MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Shigella boydii Sb227 plasmid pSB4_227

Total Repeats: 100

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007608	CCACT	2	10	1125	1134	20 %	20 %	0 %	60 %	161984778
2	NC_007608	CAGTG	2	10	1231	1240	20 %	20 %	40 %	20 %	161984778
3	NC_007608	CATTG	2	10	4876	4885	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_007608	ATCAC	2	10	5377	5386	40 %	20 %	0 %	40 %	82524672
5	NC_007608	CCACT	2	10	6455	6464	20 %	20 %	0 %	60 %	161984779
6	NC_007608	CAGTG	2	10	6561	6570	20 %	20 %	40 %	20 %	161984779
7	NC_007608	CAGAG	2	10	7767	7776	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
8	NC_007608	ACATC	2	10	8084	8093	40 %	20 %	0 %	40 %	82524675
9	NC_007608	CTGGT	2	10	9177	9186	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_007608	TGCAA	2	10	10312	10321	40 %	20 %	20 %	20 %	82524679
11	NC_007608	CTGAT	2	10	12164	12173	20 %	40 %	20 %	20 %	82524680
12	NC_007608	ATGTA	2	10	12722	12731	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_007608	CCATT	2	10	14522	14531	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
14	NC_007608	GTCTG	2	10	15869	15878	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_007608	GGCAA	2	10	17446	17455	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_007608	CTGTG	2	10	17910	17919	0 %	40 %	40 %	20 %	82524687
17	NC_007608	GGCCT	2	10	18089	18098	0 %	20 %	40 %	40 %	82524688
18	NC_007608	GAACG	2	10	18336	18345	40 %	0 %	40 %	20 %	82524688
19	NC_007608	GATGT	2	10	18808	18817	20 %	40 %	40 %	0 %	82524691
20	NC_007608	ACCGG	2	10	19283	19292	20 %	0 %	40 %	40 %	82524692
21	NC_007608	TGGTG	2	10	19657	19666	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
22	NC_007608	ATGAA	2	10	19880	19889	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_007608	ATTAC	2	10	21125	21134	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_007608	TAACG	2	10	23810	23819	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_007608	CGAGT	2	10	23912	23921	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
26	NC_007608	ATCAC	2	10	25254	25263	40 %	20 %	0 %	40 %	82524698
27	NC_007608	GTTCG	2	10	26512	26521	0 %	40 %	40 %	20 %	82524699
28	NC_007608	AAGGT	2	10	26861	26870	40 %	20 %	40 %	0 %	82524699
29	NC_007608	AGCGC	2	10	28397	28406	20 %	0 %	40 %	40 %	82524703
30	NC_007608	TCAAA	2	10	29035	29044	60 %	20 %	0 %	20 %	82524703
31	NC_007608	ACCGC	2	10	30353	30362	20 %	0 %	20 %	60 %	82524706
32	NC_007608	TTATG	2	10	30436	30445	20 %	60 %	20 %	0 %	82524706
33	NC_007608	ACAAA	2	10	30514	30523	80 %	0 %	0 %	20 %	82524706
34	NC_007608	TTCCA	2	10	30677	30686	20 %	40 %	0 %	40 %	82524706
35	NC_007608	CGAGT	2	10	32962	32971	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_007608	CAAAT	2	10	33645	33654	60 %	20 %	0 %	20 %	82524709
37	NC_007608	GCTTA	2	10	34865	34874	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_007608	TGGGC	2	10	36440	36449	0 %	20 %	60 %	20 %	82524713
39	NC_007608	CGGGG	2	10	37092	37101	0 %	0 %	80 %	20 %	82524714
40	NC_007608	GCGCT	2	10	39631	39640	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
41	NC_007608	AAGTG	2	10	41420	41429	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_007608	TGGGC	2	10	42248	42257	0 %	20 %	60 %	20 %	82524720
43	NC_007608	ATCAC	2	10	46506	46515	40 %	20 %	0 %	40 %	82524724
44	NC_007608	GGCAA	2	10	57822	57831	40 %	0 %	40 %	20 %	82524737
45	NC_007608	CAGAC	2	10	59540	59549	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
46	NC_007608	AAGTT	2	10	59942	59951	40 %	40 %	20 %	0 %	82524739
47	NC_007608	TCATT	2	10	60906	60915	20 %	60 %	0 %	20 %	82524739
48	NC_007608	CGTTC	2	10	63833	63842	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
49	NC_007608	ACAAG	2	10	64002	64011	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_007608	CTGAA	2	10	66872	66881	40 %	20 %	20 %	20 %	82524745
51	NC_007608	CGTTA	2	10	67319	67328	20 %	40 %	20 %	20 %	82524745
52	NC_007608	GTCTG	2	10	67451	67460	0 %	40 %	40 %	20 %	82524745
53	NC_007608	AAATT	2	10	68376	68385	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_007608	TTGCC	2	10	70757	70766	0 %	40 %	20 %	40 %	82524749
55	NC_007608	ACGCC	2	10	71005	71014	20 %	0 %	20 %	60 %	82524749
56	NC_007608	CGCCC	2	10	73433	73442	0 %	0 %	20 %	80 %	82524751
57	NC_007608	GGAAT	2	10	74101	74110	40 %	20 %	40 %	0 %	82524753
58	NC_007608	AGGTC	2	10	76137	76146	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_007608	TCGCT	2	10	76821	76830	0 %	40 %	20 %	40 %	82524756
60	NC_007608	GTGAT	2	10	77961	77970	20 %	40 %	40 %	0 %	82524757
61	NC_007608	TGACA	2	10	79351	79360	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_007608	CGGGG	2	10	79927	79936	0 %	0 %	80 %	20 %	82524759
63	NC_007608	CCACT	2	10	81857	81866	20 %	20 %	0 %	60 %	161984780
64	NC_007608	CAGTG	2	10	81963	81972	20 %	20 %	40 %	20 %	161984780
65	NC_007608	GGCTG	2	10	82986	82995	0 %	20 %	60 %	20 %	82524763
66	NC_007608	AATTT	2	10	86824	86833	40 %	60 %	0 %	0 %	82524767
67	NC_007608	CAATG	2	10	87020	87029	40 %	20 %	20 %	20 %	82524767
68	NC_007608	GTCTG	2	10	88355	88364	0 %	40 %	40 %	20 %	82524769
69	NC_007608	TGGGC	2	10	90498	90507	0 %	20 %	60 %	20 %	82524772
70	NC_007608	GCCAG	2	10	91141	91150	20 %	0 %	40 %	40 %	82524773
71	NC_007608	GCCCG	2	10	91340	91349	0 %	0 %	40 %	60 %	82524773
72	NC_007608	TTCAT	2	10	92428	92437	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_007608	GCTCT	2	10	93617	93626	0 %	40 %	20 %	40 %	82524776
74	NC_007608	CAGGA	2	10	94660	94669	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
75	NC_007608	GGCAG	2	10	94754	94763	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
76	NC_007608	ATCAC	2	10	95254	95263	40 %	20 %	0 %	40 %	82524778
77	NC_007608	GGTGG	2	10	95836	95845	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
78	NC_007608	AAATG	2	10	96362	96371	60 %	20 %	20 %	0 %	82524779
79	NC_007608	TCTGG	2	10	96688	96697	0 %	40 %	40 %	20 %	82524779
80	NC_007608	AGTTC	2	10	96743	96752	20 %	40 %	20 %	20 %	82524779
81	NC_007608	TGGTA	2	10	97913	97922	20 %	40 %	40 %	0 %	82524780
82	NC_007608	ATTTA	2	10	100262	100271	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_007608	ATCAC	2	10	101376	101385	40 %	20 %	0 %	40 %	82524784
84	NC_007608	GACCT	2	10	103167	103176	20 %	20 %	20 %	40 %	82524788
85	NC_007608	ACCGG	2	10	107352	107361	20 %	0 %	40 %	40 %	82524789
86	NC_007608	GCCGT	2	10	107423	107432	0 %	20 %	40 %	40 %	82524789
87	NC_007608	ACCTG	2	10	107961	107970	20 %	20 %	20 %	40 %	82524789
88	NC_007608	TCTGG	2	10	108298	108307	0 %	40 %	40 %	20 %	82524790
89	NC_007608	CCGGG	2	10	110489	110498	0 %	0 %	60 %	40 %	82524793
90	NC_007608	AAAAC	2	10	110685	110694	80 %	0 %	0 %	20 %	82524794
91	NC_007608	TAAAG	2	10	112010	112019	60 %	20 %	20 %	0 %	82524796
92	NC_007608	ACTTT	2	10	112020	112029	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_007608	CCTGT	2	10	113506	113515	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
94	NC_007608	GCCCC	2	10	113662	113671	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
95	NC_007608	AATTT	2	10	117978	117987	40 %	60 %	0 %	0 %	82524801
96	NC_007608	CAATG	2	10	118174	118183	40 %	20 %	20 %	20 %	82524801
97	NC_007608	TGGGC	2	10	122704	122713	0 %	20 %	60 %	20 %	82524809
98	NC_007608	ATGAA	2	10	124216	124225	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_007608	CAAAA	2	10	125507	125516	80 %	0 %	0 %	20 %	82524812
100	NC_007608	ACTGG	2	10	125561	125570	20 %	20 %	40 %	20 %	82524812

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.