MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Shigella boydii Sb227 plasmid pSB4_227

Total Repeats: 69

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007608	CCACT	2	10	1125	1134	20 %	20 %	0 %	60 %	161984778
2	NC_007608	CAGTG	2	10	1231	1240	20 %	20 %	40 %	20 %	161984778
3	NC_007608	ATCAC	2	10	5377	5386	40 %	20 %	0 %	40 %	82524672
4	NC_007608	CCACT	2	10	6455	6464	20 %	20 %	0 %	60 %	161984779
5	NC_007608	CAGTG	2	10	6561	6570	20 %	20 %	40 %	20 %	161984779
6	NC_007608	ACATC	2	10	8084	8093	40 %	20 %	0 %	40 %	82524675
7	NC_007608	TGCAA	2	10	10312	10321	40 %	20 %	20 %	20 %	82524679
8	NC_007608	CTGAT	2	10	12164	12173	20 %	40 %	20 %	20 %	82524680
9	NC_007608	CTGTG	2	10	17910	17919	0 %	40 %	40 %	20 %	82524687
10	NC_007608	GGCCT	2	10	18089	18098	0 %	20 %	40 %	40 %	82524688
11	NC_007608	GAACG	2	10	18336	18345	40 %	0 %	40 %	20 %	82524688
12	NC_007608	GATGT	2	10	18808	18817	20 %	40 %	40 %	0 %	82524691
13	NC_007608	ACCGG	2	10	19283	19292	20 %	0 %	40 %	40 %	82524692
14	NC_007608	ATCAC	2	10	25254	25263	40 %	20 %	0 %	40 %	82524698
15	NC_007608	GTTCG	2	10	26512	26521	0 %	40 %	40 %	20 %	82524699
16	NC_007608	AAGGT	2	10	26861	26870	40 %	20 %	40 %	0 %	82524699
17	NC_007608	AGCGC	2	10	28397	28406	20 %	0 %	40 %	40 %	82524703
18	NC_007608	TCAAA	2	10	29035	29044	60 %	20 %	0 %	20 %	82524703
19	NC_007608	ACCGC	2	10	30353	30362	20 %	0 %	20 %	60 %	82524706
20	NC_007608	TTATG	2	10	30436	30445	20 %	60 %	20 %	0 %	82524706
21	NC_007608	ACAAA	2	10	30514	30523	80 %	0 %	0 %	20 %	82524706
22	NC_007608	TTCCA	2	10	30677	30686	20 %	40 %	0 %	40 %	82524706
23	NC_007608	CAAAT	2	10	33645	33654	60 %	20 %	0 %	20 %	82524709
24	NC_007608	TGGGC	2	10	36440	36449	0 %	20 %	60 %	20 %	82524713
25	NC_007608	CGGGG	2	10	37092	37101	0 %	0 %	80 %	20 %	82524714
26	NC_007608	TGGGC	2	10	42248	42257	0 %	20 %	60 %	20 %	82524720
27	NC_007608	ATCAC	2	10	46506	46515	40 %	20 %	0 %	40 %	82524724
28	NC_007608	GGCAA	2	10	57822	57831	40 %	0 %	40 %	20 %	82524737
29	NC_007608	AAGTT	2	10	59942	59951	40 %	40 %	20 %	0 %	82524739
30	NC_007608	TCATT	2	10	60906	60915	20 %	60 %	0 %	20 %	82524739
31	NC_007608	CTGAA	2	10	66872	66881	40 %	20 %	20 %	20 %	82524745
32	NC_007608	CGTTA	2	10	67319	67328	20 %	40 %	20 %	20 %	82524745
33	NC_007608	GTCTG	2	10	67451	67460	0 %	40 %	40 %	20 %	82524745
34	NC_007608	TTGCC	2	10	70757	70766	0 %	40 %	20 %	40 %	82524749
35	NC_007608	ACGCC	2	10	71005	71014	20 %	0 %	20 %	60 %	82524749
36	NC_007608	CGCCC	2	10	73433	73442	0 %	0 %	20 %	80 %	82524751
37	NC_007608	GGAAT	2	10	74101	74110	40 %	20 %	40 %	0 %	82524753
38	NC_007608	TCGCT	2	10	76821	76830	0 %	40 %	20 %	40 %	82524756
39	NC_007608	GTGAT	2	10	77961	77970	20 %	40 %	40 %	0 %	82524757
40	NC_007608	CGGGG	2	10	79927	79936	0 %	0 %	80 %	20 %	82524759
41	NC_007608	CCACT	2	10	81857	81866	20 %	20 %	0 %	60 %	161984780
42	NC_007608	CAGTG	2	10	81963	81972	20 %	20 %	40 %	20 %	161984780
43	NC_007608	GGCTG	2	10	82986	82995	0 %	20 %	60 %	20 %	82524763
44	NC_007608	AATTT	2	10	86824	86833	40 %	60 %	0 %	0 %	82524767
45	NC_007608	CAATG	2	10	87020	87029	40 %	20 %	20 %	20 %	82524767
46	NC_007608	GTCTG	2	10	88355	88364	0 %	40 %	40 %	20 %	82524769
47	NC_007608	TGGGC	2	10	90498	90507	0 %	20 %	60 %	20 %	82524772
48	NC_007608	GCCAG	2	10	91141	91150	20 %	0 %	40 %	40 %	82524773
49	NC_007608	GCCCG	2	10	91340	91349	0 %	0 %	40 %	60 %	82524773
50	NC_007608	GCTCT	2	10	93617	93626	0 %	40 %	20 %	40 %	82524776
51	NC_007608	ATCAC	2	10	95254	95263	40 %	20 %	0 %	40 %	82524778
52	NC_007608	AAATG	2	10	96362	96371	60 %	20 %	20 %	0 %	82524779
53	NC_007608	TCTGG	2	10	96688	96697	0 %	40 %	40 %	20 %	82524779
54	NC_007608	AGTTC	2	10	96743	96752	20 %	40 %	20 %	20 %	82524779
55	NC_007608	TGGTA	2	10	97913	97922	20 %	40 %	40 %	0 %	82524780
56	NC_007608	ATCAC	2	10	101376	101385	40 %	20 %	0 %	40 %	82524784
57	NC_007608	GACCT	2	10	103167	103176	20 %	20 %	20 %	40 %	82524788
58	NC_007608	ACCGG	2	10	107352	107361	20 %	0 %	40 %	40 %	82524789
59	NC_007608	GCCGT	2	10	107423	107432	0 %	20 %	40 %	40 %	82524789
60	NC_007608	ACCTG	2	10	107961	107970	20 %	20 %	20 %	40 %	82524789
61	NC_007608	TCTGG	2	10	108298	108307	0 %	40 %	40 %	20 %	82524790
62	NC_007608	CCGGG	2	10	110489	110498	0 %	0 %	60 %	40 %	82524793
63	NC_007608	AAAAC	2	10	110685	110694	80 %	0 %	0 %	20 %	82524794
64	NC_007608	TAAAG	2	10	112010	112019	60 %	20 %	20 %	0 %	82524796
65	NC_007608	AATTT	2	10	117978	117987	40 %	60 %	0 %	0 %	82524801
66	NC_007608	CAATG	2	10	118174	118183	40 %	20 %	20 %	20 %	82524801
67	NC_007608	TGGGC	2	10	122704	122713	0 %	20 %	60 %	20 %	82524809
68	NC_007608	CAAAA	2	10	125507	125516	80 %	0 %	0 %	20 %	82524812
69	NC_007608	ACTGG	2	10	125561	125570	20 %	20 %	40 %	20 %	82524812

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.