %	20 %	82542830
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169	NC_007613	AGCGA	2	10	265142	265151	40 %	0 %	40 %	20 %	82542846
170	NC_007613	TCGCT	2	10	265353	265362	0 %	40 %	20 %	40 %	82542846
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173	NC_007613	CCCTG	2	10	271124	271133	0 %	20 %	20 %	60 %	82542851
174	NC_007613	GTAGC	2	10	271676	271685	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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176	NC_007613	GTGAT	2	10	273025	273034	20 %	40 %	40 %	0 %	82542854
177	NC_007613	GACCG	2	10	274369	274378	20 %	0 %	40 %	40 %	161984983
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197	NC_007613	TCGCT	2	10	311130	311139	0 %	40 %	20 %	40 %	82542891
198	NC_007613	CAAAG	2	10	311626	311635	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
199	NC_007613	TGGCT	2	10	312362	312371	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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222	NC_007613	TCGAT	2	10	346120	346129	20 %	40 %	20 %	20 %	82542925
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230	NC_007613	CAACA	2	10	365785	365794	60 %	0 %	0 %	40 %	82542942
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236	NC_007613	CAGTG	2	10	370068	370077	20 %	20 %	40 %	20 %	161984976
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244	NC_007613	CCAGC	2	10	396049	396058	20 %	0 %	20 %	60 %	82542971
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246	NC_007613	TCAGG	2	10	398818	398827	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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253	NC_007613	CAGCG	2	10	411307	411316	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
254	NC_007613	CAGGC	2	10	413436	413445	20 %	0 %	40 %	40 %	82542988
255	NC_007613	GCTGG	2	10	415496	415505	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
256	NC_007613	TTGCG	2	10	415653	415662	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
257	NC_007613	TATTT	2	10	416091	416100	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
258	NC_007613	ATTTT	2	10	417019	417028	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
259	NC_007613	TGGCG	2	10	417172	417181	0 %	20 %	60 %	20 %	82542989
260	NC_007613	GCAGC	2	10	417516	417525	20 %	0 %	40 %	40 %	82542990
261	NC_007613	TGACC	2	10	419027	419036	20 %	20 %	20 %	40 %	82542991
262	NC_007613	GGTGT	2	10	420273	420282	0 %	40 %	60 %	0 %	82542991
263	NC_007613	GTGAT	2	10	421162	421171	20 %	40 %	40 %	0 %	82542992
264	NC_007613	TAAAT	2	10	421674	421683	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
265	NC_007613	GTGAT	2	10	425083	425092	20 %	40 %	40 %	0 %	82542997
266	NC_007613	ATTCC	2	10	428259	428268	20 %	40 %	0 %	40 %	82543000
267	NC_007613	GTGAT	2	10	430233	430242	20 %	40 %	40 %	0 %	82543002
268	NC_007613	GAAAC	2	10	430687	430696	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
269	NC_007613	GGGTT	2	10	432008	432017	0 %	40 %	60 %	0 %	82543005
270	NC_007613	GGGCT	2	10	432207	432216	0 %	20 %	60 %	20 %	82543005
271	NC_007613	CGCAG	2	10	432933	432942	20 %	0 %	40 %	40 %	82543006
272	NC_007613	GCGCA	2	10	435628	435637	20 %	0 %	40 %	40 %	82543009
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275	NC_007613	CAGTG	2	10	441426	441435	20 %	20 %	40 %	20 %	161984974
276	NC_007613	GGCGT	2	10	442929	442938	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
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285	NC_007613	GGGAT	2	10	461673	461682	20 %	20 %	60 %	0 %	82543030
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324	NC_007613	ATTTG	2	10	508362	508371	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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385	NC_007613	AGGCG	2	10	596022	596031	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
386	NC_007613	ATCAC	2	10	596512	596521	40 %	20 %	0 %	40 %	82543145
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388	NC_007613	TGAAG	2	10	598136	598145	40 %	20 %	40 %	0 %	82543147
389	NC_007613	TGTGG	2	10	599703	599712	0 %	40 %	60 %	0 %	82543149
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391	NC_007613	AGCGC	2	10	602324	602333	20 %	0 %	40 %	40 %	82543152
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393	NC_007613	GTACT	2	10	603737	603746	20 %	40 %	20 %	20 %	82543153
394	NC_007613	GAACT	2	10	607573	607582	40 %	20 %	20 %	20 %	82543155
395	NC_007613	ATACA	2	10	609757	609766	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
396	NC_007613	TGCGT	2	10	609888	609897	0 %	40 %	40 %	20 %	82543158
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399	NC_007613	ATCAC	2	10	613766	613775	40 %	20 %	0 %	40 %	82543159
400	NC_007613	GAAGA	2	10	614649	614658	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
401	NC_007613	TATAA	2	10	615446	615455	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
402	NC_007613	TCTGG	2	10	619912	619921	0 %	40 %	40 %	20 %	82543164
403	NC_007613	GGTCA	2	10	622612	622621	20 %	20 %	40 %	20 %	82543167
404	NC_007613	GTACT	2	10	622685	622694	20 %	40 %	20 %	20 %	82543167
405	NC_007613	ACCGA	2	10	623179	623188	40 %	0 %	20 %	40 %	82543167
406	NC_007613	GGGAT	2	10	623494	623503	20 %	20 %	60 %	0 %	82543167
407	NC_007613	GTCGT	2	10	624994	625003	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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443	NC_007613	CACAT	2	10	690868	690877	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
444	NC_007613	CCGGC	2	10	691750	691759	0 %	0 %	40 %	60 %	82543236
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