MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Shigella boydii Sb227 plasmid pSB4_227

Total Repeats: 87

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007608	CAGC	2	8	26	33	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
2	NC_007608	ATCT	2	8	122	129	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_007608	TCGT	2	8	169	176	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
4	NC_007608	GTAG	2	8	2303	2310	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_007608	AATT	2	8	3681	3688	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_007608	AAAT	2	8	3698	3705	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_007608	AGGA	2	8	5653	5660	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_007608	AAGT	2	8	5782	5789	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_007608	GATA	2	8	7748	7755	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_007608	AGGA	2	8	9127	9134	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_007608	ATTG	2	8	12684	12691	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_007608	CATT	2	8	14409	14416	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
13	NC_007608	TTTG	2	8	14874	14881	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_007608	ATTG	2	8	15030	15037	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_007608	TTGA	2	8	19852	19859	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_007608	CAAC	2	8	20030	20037	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_007608	ACTA	2	8	20150	20157	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_007608	ATGA	2	8	20290	20297	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_007608	TCAG	2	8	20372	20379	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
20	NC_007608	GCAG	2	8	20847	20854	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
21	NC_007608	AAAC	2	8	21933	21940	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
22	NC_007608	ACGA	2	8	21987	21994	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_007608	ATGA	2	8	22748	22755	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_007608	AAGT	2	8	23608	23615	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_007608	GCCT	2	8	24074	24081	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
26	NC_007608	AGGA	2	8	25530	25537	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_007608	ATTC	2	8	29701	29708	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_007608	TGCA	2	8	29768	29775	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
29	NC_007608	AGCG	2	8	34781	34788	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
30	NC_007608	GTGC	2	8	34801	34808	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
31	NC_007608	TAAA	2	8	38404	38411	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_007608	ATCT	2	8	38436	38443	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_007608	TGAG	2	8	39418	39425	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_007608	TTCG	2	8	45260	45267	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
35	NC_007608	CATC	2	8	45325	45332	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_007608	AGGA	2	8	46782	46789	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_007608	TCCT	2	8	47009	47016	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
38	NC_007608	TCTT	2	8	48339	48346	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_007608	TGGT	2	8	50876	50883	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
40	NC_007608	AATA	2	8	52752	52759	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_007608	AGTT	2	8	52841	52848	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_007608	ATTT	2	8	52852	52859	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_007608	AGTA	2	8	52954	52961	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_007608	GAGG	2	8	53057	53064	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
45	NC_007608	TAAT	2	8	63067	63074	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_007608	CCAG	2	8	64066	64073	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
47	NC_007608	AGAA	2	8	64445	64452	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_007608	ATTA	2	8	68301	68308	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_007608	ATTA	2	8	70125	70132	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_007608	GCTT	2	8	70289	70296	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_007608	CTGG	2	8	73498	73505	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
52	NC_007608	AATC	2	8	74703	74710	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
53	NC_007608	AGCC	2	8	76042	76049	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
54	NC_007608	TCCT	2	8	77687	77694	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_007608	GTAT	2	8	78441	78448	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_007608	ATTT	2	8	78877	78884	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_007608	AATG	2	8	81231	81238	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_007608	GGAA	2	8	81240	81247	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_007608	CTTC	2	8	82949	82956	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_007608	ATAC	2	8	85573	85580	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_007608	TCCT	2	8	87404	87411	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_007608	CAGA	2	8	87841	87848	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_007608	TTAC	2	8	91428	91435	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_007608	TAAC	2	8	92309	92316	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_007608	CAGC	2	8	94741	94748	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
66	NC_007608	GGAA	2	8	94790	94797	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_007608	AGGA	2	8	95530	95537	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_007608	TAAA	2	8	95947	95954	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_007608	AGGA	2	8	101652	101659	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_007608	TCAT	2	8	110650	110657	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_007608	TGGC	2	8	112072	112079	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
72	NC_007608	GCTC	2	8	112272	112279	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
73	NC_007608	TACA	2	8	113247	113254	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_007608	CATT	2	8	113476	113483	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_007608	GACA	2	8	113517	113524	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_007608	CCGA	2	8	113556	113563	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
77	NC_007608	CCCT	2	8	113639	113646	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
78	NC_007608	CTGG	2	8	113744	113751	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
79	NC_007608	TATC	2	8	116562	116569	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_007608	ATAC	2	8	116724	116731	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_007608	TCCT	2	8	120935	120942	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_007608	TTGA	2	8	124188	124195	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_007608	CAAC	2	8	124366	124373	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_007608	TGAT	2	8	125082	125089	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_007608	AGGT	2	8	125171	125178	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
86	NC_007608	AATA	2	8	125246	125253	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_007608	TTAA	2	8	125294	125301	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.