MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Shigella boydii Sb227 plasmid pSB4_227

Total Repeats: 286

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007608	GCGA	2	8	244	251	25 %	0 %	50 %	25 %	82524666
2	NC_007608	GTCA	2	8	499	506	25 %	25 %	25 %	25 %	82524665
3	NC_007608	GCGA	2	8	869	876	25 %	0 %	50 %	25 %	161984778
4	NC_007608	CTTT	2	8	1336	1343	0 %	75 %	0 %	25 %	161984778
5	NC_007608	CCAT	2	8	1588	1595	25 %	25 %	0 %	50 %	161984778
6	NC_007608	CTTC	2	8	1863	1870	0 %	50 %	0 %	50 %	82524668
7	NC_007608	CTGG	2	8	1898	1905	0 %	25 %	50 %	25 %	82524668
8	NC_007608	ATCA	2	8	2024	2031	50 %	25 %	0 %	25 %	82524668
9	NC_007608	TCTA	2	8	2684	2691	25 %	50 %	0 %	25 %	82524669
10	NC_007608	ACAA	2	8	2993	3000	75 %	0 %	0 %	25 %	82524669
11	NC_007608	TCTT	2	8	3116	3123	0 %	75 %	0 %	25 %	82524669
12	NC_007608	CGCT	2	8	3896	3903	0 %	25 %	25 %	50 %	82524670
13	NC_007608	TTAT	2	8	4107	4114	25 %	75 %	0 %	0 %	82524670
14	NC_007608	TTGG	2	8	4191	4198	0 %	50 %	50 %	0 %	82524670
15	NC_007608	GCCA	2	8	5180	5187	25 %	0 %	25 %	50 %	82524672
16	NC_007608	CAGC	2	8	5313	5320	25 %	0 %	25 %	50 %	82524672
17	NC_007608	GCGA	2	8	6199	6206	25 %	0 %	50 %	25 %	161984779
18	NC_007608	CTTT	2	8	6666	6673	0 %	75 %	0 %	25 %	161984779
19	NC_007608	CCAT	2	8	6918	6925	25 %	25 %	0 %	50 %	161984779
20	NC_007608	CTTC	2	8	7193	7200	0 %	50 %	0 %	50 %	82524674
21	NC_007608	CTGG	2	8	7228	7235	0 %	25 %	50 %	25 %	82524674
22	NC_007608	ATCA	2	8	7354	7361	50 %	25 %	0 %	25 %	82524674
23	NC_007608	CCGG	2	8	8139	8146	0 %	0 %	50 %	50 %	82524675
24	NC_007608	CGAC	2	8	8571	8578	25 %	0 %	25 %	50 %	82524676
25	NC_007608	TCTG	2	8	8690	8697	0 %	50 %	25 %	25 %	82524676
26	NC_007608	TATT	2	8	9806	9813	25 %	75 %	0 %	0 %	82524679
27	NC_007608	TGTT	2	8	10766	10773	0 %	75 %	25 %	0 %	82524679
28	NC_007608	AAAT	2	8	11110	11117	75 %	25 %	0 %	0 %	82524679
29	NC_007608	ACAT	2	8	11157	11164	50 %	25 %	0 %	25 %	82524679
30	NC_007608	TTTA	2	8	11481	11488	25 %	75 %	0 %	0 %	82524679
31	NC_007608	CATG	2	8	12384	12391	25 %	25 %	25 %	25 %	82524680
32	NC_007608	CCTG	2	8	13130	13137	0 %	25 %	25 %	50 %	82524681
33	NC_007608	TCAT	2	8	13740	13747	25 %	50 %	0 %	25 %	82524682
34	NC_007608	TCTT	2	8	14079	14086	0 %	75 %	0 %	25 %	82524682
35	NC_007608	CCAG	2	8	15528	15535	25 %	0 %	25 %	50 %	82524683
36	NC_007608	CTGT	2	8	16033	16040	0 %	50 %	25 %	25 %	82524685
37	NC_007608	TACT	2	8	16153	16160	25 %	50 %	0 %	25 %	82524685
38	NC_007608	CAGT	2	8	16221	16228	25 %	25 %	25 %	25 %	82524686
39	NC_007608	ACTG	2	8	16235	16242	25 %	25 %	25 %	25 %	82524686
40	NC_007608	CGTC	2	8	16674	16681	0 %	25 %	25 %	50 %	82524686
41	NC_007608	GCCG	2	8	17930	17937	0 %	0 %	50 %	50 %	82524687
42	NC_007608	CTGG	2	8	18046	18053	0 %	25 %	50 %	25 %	82524688
43	NC_007608	TCCG	2	8	18754	18761	0 %	25 %	25 %	50 %	82524691
44	NC_007608	ATCC	2	8	19299	19306	25 %	25 %	0 %	50 %	82524692
45	NC_007608	ATTC	2	8	19539	19546	25 %	50 %	0 %	25 %	82524692
46	NC_007608	AATA	2	8	21182	21189	75 %	25 %	0 %	0 %	82524694
47	NC_007608	TTTC	2	8	21352	21359	0 %	75 %	0 %	25 %	82524694
48	NC_007608	CAGA	2	8	21784	21791	50 %	0 %	25 %	25 %	82524694
49	NC_007608	AAAT	2	8	23086	23093	75 %	25 %	0 %	0 %	82524696
50	NC_007608	GGCT	2	8	24172	24179	0 %	25 %	50 %	25 %	82524697
51	NC_007608	GCCA	2	8	25057	25064	25 %	0 %	25 %	50 %	82524698
52	NC_007608	CAGC	2	8	25190	25197	25 %	0 %	25 %	50 %	82524698
53	NC_007608	TCGC	2	8	26414	26421	0 %	25 %	25 %	50 %	82524699
54	NC_007608	CATT	2	8	26468	26475	25 %	50 %	0 %	25 %	82524699
55	NC_007608	GCTG	2	8	26967	26974	0 %	25 %	50 %	25 %	82524700
56	NC_007608	TTAC	2	8	27863	27870	25 %	50 %	0 %	25 %	82524702
57	NC_007608	GTAT	2	8	28050	28057	25 %	50 %	25 %	0 %	82524702
58	NC_007608	GTGG	2	8	28230	28237	0 %	25 %	75 %	0 %	82524702
59	NC_007608	CTCA	2	8	28612	28619	25 %	25 %	0 %	50 %	82524703
60	NC_007608	TCAG	2	8	28863	28870	25 %	25 %	25 %	25 %	82524703
61	NC_007608	CAGA	2	8	29062	29069	50 %	0 %	25 %	25 %	82524703
62	NC_007608	CCGT	2	8	29558	29565	0 %	25 %	25 %	50 %	82524705
63	NC_007608	TAAG	2	8	29856	29863	50 %	25 %	25 %	0 %	82524706
64	NC_007608	GGAT	2	8	30736	30743	25 %	25 %	50 %	0 %	82524706
65	NC_007608	ACCG	2	8	31052	31059	25 %	0 %	25 %	50 %	82524707
66	NC_007608	ACAG	2	8	31233	31240	50 %	0 %	25 %	25 %	82524707
67	NC_007608	ACGT	2	8	31914	31921	25 %	25 %	25 %	25 %	82524707
68	NC_007608	CTGG	2	8	32391	32398	0 %	25 %	50 %	25 %	82524708
69	NC_007608	GGTT	2	8	32651	32658	0 %	50 %	50 %	0 %	82524708
70	NC_007608	TCCT	2	8	33097	33104	0 %	50 %	0 %	50 %	82524709
71	NC_007608	GCAT	2	8	33368	33375	25 %	25 %	25 %	25 %	82524709
72	NC_007608	TCCA	2	8	33637	33644	25 %	25 %	0 %	50 %	82524709
73	NC_007608	TCCA	2	8	33763	33770	25 %	25 %	0 %	50 %	82524709
74	NC_007608	GTGC	2	8	35734	35741	0 %	25 %	50 %	25 %	82524712
75	NC_007608	GCAG	2	8	36566	36573	25 %	0 %	50 %	25 %	82524713
76	NC_007608	CAGA	2	8	36603	36610	50 %	0 %	25 %	25 %	82524713
77	NC_007608	GACA	2	8	36940	36947	50 %	0 %	25 %	25 %	82524714
78	NC_007608	TGCC	2	8	37441	37448	0 %	25 %	25 %	50 %	82524714
79	NC_007608	AAAG	2	8	38921	38928	75 %	0 %	25 %	0 %	82524715
80	NC_007608	GCAT	2	8	39167	39174	25 %	25 %	25 %	25 %	82524715
81	NC_007608	TGCT	2	8	39957	39964	0 %	50 %	25 %	25 %	82524716
82	NC_007608	CCAC	2	8	40206	40213	25 %	0 %	0 %	75 %	82524717
83	NC_007608	ATAC	2	8	40386	40393	50 %	25 %	0 %	25 %	82524717
84	NC_007608	GTAA	2	8	40573	40580	50 %	25 %	25 %	0 %	82524717
85	NC_007608	CCAC	2	8	40587	40594	25 %	0 %	0 %	75 %	82524717
86	NC_007608	TCTT	2	8	40829	40836	0 %	75 %	0 %	25 %	82524717
87	NC_007608	GCAG	2	8	42374	42381	25 %	0 %	50 %	25 %	82524720
88	NC_007608	CAGA	2	8	42411	42418	50 %	0 %	25 %	25 %	82524720
89	NC_007608	AACT	2	8	42983	42990	50 %	25 %	0 %	25 %	82524721
90	NC_007608	GTCA	2	8	43095	43102	25 %	25 %	25 %	25 %	82524722
91	NC_007608	CTGC	2	8	43253	43260	0 %	25 %	25 %	50 %	82524722
92	NC_007608	ATTC	2	8	43331	43338	25 %	50 %	0 %	25 %	82524722
93	NC_007608	TTGT	2	8	43878	43885	0 %	75 %	25 %	0 %	82524722
94	NC_007608	AGCC	2	8	44181	44188	25 %	0 %	25 %	50 %	82524722
95	NC_007608	TAAA	2	8	44646	44653	75 %	25 %	0 %	0 %	82524722
96	NC_007608	GCCA	2	8	46309	46316	25 %	0 %	25 %	50 %	82524724
97	NC_007608	CAGC	2	8	46442	46449	25 %	0 %	25 %	50 %	82524724
98	NC_007608	CAGA	2	8	47446	47453	50 %	0 %	25 %	25 %	82524726
99	NC_007608	CCAC	2	8	47720	47727	25 %	0 %	0 %	75 %	82524727
100	NC_007608	ATAC	2	8	47900	47907	50 %	25 %	0 %	25 %	82524727
101	NC_007608	GTAA	2	8	48087	48094	50 %	25 %	25 %	0 %	82524727
102	NC_007608	CCAC	2	8	48101	48108	25 %	0 %	0 %	75 %	82524727
103	NC_007608	GTCA	2	8	48889	48896	25 %	25 %	25 %	25 %	82524729
104	NC_007608	CTGC	2	8	49047	49054	0 %	25 %	25 %	50 %	82524729
105	NC_007608	ATTC	2	8	49125	49132	25 %	50 %	0 %	25 %	82524729
106	NC_007608	TTGT	2	8	49672	49679	0 %	75 %	25 %	0 %	82524729
107	NC_007608	ACCT	2	8	49966	49973	25 %	25 %	0 %	50 %	82524729
108	NC_007608	TGAA	2	8	50205	50212	50 %	25 %	25 %	0 %	82524729
109	NC_007608	GTCA	2	8	51080	51087	25 %	25 %	25 %	25 %	82524730
110	NC_007608	CTGC	2	8	51238	51245	0 %	25 %	25 %	50 %	82524730
111	NC_007608	ATTC	2	8	51316	51323	25 %	50 %	0 %	25 %	82524730
112	NC_007608	TTGT	2	8	51863	51870	0 %	75 %	25 %	0 %	82524730
113	NC_007608	GAAC	2	8	52347	52354	50 %	0 %	25 %	25 %	82524730
114	NC_007608	GCAG	2	8	52434	52441	25 %	0 %	50 %	25 %	82524730
115	NC_007608	TCAG	2	8	52626	52633	25 %	25 %	25 %	25 %	82524730
116	NC_007608	TGCC	2	8	54259	54266	0 %	25 %	25 %	50 %	82524732
117	NC_007608	CAGC	2	8	54340	54347	25 %	0 %	25 %	50 %	82524732
118	NC_007608	CAGT	2	8	55068	55075	25 %	25 %	25 %	25 %	82524732
119	NC_007608	ATGG	2	8	55105	55112	25 %	25 %	50 %	0 %	82524732
120	NC_007608	ATCC	2	8	56486	56493	25 %	25 %	0 %	50 %	82524736
121	NC_007608	CAGT	2	8	56597	56604	25 %	25 %	25 %	25 %	82524737
122	NC_007608	ACTG	2	8	56611	56618	25 %	25 %	25 %	25 %	82524737
123	NC_007608	GCCG	2	8	58206	58213	0 %	0 %	50 %	50 %	82524738
124	NC_007608	GGCA	2	8	58712	58719	25 %	0 %	50 %	25 %	82524738
125	NC_007608	CCGC	2	8	58855	58862	0 %	0 %	25 %	75 %	82524738
126	NC_007608	AGGA	2	8	58867	58874	50 %	0 %	50 %	0 %	82524738
127	NC_007608	TAAT	2	8	59751	59758	50 %	50 %	0 %	0 %	82524739
128	NC_007608	ACAA	2	8	59882	59889	75 %	0 %	0 %	25 %	82524739
129	NC_007608	TCTG	2	8	60165	60172	0 %	50 %	25 %	25 %	82524739
130	NC_007608	TTCC	2	8	60327	60334	0 %	50 %	0 %	50 %	82524739
131	NC_007608	ATAA	2	8	60568	60575	75 %	25 %	0 %	0 %	82524739
132	NC_007608	TGTC	2	8	60635	60642	0 %	50 %	25 %	25 %	82524739
133	NC_007608	CAGT	2	8	60714	60721	25 %	25 %	25 %	25 %	82524739
134	NC_007608	AATA	2	8	60960	60967	75 %	25 %	0 %	0 %	82524739
135	NC_007608	TCAC	2	8	60998	61005	25 %	25 %	0 %	50 %	82524739
136	NC_007608	GACA	2	8	61107	61114	50 %	0 %	25 %	25 %	82524739
137	NC_007608	TTTA	2	8	61240	61247	25 %	75 %	0 %	0 %	82524739
138	NC_007608	GAAA	2	8	61928	61935	75 %	0 %	25 %	0 %	82524740
139	NC_007608	ATGT	2	8	62964	62971	25 %	50 %	25 %	0 %	82524740
140	NC_007608	GGCG	2	8	63761	63768	0 %	0 %	75 %	25 %	82524741
141	NC_007608	CATC	2	8	65276	65283	25 %	25 %	0 %	50 %	82524744
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281	NC_007608	AAGG	2	8	125535	125542	50 %	0 %	50 %	0 %	82524812
282	NC_007608	AGCA	2	8	125672	125679	50 %	0 %	25 %	25 %	82524812
283	NC_007608	GACC	2	8	125723	125730	25 %	0 %	25 %	50 %	82524812
284	NC_007608	GGTT	2	8	125790	125797	0 %	50 %	50 %	0 %	82524812
285	NC_007608	GGGA	2	8	125870	125877	25 %	0 %	75 %	0 %	82524812
286	NC_007608	GTTC	2	8	126048	126055	0 %	50 %	25 %	25 %	82524812

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.